# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.038 0.013 0.001 0.036 0.017 0.030 0.161 0.005 0.001 0.060 0.639 2 K 0.015 0.009 0.001 0.091 0.048 0.109 0.129 0.003 0.001 0.063 0.532 3 A 0.007 0.004 0.001 0.233 0.139 0.197 0.071 0.001 0.001 0.067 0.280 4 I 0.007 0.003 0.001 0.278 0.111 0.154 0.071 0.001 0.001 0.081 0.291 5 I 0.012 0.001 0.001 0.293 0.155 0.132 0.063 0.001 0.001 0.074 0.267 6 N 0.061 0.007 0.002 0.182 0.048 0.111 0.112 0.003 0.002 0.100 0.371 7 K 0.089 0.005 0.003 0.080 0.015 0.034 0.129 0.002 0.002 0.076 0.564 8 K 0.020 0.015 0.002 0.052 0.026 0.055 0.139 0.004 0.001 0.068 0.620 9 T 0.051 0.099 0.001 0.032 0.030 0.043 0.124 0.003 0.001 0.065 0.551 10 E 0.015 0.053 0.002 0.052 0.130 0.126 0.115 0.009 0.001 0.107 0.389 11 T 0.011 0.156 0.002 0.093 0.090 0.124 0.071 0.002 0.001 0.163 0.287 12 I 0.010 0.166 0.003 0.115 0.143 0.201 0.044 0.002 0.001 0.136 0.179 13 I 0.013 0.148 0.003 0.187 0.166 0.177 0.032 0.002 0.001 0.156 0.117 14 A 0.015 0.257 0.005 0.143 0.140 0.175 0.036 0.003 0.001 0.107 0.118 15 V 0.054 0.299 0.005 0.097 0.119 0.154 0.041 0.011 0.002 0.082 0.135 16 G 0.067 0.253 0.006 0.076 0.101 0.148 0.056 0.007 0.003 0.078 0.206 17 A 0.063 0.092 0.018 0.058 0.121 0.145 0.105 0.006 0.010 0.084 0.298 18 A 0.121 0.106 0.009 0.057 0.069 0.099 0.098 0.022 0.005 0.067 0.346 19 M 0.384 0.044 0.006 0.029 0.044 0.051 0.078 0.007 0.004 0.060 0.294 20 A 0.041 0.043 0.007 0.058 0.052 0.094 0.119 0.003 0.003 0.027 0.553 21 E 0.030 0.083 0.003 0.022 0.022 0.050 0.089 0.005 0.001 0.021 0.674 22 I 0.107 0.099 0.004 0.030 0.128 0.080 0.115 0.030 0.002 0.059 0.346 23 P 0.061 0.271 0.003 0.046 0.040 0.079 0.083 0.008 0.001 0.025 0.383 24 L 0.058 0.219 0.007 0.041 0.054 0.097 0.058 0.009 0.002 0.037 0.417 25 V 0.058 0.158 0.007 0.051 0.092 0.085 0.075 0.008 0.003 0.049 0.415 26 E 0.067 0.329 0.009 0.031 0.043 0.065 0.066 0.010 0.005 0.049 0.325 27 V 0.192 0.209 0.021 0.023 0.024 0.030 0.054 0.010 0.010 0.047 0.380 28 R 0.091 0.324 0.007 0.014 0.015 0.018 0.055 0.010 0.004 0.025 0.438 29 D 0.101 0.479 0.002 0.004 0.009 0.014 0.034 0.009 0.001 0.011 0.336 30 E 0.062 0.455 0.004 0.011 0.012 0.017 0.039 0.006 0.001 0.025 0.368 31 K 0.029 0.554 0.007 0.008 0.019 0.025 0.046 0.006 0.002 0.034 0.271 32 F 0.090 0.606 0.006 0.008 0.018 0.020 0.031 0.014 0.001 0.029 0.178 33 F 0.127 0.452 0.004 0.010 0.028 0.033 0.039 0.015 0.001 0.055 0.235 34 E 0.063 0.247 0.006 0.030 0.044 0.103 0.075 0.005 0.002 0.074 0.351 35 A 0.042 0.055 0.064 0.027 0.029 0.062 0.092 0.006 0.024 0.101 0.496 36 V 0.182 0.004 0.020 0.019 0.038 0.055 0.084 0.009 0.012 0.083 0.494 37 K 0.346 0.002 0.001 0.008 0.016 0.025 0.058 0.004 0.001 0.058 0.481 38 T 0.009 0.001 0.001 0.009 0.003 0.011 0.110 0.001 0.001 0.014 0.843 39 G 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.046 0.140 0.001 0.001 0.028 0.751 40 D 0.001 0.001 0.001 0.132 0.231 0.272 0.066 0.001 0.001 0.099 0.198 41 R 0.001 0.001 0.001 0.152 0.106 0.302 0.037 0.001 0.001 0.066 0.336 42 V 0.001 0.001 0.001 0.239 0.351 0.279 0.010 0.001 0.001 0.043 0.077 43 V 0.001 0.001 0.001 0.229 0.244 0.255 0.028 0.001 0.001 0.067 0.175 44 V 0.001 0.001 0.001 0.201 0.272 0.303 0.029 0.001 0.001 0.036 0.157 45 N 0.165 0.002 0.003 0.114 0.091 0.183 0.071 0.003 0.007 0.079 0.283 46 A 0.150 0.001 0.004 0.036 0.027 0.053 0.084 0.004 0.004 0.077 0.560 47 D 0.063 0.001 0.001 0.009 0.027 0.051 0.094 0.004 0.001 0.031 0.719 48 E 0.016 0.002 0.001 0.035 0.035 0.072 0.136 0.001 0.001 0.027 0.675 49 G 0.002 0.002 0.001 0.033 0.215 0.330 0.078 0.002 0.001 0.047 0.291 50 Y 0.003 0.002 0.001 0.045 0.300 0.349 0.035 0.001 0.001 0.054 0.210 51 V 0.003 0.002 0.001 0.074 0.298 0.303 0.033 0.001 0.001 0.025 0.260 52 E 0.004 0.002 0.001 0.054 0.333 0.459 0.019 0.001 0.001 0.038 0.090 53 L 0.012 0.003 0.001 0.070 0.148 0.220 0.057 0.002 0.001 0.054 0.432 54 I 0.092 0.009 0.003 0.060 0.175 0.167 0.075 0.008 0.003 0.069 0.338 55 E 0.098 0.009 0.003 0.030 0.037 0.054 0.101 0.006 0.003 0.044 0.616