# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74875 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 K 0.029 0.007 0.002 0.001 0.012 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.009 0.126 0.560 3 A 0.075 0.012 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.536 0.005 0.052 0.284 4 I 0.024 0.021 0.001 0.001 0.022 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.030 0.039 0.007 0.615 0.002 0.023 0.173 5 I 0.007 0.017 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.009 0.004 0.002 0.005 0.005 0.019 0.012 0.004 0.001 0.662 0.002 0.027 0.209 6 N 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.053 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.659 0.004 0.026 0.196 7 K 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.324 0.014 0.125 0.504 8 K 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.012 0.395 0.457 9 T 0.099 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.031 0.178 0.584 10 E 0.063 0.143 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.020 0.092 0.463 11 T 0.020 0.085 0.019 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.007 0.146 0.606 12 I 0.023 0.174 0.002 0.001 0.009 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.003 0.074 0.431 13 I 0.009 0.342 0.001 0.001 0.002 0.003 0.057 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.002 0.046 0.230 14 A 0.014 0.473 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.003 0.032 0.184 15 V 0.011 0.498 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.311 0.005 0.013 0.155 16 G 0.008 0.570 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.202 0.007 0.013 0.185 17 A 0.016 0.598 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.155 0.011 0.031 0.170 18 A 0.032 0.609 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.020 0.027 0.199 19 M 0.055 0.610 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.032 0.008 0.204 20 A 0.105 0.432 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.036 0.026 0.323 21 E 0.478 0.087 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.201 0.022 0.163 22 I 0.337 0.067 0.259 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.018 0.020 0.235 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 24 L 0.013 0.009 0.005 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.120 0.003 0.063 0.754 25 V 0.097 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.002 0.360 0.003 0.060 0.410 26 E 0.088 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 0.004 0.012 0.009 0.002 0.001 0.227 0.007 0.043 0.496 27 V 0.075 0.137 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.156 0.009 0.086 0.515 28 R 0.039 0.185 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.007 0.154 0.502 29 D 0.042 0.139 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.018 0.106 0.626 30 E 0.088 0.183 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.018 0.071 0.600 31 K 0.052 0.114 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.032 0.214 0.546 32 F 0.112 0.141 0.026 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.030 0.155 0.484 33 F 0.065 0.398 0.016 0.005 0.013 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.072 0.010 0.032 0.365 34 E 0.064 0.354 0.003 0.001 0.008 0.007 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.006 0.002 0.146 0.010 0.047 0.310 35 A 0.098 0.345 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.065 0.017 0.025 0.416 36 V 0.082 0.246 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.012 0.002 0.003 0.305 0.025 0.001 0.001 0.156 0.010 0.016 0.126 37 K 0.044 0.177 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.010 0.220 0.416 38 T 0.041 0.154 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.034 0.057 0.467 39 G 0.070 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.390 0.058 0.038 0.412 40 D 0.160 0.001 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.013 0.243 0.447 41 R 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.004 0.116 0.579 42 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.775 0.001 0.055 0.137 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.112 0.031 0.474 0.001 0.036 0.209 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.037 0.044 0.005 0.003 0.684 0.002 0.036 0.173 45 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.067 0.257 0.006 0.018 0.001 0.001 0.002 0.328 0.005 0.049 0.256 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.012 0.096 0.587 47 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.005 0.579 0.358 48 E 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.029 0.333 0.505 49 G 0.121 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.054 0.199 0.419 50 Y 0.098 0.029 0.066 0.005 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.018 0.285 0.291 51 V 0.013 0.039 0.002 0.003 0.056 0.108 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.434 0.002 0.039 0.296 52 E 0.003 0.011 0.001 0.001 0.016 0.065 0.676 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.139 0.001 0.013 0.043 53 L 0.025 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.007 0.380 0.007 0.056 0.434 54 I 0.014 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.006 0.004 0.003 0.759 0.006 0.022 0.129 55 E 0.016 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.003 0.010 0.006 0.004 0.003 0.273 0.011 0.064 0.532