# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.275 0.313 0.083 0.097 0.026 0.026 0.012 0.016 0.006 0.002 2 V 0.069 0.561 0.222 0.033 0.069 0.021 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 3 K 0.052 0.600 0.235 0.019 0.020 0.039 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 4 F 0.040 0.534 0.268 0.021 0.052 0.040 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 5 A 0.052 0.503 0.263 0.029 0.049 0.037 0.020 0.002 0.041 0.002 0.001 6 C 0.079 0.259 0.353 0.022 0.187 0.039 0.017 0.014 0.010 0.017 0.003 7 R 0.179 0.493 0.118 0.113 0.054 0.016 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 8 A 0.051 0.483 0.317 0.013 0.089 0.027 0.004 0.001 0.013 0.002 0.001 9 I 0.097 0.604 0.165 0.044 0.031 0.029 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 10 T 0.074 0.518 0.158 0.051 0.094 0.037 0.008 0.002 0.053 0.004 0.001 11 R 0.090 0.178 0.320 0.121 0.106 0.025 0.100 0.013 0.028 0.017 0.001 12 G 0.036 0.032 0.070 0.027 0.252 0.005 0.050 0.331 0.002 0.194 0.001 13 R 0.089 0.458 0.175 0.138 0.096 0.017 0.008 0.003 0.013 0.002 0.001 14 A 0.027 0.437 0.257 0.019 0.211 0.021 0.007 0.003 0.012 0.006 0.001 15 E 0.056 0.637 0.142 0.071 0.065 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 16 G 0.009 0.319 0.094 0.006 0.544 0.003 0.005 0.003 0.009 0.008 0.001 17 E 0.033 0.522 0.352 0.009 0.028 0.034 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 18 A 0.008 0.762 0.175 0.001 0.021 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 L 0.012 0.835 0.096 0.004 0.019 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 20 V 0.009 0.764 0.124 0.008 0.036 0.033 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 21 T 0.039 0.387 0.211 0.038 0.201 0.056 0.010 0.001 0.051 0.006 0.001 22 K 0.410 0.084 0.117 0.252 0.054 0.031 0.023 0.007 0.011 0.008 0.002 23 E 0.109 0.447 0.148 0.105 0.121 0.014 0.019 0.002 0.033 0.002 0.001 24 Y 0.114 0.318 0.364 0.040 0.064 0.041 0.013 0.010 0.026 0.006 0.004 25 I 0.052 0.547 0.196 0.047 0.069 0.040 0.009 0.001 0.039 0.001 0.001 26 S 0.053 0.365 0.204 0.028 0.279 0.016 0.004 0.006 0.014 0.030 0.001 27 F 0.209 0.269 0.203 0.095 0.097 0.060 0.019 0.006 0.035 0.007 0.002 28 L 0.226 0.191 0.243 0.193 0.026 0.037 0.039 0.003 0.036 0.004 0.002 29 G 0.146 0.030 0.081 0.056 0.131 0.004 0.183 0.271 0.005 0.093 0.001 30 G 0.237 0.051 0.186 0.101 0.093 0.017 0.072 0.147 0.004 0.088 0.006 31 I 0.103 0.525 0.226 0.070 0.044 0.017 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 32 D 0.031 0.099 0.533 0.007 0.058 0.156 0.008 0.001 0.099 0.008 0.001 33 K 0.972 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.860 0.006 0.009 0.114 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 35 T 0.258 0.020 0.034 0.676 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 36 G 0.085 0.010 0.074 0.023 0.058 0.003 0.129 0.389 0.003 0.227 0.001 37 I 0.160 0.315 0.383 0.055 0.034 0.034 0.003 0.001 0.012 0.002 0.002 38 V 0.153 0.343 0.334 0.052 0.021 0.062 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 39 K 0.134 0.188 0.474 0.028 0.044 0.070 0.007 0.001 0.049 0.003 0.001 40 E 0.796 0.039 0.083 0.036 0.019 0.008 0.006 0.005 0.002 0.004 0.002 41 D 0.356 0.076 0.065 0.397 0.018 0.026 0.030 0.008 0.023 0.001 0.001 42 C 0.079 0.201 0.442 0.064 0.069 0.031 0.017 0.003 0.089 0.005 0.001 43 E 0.712 0.026 0.178 0.038 0.008 0.015 0.009 0.005 0.002 0.005 0.003 44 I 0.590 0.085 0.112 0.161 0.009 0.020 0.005 0.002 0.012 0.002 0.001 45 K 0.224 0.073 0.207 0.416 0.016 0.010 0.035 0.002 0.015 0.002 0.001 46 G 0.034 0.003 0.025 0.021 0.029 0.002 0.105 0.654 0.001 0.126 0.001 47 E 