PFRMAT RR TARGET T0357 AUTHOR 5370-1100-4902 REMARK From group SAM-TO6 under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Residue-residue contact predictions REMARK by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network. METHOD NN: logseploglen.5xt04_ent.5xnearNS_str2.miRpz_entR_pplR.n45.net METHOD Inputs may include separation and sequence length, METHOD e-value statistic based on mutual information values, METHOD a statistic based on propensity of residues in contact. METHOD Other inputs are distributions from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t04 and/or SAM-t06 of METHOD the University of California, Santa Cruz MODEL 1 PKAIINKKTETIIAVGAAMAEIPLVEVRDEKFFEAVKTGDRVVVNADEGY VELIE 81 90 0 8 0.219378428719 81 91 0 8 0.24132560777 81 92 0 8 0.22002382874 81 93 0 8 0.389252765487 81 94 0 8 0.21129726575 81 95 0 8 0.232930527957 81 96 0 8 0.260355474629 81 97 0 8 0.271739150917 81 98 0 8 0.246465386166 81 99 0 8 0.272744811881 81 100 0 8 0.239176009312 81 101 0 8 0.181633262452 81 102 0 8 0.215085412549 81 103 0 8 0.202934065575 81 104 0 8 0.199725607707 81 105 0 8 0.216357019748 81 106 0 8 0.234353400786 81 110 0 8 0.20012898272 81 113 0 8 0.225555271261 81 114 0 8 0.332643796939 81 115 0 8 0.239732276468 81 116 0 8 0.191329226683 81 118 0 8 0.222925851719 81 119 0 8 0.253731666547 81 120 0 8 0.218941222253 81 121 0 8 0.427488891491 81 122 0 8 0.260515848727 81 123 0 8 0.260915970716 81 124 0 8 0.264537237368 81 125 0 8 0.231269208446 81 127 0 8 0.171601586112 81 128 0 8 0.257395547817 81 129 0 8 0.249301047449 81 130 0 8 0.356811906643 81 131 0 8 0.418474722628 82 91 0 8 0.238799959703 82 92 0 8 0.237037145834 82 93 0 8 0.220894663345 82 94 0 8 0.227166168895 82 95 0 8 0.238343885696 82 96 0 8 0.234495232645 82 97 0 8 0.233678072941 82 98 0 8 0.223228708281 82 99 0 8 0.256314893144 82 100 0 8 0.233586012353 82 101 0 8 0.174726766558 82 102 0 8 0.231251316812 82 103 0 8 0.219107451794 82 104 0 8 0.201492650507 82 105 0 8 0.209415391192 82 106 0 8 0.243471953204 82 110 0 8 0.209929043729 82 111 0 8 0.187209596708 82 112 0 8 0.171459754253 82 113 0 8 0.220456806274 82 114 0 8 0.241077076714 82 116 0 8 0.231300437479 82 118 0 8 0.207247575798 82 119 0 8 0.263007665341 82 120 0 8 0.250154966328 82 121 0 8 0.368806159898 82 122 0 8 0.253394653229 82 123 0 8 0.327325514894 82 124 0 8 0.237866667031 82 125 0 8 0.189514364426 82 127 0 8 0.189957751638 82 128 0 8 0.290849283019 82 129 0 8 0.241727681574 82 130 0 8 0.589154025137 82 131 0 8 0.245873010441 83 92 0 8 0.26560066087 83 93 0 8 0.501697857189 83 94 0 8 0.236779181007 83 95 0 8 0.25108956021 83 96 0 8 0.257076426133 83 97 0 8 0.297928196451 83 98 0 8 0.249787699884 83 99 0 8 0.245028525332 83 100 0 8 0.277820967168 83 101 0 8 0.185294866605 83 102 0 8 0.259286205541 83 103 0 8 0.264845624071 83 104 0 8 0.234868679835 83 105 0 8 0.216287079725 83 106 0 8 0.214851520101 83 110 0 8 0.223895252961 83 111 0 8 0.222799634376 83 113 0 8 0.218070387647 83 114 0 8 0.310871452071 83 118 0 8 