# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.047 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.053 0.107 0.644 2 K 0.045 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.229 0.099 0.085 0.480 3 A 0.026 0.029 0.006 0.001 0.004 0.002 0.003 0.008 0.010 0.007 0.010 0.017 0.011 0.020 0.024 0.016 0.303 0.061 0.062 0.382 4 I 0.021 0.018 0.001 0.001 0.005 0.017 0.294 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 0.008 0.004 0.227 0.056 0.053 0.261 5 I 0.018 0.008 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.014 0.007 0.345 0.062 0.059 0.459 6 N 0.069 0.068 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.370 0.051 0.385 7 K 0.077 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.023 0.084 0.757 8 K 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.081 0.821 9 T 0.016 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.050 0.132 0.665 10 E 0.009 0.169 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.267 0.068 0.092 0.378 11 T 0.011 0.199 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.205 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.188 0.060 0.045 0.274 12 I 0.006 0.118 0.009 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 0.582 0.042 0.036 0.179 13 I 0.005 0.120 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.215 0.004 0.491 0.019 0.020 0.106 14 A 0.029 0.280 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 0.444 0.035 0.020 0.140 15 V 0.018 0.389 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.044 0.031 0.178 16 G 0.044 0.267 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.066 0.042 0.231 17 A 0.085 0.065 0.063 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.138 0.057 0.236 18 A 0.248 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.101 0.064 0.289 19 M 0.428 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.044 0.067 0.291 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.179 0.015 0.151 0.648 21 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.019 0.103 0.805 22 I 0.086 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.054 0.157 0.503 23 P 0.085 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.032 0.107 0.622 24 L 0.103 0.123 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.106 0.047 0.408 25 V 0.043 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.052 0.080 0.658 26 E 0.083 0.118 0.003 0.001 0.008 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.059 0.054 0.495 27 V 0.065 0.079 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.046 0.083 0.659 28 R 0.085 0.063 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.058 0.085 0.653 29 D 0.083 0.285 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.045 0.043 0.524 30 E 0.070 0.322 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.030 0.042 0.516 31 K 0.067 0.422 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.039 0.047 0.384 32 F 0.134 0.419 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.061 0.040 0.307 33 F 0.119 0.413 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.067 0.050 0.307 34 E 0.083 0.078 0.012 0.004 0.003 0.024 0.012 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.058 0.196 0.091 0.420 35 A 0.030 0.020 0.023 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.176 0.105 0.590 36 V 0.231 0.001 0.005 0.004 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.111 0.092 0.375 37 K 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.032 0.088 0.691 38 T 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.098 0.834 39 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.024 0.152 0.741 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.669 0.075 0.042 0.198 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.385 0.095 0.063 0.427 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.896 0.022 0.008 0.053 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.065 0.381 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.007 0.002 0.253 0.047 0.024 0.144 44 V 0.002 0.001 0.001 0.005 0.042 0.138 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.499 0.048 0.031 0.224 45 N 0.070 0.008 0.015 0.004 0.097 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.216 0.062 0.410 46 A 0.119 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.027 0.115 0.639 47 D 0.072 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.047 0.115 0.648 48 E 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.036 0.168 0.695 49 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.473 0.049 0.064 0.326 50 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.042 0.571 0.018 0.019 0.003 0.001 0.001 0.132 0.033 0.014 0.118 51 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.043 0.048 0.004 0.003 0.523 0.023 0.032 0.296 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.107 0.601 0.018 0.170 0.007 0.003 0.041 53 L 0.014 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.063 0.239 0.047 0.048 0.555 54 I 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.029 0.044 0.419 55 E 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.018 0.083 0.817