# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.155 0.215 0.195 0.216 0.149 0.061 0.008 2 K 0.067 0.135 0.182 0.260 0.237 0.104 0.015 3 A 0.061 0.079 0.108 0.183 0.234 0.263 0.073 4 I 0.033 0.034 0.046 0.096 0.191 0.404 0.196 5 I 0.023 0.036 0.065 0.138 0.264 0.355 0.119 6 N 0.045 0.094 0.160 0.263 0.245 0.152 0.041 7 K 0.162 0.218 0.206 0.221 0.131 0.049 0.012 8 K 0.305 0.306 0.185 0.108 0.054 0.030 0.011 9 T 0.134 0.180 0.180 0.216 0.175 0.095 0.019 10 E 0.108 0.184 0.175 0.218 0.180 0.111 0.025 11 T 0.098 0.102 0.124 0.177 0.211 0.221 0.067 12 I 0.063 0.057 0.085 0.126 0.238 0.299 0.132 13 I 0.132 0.103 0.094 0.115 0.159 0.229 0.168 14 A 0.050 0.043 0.051 0.125 0.153 0.217 0.361 15 V 0.047 0.052 0.051 0.069 0.095 0.251 0.435 16 G 0.041 0.043 0.054 0.111 0.132 0.269 0.351 17 A 0.052 0.040 0.055 0.098 0.197 0.298 0.261 18 A 0.060 0.041 0.072 0.105 0.209 0.343 0.170 19 M 0.072 0.062 0.106 0.176 0.213 0.265 0.106 20 A 0.055 0.090 0.138 0.204 0.270 0.202 0.042 21 E 0.080 0.176 0.229 0.279 0.148 0.078 0.010 22 I 0.088 0.099 0.121 0.210 0.285 0.177 0.021 23 P 0.113 0.184 0.231 0.228 0.160 0.075 0.009 24 L 0.043 0.049 0.087 0.198 0.300 0.281 0.041 25 V 0.053 0.051 0.100 0.208 0.336 0.230 0.022 26 E 0.079 0.154 0.204 0.261 0.206 0.088 0.008 27 V 0.194 0.246 0.265 0.176 0.091 0.028 0.002 28 R 0.215 0.210 0.202 0.235 0.112 0.024 0.001 29 D 0.465 0.300 0.145 0.065 0.020 0.005 0.001 30 E 0.655 0.214 0.082 0.035 0.012 0.003 0.001 31 K 0.615 0.258 0.089 0.028 0.008 0.002 0.001 32 F 0.153 0.216 0.227 0.237 0.135 0.031 0.001 33 F 0.081 0.119 0.199 0.284 0.236 0.078 0.003 34 E 0.175 0.390 0.244 0.144 0.039 0.007 0.001 35 A 0.090 0.255 0.301 0.242 0.092 0.019 0.001 36 V 0.038 0.061 0.111 0.271 0.355 0.158 0.007 37 K 0.157 0.333 0.260 0.176 0.060 0.013 0.001 38 T 0.301 0.355 0.213 0.103 0.024 0.003 0.001 39 G 0.202 0.330 0.230 0.160 0.063 0.014 0.001 40 D 0.135 0.342 0.281 0.169 0.060 0.013 0.001 41 R 0.095 0.375 0.307 0.165 0.050 0.008 0.001 42 V 0.002 0.011 0.044 0.189 0.450 0.293 0.012 43 V 0.016 0.148 0.348 0.336 0.129 0.022 0.001 44 V 0.013 0.033 0.078 0.246 0.399 0.220 0.011 45 N 0.144 0.428 0.280 0.121 0.025 0.003 0.001 46 A 0.110 0.194 0.249 0.292 0.134 0.020 0.001 47 D 0.537 0.378 0.071 0.013 0.001 0.001 0.001 48 E 0.366 0.448 0.149 0.033 0.004 0.001 0.001 49 G 0.029 0.103 0.238 0.368 0.225 0.036 0.001 50 Y 0.063 0.277 0.305 0.229 0.107 0.018 0.001 51 V 0.032 0.036 0.093 0.229 0.370 0.228 0.012 52 E 0.105 0.351 0.318 0.179 0.041 0.006 0.001 53 L 0.119 0.167 0.257 0.299 0.134 0.023 0.001 54 I 0.265 0.262 0.204 0.171 0.084 0.014 0.001 55 E 0.651 0.271 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001