# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.056 0.004 0.025 0.067 0.077 0.101 0.005 0.001 0.036 0.584 2 V 0.045 0.027 0.003 0.036 0.166 0.162 0.090 0.006 0.001 0.037 0.426 3 K 0.039 0.030 0.003 0.063 0.083 0.129 0.091 0.004 0.001 0.037 0.519 4 F 0.047 0.009 0.003 0.051 0.123 0.141 0.093 0.005 0.001 0.053 0.473 5 A 0.030 0.021 0.001 0.113 0.107 0.140 0.108 0.005 0.001 0.038 0.435 6 C 0.008 0.004 0.001 0.080 0.095 0.206 0.092 0.002 0.001 0.070 0.440 7 R 0.002 0.008 0.001 0.182 0.212 0.365 0.036 0.001 0.001 0.064 0.128 8 A 0.011 0.004 0.006 0.103 0.198 0.272 0.051 0.001 0.002 0.069 0.283 9 I 0.010 0.007 0.003 0.115 0.290 0.215 0.040 0.002 0.001 0.028 0.289 10 T 0.112 0.023 0.001 0.047 0.094 0.192 0.061 0.007 0.001 0.076 0.386 11 R 0.045 0.009 0.003 0.041 0.067 0.125 0.093 0.006 0.002 0.071 0.537 12 G 0.026 0.008 0.002 0.038 0.121 0.205 0.099 0.005 0.002 0.038 0.455 13 R 0.045 0.005 0.003 0.041 0.143 0.196 0.103 0.002 0.001 0.043 0.418 14 A 0.024 0.006 0.001 0.068 0.221 0.181 0.089 0.003 0.001 0.038 0.368 15 E 0.023 0.012 0.001 0.089 0.141 0.214 0.114 0.004 0.001 0.046 0.356 16 G 0.006 0.012 0.001 0.091 0.136 0.267 0.089 0.003 0.001 0.040 0.356 17 E 0.003 0.005 0.001 0.153 0.247 0.391 0.026 0.001 0.001 0.089 0.084 18 A 0.002 0.004 0.001 0.224 0.209 0.266 0.035 0.001 0.001 0.043 0.213 19 L 0.003 0.004 0.002 0.215 0.315 0.296 0.027 0.001 0.001 0.035 0.100 20 V 0.028 0.012 0.004 0.184 0.180 0.202 0.054 0.003 0.003 0.054 0.277 21 T 0.169 0.061 0.003 0.081 0.068 0.116 0.080 0.018 0.003 0.062 0.340 22 K 0.224 0.052 0.004 0.037 0.013 0.026 0.087 0.010 0.003 0.072 0.472 23 E 0.046 0.050 0.005 0.058 0.048 0.078 0.122 0.007 0.002 0.062 0.522 24 Y 0.053 0.061 0.003 0.051 0.072 0.108 0.118 0.006 0.001 0.069 0.459 25 I 0.070 0.031 0.008 0.109 0.107 0.075 0.112 0.007 0.003 0.124 0.353 26 S 0.096 0.027 0.005 0.103 0.056 0.085 0.143 0.008 0.003 0.105 0.369 27 F 0.151 0.024 0.002 0.068 0.024 0.062 0.131 0.008 0.001 0.080 0.449 28 L 0.076 0.015 0.002 0.071 0.017 0.045 0.167 0.006 0.001 0.074 0.526 29 G 0.023 0.009 0.001 0.073 0.020 0.062 0.171 0.002 0.001 0.065 0.572 30 G 0.020 0.005 0.002 0.049 0.047 0.086 0.165 0.002 0.001 0.073 0.553 31 I 0.026 0.007 0.002 0.051 0.051 0.065 0.158 0.004 0.001 0.069 0.566 32 D 0.200 0.040 0.008 0.052 0.016 0.028 0.162 0.009 0.005 0.137 0.344 33 K 0.228 0.017 0.007 0.025 0.008 0.014 0.102 0.009 0.003 0.090 0.498 34 E 0.095 0.004 0.001 0.017 0.014 0.029 0.118 0.009 0.001 0.049 0.665 35 T 0.023 0.004 0.001 0.028 0.024 0.059 0.133 0.002 0.001 0.029 0.698 36 G 0.017 0.003 0.001 