# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.004 0.001 0.004 0.009 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.964 2 K 0.018 0.002 0.002 0.086 0.079 0.151 0.107 0.001 0.001 0.004 0.551 3 A 0.167 0.008 0.002 0.211 0.139 0.168 0.065 0.001 0.001 0.008 0.231 4 I 0.030 0.037 0.001 0.262 0.172 0.275 0.045 0.001 0.001 0.002 0.173 5 I 0.008 0.013 0.001 0.318 0.230 0.356 0.029 0.001 0.001 0.001 0.044 6 N 0.025 0.022 0.001 0.230 0.146 0.219 0.097 0.003 0.001 0.004 0.253 7 K 0.029 0.012 0.009 0.143 0.114 0.146 0.077 0.003 0.001 0.009 0.460 8 K 0.019 0.006 0.006 0.083 0.076 0.134 0.385 0.002 0.001 0.018 0.271 9 T 0.080 0.005 0.006 0.039 0.052 0.056 0.209 0.002 0.001 0.045 0.505 10 E 0.069 0.014 0.016 0.143 0.066 0.104 0.213 0.001 0.001 0.026 0.347 11 T 0.047 0.011 0.010 0.078 0.085 0.108 0.167 0.001 0.001 0.017 0.474 12 I 0.021 0.012 0.004 0.283 0.204 0.279 0.084 0.001 0.001 0.006 0.106 13 I 0.004 0.024 0.001 0.208 0.154 0.402 0.045 0.001 0.001 0.002 0.160 14 A 0.004 0.024 0.001 0.268 0.279 0.379 0.013 0.001 0.001 0.001 0.031 15 V 0.003 0.073 0.001 0.154 0.149 0.386 0.045 0.001 0.001 0.001 0.187 16 G 0.038 0.101 0.002 0.175 0.186 0.308 0.030 0.004 0.001 0.005 0.152 17 A 0.034 0.212 0.011 0.101 0.148 0.271 0.091 0.002 0.001 0.005 0.125 18 A 0.024 0.148 0.002 0.129 0.165 0.232 0.059 0.008 0.001 0.005 0.228 19 M 0.109 0.208 0.017 0.066 0.118 0.176 0.062 0.008 0.001 0.005 0.229 20 A 0.054 0.274 0.006 0.050 0.056 0.133 0.050 0.013 0.001 0.004 0.360 21 E 0.195 0.098 0.015 0.022 0.023 0.055 0.052 0.032 0.001 0.010 0.498 22 I 0.363 0.054 0.089 0.041 0.026 0.046 0.053 0.012 0.001 0.007 0.311 23 P 0.003 0.002 0.004 0.009 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 24 L 0.010 0.004 0.005 0.050 0.027 0.075 0.099 0.001 0.001 0.002 0.727 25 V 0.061 0.021 0.001 0.085 0.069 0.128 0.070 0.001 0.001 0.003 0.561 26 E 0.073 0.109 0.001 0.085 0.038 0.073 0.107 0.002 0.001 0.004 0.508 27 V 0.114 0.110 0.003 0.043 0.040 0.075 0.124 0.001 0.001 0.006 0.484 28 R 0.102 0.165 0.004 0.082 0.063 0.102 0.166 0.004 0.001 0.008 0.304 29 D 0.089 0.161 0.005 0.019 0.019 0.033 0.161 0.008 0.001 0.008 0.497 30 E 0.159 0.177 0.012 0.019 0.017 0.019 0.085 0.015 0.001 0.016 0.481 31 K 0.230 0.115 0.020 0.003 0.006 0.007 0.286 0.006 0.001 0.017 0.310 32 F 0.062 0.132 0.040 0.011 0.011 0.019 0.133 0.005 0.001 0.007 0.580 33 F 0.036 0.277 0.008 0.021 0.030 0.067 0.072 0.003 0.001 0.006 0.479 34 E 0.071 0.243 0.002 0.011 0.067 0.092 0.102 0.009 0.001 0.007 0.396 35 A 0.190 0.410 0.002 0.007 0.049 0.044 0.016 0.012 0.001 0.001 0.266 36 V 0.124 0.538 0.004 0.026 0.099 0.099 0.015 0.018 0.001 0.003 0.074 37 K 0.054 0.420 0.005 0.013 0.087 0.099 0.069 0.018 0.001 0.004 0.231 38 T 0.149 0.193 0.003 0.015 0.038 0.061 0.093 0.088 0.001 0.011 0.348 39 G 0.668 0.032 0.029 0.012 0.010 0.011 0.061 0.042 0.001 0.038 0.097 40 D 0.239 0.004 0.171 0.036 0.029 0.013 0.214 0.007 0.001 0.028 0.259 41 R 0.012 0.001 0.261 0.082 0.043 0.049 0.095 0.001 0.001 0.005 0.452 42 V 0.001 0.001 0.002 0.350 0.267 0.308 0.042 0.001 0.001 0.001 0.029 43 V 0.001 0.001 0.001 0.249 0.240 0.283 0.037 0.001 0.001 0.001 0.190 44 V 0.001 0.001 0.001 0.336 0.246 0.342 0.011 0.001 0.001 0.001 0.064 45 N 0.001 0.001 0.001 0.265 0.248 0.350 0.040 0.001 0.001 0.001 0.096 46 A 0.002 0.001 0.001 0.220 0.120 0.196 0.074 0.001 0.001 0.006 0.382 47 D 0.004 0.001 0.001 0.083 0.089 0.142 0.391 0.001 0.001 0.016 0.273 48 E 0.115 0.002 0.001 0.035 0.019 0.033 0.230 0.001 0.001 0.103 0.461 49 G 0.217 0.011 0.004 0.032 0.058 0.044 0.323 0.001 0.001 0.078 0.230 50 Y 0.129 0.015 0.023 0.037 0.076 0.106 0.277 0.001 0.001 0.030 0.306 51 V 0.010 0.016 0.007 0.055 0.250 0.334 0.068 0.001 0.001 0.002 0.256 52 E 0.003 0.007 0.001 0.054 0.260 0.534 0.037 0.001 0.001 0.001 0.103 53 L 0.007 0.015 0.001 0.023 0.171 0.432 0.034 0.001 0.001 0.002 0.315 54 I 0.007 0.018 0.001 0.068 0.261 0.505 0.028 0.001 0.001 0.002 0.110 55 E 0.010 0.023 0.001 0.033 0.101 0.292 0.067 0.001 0.001 0.003 0.469