# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.458 0.151 0.073 0.106 0.068 0.049 0.042 0.024 0.016 0.009 0.005 2 K 0.287 0.154 0.064 0.173 0.121 0.084 0.065 0.028 0.014 0.008 0.003 3 A 0.120 0.097 0.039 0.108 0.105 0.111 0.132 0.104 0.086 0.062 0.036 4 I 0.058 0.084 0.040 0.133 0.141 0.133 0.138 0.097 0.082 0.058 0.035 5 I 0.020 0.035 0.032 0.064 0.087 0.095 0.161 0.138 0.145 0.121 0.102 6 N 0.038 0.072 0.049 0.150 0.129 0.109 0.155 0.110 0.082 0.057 0.050 7 K 0.181 0.111 0.058 0.168 0.187 0.122 0.102 0.037 0.020 0.009 0.005 8 K 0.316 0.193 0.104 0.211 0.096 0.043 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 9 T 0.054 0.071 0.047 0.121 0.119 0.123 0.157 0.093 0.100 0.072 0.043 10 E 0.039 0.037 0.040 0.070 0.083 0.119 0.223 0.146 0.115 0.075 0.053 11 T 0.069 0.079 0.087 0.150 0.135 0.137 0.162 0.081 0.051 0.031 0.020 12 I 0.015 0.017 0.035 0.036 0.036 0.053 0.126 0.146 0.195 0.191 0.150 13 I 0.012 0.015 0.034 0.054 0.051 0.055 0.106 0.139 0.179 0.177 0.179 14 A 0.012 0.012 0.049 0.026 0.024 0.038 0.114 0.127 0.183 0.193 0.222 15 V 0.018 0.025 0.150 0.109 0.074 0.069 0.116 0.117 0.137 0.111 0.075 16 G 0.028 0.040 0.080 0.097 0.098 0.123 0.190 0.114 0.100 0.073 0.056 17 A 0.027 0.018 0.059 0.034 0.034 0.044 0.097 0.102 0.164 0.186 0.235 18 A 0.027 0.036 0.071 0.076 0.082 0.092 0.155 0.116 0.132 0.109 0.105 19 M 0.034 0.033 0.061 0.050 0.046 0.051 0.100 0.100 0.159 0.160 0.206 20 A 0.063 0.042 0.076 0.081 0.097 0.129 0.197 0.112 0.089 0.066 0.049 21 E 0.225 0.165 0.144 0.173 0.100 0.067 0.064 0.024 0.018 0.011 0.008 22 I 0.002 0.004 0.006 0.010 0.012 0.023 0.075 0.113 0.200 0.266 0.289 23 P 0.211 0.218 0.097 0.161 0.103 0.073 0.066 0.027 0.020 0.014 0.011 24 L 0.018 0.021 0.015 0.042 0.057 0.083 0.182 0.155 0.168 0.142 0.117 25 V 0.013 0.023 0.016 0.050 0.063 0.078 0.151 0.131 0.171 0.156 0.148 26 E 0.078 0.110 0.076 0.238 0.195 0.114 0.099 0.041 0.027 0.013 0.009 27 V 0.097 0.074 0.050 0.107 0.109 0.117 0.166 0.112 0.080 0.060 0.029 28 R 0.080 0.128 0.087 0.160 0.161 0.131 0.118 0.054 0.042 0.026 0.012 29 D 0.157 0.240 0.105 0.172 0.102 0.077 0.083 0.032 0.019 0.009 0.004 30 E 0.390 0.138 0.150 0.200 0.079 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 31 K 0.430 0.227 0.098 0.129 0.059 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 32 F 0.008 0.023 0.022 0.062 0.079 0.143 0.230 0.170 0.145 0.080 0.036 33 F 0.011 0.011 0.022 0.043 0.084 0.155 0.264 0.169 0.133 0.072 0.035 34 E 0.099 0.125 0.561 0.140 0.046 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 35 A 0.010 0.027 0.042 0.103 0.133 0.192 0.251 0.111 0.073 0.040 0.018 36 V 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.049 0.097 0.191 0.249 0.384 37 K 0.128 0.191 0.217 0.173 0.123 0.091 0.052 0.013 0.007 0.003 0.002 38 T 0.189 0.214 0.180 0.238 0.098 0.047 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 39 G 0.492 0.130 0.041 0.107 0.078 0.051 0.043 0.025 0.015 0.010 0.008 40 D 0.016 0.071 0.037 0.178 0.192 0.194 0.185 0.067 0.034 0.015 0.009 41 R 0.009 0.050 0.049 0.191 0.225 0.217 0.146 0.056 0.031 0.017 0.009 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.059 0.133 0.230 0.290 0.270 43 V 0.007 0.034 0.036 0.219 0.238 0.174 0.160 0.071 0.036 0.015 0.009 44 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.016 0.060 0.105 0.228 0.293 0.284 45 N 0.031 0.089 0.041 0.265 0.237 0.147 0.112 0.041 0.022 0.009 0.005 46 A 0.021 0.019 0.009 0.036 0.049 0.068 0.169 0.184 0.200 0.158 0.087 47 D 0.354 0.249 0.083 0.200 0.074 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 48 E 0.228 0.238 0.080 0.228 0.112 0.060 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 49 G 0.237 0.138 0.042 0.119 0.100 0.097 0.102 0.067 0.047 0.032 0.018 50 Y 0.019 0.073 0.044 0.244 0.229 0.187 0.127 0.043 0.021 0.009 0.003 51 V 0.004 0.005 0.007 0.013 0.020 0.039 0.126 0.169 0.257 0.214 0.147 52 E 0.032 0.113 0.130 0.382 0.216 0.075 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 53 L 0.018 0.020 0.014 0.034 0.040 0.057 0.139 0.168 0.197 0.188 0.124 54 I 0.034 0.069 0.074 0.211 0.213 0.160 0.115 0.055 0.041 0.019 0.009 55 E 0.221 0.198 0.080 0.177 0.121 0.074 0.070 0.031 0.018 0.008 0.003