# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.117 0.007 0.673 0.006 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.144 2 K 0.150 0.313 0.361 0.050 0.045 0.033 0.013 0.005 0.024 0.001 0.005 3 A 0.047 0.571 0.242 0.009 0.075 0.026 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 4 I 0.029 0.692 0.174 0.013 0.027 0.035 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 5 I 0.030 0.658 0.156 0.027 0.050 0.051 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 6 N 0.012 0.136 0.295 0.017 0.073 0.316 0.009 0.001 0.139 0.003 0.001 7 K 0.679 0.028 0.028 0.210 0.009 0.016 0.016 0.004 0.008 0.001 0.001 8 K 0.537 0.056 0.089 0.264 0.013 0.012 0.016 0.004 0.007 0.001 0.001 9 T 0.420 0.124 0.124 0.249 0.043 0.006 0.013 0.009 0.008 0.004 0.001 10 E 0.160 0.313 0.329 0.019 0.088 0.015 0.029 0.004 0.031 0.011 0.001 11 T 0.328 0.090 0.524 0.013 0.003 0.030 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 12 I 0.230 0.503 0.190 0.008 0.026 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 13 I 0.282 0.519 0.117 0.013 0.014 0.032 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 14 A 0.317 0.352 0.187 0.014 0.035 0.066 0.005 0.002 0.021 0.001 0.001 15 V 0.491 0.259 0.054 0.118 0.023 0.026 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 16 G 0.419 0.098 0.080 0.042 0.151 0.014 0.065 0.082 0.013 0.034 0.001 17 A 0.629 0.147 0.086 0.050 0.059 0.014 0.004 0.001 0.005 0.003 0.001 18 A 0.518 0.179 0.193 0.033 0.025 0.038 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 19 M 0.567 0.125 0.080 0.167 0.020 0.019 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 20 A 0.480 0.114 0.181 0.150 0.041 0.008 0.013 0.005 0.004 0.003 0.001 21 E 0.169 0.091 0.085 0.433 0.023 0.044 0.123 0.011 0.020 0.002 0.001 22 I 0.006 0.425 0.361 0.002 0.013 0.019 0.006 0.001 0.169 0.001 0.001 23 P 0.034 0.037 0.859 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 24 L 0.125 0.238 0.509 0.014 0.004 0.088 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 25 V 0.159 0.596 0.107 0.036 0.042 0.023 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 26 E 0.130 0.315 0.438 0.018 0.028 0.051 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 27 V 0.217 0.362 0.234 0.059 0.034 0.052 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 28 R 0.357 0.204 0.203 0.082 0.059 0.039 0.017 0.002 0.029 0.007 0.001 29 D 0.169 0.116 0.337 0.071 0.064 0.138 0.036 0.005 0.052 0.007 0.004 30 E 0.826 0.034 0.040 0.073 0.007 0.008 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 31 K 0.736 0.043 0.089 0.062 0.013 0.011 0.027 0.008 0.010 0.003 0.001 32 F 0.911 0.010 0.018 0.048 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 33 F 0.906 0.016 0.023 0.040 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 34 E 0.921 0.020 0.026 0.023 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 A 0.870 0.020 0.046 0.047 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 36 V 0.619 0.085 0.133 0.127 0.005 0.019 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 37 K 0.544 0.141 0.182 0.058 0.020 0.016 0.016 0.002 0.018 0.003 0.001 38 T 0.215 0.038 0.198 0.496 0.010 0.012 0.016 0.002 0.010 0.001 0.001 39 G 0.016 0.002 0.035 0.008 0.021 0.001 0.019 0.689 0.001 0.209 0.001 40 D 0.044 0.122 0.632 0.081 0.018 0.073 0.010 0.001 0.016 0.001 0.003 41 R 0.009 0.510 0.413 0.009 0.032 0.015 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 42 V 0.002 0.836 0.105 0.002 0.015 0.014 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 43 V 0.002 0.492 0.430 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 44 V 0.013 0.699 0.149 0.007 0.013 0.084 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 45 N 0.007 0.197 0.253 0.010 0.045 0.295 0.012 0.001 0.178 0.001 0.001 46 A 0.683 0.029 0.064 0.140 0.038 0.011 0.012 0.006 0.004 0.011 0.001 47 D 0.673 0.029 0.033 0.239 0.009 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 48 E 0.207 0.158 0.094 0.453 0.060 0.003 0.012 0.003 0.009 0.001 0.001 49 G 0.024 0.017 0.057 0.027 0.123 0.001 0.098 0.428 0.003 0.222 0.001 50 Y 0.035 0.491 0.290 0.036 0.095 0.033 0.004 0.001 0.011 0.001 0.002 51 V 0.008 0.786 0.123 0.005 0.036 0.017 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 52 E 0.006 0.573 0.324 0.001 0.008 0.053 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 53 L 0.037 0.318 0.522 0.004 0.004 0.089 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 54 I 0.141 0.400 0.288 0.041 0.029 0.055 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 55 E 0.241 0.217 0.292 0.045 0.120 0.018 0.020 0.010 0.012 0.025 0.001