# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.007 0.862 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.075 0.011 0.005 0.025 2 K 0.020 0.021 0.542 0.034 0.036 0.022 0.015 0.007 0.047 0.114 0.034 0.039 0.069 3 A 0.190 0.015 0.094 0.024 0.026 0.027 0.130 0.078 0.135 0.049 0.011 0.095 0.125 4 I 0.258 0.009 0.030 0.008 0.008 0.022 0.216 0.165 0.114 0.005 0.004 0.081 0.079 5 I 0.188 0.010 0.047 0.016 0.003 0.019 0.180 0.158 0.147 0.009 0.005 0.116 0.103 6 N 0.074 0.010 0.224 0.085 0.008 0.016 0.040 0.047 0.131 0.047 0.032 0.126 0.161 7 K 0.017 0.008 0.327 0.041 0.049 0.045 0.006 0.013 0.042 0.170 0.183 0.037 0.063 8 K 0.003 0.011 0.243 0.013 0.080 0.082 0.002 0.002 0.013 0.309 0.208 0.010 0.024 9 T 0.002 0.017 0.327 0.011 0.086 0.149 0.001 0.001 0.011 0.210 0.158 0.006 0.020 10 E 0.004 0.017 0.329 0.011 0.044 0.230 0.002 0.002 0.008 0.264 0.057 0.016 0.016 11 T 0.020 0.014 0.331 0.016 0.045 0.342 0.005 0.004 0.013 0.079 0.052 0.020 0.059 12 I 0.037 0.005 0.043 0.002 0.015 0.732 0.013 0.024 0.031 0.014 0.015 0.029 0.041 13 I 0.061 0.004 0.028 0.010 0.009 0.742 0.024 0.020 0.020 0.018 0.019 0.028 0.017 14 A 0.148 0.006 0.028 0.003 0.009 0.545 0.048 0.029 0.037 0.006 0.019 0.029 0.091 15 V 0.115 0.005 0.028 0.055 0.014 0.558 0.021 0.020 0.032 0.008 0.049 0.053 0.043 16 G 0.086 0.005 0.050 0.070 0.037 0.460 0.007 0.005 0.017 0.068 0.094 0.032 0.069 17 A 0.053 0.009 0.100 0.006 0.074 0.423 0.013 0.006 0.033 0.037 0.083 0.059 0.103 18 A 0.081 0.023 0.127 0.005 0.077 0.327 0.028 0.038 0.051 0.020 0.082 0.067 0.074 19 M 0.144 0.018 0.100 0.015 0.141 0.189 0.027 0.042 0.019 0.025 0.119 0.027 0.135 20 A 0.052 0.003 0.105 0.045 0.167 0.133 0.011 0.016 0.009 0.092 0.258 0.080 0.029 21 E 0.044 0.005 0.110 0.022 0.129 0.074 0.007 0.003 0.008 0.219 0.298 0.015 0.067 22 I 0.003 0.008 0.627 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.007 0.293 0.006 0.031 0.013 23 P 0.001 0.013 0.889 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 0.017 0.007 0.005 0.051 24 L 0.026 0.017 0.171 0.020 0.161 0.250 0.014 0.008 0.055 0.040 0.083 0.035 0.118 25 V 0.055 0.007 0.101 0.082 0.220 0.208 0.022 0.011 0.062 0.051 0.047 0.068 0.066 26 E 0.046 0.008 0.093 0.015 0.132 0.257 0.021 0.010 0.075 0.042 0.031 0.147 0.124 27 V 0.020 0.027 0.148 0.005 0.030 0.305 0.010 0.008 0.103 0.041 0.039 0.035 0.228 28 R 0.006 0.030 0.317 0.019 0.033 0.280 0.003 0.004 0.030 0.069 0.134 0.042 0.033 29 D 0.001 0.006 0.413 0.007 0.032 0.265 0.001 0.001 0.007 0.108 0.133 0.005 0.023 30 E 0.001 0.002 0.156 0.003 0.100 0.422 0.001 0.001 0.001 0.141 0.155 0.010 0.007 31 K 0.004 0.021 0.171 0.002 0.109 0.413 0.001 0.001 0.007 0.091 0.129 0.014 0.037 32 F 0.014 0.013 0.099 0.008 0.107 0.543 0.003 0.001 0.007 0.039 0.101 0.023 0.041 33 F 0.040 0.019 0.101 0.020 0.086 0.535 0.003 0.002 0.008 0.040 0.035 0.029 0.082 34 E 0.067 0.005 0.072 0.016 0.066 0.441 0.006 0.002 0.012 0.036 0.029 0.166 0.083 35 A 0.060 0.009 0.051 0.009 0.046 0.550 0.009 0.005 0.018 0.036 0.049 0.024 0.133 36 V 0.062 0.022 0.145 0.008 0.022 0.389 0.012 0.009 0.020 0.047 0.052 0.084 0.128 37 K 0.030 0.041 0.146 0.028 0.021 0.188 0.007 0.002 0.010 0.072 0.292 0.075 0.088 38 T 0.002 0.005 0.060 0.008 0.010 0.036 0.001 0.001 0.002 0.097 0.764 0.008 0.008 39 G 0.001 0.001 0.114 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.174 0.684 0.003 0.003 40 D 0.010 0.008 0.552 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.010 0.215 0.070 0.045 0.073 41 R 0.145 0.025 0.145 0.010 0.003 0.001 0.022 0.002 0.024 0.035 0.006 0.153 0.429 42 V 0.431 0.004 0.043 0.016 0.001 0.001 0.064 0.003 0.020 0.007 0.002 0.250 0.158 43 V 0.510 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.042 0.001 0.007 0.001 0.001 0.233 0.188 44 V 0.343 0.007 0.026 0.016 0.001 0.001 0.051 0.001 0.010 0.004 0.001 0.104 0.438 45 N 0.084 0.005 0.145 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.016 0.007 0.401 0.296 46 A 0.027 0.004 0.096 0.028 0.020 0.002 0.002 0.001 0.002 0.142 0.448 0.019 0.210 47 D 0.018 0.006 0.072 0.014 0.052 0.003 0.002 0.001 0.002 0.284 0.406 0.106 0.036 48 E 0.010 0.004 0.079 0.017 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.219 0.528 0.037 0.041 49 G 0.084 0.005 0.233 0.017 0.017 0.003 0.007 0.001 0.004 0.133 0.299 0.041 0.156 50 Y 0.429 0.016 0.026 0.003 0.002 0.001 0.037 0.001 0.002 0.008 0.003 0.246 0.226 51 V 0.565 0.002 0.018 0.004 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.003 0.001 0.090 0.281 52 E 0.431 0.001 0.018 0.011 0.001 0.001 0.033 0.001 0.004 0.002 0.001 0.418 0.079 53 L 0.183 0.004 0.027 0.005 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.002 0.001 0.057 0.695 54 I 0.123 0.003 0.223 0.137 0.005 0.002 0.015 0.001 0.006 0.024 0.013 0.276 0.172 55 E 0.038 0.008 0.411 0.010 0.011 0.003 0.005 0.001 0.005 0.077 0.018 0.132 0.280