# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.451 0.161 0.064 0.113 0.068 0.048 0.041 0.021 0.017 0.010 0.007 2 K 0.306 0.168 0.059 0.172 0.126 0.077 0.053 0.019 0.011 0.006 0.003 3 A 0.043 0.073 0.033 0.103 0.104 0.113 0.142 0.111 0.120 0.092 0.067 4 I 0.036 0.090 0.048 0.189 0.157 0.133 0.132 0.076 0.062 0.043 0.033 5 I 0.017 0.022 0.018 0.048 0.063 0.080 0.142 0.144 0.176 0.153 0.138 6 N 0.047 0.110 0.081 0.253 0.151 0.100 0.102 0.055 0.047 0.029 0.025 7 K 0.166 0.099 0.049 0.174 0.152 0.116 0.114 0.056 0.040 0.022 0.012 8 K 0.355 0.220 0.074 0.181 0.085 0.044 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 9 T 0.100 0.161 0.075 0.166 0.120 0.097 0.104 0.058 0.057 0.038 0.024 10 E 0.075 0.098 0.060 0.136 0.131 0.137 0.159 0.082 0.065 0.036 0.022 11 T 0.073 0.094 0.054 0.165 0.176 0.167 0.156 0.058 0.034 0.016 0.008 12 I 0.019 0.025 0.029 0.062 0.055 0.070 0.151 0.140 0.174 0.161 0.114 13 I 0.024 0.025 0.046 0.069 0.065 0.076 0.138 0.122 0.156 0.145 0.135 14 A 0.017 0.020 0.069 0.049 0.039 0.048 0.116 0.114 0.176 0.178 0.174 15 V 0.010 0.028 0.104 0.104 0.069 0.077 0.164 0.123 0.140 0.112 0.069 16 G 0.019 0.030 0.072 0.090 0.076 0.105 0.185 0.117 0.123 0.106 0.077 17 A 0.019 0.016 0.059 0.036 0.028 0.039 0.098 0.106 0.163 0.203 0.233 18 A 0.016 0.034 0.102 0.087 0.065 0.079 0.156 0.109 0.131 0.116 0.104 19 M 0.018 0.047 0.104 0.071 0.037 0.043 0.097 0.092 0.152 0.162 0.178 20 A 0.052 0.055 0.088 0.089 0.090 0.119 0.191 0.109 0.095 0.066 0.046 21 E 0.197 0.194 0.184 0.197 0.099 0.054 0.042 0.014 0.010 0.005 0.003 22 I 0.005 0.005 0.007 0.014 0.015 0.026 0.096 0.124 0.214 0.245 0.250 23 P 0.144 0.228 0.118 0.183 0.118 0.088 0.066 0.024 0.017 0.009 0.006 24 L 0.021 0.033 0.026 0.051 0.051 0.066 0.147 0.140 0.179 0.147 0.138 25 V 0.016 0.029 0.018 0.052 0.067 0.088 0.157 0.131 0.171 0.137 0.133 26 E 0.064 0.117 0.079 0.299 0.195 0.106 0.078 0.029 0.019 0.008 0.005 27 V 0.043 0.038 0.032 0.070 0.087 0.115 0.199 0.149 0.130 0.086 0.053 28 R 0.050 0.120 0.077 0.174 0.149 0.137 0.128 0.065 0.054 0.031 0.016 29 D 0.126 0.202 0.093 0.192 0.134 0.100 0.088 0.031 0.019 0.010 0.005 30 E 0.402 0.154 0.143 0.189 0.071 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 31 K 0.314 0.224 0.104 0.171 0.091 0.050 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 32 F 0.008 0.018 0.016 0.045 0.069 0.130 0.228 0.174 0.161 0.096 0.053 33 F 0.008 0.010 0.019 0.038 0.076 0.142 0.258 0.167 0.142 0.087 0.052 34 E 0.093 0.145 0.511 0.166 0.053 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 35 A 0.006 0.021 0.039 0.109 0.130 0.201 0.262 0.105 0.073 0.037 0.017 36 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.043 0.088 0.184 0.249 0.413 37 K 0.073 0.187 0.230 0.202 0.140 0.089 0.054 0.013 0.007 0.003 0.002 38 T 0.115 0.168 0.179 0.294 0.132 0.065 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 39 G 0.531 0.132 0.036 0.103 0.064 0.043 0.036 0.017 0.015 0.012 0.012 40 D 0.012 0.056 0.032 0.167 0.201 0.189 0.197 0.079 0.041 0.017 0.009 41 R 0.007 0.041 0.034 0.187 0.216 0.208 0.165 0.065 0.041 0.024 0.013 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.056 0.109 0.213 0.280 0.323 43 V 0.007 0.031 0.040 0.249 0.238 0.163 0.154 0.061 0.034 0.015 0.009 44 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.046 0.097 0.219 0.293 0.323 45 N 0.030 0.097 0.043 0.313 0.261 0.138 0.076 0.024 0.013 0.004 0.002 46 A 0.025 0.024 0.011 0.044 0.055 0.091 0.190 0.175 0.180 0.129 0.077 47 D 0.319 0.285 0.089 0.202 0.069 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 48 E 0.212 0.235 0.089 0.241 0.123 0.055 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 49 G 0.208 0.135 0.041 0.134 0.115 0.107 0.108 0.062 0.048 0.028 0.014 50 Y 0.019 0.060 0.047 0.217 0.227 0.190 0.142 0.051 0.029 0.012 0.006 51 V 0.003 0.005 0.007 0.014 0.022 0.041 0.125 0.147 0.227 0.225 0.184 52 E 0.028 0.134 0.177 0.389 0.180 0.059 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 53 L 0.015 0.018 0.015 0.030 0.031 0.046 0.131 0.152 0.216 0.197 0.148 54 I 0.048 0.086 0.064 0.191 0.195 0.153 0.126 0.059 0.043 0.023 0.013 55 E 0.369 0.212 0.115 0.148 0.067 0.038 0.029 0.010 0.007 0.003 0.001