# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.225 0.151 0.051 0.013 0.314 0.011 0.014 0.047 0.043 0.065 0.065 2 K 0.170 0.154 0.060 0.028 0.347 0.019 0.026 0.065 0.041 0.041 0.049 3 A 0.176 0.201 0.051 0.010 0.473 0.005 0.005 0.027 0.012 0.013 0.027 4 I 0.199 0.128 0.017 0.002 0.596 0.002 0.004 0.021 0.006 0.005 0.020 5 I 0.246 0.154 0.021 0.004 0.452 0.008 0.010 0.033 0.013 0.015 0.044 6 N 0.279 0.128 0.037 0.021 0.311 0.015 0.016 0.042 0.025 0.036 0.089 7 K 0.034 0.106 0.075 0.067 0.076 0.047 0.044 0.277 0.170 0.081 0.023 8 K 0.026 0.058 0.051 0.019 0.040 0.021 0.102 0.372 0.183 0.109 0.019 9 T 0.049 0.078 0.058 0.021 0.072 0.012 0.026 0.319 0.192 0.128 0.045 10 E 0.016 0.219 0.083 0.009 0.083 0.006 0.033 0.391 0.136 0.020 0.006 11 T 0.045 0.064 0.025 0.005 0.127 0.003 0.021 0.533 0.151 0.017 0.008 12 I 0.062 0.034 0.003 0.001 0.143 0.002 0.033 0.641 0.068 0.004 0.008 13 I 0.049 0.035 0.004 0.003 0.143 0.011 0.070 0.589 0.072 0.013 0.010 14 A 0.198 0.020 0.007 0.002 0.195 0.004 0.023 0.424 0.062 0.027 0.039 15 V 0.043 0.019 0.009 0.028 0.051 0.074 0.143 0.457 0.096 0.063 0.018 16 G 0.054 0.114 0.050 0.020 0.161 0.008 0.025 0.285 0.130 0.116 0.039 17 A 0.059 0.117 0.037 0.012 0.184 0.024 0.083 0.320 0.112 0.039 0.015 18 A 0.086 0.082 0.019 0.006 0.219 0.013 0.133 0.313 0.083 0.027 0.020 19 M 0.090 0.026 0.008 0.031 0.063 0.142 0.218 0.172 0.088 0.112 0.050 20 A 0.015 0.342 0.142 0.127 0.128 0.030 0.031 0.089 0.053 0.037 0.007 21 E 0.045 0.009 0.006 0.009 0.023 0.006 0.012 0.021 0.062 0.711 0.095 22 I 0.014 0.390 0.459 0.020 0.099 0.002 0.003 0.003 0.003 0.004 0.003 23 P 0.048 0.552 0.144 0.003 0.204 0.002 0.005 0.016 0.006 0.007 0.015 24 L 0.140 0.213 0.075 0.006 0.285 0.009 0.026 0.116 0.069 0.032 0.029 25 V 0.108 0.172 0.093 0.027 0.229 0.052 0.044 0.159 0.049 0.034 0.034 26 E 0.059 0.087 0.036 0.026 0.116 0.046 0.128 0.247 0.118 0.103 0.035 27 V 0.058 0.093 0.090 0.022 0.088 0.008 0.018 0.168 0.170 0.232 0.054 28 R 0.036 0.248 0.085 0.021 0.114 0.020 0.038 0.224 0.130 0.067 0.019 29 D 0.128 0.145 0.049 0.008 0.272 0.009 0.037 0.184 0.078 0.057 0.032 30 E 0.033 0.084 0.036 0.026 0.056 0.038 0.115 0.293 0.163 0.127 0.031 31 K 0.100 0.166 0.058 0.009 0.292 0.006 0.016 0.205 0.073 0.047 0.027 32 F 0.036 0.038 0.009 0.003 0.045 0.006 0.019 0.540 0.228 0.061 0.015 33 F 0.091 0.024 0.011 0.008 0.099 0.011 0.024 0.387 0.201 0.106 0.038 34 E 0.058 0.102 0.027 0.008 0.102 0.013 0.033 0.478 0.133 0.026 0.020 35 A 0.097 0.109 0.011 0.002 0.302 0.004 0.030 0.274 0.059 0.089 0.023 36 V 0.241 0.182 0.042 0.009 0.224 0.016 0.025 0.143 0.044 0.028 0.045 37 K 0.028 0.030 0.222 0.259 0.033 0.109 0.047 0.176 0.048 0.033 0.016 38 T 0.002 0.311 0.210 0.234 0.017 0.054 0.075 0.077 0.015 0.005 0.001 39 G 0.008 0.004 0.003 0.008 0.004 0.004 0.005 0.020 0.040 0.728 0.177 40 D 0.033 0.478 0.086 0.014 0.276 0.013 0.024 0.013 0.013 0.040 0.010 41 R 0.269 0.059 0.008 0.001 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 42 V 0.187 0.148 0.007 0.001 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 43 V 0.341 0.048 0.004 0.001 0.555 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 44 V 0.086 0.391 0.053 0.005 0.420 0.008 0.004 0.003 0.001 0.005 0.025 45 N 0.307 0.078 0.026 0.005 0.538 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.036 46 A 0.015 0.032 0.055 0.047 0.015 0.066 0.095 0.406 0.227 0.036 0.005 47 D 0.001 0.009 0.025 0.047 0.002 0.065 0.364 0.340 0.101 0.044 0.002 48 E 0.013 0.669 0.150 0.015 0.086 0.005 0.005 0.016 0.013 0.020 0.008 49 G 0.060 0.038 0.052 0.064 0.071 0.011 0.008 0.024 0.019 0.213 0.440 50 Y 0.105 0.389 0.034 0.002 0.414 0.004 0.007 0.024 0.005 0.009 0.007 51 V 0.397 0.070 0.007 0.002 0.469 0.002 0.003 0.008 0.002 0.002 0.039 52 E 0.205 0.202 0.054 0.015 0.448 0.016 0.010 0.028 0.006 0.002 0.014 53 L 0.304 0.129 0.034 0.005 0.340 0.006 0.010 0.052 0.017 0.019 0.083 54 I 0.130 0.179 0.055 0.025 0.228 0.028 0.033 0.131 0.070 0.057 0.065 55 E 0.090 0.160 0.095 0.044 0.169 0.033 0.059 0.146 0.089 0.076 0.038