0.051 0.053 0.089 0.104 0.001 0.001 0.040 0.642 37 I 0.007 0.002 0.001 0.022 0.115 0.085 0.145 0.002 0.001 0.024 0.598 38 V 0.010 0.005 0.001 0.030 0.047 0.055 0.136 0.007 0.001 0.014 0.693 39 K 0.628 0.050 0.002 0.012 0.011 0.012 0.040 0.007 0.001 0.029 0.208 40 E 0.058 0.026 0.001 0.012 0.009 0.021 0.083 0.006 0.001 0.033 0.749 41 D 0.021 0.119 0.004 0.013 0.008 0.026 0.082 0.002 0.002 0.024 0.700 42 C 0.155 0.096 0.034 0.020 0.069 0.061 0.085 0.012 0.010 0.084 0.373 43 E 0.272 0.058 0.002 0.008 0.029 0.028 0.066 0.011 0.002 0.050 0.474 44 I 0.210 0.026 0.001 0.010 0.019 0.025 0.070 0.004 0.001 0.046 0.587 45 K 0.022 0.032 0.001 0.013 0.012 0.025 0.108 0.003 0.001 0.030 0.753 46 G 0.035 0.035 0.002 0.015 0.039 0.069 0.130 0.006 0.001 0.049 0.618 47 E 0.059 0.009 0.005 0.029 0.139 0.104 0.111 0.006 0.002 0.085 0.452 48 S 0.063 0.006 0.003 0.065 0.052 0.121 0.137 0.003 0.002 0.084 0.463 49 V 0.207 0.004 0.004 0.051 0.056 0.071 0.123 0.004 0.002 0.084 0.394 50 A 0.016 0.002 0.001 0.151 0.026 0.043 0.208 0.002 0.001 0.017 0.533 51 G 0.002 0.001 0.001 0.098 0.044 0.110 0.131 0.002 0.001 0.041 0.570 52 R 0.001 0.001 0.001 0.503 0.137 0.176 0.032 0.001 0.001 0.058 0.092 53 I 0.001 0.001 0.001 0.556 0.108 0.146 0.018 0.001 0.001 0.049 0.121 54 L 0.001 0.001 0.001 0.607 0.207 0.105 0.007 0.001 0.001 0.031 0.043 55 V 0.001 0.001 0.001 0.784 0.043 0.055 0.015 0.001 0.001 0.038 0.064 56 F 0.036 0.001 0.001 0.495 0.064 0.079 0.054 0.001 0.001 0.134 0.135 57 P 0.045 0.001 0.001 0.228 0.010 0.025 0.155 0.001 0.001 0.066 0.467 58 G 0.026 0.001 0.001 0.043 0.013 0.029 0.192 0.002 0.001 0.036 0.658 59 G 0.024 0.001 0.001 0.049 0.024 0.041 0.244 0.004 0.001 0.065 0.545 60 K 0.043 0.013 0.001 0.051 0.022 0.041 0.228 0.004 0.001 0.116 0.480 61 G 0.050 0.052 0.002 0.036 0.027 0.056 0.166 0.005 0.001 0.106 0.499 62 S 0.040 0.115 0.002 0.020 0.031 0.059 0.144 0.004 0.001 0.151 0.433 63 T 0.031 0.302 0.003 0.018 0.028 0.073 0.099 0.004 0.001 0.158 0.283 64 V 0.027 0.549 0.002 0.010 0.021 0.047 0.051 0.003 0.001 0.133 0.155 65 G 0.012 0.748 0.002 0.005 0.019 0.036 0.025 0.002 0.001 0.077 0.073 66 S 0.008 0.778 0.001 0.006 0.021 0.039 0.014 0.001 0.001 0.087 0.045 67 Y 0.004 0.547 0.002 0.015 0.048 0.057 0.014 0.001 0.001 0.267 0.045 68 V 0.002 0.938 0.001 0.004 0.014 0.012 0.004 0.001 0.001 0.007 0.017 69 L 0.005 0.946 0.001 0.003 0.009 0.009 0.002 0.003 0.001 0.005 0.014 70 L 0.023 0.756 0.005 0.010 0.015 0.015 0.010 0.007 0.001 0.103 0.054 71 N 0.053 0.313 0.013 0.014 0.012 0.014 0.033 0.007 0.008 0.415 0.118 72 L 0.083 