0.249024215081 83 119 0 8 0.393282235294 83 120 0 8 0.411219191139 83 121 0 8 0.565803514061 83 122 0 8 0.349320502406 83 123 0 8 0.199261401139 83 124 0 8 0.231884030039 83 125 0 8 0.177815513132 83 126 0 8 0.185788350391 83 127 0 8 0.228108895338 83 128 0 8 0.297287324461 83 129 0 8 0.462340082592 83 130 0 8 0.363468914286 83 131 0 8 0.605973800786 84 93 0 8 0.209272258123 84 94 0 8 0.220295130967 84 95 0 8 0.212315462356 84 96 0 8 0.208918979684 84 97 0 8 0.1946112029 84 98 0 8 0.195816123102 84 99 0 8 0.196345390155 84 100 0 8 0.20549289449 84 102 0 8 0.228031473359 84 103 0 8 0.211824580989 84 104 0 8 0.202266544988 84 114 0 8 0.166525566993 84 118 0 8 0.233999471742 84 119 0 8 0.246827773073 84 120 0 8 0.24531609268 84 121 0 8 0.245715238762 84 122 0 8 0.228141750883 84 123 0 8 0.202231087023 84 124 0 8 0.229988818081 84 127 0 8 0.200516417914 84 128 0 8 0.231557426399 84 129 0 8 0.223896228868 84 130 0 8 0.215241232413 84 131 0 8 0.205569340561 85 94 0 8 0.181241273023 85 95 0 8 0.182149517408 85 96 0 8 0.207233913096 85 97 0 8 0.247811162319 85 98 0 8 0.234131869831 85 99 0 8 0.175658432718 85 100 0 8 0.192719894572 85 102 0 8 0.225333415004 85 103 0 8 0.178729287658 85 104 0 8 0.184884985543 85 105 0 8 0.167299786777 85 110 0 8 0.169880085652 85 113 0 8 0.164669066024 85 118 0 8 0.215911355419 85 119 0 8 0.253961330063 85 120 0 8 0.223824662333 85 121 0 8 0.234329653708 85 122 0 8 0.218070062345 85 123 0 8 0.199645908611 85 124 0 8 0.223604107286 85 128 0 8 0.234691064708 85 129 0 8 0.22128209854 85 130 0 8 0.205884883918 85 131 0 8 0.238393006363 86 100 0 8 0.16843541756 86 102 0 8 0.174306150516 86 118 0 8 0.164538294447 86 119 0 8 0.241935224524 86 121 0 8 0.167551570857 86 124 0 8 0.234854366528 87 96 0 8 0.210155128918 87 97 0 8 0.193076100733 87 98 0 8 0.216071729517 87 99 0 8 0.245938070927 87 100 0 8 0.214900966071 87 101 0 8 0.169210613251 87 102 0 8 0.21962891159 87 103 0 8 0.189617810598 87 104 0 8 0.187384284113 87 105 0 8 0.195640134487 87 106 0 8 0.217656277654 87 110 0 8 0.197689865099 87 111 0 8 0.179920219855 87 113 0 8 0.208520158904 87 114 0 8 0.191525384049 87 116 0 8 0.222210511675 87 118 0 8 0.211660303262 87 119 0 8 0.240837328823 87 120 0 8 0.207204961179 87 121 0 8 0.211488543579 87 122 0 8 0.20792518076 87 123 0 8 0.246461482537 87 124 0 8 0.204126949586 87 128 0 8 0.24858765922 87 129 0 8 0.175431696924 87 130 0 8 0.243375663685 87 131 0 8 0.184300091774 88 100 0 8 0.218054122526 88 101 0 8 0.173932052721 88 102 0 8 0.225661645156 88 103 0 8 0.21686872047 88 104 0 8 0.206965863893 88 118 0 8 0.208519182997 88 120 0 8 0.227933557328 88 121 0 8 0.221790546238 88 122 0 8 0.219731056553 88 123 0 8 0.18867833718 88 124 0 8 0.207362407556 88 129 0 8 0.190769381201 88 131 0 8 0.200621490599 89 98 0 8 0.222290536073 89 99 0 8 0.212782271343 89 100 0 8 0.215561980609 89 102 0 8 0.219807502624 89 103 0 8 0.197354478294 89 104 0 8 0.256999329457 89 105 0 8 0.187902165582 89 106 0 8 0.18956576221 89 110 0 8 0.189141567841 89 111 0 8 