# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74875 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.036 0.023 0.001 0.046 0.027 0.046 0.159 0.005 0.001 0.054 0.601 2 K 0.011 0.015 0.001 0.097 0.064 0.166 0.109 0.003 0.001 0.077 0.458 3 A 0.004 0.008 0.001 0.211 0.177 0.270 0.053 0.001 0.001 0.071 0.203 4 I 0.007 0.004 0.003 0.237 0.171 0.212 0.051 0.001 0.001 0.073 0.241 5 I 0.011 0.001 0.002 0.223 0.235 0.187 0.039 0.001 0.001 0.084 0.216 6 N 0.052 0.008 0.002 0.144 0.061 0.142 0.088 0.003 0.002 0.107 0.392 7 K 0.102 0.006 0.003 0.069 0.027 0.054 0.123 0.003 0.003 0.091 0.519 8 K 0.017 0.017 0.002 0.044 0.037 0.065 0.125 0.004 0.001 0.058 0.631 9 T 0.031 0.066 0.001 0.030 0.049 0.056 0.114 0.002 0.001 0.051 0.598 10 E 0.009 0.054 0.002 0.079 0.166 0.140 0.091 0.006 0.001 0.097 0.355 11 T 0.008 0.135 0.002 0.128 0.103 0.145 0.055 0.002 0.001 0.176 0.247 12 I 0.007 0.137 0.003 0.182 0.156 0.183 0.034 0.002 0.001 0.138 0.157 13 I 0.010 0.114 0.003 0.285 0.158 0.155 0.027 0.001 0.001 0.146 0.101 14 A 0.015 0.187 0.004 0.221 0.137 0.163 0.035 0.003 0.001 0.118 0.116 15 V 0.053 0.212 0.005 0.145 0.119 0.159 0.047 0.010 0.002 0.099 0.148 16 G 0.064 0.197 0.006 0.093 0.103 0.158 0.063 0.006 0.003 0.083 0.223 17 A 0.061 0.067 0.017 0.070 0.127 0.152 0.112 0.005 0.010 0.080 0.300 18 A 0.102 0.076 0.009 0.066 0.074 0.107 0.105 0.020 0.005 0.065 0.370 19 M 0.436 0.032 0.005 0.027 0.039 0.046 0.075 0.007 0.004 0.054 0.275 20 A 0.043 0.025 0.007 0.061 0.048 0.093 0.124 0.003 0.003 0.027 0.566 21 E 0.028 0.039 0.002 0.024 0.021 0.052 0.097 0.004 0.001 0.021 0.711 22 I 0.096 0.038 0.003 0.035 0.142 0.095 0.132 0.026 0.001 0.066 0.365 23 P 0.053 0.094 0.002 0.072 0.053 0.109 0.111 0.006 0.001 0.034 0.465 24 L 0.043 0.048 0.004 0.059 0.079 0.142 0.075 0.005 0.001 0.045 0.500 25 V 0.026 0.035 0.004 0.076 0.109 0.104 0.098 0.004 0.002 0.037 0.504 26 E 0.072 0.130 0.005 0.049 0.057 0.091 0.087 0.009 0.003 0.050 0.447 27 V 0.217 0.125 0.011 0.032 0.025 0.029 0.064 0.007 0.005 0.052 0.432 28 R 0.054 0.252 0.005 0.017 0.014 0.018 0.069 0.007 0.003 0.024 0.537 29 D 0.083 0.633 0.002 0.003 0.006 0.009 0.024 0.009 0.001 0.008 0.223 30 E 0.080 0.578 0.003 0.010 0.015 0.014 0.030 0.008 0.001 0.023 0.238 31 K 0.022 0.667 0.005 0.007 0.015 0.021 0.033 0.004 0.002 0.025 0.197 32 F 0.063 0.711 0.005 0.007 0.017 0.019 0.024 0.012 0.001 0.022 0.119 33 F 0.123 0.524 0.005 0.010 0.031 0.033 0.033 0.017 0.002 0.052 0.171 34 E 0.065 0.314 0.005 0.025 0.042 0.100 0.063 0.005 0.002 0.073 0.305 35 A 0.036 0.079 0.086 0.025 0.027 0.062 0.083 0.006 0.035 0.109 0.453 36 V 0.210 0.006 0.030 0.014 0.035 0.048 0.078 0.012 0.015 0.086 0.467 37 K 0.346 0.002 0.002 0.007 0.015 0.025 0.056 0.004 0.002 0.065 0.476 38 T 0.013 0.001 0.001 0.007 0.003 0.010 0.099 0.001 0.001 0.015 0.851 39 G 0.002 0.001 0.001 0.016 0.010 0.029 0.129 0.001 0.001 0.024 0.788 40 D 0.002 0.001 0.001 0.102 0.203 0.210 0.091 0.001 0.001 0.086 0.305 41 R 0.001 0.001 0.001 0.152 0.088 0.255 0.050 0.001 0.001 0.072 0.381 42 V 0.001 0.001 0.001 0.274 0.292 0.255 0.015 0.001 0.001 0.047 0.117 43 V 0.001 0.001 0.001 0.255 0.245 0.240 0.028 0.001 0.001 0.061 0.168 44 V 0.001 0.001 0.001 0.258 0.241 0.247 0.031 0.001 0.001 0.032 0.189 45 N 0.186 0.003 0.003 0.142 0.093 0.160 0.063 0.003 0.006 0.084 0.258 46 A 0.163 0.002 0.004 0.045 0.020 0.039 0.084 0.004 0.004 0.079 0.555 47 D 0.070 0.003 0.001 0.012 0.028 0.050 0.092 0.004 0.001 0.030 0.710 48 E 0.026 0.007 0.001 0.045 0.037 0.068 0.134 0.002 0.001 0.025 0.656 49 G 0.006 0.012 0.001 0.038 0.201 0.223 0.092 0.003 0.001 0.040 0.385 50 Y 0.007 0.011 0.001 0.063 0.306 0.276 0.046 0.003 0.001 0.052 0.234 51 V 0.009 0.012 0.002 0.075 0.202 0.209 0.054 0.001 0.001 0.030 0.404 52 E 0.011 0.007 0.001 0.092 0.321 0.400 0.024 0.002 0.001 0.047 0.094 53 L 0.020 0.008 0.002 0.098 0.103 0.200 0.065 0.002 0.001 0.061 0.438 54 I 0.058 0.014 0.005 0.115 0.177 0.176 0.072 0.006 0.004 0.057 0.315 55 E 0.097 0.015 0.004 0.047 0.053 0.077 0.107 0.006 0.003 0.042 0.549