0.062 0.294 0.533 0.038 0.031 0.027 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 48 S 0.033 0.181 0.704 0.010 0.016 0.041 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 49 V 0.264 0.424 0.129 0.080 0.027 0.035 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 50 A 0.104 0.208 0.491 0.103 0.031 0.013 0.024 0.002 0.018 0.004 0.001 51 G 0.013 0.005 0.027 0.021 0.087 0.002 0.120 0.644 0.001 0.079 0.001 52 R 0.019 0.426 0.451 0.021 0.046 0.019 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 53 I 0.003 0.768 0.189 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 54 L 0.008 0.685 0.257 0.002 0.003 0.035 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 V 0.005 0.687 0.196 0.004 0.018 0.046 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 56 F 0.002 0.439 0.197 0.001 0.030 0.034 0.004 0.001 0.293 0.001 0.001 57 P 0.117 0.006 0.728 0.010 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 58 G 0.088 0.056 0.237 0.141 0.154 0.017 0.096 0.126 0.019 0.064 0.002 59 G 0.086 0.038 0.268 0.041 0.145 0.015 0.050 0.180 0.003 0.163 0.011 60 K 0.125 0.234 0.214 0.292 0.052 0.019 0.023 0.006 0.029 0.004 0.001 61 G 0.027 0.008 0.057 0.021 0.119 0.002 0.030 0.173 0.002 0.559 0.001 62 S 0.145 0.064 0.557 0.051 0.091 0.038 0.005 0.011 0.007 0.022 0.009 63 T 0.603 0.048 0.071 0.175 0.020 0.029 0.012 0.017 0.011 0.013 0.001 64 V 0.793 0.029 0.044 0.105 0.007 0.007 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 65 G 0.914 0.004 0.017 0.011 0.009 0.001 0.004 0.019 0.001 0.021 0.001 66 S 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.966 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.942 0.005 0.009 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.945 0.008 0.009 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.873 0.018 0.013 0.085 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.046 0.004 0.009 0.812 0.004 0.001 0.113 0.006 0.005 0.001 0.001 76 G 0.010 0.002 0.022 0.009 0.013 0.006 0.399 0.495 0.001 0.043 0.001 77 V 0.124 0.356 0.271 0.183 0.030 0.021 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 78 A 0.087 0.123 0.543 0.004 0.075 0.011 0.019 0.006 0.052 0.079 0.001 79 P 0.217 0.010 0.663 0.006 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 80 K 0.375 0.157 0.311 0.095 0.019 0.022 0.004 0.002 0.012 0.001 0.002 81 A 0.058 0.581 0.175 0.008 0.151 0.010 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 82 I 0.098 0.637 0.185 0.011 0.014 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 83 I 0.046 0.677 0.124 0.033 0.033 0.054 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 84 N 0.084 0.322 0.202 0.069 0.112 0.112 0.017 0.002 0.076 0.004 0.001 85 K 0.303 0.207 0.123 0.188 0.066 0.037 0.039 0.007 0.027 0.003 0.001 86 K 0.205 0.261 0.276 0.096 0.054 0.035 0.028 0.004 0.036 0.004 0.001 87 T 0.398 0.102 0.306 0.103 0.027 0.023 0.011 0.008 0.009 0.008 0.003 88 E 0.200 0.312 0.217 0.039 0.127 0.019 0.037 0.006 0.033 0.009 0.001 89 T 0.289 0.167 0.422 0.037 0.013 0.050 0.003 0.001 0.011 0.001 0.007 90 I 0.078 0.688 0.142 0.009 0.041 0.020 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 91 I 0.071 0.694 0.137 0.014 0.027 0.030 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 92 A 0.045 0.587 0.242 0.006 0.040 0.058 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 93 V 0.129 0.608 0.076 0.082 0.056 0.024 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 94 G 0.060 0.246 0.094 0.015 0.485 0.008 0.036 0.021 0.010 0.024 0.001 95 A 0.115 0.628 0.114 0.009 0.107 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 A 0.111 0.608 0.190 0.010 