0.090 0.163 0.017 0.008 0.010 0.067 0.014 0.097 0.300 0.151 73 R 0.281 0.030 0.024 0.016 0.011 0.014 0.095 0.015 0.020 0.077 0.419 74 K 0.107 0.025 0.001 0.009 0.003 0.007 0.075 0.003 0.002 0.031 0.736 75 N 0.041 0.005 0.001 0.007 0.003 0.008 0.114 0.002 0.001 0.049 0.769 76 G 0.026 0.010 0.004 0.021 0.006 0.023 0.146 0.004 0.001 0.090 0.668 77 V 0.119 0.026 0.002 0.014 0.010 0.019 0.129 0.003 0.001 0.058 0.619 78 A 0.077 0.060 0.003 0.041 0.015 0.031 0.137 0.007 0.001 0.065 0.563 79 P 0.045 0.111 0.001 0.059 0.025 0.056 0.132 0.004 0.001 0.072 0.494 80 K 0.009 0.043 0.002 0.146 0.102 0.200 0.085 0.003 0.001 0.140 0.270 81 A 0.004 0.043 0.002 0.205 0.132 0.249 0.057 0.002 0.001 0.109 0.195 82 I 0.010 0.017 0.005 0.262 0.189 0.205 0.040 0.002 0.001 0.081 0.188 83 I 0.014 0.003 0.002 0.199 0.201 0.176 0.033 0.001 0.001 0.212 0.157 84 N 0.028 0.009 0.003 0.143 0.074 0.150 0.077 0.002 0.002 0.145 0.366 85 K 0.159 0.010 0.007 0.084 0.042 0.070 0.114 0.004 0.006 0.105 0.399 86 K 0.043 0.020 0.003 0.036 0.034 0.061 0.140 0.007 0.002 0.068 0.586 87 T 0.050 0.083 0.001 0.016 0.021 0.025 0.099 0.003 0.001 0.026 0.675 88 E 0.019 0.059 0.002 0.071 0.097 0.091 0.120 0.009 0.001 0.074 0.457 89 T 0.010 0.125 0.002 0.113 0.079 0.139 0.072 0.003 0.001 0.129 0.327 90 I 0.013 0.101 0.005 0.197 0.126 0.156 0.045 0.002 0.001 0.144 0.211 91 I 0.011 0.088 0.003 0.358 0.140 0.121 0.032 0.001 0.001 0.128 0.118 92 A 0.017 0.113 0.003 0.271 0.110 0.177 0.040 0.003 0.001 0.131 0.133 93 V 0.031 0.093 0.004 0.218 0.116 0.154 0.059 0.006 0.001 0.114 0.203 94 G 0.027 0.094 0.004 0.148 0.133 0.227 0.062 0.004 0.002 0.086 0.214 95 A 0.042 0.033 0.012 0.098 0.179 0.193 0.090 0.003 0.005 0.090 0.255 96 A 0.050 0.027 0.007 0.132 0.138 0.171 0.083 0.010 0.004 0.074 0.305 97 M 0.398 0.018 0.005 0.048 0.052 0.068 0.075 0.006 0.003 0.066 0.261 98 A 0.050 0.009 0.005 0.098 0.056 0.101 0.120 0.004 0.003 0.029 0.525 99 E 0.022 0.017 0.001 0.030 0.020 0.045 0.108 0.004 0.001 0.017 0.736 100 I 0.043 0.011 0.002 0.056 0.167 0.101 0.153 0.017 0.001 0.045 0.404 101 P 0.024 0.037 0.002 0.171 0.085 0.153 0.107 0.004 0.001 0.035 0.380 102 L 0.021 0.013 0.002 0.128 0.125 0.209 0.066 0.005 0.001 0.055 0.374 103 V 0.018 0.010 0.002 0.213 0.127 0.127 0.090 0.002 0.001 0.034 0.376 104 E 0.028 0.019 0.002 0.152 0.090 0.158 0.096 0.002 0.001 0.049 0.403 105 V 0.047 0.032 0.004 0.104 0.037 0.052 0.106 0.002 0.003 0.055 0.558 106 R 0.027 0.223 0.004 0.031 0.015 0.018 0.091 0.008 0.002 0.028 0.552 107 D 0.087 0.810 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.009 