# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74875 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.226 0.113 0.068 0.130 0.106 0.097 0.100 0.065 0.048 0.029 0.018 2 K 0.200 0.162 0.076 0.212 0.145 0.092 0.063 0.026 0.014 0.008 0.004 3 A 0.039 0.045 0.027 0.075 0.085 0.114 0.172 0.150 0.136 0.100 0.059 4 I 0.027 0.039 0.029 0.092 0.109 0.122 0.162 0.130 0.126 0.097 0.068 5 I 0.007 0.013 0.015 0.029 0.041 0.054 0.134 0.151 0.194 0.183 0.180 6 N 0.044 0.090 0.071 0.210 0.164 0.120 0.131 0.073 0.047 0.028 0.021 7 K 0.131 0.086 0.052 0.154 0.186 0.149 0.139 0.053 0.029 0.014 0.007 8 K 0.263 0.179 0.101 0.216 0.114 0.061 0.040 0.013 0.008 0.004 0.003 9 T 0.028 0.037 0.026 0.079 0.096 0.113 0.181 0.125 0.142 0.109 0.065 10 E 0.033 0.031 0.030 0.059 0.079 0.119 0.226 0.153 0.125 0.083 0.062 11 T 0.047 0.055 0.073 0.118 0.118 0.138 0.193 0.107 0.074 0.047 0.031 12 I 0.014 0.014 0.027 0.032 0.032 0.045 0.114 0.145 0.197 0.207 0.172 13 I 0.011 0.012 0.029 0.042 0.038 0.044 0.094 0.132 0.186 0.198 0.213 14 A 0.011 0.010 0.049 0.024 0.023 0.036 0.110 0.129 0.190 0.199 0.221 15 V 0.013 0.020 0.135 0.092 0.063 0.063 0.119 0.123 0.150 0.129 0.094 16 G 0.022 0.033 0.072 0.086 0.091 0.119 0.197 0.122 0.110 0.083 0.065 17 A 0.023 0.015 0.051 0.029 0.029 0.039 0.093 0.103 0.171 0.198 0.250 18 A 0.023 0.030 0.064 0.067 0.074 0.085 0.152 0.120 0.143 0.121 0.121 19 M 0.030 0.031 0.058 0.048 0.042 0.047 0.096 0.100 0.161 0.164 0.224 20 A 0.057 0.039 0.069 0.077 0.096 0.129 0.202 0.118 0.094 0.069 0.051 21 E 0.248 0.172 0.149 0.169 0.095 0.061 0.057 0.020 0.015 0.009 0.006 22 I 0.002 0.003 0.005 0.009 0.010 0.020 0.063 0.103 0.197 0.274 0.312 23 P 0.183 0.201 0.087 0.157 0.109 0.083 0.083 0.036 0.027 0.019 0.015 24 L 0.030 0.029 0.019 0.050 0.067 0.093 0.193 0.154 0.153 0.121 0.092 25 V 0.015 0.023 0.015 0.044 0.054 0.067 0.136 0.128 0.174 0.172 0.172 26 E 0.079 0.123 0.072 0.236 0.192 0.112 0.094 0.040 0.028 0.014 0.010 27 V 0.162 0.083 0.046 0.102 0.099 0.100 0.145 0.102 0.075 0.058 0.028 28 R 0.161 0.179 0.098 0.160 0.137 0.098 0.082 0.035 0.026 0.017 0.008 29 D 0.119 0.232 0.100 0.161 0.100 0.087 0.103 0.045 0.030 0.016 0.008 30 E 0.281 0.122 0.140 0.246 0.124 0.047 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 31 K 0.454 0.202 0.130 0.121 0.050 0.025 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 32 F 0.006 0.017 0.028 0.070 0.088 0.156 0.249 0.167 0.128 0.065 0.026 33 F 0.009 0.008 0.021 0.033 0.064 0.128 0.261 0.190 0.152 0.089 0.047 34 E 0.042 0.081 0.639 0.153 0.055 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 35 A 0.012 0.047 0.094 0.150 0.170 0.194 0.197 0.067 0.041 0.020 0.008 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.039 0.082 0.177 0.247 0.438 37 K 0.150 0.238 0.232 0.162 0.104 0.065 0.034 0.007 0.004 0.001 0.001 38 T 0.184 0.219 0.185 0.245 0.097 0.042 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 39 G 0.692 0.134 0.033 0.069 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 40 D 0.011 0.050 0.029 0.148 0.185 0.226 0.220 0.073 0.035 0.014 0.008 41 R 0.016 0.085 0.080 0.268 0.241 0.178 0.085 0.025 0.012 0.006 0.003 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.049 0.120 0.229 0.300 0.290 43 V 0.008 0.048 0.057 0.319 0.274 0.149 0.092 0.032 0.013 0.005 0.003 44 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.063 0.108 0.230 0.290 0.280 45 N 0.029 0.091 0.049 0.297 0.249 0.140 0.092 0.030 0.015 0.006 0.004 46 A 0.013 0.011 0.006 0.022 0.032 0.047 0.143 0.178 0.229 0.201 0.119 47 D 0.295 0.240 0.093 0.233 0.090 0.030 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 48 E 0.230 0.277 0.087 0.223 0.098 0.048 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 49 G 0.212 0.114 0.036 0.096 0.087 0.093 0.113 0.086 0.071 0.057 0.036 50 Y 0.025 0.087 0.046 0.243 0.222 0.178 0.124 0.040 0.022 0.009 0.004 51 V 0.006 0.008 0.010 0.018 0.026 0.047 0.140 0.168 0.245 0.195 0.136 52 E 0.035 0.094 0.135 0.372 0.211 0.086 0.042 0.015 0.006 0.002 0.001 53 L 0.026 0.032 0.024 0.059 0.070 0.094 0.182 0.169 0.157 0.122 0.066 54 I 0.019 0.033 0.057 0.119 0.132 0.133 0.143 0.108 0.123 0.082 0.050 55 E 0.116 0.157 0.093 0.201 0.163 0.102 0.094 0.040 0.022 0.009 0.003