# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74875 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.005 0.003 0.003 0.009 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.958 2 K 0.024 0.008 0.002 0.090 0.100 0.203 0.117 0.001 0.001 0.004 0.451 3 A 0.173 0.038 0.003 0.147 0.114 0.164 0.057 0.001 0.001 0.006 0.299 4 I 0.032 0.146 0.001 0.223 0.183 0.238 0.030 0.001 0.001 0.001 0.143 5 I 0.016 0.084 0.001 0.182 0.202 0.384 0.035 0.001 0.001 0.002 0.093 6 N 0.036 0.105 0.002 0.183 0.152 0.292 0.050 0.005 0.001 0.003 0.172 7 K 0.042 0.065 0.009 0.105 0.119 0.159 0.064 0.009 0.001 0.005 0.423 8 K 0.045 0.035 0.014 0.075 0.087 0.148 0.211 0.007 0.001 0.016 0.363 9 T 0.078 0.018 0.017 0.044 0.071 0.081 0.140 0.005 0.001 0.023 0.524 10 E 0.059 0.031 0.020 0.159 0.086 0.146 0.169 0.003 0.001 0.017 0.310 11 T 0.058 0.025 0.012 0.071 0.085 0.108 0.092 0.002 0.001 0.010 0.537 12 I 0.026 0.025 0.004 0.275 0.218 0.286 0.062 0.001 0.001 0.004 0.098 13 I 0.006 0.036 0.003 0.213 0.159 0.377 0.044 0.001 0.001 0.002 0.159 14 A 0.005 0.027 0.001 0.293 0.271 0.357 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 15 V 0.003 0.055 0.001 0.167 0.159 0.407 0.046 0.001 0.001 0.001 0.160 16 G 0.043 0.074 0.003 0.183 0.192 0.311 0.031 0.004 0.001 0.006 0.154 17 A 0.025 0.130 0.011 0.135 0.186 0.321 0.081 0.002 0.001 0.004 0.105 18 A 0.018 0.085 0.002 0.166 0.176 0.251 0.062 0.006 0.001 0.005 0.229 19 M 0.097 0.129 0.015 0.091 0.154 0.217 0.072 0.006 0.001 0.006 0.213 20 A 0.043 0.159 0.005 0.068 0.071 0.175 0.067 0.011 0.001 0.005 0.396 21 E 0.159 0.051 0.013 0.027 0.030 0.067 0.072 0.025 0.001 0.013 0.543 22 I 0.367 0.030 0.086 0.047 0.034 0.052 0.065 0.008 0.001 0.010 0.300 23 P 0.003 0.001 0.004 0.010 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.962 24 L 0.008 0.002 0.004 0.051 0.030 0.074 0.092 0.001 0.001 0.002 0.736 25 V 0.062 0.010 0.001 0.093 0.070 0.137 0.073 0.001 0.001 0.004 0.550 26 E 0.071 0.050 0.001 0.086 0.036 0.074 0.118 0.001 0.001 0.004 0.559 27 V 0.102 0.046 0.003 0.055 0.040 0.075 0.122 0.001 0.001 0.006 0.550 28 R 0.083 0.066 0.003 0.086 0.053 0.087 0.209 0.003 0.001 0.009 0.401 29 D 0.075 0.067 0.003 0.017 0.016 0.027 0.197 0.004 0.001 0.009 0.585 30 E 0.110 0.126 0.007 0.018 0.016 0.019 0.113 0.007 0.001 0.015 0.569 31 K 0.131 0.104 0.008 0.004 0.006 0.009 0.351 0.004 0.001 0.019 0.364 32 F 0.077 0.208 0.022 0.011 0.015 0.028 0.164 0.005 0.001 0.009 0.462 33 F 0.047 0.473 0.005 0.017 0.032 0.070 0.048 0.005 0.001 0.006 0.297 34 E 0.071 0.409 0.003 0.008 0.059 0.083 0.056 0.009 0.001 0.005 0.296 35 A 0.159 0.481 0.003 0.005 0.049 0.043 0.010 0.016 0.001 0.001 0.232 36 V 0.130 0.562 0.005 0.019 0.089 0.086 0.012 0.023 0.001 0.003 0.070 37 K 0.055 0.407 0.007 0.013 0.097 0.109 0.073 0.023 0.001 0.005 0.211 38 T 0.128 0.174 0.005 0.015 0.041 0.063 0.112 0.072 0.001 0.011 0.379 39 G 0.621 0.030 0.026 0.013 0.010 0.012 0.082 0.037 0.001 0.046 0.123 40 D 0.280 0.004 0.158 0.032 0.025 0.011 0.208 0.006 0.001 0.033 0.242 41 R 0.017 0.001 0.226 0.086 0.046 0.051 0.127 0.001 0.001 0.007 0.440 42 V 0.002 0.001 0.003 0.337 0.265 0.314 0.044 0.001 0.001 0.001 0.033 43 V 0.001 0.001 0.001 0.259 0.255 0.304 0.037 0.001 0.001 0.001 0.142 44 V 0.001 0.001 0.001 0.326 0.236 0.333 0.013 0.001 0.001 0.001 0.092 45 N 0.001 0.001 0.001 0.270 0.237 0.351 0.043 0.001 0.001 0.001 0.097 46 A 0.002 0.001 0.001 0.216 0.103 0.172 0.069 0.001 0.001 0.005 0.432 47 D 0.003 0.001 0.001 0.088 0.076 0.126 0.418 0.001 0.001 0.013 0.275 48 E 0.114 0.003 0.001 0.039 0.016 0.029 0.220 0.001 0.001 0.092 0.485 49 G 0.241 0.015 0.004 0.028 0.041 0.032 0.331 0.001 0.001 0.075 0.231 50 Y 0.117 0.022 0.020 0.034 0.056 0.080 0.322 0.001 0.001 0.031 0.317 51 V 0.014 0.037 0.009 0.051 0.179 0.275 0.086 0.001 0.001 0.003 0.346 52 E 0.004 0.020 0.001 0.063 0.269 0.496 0.050 0.001 0.001 0.002 0.095 53 L 0.014 0.055 0.002 0.021 0.126 0.335 0.044 0.001 0.001 0.002 0.401 54 I 0.016 0.062 0.002 0.077 0.268 0.465 0.025 0.001 0.001 0.002 0.083 55 E 0.015 0.074 0.002 0.040 0.107 0.280 0.052 0.003 0.001 0.003 0.425