# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.004 0.905 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.048 0.007 0.003 0.018 2 K 0.011 0.027 0.602 0.016 0.033 0.044 0.006 0.002 0.037 0.053 0.028 0.060 0.082 3 A 0.097 0.016 0.181 0.043 0.037 0.065 0.042 0.022 0.065 0.076 0.018 0.084 0.256 4 I 0.202 0.013 0.080 0.008 0.019 0.065 0.104 0.046 0.104 0.013 0.009 0.191 0.146 5 I 0.157 0.014 0.102 0.020 0.012 0.072 0.092 0.038 0.072 0.029 0.017 0.179 0.197 6 N 0.085 0.010 0.264 0.050 0.011 0.047 0.020 0.008 0.059 0.083 0.053 0.116 0.195 7 K 0.025 0.006 0.272 0.021 0.041 0.091 0.006 0.003 0.028 0.145 0.231 0.048 0.084 8 K 0.005 0.008 0.293 0.006 0.046 0.106 0.002 0.001 0.017 0.221 0.241 0.026 0.029 9 T 0.005 0.014 0.425 0.008 0.036 0.122 0.003 0.001 0.025 0.175 0.110 0.009 0.065 10 E 0.008 0.009 0.301 0.007 0.027 0.244 0.003 0.002 0.023 0.244 0.036 0.071 0.026 11 T 0.021 0.012 0.256 0.007 0.023 0.388 0.008 0.006 0.037 0.042 0.031 0.023 0.147 12 I 0.051 0.012 0.086 0.009 0.013 0.531 0.027 0.030 0.088 0.015 0.015 0.046 0.076 13 I 0.106 0.010 0.094 0.032 0.008 0.413 0.041 0.034 0.073 0.038 0.018 0.066 0.066 14 A 0.154 0.005 0.053 0.009 0.010 0.386 0.062 0.033 0.075 0.019 0.031 0.046 0.117 15 V 0.070 0.005 0.042 0.040 0.018 0.570 0.022 0.019 0.027 0.022 0.074 0.053 0.038 16 G 0.061 0.003 0.081 0.039 0.032 0.495 0.010 0.005 0.016 0.075 0.111 0.033 0.039 17 A 0.059 0.009 0.096 0.002 0.074 0.504 0.012 0.003 0.016 0.029 0.067 0.036 0.092 18 A 0.130 0.033 0.095 0.003 0.089 0.332 0.027 0.017 0.025 0.023 0.062 0.080 0.085 19 M 0.178 0.016 0.089 0.010 0.167 0.149 0.016 0.013 0.011 0.028 0.103 0.027 0.194 20 A 0.065 0.002 0.169 0.052 0.130 0.096 0.005 0.004 0.005 0.099 0.261 0.072 0.041 21 E 0.047 0.004 0.161 0.014 0.095 0.050 0.006 0.001 0.005 0.197 0.333 0.024 0.063 22 I 0.006 0.007 0.517 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.339 0.006 0.064 0.042 23 P 0.003 0.022 0.832 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.018 0.008 0.018 0.078 24 L 0.084 0.031 0.216 0.012 0.069 0.052 0.022 0.009 0.074 0.049 0.054 0.052 0.276 25 V 0.154 0.007 0.110 0.075 0.108 0.053 0.034 0.010 0.061 0.053 0.035 0.157 0.142 26 E 0.116 0.009 0.083 0.016 0.076 0.065 0.024 0.005 0.059 0.046 0.026 0.264 0.209 27 V 0.035 0.025 0.200 0.011 0.036 0.117 0.011 0.004 0.074 0.055 0.045 0.036 0.352 28 R 0.020 0.024 0.326 0.030 0.017 0.138 0.005 0.003 0.027 0.084 0.112 0.155 0.061 29 D 0.005 0.005 0.365 0.006 0.032 0.203 0.001 0.001 0.007 0.125 0.168 0.008 0.074 30 E 0.004 0.001 0.116 0.006 0.097 0.346 0.001 0.001 0.002 0.197 0.204 0.019 0.008 31 K 0.013 0.016 0.160 0.003 0.123 0.320 0.003 0.001 0.007 0.106 0.134 0.039 0.074 32 F 0.034 0.015 0.096 0.008 0.111 0.475 0.004 0.002 0.010 0.041 0.069 0.032 0.104 33 F 0.046 0.017 0.140 0.098 0.079 0.371 0.004 0.001 0.007 0.038 0.029 0.054 0.114 34 E 0.066 0.005 0.092 0.025 0.080 0.335 0.007 0.001 0.015 0.042 0.025 0.182 0.124 35 A 0.086 0.019 0.064 0.007 0.046 0.427 0.013 0.005 0.023 0.026 0.029 0.029 0.228 36 V 0.068 0.026 0.202 0.015 0.024 0.322 0.014 0.012 0.024 0.040 0.036 0.089 0.129 37 K 0.033 0.025 0.221 0.023 0.018 0.203 0.009 0.004 0.018 0.084 0.201 0.074 0.085 38 T 0.001 0.002 0.051 0.011 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.104 0.789 0.006 0.004 39 G 0.001 0.001 0.160 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.605 0.002 0.004 40 D 0.008 0.005 0.569 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.038 0.236 0.015 0.079 0.039 41 R 0.086 0.015 0.096 0.004 0.001 0.001 0.049 0.007 0.149 0.018 0.002 0.034 0.538 42 V 0.278 0.002 0.041 0.008 0.001 0.001 0.131 0.014 0.091 0.005 0.001 0.362 0.067 43 V 0.373 0.005 0.026 0.004 0.001 0.001 0.130 0.005 0.055 0.001 0.001 0.081 0.320 44 V 0.273 0.012 0.078 0.015 0.001 0.001 0.094 0.003 0.053 0.005 0.001 0.200 0.265 45 N 0.045 0.011 0.338 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 0.022 0.004 0.146 0.380 46 A 0.012 0.005 0.202 0.027 0.042 0.009 0.001 0.001 0.003 0.138 0.423 0.014 0.123 47 D 0.007 0.004 0.069 0.008 0.087 0.009 0.001 0.001 0.002 0.294 0.458 0.047 0.013 48 E 0.005 0.003 0.053 0.021 0.098 0.015 0.001 0.001 0.001 0.202 0.552 0.014 0.034 49 G 0.061 0.005 0.214 0.027 0.029 0.014 0.005 0.001 0.006 0.110 0.369 0.042 0.118 50 Y 0.371 0.012 0.048 0.003 0.001 0.003 0.046 0.001 0.007 0.011 0.005 0.239 0.253 51 V 0.472 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.040 0.001 0.005 0.005 0.001 0.124 0.334 52 E 0.313 0.003 0.041 0.016 0.001 0.002 0.044 0.001 0.011 0.003 0.001 0.402 0.163 53 L 0.074 0.009 0.099 0.010 0.002 0.003 0.021 0.001 0.009 0.006 0.002 0.051 0.714 54 I 0.032 0.005 0.530 0.114 0.003 0.005 0.007 0.001 0.012 0.027 0.010 0.125 0.129 55 E 0.005 0.004 0.800 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.022 0.006 0.025 0.120