# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.826 0.106 0.038 0.020 0.008 0.002 0.001 2 K 0.641 0.217 0.096 0.034 0.010 0.002 0.001 3 A 0.545 0.207 0.123 0.076 0.034 0.013 0.002 4 I 0.384 0.264 0.162 0.105 0.054 0.025 0.006 5 I 0.189 0.156 0.156 0.178 0.163 0.131 0.026 6 N 0.325 0.202 0.176 0.155 0.094 0.041 0.006 7 K 0.495 0.272 0.136 0.062 0.024 0.009 0.002 8 K 0.500 0.247 0.136 0.072 0.029 0.013 0.003 9 T 0.381 0.212 0.155 0.134 0.077 0.036 0.006 10 E 0.254 0.210 0.153 0.152 0.128 0.085 0.018 11 T 0.260 0.180 0.163 0.187 0.127 0.064 0.019 12 I 0.157 0.113 0.118 0.155 0.182 0.197 0.078 13 I 0.138 0.078 0.094 0.154 0.171 0.212 0.153 14 A 0.152 0.076 0.062 0.078 0.127 0.241 0.263 15 V 0.153 0.075 0.072 0.106 0.143 0.225 0.227 16 G 0.129 0.084 0.083 0.112 0.150 0.206 0.236 17 A 0.131 0.073 0.089 0.129 0.147 0.219 0.211 18 A 0.075 0.079 0.095 0.153 0.176 0.245 0.176 19 M 0.068 0.052 0.081 0.146 0.194 0.250 0.209 20 A 0.051 0.069 0.087 0.136 0.183 0.287 0.187 21 E 0.113 0.160 0.209 0.230 0.142 0.097 0.049 22 I 0.051 0.061 0.073 0.120 0.216 0.334 0.145 23 P 0.085 0.134 0.167 0.232 0.192 0.152 0.039 24 L 0.054 0.057 0.084 0.147 0.260 0.335 0.064 25 V 0.051 0.075 0.125 0.258 0.298 0.175 0.018 26 E 0.110 0.305 0.272 0.196 0.088 0.026 0.003 27 V 0.132 0.215 0.275 0.251 0.103 0.023 0.002 28 R 0.264 0.307 0.224 0.150 0.047 0.008 0.001 29 D 0.621 0.246 0.088 0.035 0.008 0.002 0.001 30 E 0.616 0.258 0.091 0.028 0.006 0.001 0.001 31 K 0.448 0.368 0.137 0.040 0.007 0.001 0.001 32 F 0.061 0.126 0.223 0.332 0.216 0.041 0.001 33 F 0.042 0.111 0.213 0.318 0.249 0.066 0.002 34 E 0.302 0.431 0.186 0.065 0.014 0.002 0.001 35 A 0.060 0.199 0.313 0.287 0.114 0.025 0.001 36 V 0.021 0.044 0.097 0.260 0.386 0.186 0.007 37 K 0.130 0.284 0.287 0.201 0.077 0.019 0.002 38 T 0.389 0.373 0.156 0.064 0.015 0.003 0.001 39 G 0.040 0.161 0.245 0.296 0.189 0.064 0.004 40 D 0.058 0.207 0.260 0.248 0.150 0.068 0.008 41 R 0.017 0.097 0.226 0.316 0.235 0.100 0.009 42 V 0.003 0.011 0.032 0.110 0.314 0.454 0.076 43 V 0.018 0.095 0.236 0.317 0.218 0.103 0.012 44 V 0.023 0.051 0.078 0.164 0.292 0.332 0.061 45 N 0.127 0.312 0.273 0.208 0.066 0.014 0.001 46 A 0.158 0.199 0.204 0.242 0.149 0.046 0.002 47 D 0.523 0.309 0.117 0.042 0.008 0.001 0.001 48 E 0.423 0.354 0.160 0.051 0.011 0.002 0.001 49 G 0.238 0.261 0.227 0.162 0.084 0.026 0.001 50 Y 0.077 0.217 0.303 0.255 0.118 0.030 0.001 51 V 0.042 0.039 0.075 0.201 0.337 0.284 0.023 52 E 0.159 0.305 0.277 0.177 0.060 0.020 0.001 53 L 0.180 0.165 0.187 0.232 0.166 0.068 0.003 54 I 0.445 0.259 0.170 0.097 0.025 0.005 0.001 55 E 0.758 0.181 0.043 0.013 0.003 0.001 0.001