# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.853 0.110 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 2 V 0.493 0.258 0.156 0.069 0.020 0.003 0.001 3 K 0.417 0.331 0.171 0.062 0.016 0.003 0.001 4 F 0.168 0.178 0.193 0.210 0.172 0.073 0.006 5 A 0.114 0.235 0.308 0.208 0.095 0.036 0.004 6 C 0.079 0.069 0.099 0.208 0.303 0.218 0.025 7 R 0.150 0.261 0.262 0.199 0.087 0.036 0.005 8 A 0.240 0.242 0.181 0.168 0.105 0.057 0.006 9 I 0.171 0.176 0.200 0.236 0.146 0.064 0.008 10 T 0.224 0.202 0.179 0.202 0.137 0.050 0.005 11 R 0.376 0.334 0.174 0.078 0.028 0.008 0.001 12 G 0.251 0.294 0.210 0.151 0.070 0.021 0.003 13 R 0.164 0.283 0.261 0.169 0.086 0.033 0.004 14 A 0.031 0.048 0.087 0.218 0.344 0.242 0.029 15 E 0.067 0.208 0.289 0.245 0.125 0.054 0.013 16 G 0.013 0.035 0.062 0.148 0.293 0.370 0.078 17 E 0.016 0.063 0.165 0.315 0.266 0.147 0.029 18 A 0.010 0.023 0.042 0.090 0.210 0.443 0.183 19 L 0.009 0.019 0.033 0.073 0.172 0.450 0.244 20 V 0.005 0.016 0.041 0.119 0.262 0.397 0.162 21 T 0.017 0.044 0.085 0.187 0.304 0.284 0.078 22 K 0.053 0.200 0.276 0.267 0.140 0.052 0.012 23 E 0.168 0.300 0.225 0.145 0.086 0.056 0.021 24 Y 0.035 0.069 0.126 0.223 0.268 0.225 0.054 25 I 0.017 0.024 0.045 0.103 0.223 0.411 0.177 26 S 0.026 0.060 0.095 0.142 0.205 0.299 0.173 27 F 0.018 0.035 0.056 0.113 0.196 0.341 0.241 28 L 0.020 0.038 0.064 0.135 0.231 0.334 0.179 29 G 0.032 0.065 0.112 0.188 0.228 0.258 0.118 30 G 0.056 0.115 0.166 0.217 0.220 0.179 0.048 31 I 0.039 0.054 0.082 0.176 0.292 0.290 0.066 32 D 0.089 0.166 0.205 0.233 0.187 0.102 0.017 33 K 0.191 0.304 0.250 0.155 0.071 0.025 0.006 34 E 0.173 0.284 0.229 0.175 0.093 0.038 0.008 35 T 0.034 0.067 0.124 0.241 0.302 0.206 0.026 36 G 0.033 0.063 0.122 0.205 0.267 0.262 0.047 37 I 0.038 0.048 0.067 0.120 0.233 0.396 0.099 38 V 0.022 0.040 0.090 0.233 0.339 0.247 0.029 39 K 0.072 0.232 0.300 0.253 0.111 0.031 0.003 40 E 0.304 0.340 0.203 0.108 0.036 0.008 0.001 41 D 0.511 0.327 0.108 0.042 0.010 0.002 0.001 42 C 0.060 0.107 0.233 0.344 0.206 0.049 0.002 43 E 0.520 0.360 0.095 0.021 0.003 0.001 0.001 44 I 0.109 0.174 0.241 0.285 0.154 0.035 0.001 45 K 0.170 0.255 0.222 0.198 0.112 0.040 0.002 46 G 0.115 0.179 0.202 0.239 0.181 0.077 0.007 47 E 0.227 0.365 0.241 0.119 0.036 0.010 0.001 48 S 0.070 0.228 0.290 0.248 0.128 0.035 0.002 49 V 0.012 0.025 0.070 0.227 0.406 0.244 0.016 50 A 0.091 0.312 0.286 0.185 0.087 0.033 0.006 51 G 0.044 0.138 0.203 0.291 0.214 0.095 0.015 52 R 0.009 0.050 0.148 0.318 0.311 0.149 0.015 53 I 0.002 0.006 0.016 0.050 0.182 0.538 0.205 54 L 0.002 0.005 0.013 0.038 0.111 0.439 0.393 55 V 0.001 0.002 0.005 0.016 0.075 0.379 0.523 56 F 0.001 0.005 0.017 0.069 0.210 0.391 0.307 57 P 0.010 0.049 0.089 0.149 0.229 0.291 0.182 58 G 0.045 0.123 0.190 0.238 0.191 0.150 0.064 59 G 0.040 0.065 0.089 0.176 0.264 0.272 0.094 60 K 0.109 0.161 0.190 0.204 0.160 0.128 0.048 61 G 0.073 0.101 0.105 0.136 0.178 0.261 0.145 62 S 0.035 0.051 0.080 0.140 0.197 0.271 0.225 63 T 0.022 0.035 0.052 0.090 0.163 0.318 0.321 64 V 0.023 0.031 0.047 0.090 0.151 0.275 0.383 65 G 0.011 0.023 0.041 0.077 0.133 0.290 0.426 66 S 0.006 0.016 0.030 0.067 0.154 0.339 0.388 67 Y 0.003 0.011 0.031 0.098 0.203 0.329 0.325 68 V 0.001 0.003 0.007 0.016 0.060 0.345 0.567 69 L 0.002 0.003 0.004 0.012 0.050 0.326 0.604 70 L 0.005 0.019 0.043 0.100 0.214 0.405 0.214 71 N 0.004 0.030 0.101 