0.171471139838 89 113 0 8 0.19619607634 89 114 0 8 0.168027488313 89 116 0 8 0.180616692358 89 118 0 8 0.214039890538 89 119 0 8 0.205815919803 89 120 0 8 0.201633506459 89 121 0 8 0.233442553982 89 122 0 8 0.208678581188 89 123 0 8 0.171824743579 89 124 0 8 0.191385829306 89 128 0 8 0.183148521171 89 129 0 8 0.20815419367 89 130 0 8 0.176371820947 89 131 0 8 0.208761533307 90 99 0 8 0.209002257106 90 100 0 8 0.354450353156 90 101 0 8 0.178854203791 90 102 0 8 0.255274250671 90 103 0 8 0.260502186025 90 104 0 8 0.196200630574 90 105 0 8 0.204810409991 90 106 0 8 0.181936769619 90 110 0 8 0.215357690683 90 111 0 8 0.200442899565 90 113 0 8 0.206159439169 90 114 0 8 0.239492203274 90 118 0 8 0.205242736921 90 119 0 8 0.219441212088 90 120 0 8 0.264008620919 90 121 0 8 0.24915661317 90 122 0 8 0.263610125442 90 123 0 8 0.180091654235 90 124 0 8 0.207801240534 90 128 0 8 0.2050257602 90 129 0 8 0.256954763024 90 130 0 8 0.192166880441 90 131 0 8 0.236848470425 91 100 0 8 0.317406848552 91 101 0 8 0.178303141475 91 102 0 8 0.253776883585 91 103 0 8 0.256456074399 91 104 0 8 0.254309728965 91 105 0 8 0.204514059478 91 106 0 8 0.221402135136 91 110 0 8 0.217324143873 91 111 0 8 0.207734878838 91 113 0 8 0.21063332349 91 114 0 8 0.262023300188 91 116 0 8 0.183416570373 91 118 0 8 0.216277320652 91 119 0 8 0.234124062573 91 120 0 8 0.266842026588 91 121 0 8 0.3062650625 91 122 0 8 0.26246538619 91 123 0 8 0.18437328482 91 124 0 8 0.21470545931 91 128 0 8 0.211407543274 91 129 0 8 0.315625622555 91 130 0 8 0.205122375022 91 131 0 8 0.261783877599 92 101 0 8 0.19235685706 92 102 0 8 0.249505337375 92 103 0 8 0.250814029051 92 104 0 8 0.206619416805 92 105 0 8 0.194768649277 92 110 0 8 0.208182820284 92 111 0 8 0.194514588079 92 113 0 8 0.199461136831 92 114 0 8 0.214795242781 92 118 0 8 0.195682423803 92 119 0 8 0.22207323405 92 120 0 8 0.26021104035 92 121 0 8 0.238929104768 92 122 0 8 0.252447697855 92 123 0 8 0.180351896179 92 124 0 8 0.204055057749 92 128 0 8 0.194592985964 92 129 0 8 0.242880228084 92 130 0 8 0.178536708619 92 131 0 8 0.225563729125 93 102 0 8 0.238740754661 93 103 0 8 0.235447718161 93 104 0 8 0.214436759503 93 105 0 8 0.214470265653 93 106 0 8 0.183303039825 93 110 0 8 0.215000508614 93 111 0 8 0.19171698718 93 113 0 8 0.200941913493 93 114 0 8 0.23982628887 93 118 0 8 0.206055342391 93 119 0 8 0.236960374461 93 120 0 8 0.236712168707 93 121 0 8 0.247521643156 93 122 0 8 0.231062641403 93 124 0 8 0.188503649775 93 128 0 8 0.229223056161 93 129 0 8 0.247935427847 93 130 0 8 0.210929023399 93 131 0 8 0.262789062108 94 103 0 8 0.227614110341 94 104 0 8 0.205037471088 94 105 0 8 0.195045806947 94 106 0 8 0.165524936718 94 110 0 8 0.20074478022 94 111 0 8 0.180809271396 94 114 0 8 0.175711131712 94 118 0 8 0.198125770355 94 119 0 8 0.211683725037 94 120 0 8 0.225074799572 94 121 0 8 0.227024011733 94 122 0 8 0.221990607232 94 123 0 8 0.174452861912 94 124 0 8 0.20235112362 94 128 0 8 0.191133719923 94 129 0 8 0.203006608017 94 130 0 8 0.171094114321 94 131 