0.001 0.005 0.072 108 E 0.062 0.715 0.002 0.005 0.003 0.004 0.017 0.006 0.001 0.026 0.159 109 K 0.012 0.830 0.004 0.002 0.003 0.004 0.015 0.003 0.001 0.024 0.102 110 F 0.048 0.866 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.015 0.001 0.011 0.042 111 F 0.088 0.712 0.004 0.003 0.005 0.006 0.015 0.019 0.002 0.047 0.099 112 E 0.062 0.393 0.009 0.009 0.011 0.026 0.053 0.004 0.004 0.135 0.294 113 A 0.044 0.109 0.134 0.012 0.008 0.019 0.070 0.008 0.057 0.183 0.357 114 V 0.315 0.010 0.041 0.006 0.009 0.016 0.072 0.017 0.025 0.107 0.383 115 K 0.275 0.002 0.002 0.005 0.005 0.010 0.061 0.003 0.002 0.050 0.584 116 T 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.101 0.001 0.001 0.014 0.859 117 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.007 0.025 0.154 0.001 0.001 0.037 0.757 118 D 0.002 0.001 0.001 0.094 0.141 0.235 0.096 0.001 0.001 0.124 0.305 119 R 0.001 0.001 0.001 0.124 0.058 0.234 0.052 0.001 0.001 0.078 0.452 120 V 0.001 0.001 0.001 0.258 0.281 0.264 0.018 0.001 0.001 0.046 0.132 121 V 0.001 0.001 0.001 0.165 0.266 0.279 0.032 0.001 0.001 0.064 0.191 122 V 0.001 0.001 0.001 0.153 0.259 0.274 0.039 0.001 0.001 0.026 0.247 123 N 0.278 0.009 0.004 0.096 0.090 0.131 0.059 0.005 0.007 0.068 0.253 124 A 0.298 0.008 0.006 0.029 0.013 0.020 0.064 0.008 0.004 0.076 0.473 125 D 0.102 0.009 0.001 0.007 0.015 0.026 0.065 0.005 0.001 0.020 0.748 126 E 0.056 0.026 0.002 0.031 0.043 0.061 0.096 0.002 0.001 0.015 0.666 127 G 0.017 0.042 0.001 0.023 0.160 0.169 0.096 0.005 0.001 0.024 0.462 128 Y 0.045 0.082 0.002 0.025 0.212 0.148 0.063 0.012 0.001 0.032 0.379 129 V 0.073 0.077 0.003 0.023 0.147 0.140 0.078 0.005 0.001 0.015 0.437 130 E 0.030 0.112 0.003 0.036 0.175 0.300 0.055 0.005 0.001 0.021 0.262 131 L 0.068 0.095 0.006 0.030 0.089 0.165 0.063 0.005 0.003 0.034 0.442 132 I 0.060 0.144 0.008 0.034 0.176 0.161 0.058 0.009 0.003 0.039 0.308 133 E 0.085 0.141 0.009 0.015 0.074 0.113 0.072 0.009 0.005 0.030 0.448 134 L 0.140 0.064 0.009 0.015 0.061 0.072 0.053 0.010 0.004 0.036 0.537 135 E 0.092 0.060 0.003 0.012 0.048 0.071 0.069 0.006 0.001 0.043 0.593 136 H 0.048 0.034 0.005 0.013 0.026 0.046 0.079 0.004 0.002 0.039 0.706 137 H 0.064 0.018 0.004 0.019 0.030 0.040 0.084 0.005 0.001 0.046 0.688 138 H 0.082 0.007 0.001 0.010 0.028 0.031 0.082 0.004 0.001 0.053 0.703 139 H 0.030 0.004 0.001 0.011 0.013 0.018 0.096 0.002 0.001 0.029 0.796 140 H 0.028 0.005 0.001 0.010 0.013 0.016 0.115 0.003 0.001 0.025 0.782 141 H 0.062 0.008 0.001 0.010 0.019 0.019 0.140 0.009 0.001 0.042 0.691