0.023 0.038 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 97 M 0.122 0.476 0.146 0.091 0.027 0.049 0.003 0.001 0.085 0.001 0.001 98 A 0.084 0.346 0.207 0.098 0.200 0.017 0.017 0.009 0.010 0.012 0.001 99 E 0.072 0.189 0.157 0.167 0.081 0.065 0.216 0.010 0.031 0.011 0.001 100 I 0.002 0.545 0.286 0.001 0.032 0.012 0.004 0.001 0.119 0.001 0.001 101 P 0.009 0.017 0.876 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 102 L 0.030 0.377 0.462 0.005 0.005 0.090 0.001 0.001 0.026 0.001 0.003 103 V 0.035 0.750 0.084 0.016 0.042 0.030 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 104 E 0.035 0.432 0.403 0.016 0.020 0.071 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 105 V 0.055 0.487 0.233 0.041 0.072 0.062 0.007 0.001 0.041 0.001 0.001 106 R 0.123 0.246 0.329 0.081 0.099 0.071 0.011 0.002 0.029 0.008 0.001 107 D 0.043 0.150 0.457 0.030 0.117 0.109 0.009 0.002 0.075 0.007 0.002 108 E 0.941 0.006 0.011 0.032 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 109 K 0.911 0.007 0.024 0.039 0.003 0.003 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 110 F 0.967 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.963 0.003 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.972 0.005 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.911 0.004 0.012 0.066 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.728 0.042 0.117 0.087 0.002 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 K 0.704 0.067 0.086 0.098 0.009 0.011 0.012 0.002 0.009 0.002 0.001 116 T 0.289 0.053 0.203 0.422 0.011 0.006 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 117 G 0.025 0.002 0.024 0.015 0.014 0.001 0.030 0.789 0.001 0.098 0.001 118 D 0.023 0.114 0.682 0.044 0.011 0.095 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 119 R 0.010 0.451 0.481 0.008 0.018 0.021 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 120 V 0.003 0.846 0.082 0.004 0.029 0.012 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 121 V 0.002 0.636 0.308 0.001 0.006 0.035 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 122 V 0.008 0.730 0.160 0.006 0.015 0.058 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 123 N 0.004 0.234 0.345 0.004 0.044 0.196 0.004 0.001 0.168 0.001 0.001 124 A 0.858 0.013 0.042 0.050 0.013 0.006 0.005 0.003 0.002 0.006 0.001 125 D 0.802 0.007 0.021 0.158 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 126 E 0.408 0.031 0.054 0.475 0.013 0.002 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 127 G 0.076 0.004 0.042 0.022 0.032 0.001 0.077 0.487 0.001 0.259 0.001 128 Y 0.332 0.160 0.270 0.129 0.038 0.043 0.009 0.003 0.009 0.003 0.003 129 V 0.163 0.502 0.174 0.058 0.063 0.017 0.006 0.002 0.013 0.003 0.001 130 E 0.133 0.473 0.242 0.018 0.055 0.038 0.007 0.001 0.033 0.001 0.001 131 L 0.320 0.231 0.329 0.021 0.009 0.059 0.003 0.001 0.024 0.001 0.002 132 I 0.433 0.282 0.155 0.055 0.024 0.025 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 133 E 0.336 0.167 0.312 0.050 0.033 0.047 0.022 0.004 0.025 0.002 0.002 134 L 0.339 0.212 0.273 0.087 0.032 0.020 0.009 0.002 0.023 0.002 0.001 135 E 0.445 0.108 0.248 0.076 0.029 0.037 0.027 0.007 0.017 0.005 0.002 136 H 0.353 0.174 0.169 0.202 0.027 0.036 0.010 0.002 0.025 0.002 0.001 137 H 0.301 0.142 0.189 0.228 0.037 0.043 0.022 0.005 0.027 0.005 0.001 138 H 0.264 0.139 0.214 0.202 0.040 0.052 0.038 0.006 0.037 0.005 0.001 139 H 0.294 0.141 0.216 0.239 0.023 0.036 0.019 0.006 0.022 0.002 0.001 140 H 0.167 0.186 0.287 0.204 0.042 0.032 0.033 0.016 0.026 0.008 0.001 141 H 0.129 0.177 0.301 0.078 0.104 0.021 0.053 0.055 0.018 0.064 0.001