0 8 0.198600061298 95 104 0 8 0.210622263208 95 105 0 8 0.20307004199 95 106 0 8 0.181531442791 95 110 0 8 0.216842370974 95 111 0 8 0.209009739062 95 113 0 8 0.210834360392 95 114 0 8 0.213607238306 95 118 0 8 0.19564729114 95 119 0 8 0.215980319534 95 120 0 8 0.256214699996 95 121 0 8 0.236814638972 95 122 0 8 0.249735326193 95 123 0 8 0.175960313373 95 124 0 8 0.208688665563 95 128 0 8 0.188896615111 95 129 0 8 0.239154214049 95 130 0 8 0.176130446544 95 131 0 8 0.223397540243 96 105 0 8 0.218638690993 96 106 0 8 0.223817830982 96 110 0 8 0.226150574708 96 111 0 8 0.220913205584 96 113 0 8 0.219572959572 96 114 0 8 0.221783389584 96 116 0 8 0.184725912655 96 118 0 8 0.214270855264 96 119 0 8 0.230311518092 96 120 0 8 0.264645888379 96 121 0 8 0.288542514286 96 122 0 8 0.255817505729 96 123 0 8 0.190866646628 96 124 0 8 0.218285737856 96 128 0 8 0.216213236074 96 129 0 8 0.254396584714 96 130 0 8 0.209059510333 96 131 0 8 0.242095598622 97 106 0 8 0.205292833495 97 110 0 8 0.228453715914 97 111 0 8 0.22501689574 97 113 0 8 0.219316946559 97 114 0 8 0.231761391023 97 118 0 8 0.193947911246 97 119 0 8 0.236218034315 97 120 0 8 0.256081000697 97 121 0 8 0.241539331467 97 122 0 8 0.25077369155 97 123 0 8 0.192557893962 97 124 0 8 0.208172410607 97 128 0 8 0.212347992599 97 129 0 8 0.251955515279 97 130 0 8 0.206287933629 97 131 0 8 0.258008092293 98 110 0 8 0.208306435208 98 111 0 8 0.201620494362 98 113 0 8 0.209383836856 98 114 0 8 0.19108655107 98 116 0 8 0.173399857946 98 118 0 8 0.195676568359 98 119 0 8 0.236965253997 98 120 0 8 0.217537867569 98 121 0 8 0.229171658377 98 122 0 8 0.217747362334 98 123 0 8 0.205275917769 98 124 0 8 0.213883420069 98 128 0 8 0.20150240958 98 129 0 8 0.207589143349 98 130 0 8 0.187472441072 98 131 0 8 0.223802541768 99 110 0 8 0.176283989291 99 113 0 8 0.184826431105 99 118 0 8 0.198941954152 99 119 0 8 0.197087404998 99 121 0 8 0.206069981001 99 123 0 8 0.253951245687 99 124 0 8 0.173702063903 99 128 0 8 0.25844139513 99 130 0 8 0.406872502532 100 110 0 8 0.248244465156 100 111 0 8 0.245095537633 100 113 0 8 0.230679109838 100 114 0 8 0.326638789362 100 118 0 8 0.220950290061 100 119 0 8 0.250810776027 100 120 0 8 0.439696887003 100 121 0 8 0.302846935913 100 122 0 8 0.419987563936 100 123 0 8 0.211776761532 100 124 0 8 0.234710908157 100 128 0 8 0.229365863928 100 129 0 8 0.324091754615 100 130 0 8 0.207987964129 100 131 0 8 0.261730202698 101 110 0 8 0.184198922718 101 111 0 8 0.174051113411 101 113 0 8 0.197140103992 101 114 0 8 0.18152461144 101 118 0 8 0.191429094529 101 119 0 8 0.204729084384 101 120 0 8 0.219637044151 101 121 0 8 0.242386418995 101 122 0 8 0.227546772738 101 123 0 8 0.209150269711 101 124 0 8 0.210042248975 101 128 0 8 0.167141039191 101 129 0 8 0.165809576344 101 130 0 8 0.199695354581 101 131 0 8 0.197858371758 102 111 0 8 0.227154458008 102 113 0 8 0.225411487587 102 114 0 8 0.233756145524 102 118 0 8 0.235215777528 102 119 0 8 0.248901576065 102 120 0 8 0.314746819333 102 121 0 8 0.261716865299 