# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 2 K 0.036 0.003 0.002 0.001 0.011 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.011 0.102 0.578 3 A 0.042 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.397 0.005 0.069 0.454 4 I 0.014 0.005 0.001 0.001 0.059 0.007 0.014 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.090 0.023 0.534 0.002 0.021 0.183 5 I 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.004 0.027 0.029 0.009 0.003 0.593 0.002 0.034 0.267 6 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.162 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.569 0.003 0.023 0.198 7 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.333 0.012 0.118 0.498 8 K 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.009 0.433 0.455 9 T 0.102 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.031 0.244 0.540 10 E 0.091 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.029 0.074 0.440 11 T 0.018 0.051 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.007 0.262 0.543 12 I 0.034 0.095 0.003 0.002 0.014 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.004 0.108 0.486 13 I 0.010 0.254 0.001 0.001 0.002 0.012 0.164 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.002 0.052 0.231 14 A 0.015 0.371 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.004 0.041 0.233 15 V 0.014 0.406 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.357 0.005 0.019 0.191 16 G 0.009 0.498 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.234 0.008 0.018 0.218 17 A 0.020 0.522 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.175 0.012 0.041 0.212 18 A 0.039 0.579 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.018 0.034 0.214 19 M 0.064 0.614 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.027 0.008 0.203 20 A 0.118 0.451 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.030 0.026 0.305 21 E 0.485 0.108 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.186 0.019 0.157 22 I 0.379 0.094 0.210 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.018 0.015 0.229 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 24 L 0.016 0.015 0.006 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.120 0.003 0.056 0.760 25 V 0.126 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.290 0.003 0.058 0.431 26 E 0.125 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.002 0.020 0.010 0.003 0.001 0.221 0.007 0.032 0.399 27 V 0.084 0.267 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.008 0.062 0.449 28 R 0.046 0.405 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.006 0.083 0.327 29 D 0.040 0.314 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.020 0.068 0.485 30 E 0.080 0.292 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.063 0.499 31 K 0.097 0.135 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.056 0.178 0.481 32 F 0.103 0.160 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.028 0.116 0.486 33 F 0.058 0.290 0.030 0.008 0.026 0.004 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.103 0.008 0.038 0.413 34 E 0.076 0.264 0.002 0.001 0.007 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.007 0.002 0.165 0.009 0.058 0.361 35 A 0.113 0.272 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.080 0.016 0.036 0.458 36 V 0.092 0.215 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.018 0.003 0.003 0.255 0.019 0.002 0.001 0.213 0.008 0.020 0.136 37 K 0.043 0.149 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.008 0.224 0.423 38 T 0.038 0.140 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.035 0.061 0.521 39 G 0.085 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.383 0.065 0.038 0.401 40 D 0.180 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.015 0.262 0.428 41 R 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.004 0.115 0.532 42 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.770 0.001 0.056 0.130 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.037 0.314 0.050 0.344 0.001 0.030 0.166 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.046 0.084 0.004 0.002 0.655 0.002 0.032 0.147 45 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.081 0.540 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.159 0.003 0.028 0.150 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.013 0.105 0.543 47 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.554 0.366 48 E 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.035 0.312 0.465 49 G 0.104 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.065 0.213 0.400 50 Y 0.085 0.008 0.123 0.006 0.014 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.015 0.279 0.273 51 V 0.007 0.007 0.001 0.002 0.056 0.146 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.562 0.001 0.024 0.186 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.051 0.814 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.004 0.019 53 L 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.010 0.010 0.539 0.003 0.041 0.346 54 I 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.005 0.004 0.003 0.813 0.003 0.026 0.123 55 E 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.007 0.003 0.010 0.005 0.004 0.003 0.268 0.005 0.077 0.583