0.239 0.323 0.245 0.058 72 L 0.001 0.004 0.010 0.063 0.276 0.536 0.109 73 R 0.008 0.072 0.195 0.323 0.278 0.116 0.007 74 K 0.088 0.281 0.284 0.222 0.096 0.024 0.003 75 N 0.189 0.341 0.264 0.136 0.050 0.016 0.003 76 G 0.101 0.206 0.265 0.229 0.135 0.058 0.005 77 V 0.087 0.180 0.214 0.230 0.191 0.086 0.012 78 A 0.024 0.043 0.069 0.142 0.267 0.354 0.101 79 P 0.012 0.030 0.062 0.134 0.249 0.381 0.131 80 K 0.021 0.055 0.114 0.216 0.266 0.246 0.082 81 A 0.015 0.025 0.045 0.089 0.176 0.395 0.255 82 I 0.008 0.014 0.027 0.065 0.159 0.433 0.293 83 I 0.003 0.009 0.021 0.061 0.174 0.454 0.279 84 N 0.027 0.085 0.148 0.258 0.293 0.159 0.031 85 K 0.085 0.253 0.272 0.232 0.114 0.037 0.008 86 K 0.225 0.287 0.195 0.144 0.086 0.048 0.014 87 T 0.137 0.187 0.196 0.208 0.158 0.098 0.017 88 E 0.091 0.183 0.213 0.225 0.181 0.092 0.015 89 T 0.033 0.083 0.153 0.240 0.280 0.174 0.037 90 I 0.005 0.015 0.037 0.093 0.227 0.426 0.197 91 I 0.004 0.010 0.029 0.083 0.158 0.340 0.376 92 A 0.006 0.008 0.012 0.025 0.078 0.306 0.565 93 V 0.006 0.007 0.015 0.046 0.117 0.289 0.521 94 G 0.004 0.007 0.013 0.026 0.069 0.248 0.633 95 A 0.006 0.006 0.012 0.027 0.063 0.251 0.635 96 A 0.002 0.008 0.018 0.054 0.123 0.328 0.467 97 M 0.004 0.007 0.022 0.071 0.173 0.362 0.360 98 A 0.005 0.016 0.029 0.073 0.179 0.402 0.297 99 E 0.016 0.083 0.187 0.301 0.225 0.136 0.053 100 I 0.008 0.029 0.056 0.123 0.261 0.385 0.137 101 P 0.023 0.061 0.121 0.240 0.259 0.239 0.057 102 L 0.014 0.026 0.050 0.098 0.222 0.450 0.139 103 V 0.011 0.017 0.034 0.099 0.264 0.458 0.117 104 E 0.014 0.087 0.173 0.263 0.266 0.172 0.025 105 V 0.019 0.061 0.146 0.288 0.312 0.154 0.020 106 R 0.082 0.272 0.295 0.234 0.091 0.024 0.002 107 D 0.233 0.330 0.244 0.137 0.043 0.011 0.001 108 E 0.408 0.343 0.164 0.062 0.018 0.004 0.001 109 K 0.222 0.392 0.242 0.109 0.030 0.005 0.001 110 F 0.018 0.050 0.125 0.299 0.364 0.139 0.004 111 F 0.019 0.075 0.180 0.310 0.311 0.102 0.003 112 E 0.200 0.473 0.229 0.077 0.017 0.003 0.001 113 A 0.025 0.139 0.314 0.347 0.144 0.030 0.001 114 V 0.013 0.030 0.070 0.241 0.431 0.208 0.006 115 K 0.104 0.334 0.318 0.183 0.052 0.008 0.001 116 T 0.425 0.384 0.133 0.048 0.009 0.001 0.001 117 G 0.074 0.317 0.325 0.209 0.064 0.011 0.001 118 D 0.085 0.325 0.315 0.195 0.064 0.014 0.001 119 R 0.011 0.112 0.284 0.348 0.199 0.045 0.001 120 V 0.001 0.005 0.022 0.102 0.375 0.464 0.031 121 V 0.007 0.083 0.282 0.368 0.201 0.056 0.003 122 V 0.004 0.021 0.058 0.181 0.379 0.330 0.027 123 N 0.058 0.291 0.321 0.243 0.075 0.012 0.001 124 A 0.122 0.243 0.263 0.245 0.104 0.022 0.001 125 D 0.526 0.316 0.111 0.038 0.008 0.001 0.001 126 E 0.493 0.340 0.123 0.038 0.006 0.001 0.001 127 G 0.104 0.226 0.303 0.243 0.103 0.020 0.001 128 Y 0.078 0.250 0.289 0.235 0.120 0.027 0.001 129 V 0.011 0.029 0.076 0.208 0.371 0.279 0.026 130 E 0.056 0.213 0.293 0.260 0.130 0.043 0.004 131 L 0.029 0.070 0.137 0.264 0.307 0.179 0.014 132 I 0.103 0.152 0.220 0.281 0.183 0.059 0.003 133 E 0.394 0.369 0.156 0.061 0.016 0.004 0.001 134 L 0.252 0.230 0.239 0.191 0.073 0.014 0.001 135 E 0.611 0.249 0.087 0.037 0.012 0.003 0.001 136 H 0.458 0.217 0.157 0.113 0.045 0.010 0.001 137 H 0.553 0.239 0.126 0.061 0.018 0.004 0.001 138 H 0.662 0.219 0.079 0.031 0.008 0.001 0.001 139 H 0.646 0.195 0.096 0.046 0.014 0.003 0.001 140 H 0.779 0.149 0.046 0.019 0.006 0.001 0.001 141 H 0.791 0.143 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001