102 122 0 8 0.262706760593 102 123 0 8 0.201560638715 102 124 0 8 0.23355478332 102 127 0 8 0.192654834086 102 128 0 8 0.22146687032 102 129 0 8 0.244722415745 102 130 0 8 0.209322029395 102 131 0 8 0.234791908462 103 113 0 8 0.230107228166 103 114 0 8 0.247471871885 103 118 0 8 0.209962549879 103 119 0 8 0.245156369187 103 120 0 8 0.281109262712 103 121 0 8 0.260909139365 103 122 0 8 0.264966311273 103 123 0 8 0.207715360692 103 124 0 8 0.221542340484 103 128 0 8 0.218307207816 103 129 0 8 0.262843387614 103 130 0 8 0.201517373492 103 131 0 8 0.242477178373 104 113 0 8 0.214973508513 104 114 0 8 0.175557588965 104 118 0 8 0.206822405522 104 119 0 8 0.228289763489 104 120 0 8 0.218594449862 104 121 0 8 0.264857985564 104 122 0 8 0.220100600113 104 123 0 8 0.182975460278 104 124 0 8 0.19444106973 104 128 0 8 0.196060425227 104 129 0 8 0.213957263721 104 130 0 8 0.200453309243 104 131 0 8 0.199824824948 105 114 0 8 0.166986845839 105 118 0 8 0.178359093493 105 119 0 8 0.215369726873 105 120 0 8 0.207482444152 105 121 0 8 0.224737786255 105 122 0 8 0.203877767924 105 123 0 8 0.170386581536 105 124 0 8 0.180979079265 105 128 0 8 0.178115441973 105 129 0 8 0.190670489262 105 131 0 8 0.181752973746 106 116 0 8 0.252395649467 106 119 0 8 0.227258880088 106 120 0 8 0.195739351728 106 121 0 8 0.247004737595 106 122 0 8 0.198716194266 106 123 0 8 0.192583592854 106 124 0 8 0.181030151746 106 128 0 8 0.190480187341 106 129 0 8 0.226593636618 106 131 0 8 0.181296899739 107 119 0 8 0.165118633983 107 121 0 8 0.165971576954 108 119 0 8 0.213655708368 108 121 0 8 0.228790078626 108 124 0 8 0.208258615751 110 119 0 8 0.225917332866 110 120 0 8 0.24739900414 110 121 0 8 0.239609312149 110 122 0 8 0.241257619562 110 123 0 8 0.210884782269 110 124 0 8 0.215463413972 110 128 0 8 0.204608397182 110 129 0 8 0.233130914254 110 130 0 8 0.192064410175 110 131 0 8 0.226469696392 111 120 0 8 0.264297814779 111 121 0 8 0.264072380195 111 122 0 8 0.264019355899 111 123 0 8 0.231112737977 111 124 0 8 0.232287405052 111 128 0 8 0.21365733488 111 129 0 8 0.258606648764 111 130 0 8 0.226045176721 111 131 0 8 0.25056354618 112 121 0 8 0.186340063313 113 122 0 8 0.233319914965 113 123 0 8 0.21239353494 113 124 0 8 0.212539270428 113 128 0 8 0.195848328042 113 129 0 8 0.216103934457 113 130 0 8 0.191080370324 113 131 0 8 0.216056765605 114 123 0 8 0.236737216994 114 124 0 8 0.324229448426 114 128 0 8 0.253494521075 114 129 0 8 0.421190967001 114 130 0 8 0.253593413014 114 131 0 8 0.35371789753 115 129 0 8 0.1732733153 117 128 0 8 0.173409617019 117 129 0 8 0.176134350173 117 130 0 8 0.253662051827 117 131 0 8 0.256555616943 118 127 0 8 0.260284233397 118 128 0 8 0.251618827263 118 129 0 8 0.24710720786 118 130 0 8 0.467470006353 118 131 0 8 0.330102327869 119 128 0 8 0.260400691666 119 129 0 8 0.478507235864 119 130 0 8 0.528268328143 119 131 0 8 0.544968590429 120 129 0 8 0.538575887666 120 130 0 8 0.442038076137 120 131 0 8 0.534788695574 121 130 0 8 0.434771641379 121 131 0 8 0.485609677917 END