# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.099 0.349 0.084 0.010 0.292 0.008 0.019 0.056 0.035 0.021 0.029 2 K 0.136 0.062 0.016 0.013 0.190 0.048 0.107 0.147 0.142 0.090 0.047 3 A 0.170 0.169 0.021 0.003 0.578 0.004 0.006 0.018 0.007 0.007 0.017 4 I 0.282 0.079 0.006 0.001 0.577 0.002 0.005 0.011 0.003 0.007 0.028 5 I 0.177 0.214 0.041 0.016 0.398 0.016 0.014 0.029 0.009 0.027 0.059 6 N 0.225 0.151 0.047 0.017 0.344 0.005 0.007 0.030 0.016 0.042 0.115 7 K 0.034 0.077 0.036 0.017 0.056 0.043 0.079 0.306 0.268 0.066 0.020 8 K 0.049 0.067 0.033 0.014 0.069 0.019 0.126 0.196 0.181 0.193 0.052 9 T 0.141 0.258 0.121 0.019 0.235 0.008 0.021 0.031 0.033 0.081 0.054 10 E 0.064 0.333 0.102 0.017 0.216 0.021 0.052 0.129 0.034 0.016 0.016 11 T 0.231 0.150 0.022 0.004 0.458 0.005 0.013 0.059 0.020 0.007 0.031 12 I 0.280 0.073 0.007 0.008 0.510 0.014 0.015 0.052 0.012 0.005 0.024 13 I 0.218 0.072 0.007 0.008 0.494 0.012 0.022 0.091 0.017 0.013 0.046 14 A 0.235 0.109 0.019 0.012 0.319 0.010 0.017 0.180 0.025 0.024 0.049 15 V 0.083 0.103 0.027 0.033 0.109 0.034 0.077 0.280 0.063 0.141 0.050 16 G 0.060 0.074 0.042 0.096 0.073 0.060 0.051 0.255 0.101 0.127 0.061 17 A 0.094 0.181 0.051 0.009 0.170 0.015 0.024 0.250 0.133 0.042 0.031 18 A 0.059 0.138 0.031 0.009 0.122 0.009 0.039 0.384 0.128 0.062 0.019 19 M 0.107 0.040 0.015 0.008 0.083 0.016 0.036 0.286 0.251 0.101 0.054 20 A 0.010 0.162 0.070 0.022 0.063 0.057 0.137 0.362 0.100 0.012 0.005 21 E 0.101 0.036 0.015 0.002 0.086 0.002 0.016 0.093 0.103 0.463 0.082 22 I 0.067 0.522 0.121 0.002 0.251 0.001 0.002 0.019 0.005 0.002 0.008 23 P 0.044 0.503 0.083 0.004 0.282 0.003 0.009 0.041 0.015 0.007 0.009 24 L 0.253 0.133 0.031 0.003 0.320 0.005 0.030 0.098 0.054 0.026 0.049 25 V 0.080 0.278 0.084 0.015 0.287 0.017 0.032 0.115 0.047 0.023 0.021 26 E 0.164 0.208 0.034 0.004 0.394 0.006 0.029 0.090 0.022 0.017 0.031 27 V 0.129 0.166 0.040 0.005 0.204 0.008 0.029 0.187 0.077 0.102 0.053 28 R 0.048 0.195 0.097 0.045 0.109 0.069 0.083 0.170 0.064 0.074 0.045 29 D 0.115 0.198 0.109 0.040 0.210 0.016 0.023 0.091 0.046 0.089 0.063 30 E 0.024 0.120 0.055 0.015 0.068 0.017 0.034 0.305 0.202 0.134 0.025 31 K 0.036 0.145 0.092 0.014 0.075 0.011 0.044 0.358 0.116 0.088 0.021 32 F 0.037 0.043 0.018 0.009 0.040 0.008 0.021 0.545 0.155 0.101 0.023 33 F 0.038 0.046 0.013 0.006 0.074 0.006 0.017 0.502 0.213 0.064 0.021 34 E 0.019 0.073 0.021 0.004 0.064 0.007 0.026 0.653 0.113 0.015 0.006 35 A 0.035 0.074 0.031 0.003 0.133 0.007 0.035 0.450 0.103 0.119 0.011 36 V 0.129 0.111 0.060 0.006 0.100 0.005 0.026 0.373 0.088 0.062 0.040 37 K 0.029 0.039 0.069 0.081 0.027 0.118 0.144 0.323 0.095 0.058 0.018 38 T 0.003 0.261 0.225 0.211 0.023 0.044 0.103 0.061 0.027 0.037 0.006 39 G 0.020 0.033 0.042 0.048 0.013 0.011 0.003 0.009 0.025 0.601 0.196 40 D 0.068 0.276 0.060 0.018 0.298 0.013 0.027 0.044 0.066 0.107 0.024 41 R 0.211 0.116 0.019 0.001 0.628 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.015 42 V 0.138 0.176 0.010 0.001 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 V 0.355 0.055 0.007 0.001 0.538 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 44 V 0.113 0.373 0.068 0.008 0.357 0.011 0.008 0.005 0.002 0.012 0.043 45 N 0.215 0.155 0.058 0.004 0.504 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.050 46 A 0.044 0.094 0.122 0.028 0.053 0.020 0.031 0.270 0.266 0.048 0.024 47 D 0.015 0.060 0.062 0.037 0.030 0.073 0.249 0.279 0.115 0.073 0.008 48 E 0.026 0.467 0.193 0.071 0.091 0.011 0.028 0.022 0.016 0.056 0.018 49 G 0.023 0.057 0.132 0.214 0.026 0.067 0.010 0.028 0.023 0.300 0.120 50 Y 0.189 0.196 0.033 0.010 0.427 0.009 0.018 0.039 0.021 0.025 0.033 51 V 0.180 0.183 0.024 0.003 0.573 0.003 0.002 0.009 0.003 0.003 0.016 52 E 0.166 0.218 0.023 0.002 0.552 0.001 0.005 0.011 0.003 0.004 0.015 53 L 0.395 0.089 0.021 0.004 0.331 0.006 0.011 0.034 0.011 0.018 0.080 54 I 0.092 0.261 0.101 0.044 0.218 0.038 0.046 0.084 0.041 0.036 0.039 55 E 0.106 0.258 0.093 0.021 0.225 0.019 0.039 0.107 0.047 0.045 0.040