# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.011 0.864 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.014 0.034 0.012 0.009 0.039 2 K 0.020 0.016 0.573 0.066 0.005 0.017 0.011 0.004 0.083 0.071 0.017 0.039 0.076 3 A 0.123 0.011 0.213 0.021 0.005 0.020 0.075 0.045 0.151 0.064 0.010 0.123 0.139 4 I 0.268 0.008 0.064 0.006 0.003 0.014 0.199 0.125 0.095 0.012 0.005 0.077 0.125 5 I 0.164 0.010 0.089 0.005 0.002 0.013 0.227 0.107 0.113 0.012 0.004 0.080 0.172 6 N 0.036 0.019 0.382 0.021 0.004 0.018 0.039 0.040 0.153 0.054 0.013 0.092 0.130 7 K 0.005 0.004 0.314 0.031 0.027 0.035 0.004 0.004 0.043 0.203 0.258 0.022 0.050 8 K 0.001 0.006 0.258 0.009 0.050 0.037 0.001 0.001 0.009 0.221 0.395 0.004 0.009 9 T 0.002 0.037 0.306 0.005 0.058 0.070 0.001 0.001 0.017 0.217 0.262 0.006 0.019 10 E 0.001 0.011 0.487 0.003 0.016 0.094 0.001 0.001 0.013 0.290 0.051 0.017 0.014 11 T 0.005 0.024 0.426 0.013 0.020 0.188 0.004 0.002 0.020 0.150 0.064 0.009 0.075 12 I 0.038 0.033 0.133 0.004 0.032 0.501 0.030 0.008 0.042 0.027 0.029 0.032 0.091 13 I 0.144 0.011 0.055 0.051 0.021 0.485 0.037 0.007 0.022 0.033 0.024 0.048 0.061 14 A 0.142 0.009 0.029 0.004 0.021 0.471 0.047 0.011 0.038 0.019 0.031 0.079 0.099 15 V 0.120 0.003 0.046 0.105 0.024 0.365 0.059 0.026 0.045 0.028 0.043 0.021 0.116 16 G 0.229 0.003 0.054 0.023 0.033 0.318 0.067 0.026 0.042 0.015 0.041 0.081 0.066 17 A 0.309 0.006 0.034 0.005 0.021 0.341 0.057 0.020 0.053 0.014 0.020 0.031 0.089 18 A 0.174 0.014 0.025 0.002 0.021 0.484 0.038 0.039 0.059 0.008 0.053 0.024 0.058 19 M 0.101 0.007 0.044 0.050 0.018 0.397 0.029 0.014 0.028 0.055 0.194 0.028 0.034 20 A 0.014 0.004 0.078 0.003 0.015 0.131 0.005 0.001 0.010 0.070 0.644 0.012 0.013 21 E 0.013 0.015 0.213 0.008 0.010 0.043 0.006 0.001 0.013 0.242 0.388 0.005 0.043 22 I 0.002 0.020 0.603 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.020 0.150 0.012 0.162 0.017 23 P 0.003 0.018 0.469 0.014 0.016 0.010 0.008 0.003 0.026 0.066 0.066 0.006 0.296 24 L 0.016 0.039 0.371 0.017 0.097 0.029 0.007 0.002 0.026 0.100 0.223 0.043 0.029 25 V 0.046 0.094 0.318 0.002 0.042 0.035 0.013 0.004 0.045 0.168 0.058 0.057 0.117 26 E 0.012 0.016 0.502 0.003 0.020 0.058 0.004 0.001 0.030 0.176 0.038 0.024 0.116 27 V 0.007 0.009 0.272 0.002 0.066 0.200 0.001 0.001 0.011 0.209 0.167 0.029 0.024 28 R 0.004 0.009 0.272 0.005 0.084 0.191 0.001 0.001 0.005 0.168 0.217 0.009 0.035 29 D 0.004 0.022 0.430 0.005 0.097 0.139 0.001 0.001 0.008 0.114 0.117 0.024 0.036 30 E 0.012 0.040 0.425 0.006 0.034 0.143 0.001 0.001 0.007 0.146 0.098 0.030 0.057 31 K 0.004 0.033 0.396 0.012 0.041 0.142 0.001 0.001 0.002 0.227 0.098 0.013 0.030 32 F 0.004 0.004 0.122 0.009 0.132 0.383 0.001 0.001 0.001 0.100 0.223 0.005 0.017 33 F 0.010 0.005 0.050 0.004 0.145 0.624 0.001 0.001 0.001 0.028 0.097 0.007 0.027 34 E 0.026 0.004 0.058 0.001 0.102 0.663 0.003 0.001 0.005 0.035 0.037 0.036 0.029 35 A 0.035 0.024 0.052 0.004 0.034 0.631 0.003 0.001 0.007 0.015 0.035 0.010 0.150 36 V 0.055 0.051 0.136 0.008 0.024 0.289 0.005 0.001 0.007 0.040 0.118 0.188 0.079 37 K 0.036 0.029 0.103 0.030 0.015 0.067 0.004 0.001 0.004 0.083 0.364 0.017 0.247 38 T 0.013 0.019 0.094 0.012 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.156 0.558 0.096 0.026 39 G 0.002 0.001 0.082 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.642 0.005 0.009 40 D 0.008 0.004 0.267 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.359 0.016 0.033 41 R 0.244 0.007 0.074 0.003 0.002 0.001 0.037 0.001 0.006 0.041 0.011 0.240 0.335 42 V 0.694 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.058 0.001 0.003 0.002 0.001 0.080 0.134 43 V 0.804 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.059 44 V 0.764 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.164 45 N 0.094 0.006 0.182 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.015 0.002 0.112 0.568 46 A 0.002 0.001 0.040 0.009 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.108 0.767 0.003 0.020 47 D 0.001 0.001 0.018 0.004 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.099 0.838 0.004 0.002 48 E 0.001 0.003 0.111 0.007 0.025 0.016 0.001 0.001 0.001 0.181 0.613 0.011 0.029 49 G 0.028 0.007 0.449 0.014 0.007 0.015 0.004 0.001 0.003 0.133 0.222 0.022 0.098 50 Y 0.234 0.043 0.081 0.003 0.003 0.008 0.105 0.001 0.007 0.012 0.005 0.196 0.303 51 V 0.302 0.012 0.016 0.016 0.002 0.006 0.133 0.001 0.007 0.005 0.001 0.023 0.476 52 E 0.104 0.002 0.024 0.034 0.001 0.005 0.092 0.001 0.013 0.005 0.001 0.678 0.040 53 L 0.065 0.006 0.099 0.005 0.001 0.004 0.085 0.001 0.019 0.007 0.003 0.024 0.681 54 I 0.022 0.017 0.526 0.021 0.007 0.009 0.033 0.001 0.016 0.022 0.016 0.137 0.173 55 E 0.001 0.004 0.930 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.004 0.042