# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 242 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.306 0.025 0.011 0.012 0.272 0.373 2 Y 0.357 0.081 0.009 0.010 0.153 0.390 3 T 0.157 0.027 0.005 0.011 0.151 0.649 4 G 0.063 0.008 0.002 0.008 0.102 0.817 5 R 0.072 0.033 0.002 0.013 0.150 0.729 6 P 0.038 0.011 0.009 0.050 0.212 0.680 7 P 0.020 0.007 0.035 0.255 0.225 0.458 8 D 0.015 0.008 0.047 0.386 0.252 0.292 9 E 0.011 0.006 0.054 0.493 0.237 0.199 10 P 0.009 0.004 0.050 0.540 0.192 0.205 11 A 0.011 0.006 0.050 0.629 0.153 0.151 12 V 0.012 0.005 0.062 0.731 0.118 0.071 13 L 0.010 0.003 0.036 0.791 0.090 0.069 14 G 0.009 0.002 0.034 0.727 0.103 0.124 15 V 0.008 0.002 0.043 0.791 0.084 0.073 16 A 0.006 0.003 0.039 0.852 0.062 0.039 17 L 0.004 0.002 0.038 0.873 0.044 0.038 18 N 0.005 0.001 0.025 0.822 0.055 0.091 19 E 0.004 0.001 0.029 0.874 0.044 0.048 20 V 0.004 0.003 0.025 0.885 0.039 0.044 21 F 0.004 0.001 0.015 0.920 0.025 0.035 22 V 0.004 0.001 0.013 0.916 0.027 0.039 23 P 0.001 0.001 0.014 0.933 0.025 0.026 24 I 0.001 0.001 0.014 0.971 0.009 0.005 25 L 0.001 0.001 0.040 0.923 0.023 0.011 26 Q 0.001 0.001 0.136 0.816 0.037 0.010 27 K 0.002 0.001 0.123 0.761 0.081 0.032 28 Q 0.003 0.003 0.069 0.664 0.130 0.132 29 F 0.014 0.009 0.054 0.090 0.526 0.307 30 P 0.018 0.001 0.068 0.028 0.591 0.294 31 E 0.237 0.008 0.111 0.027 0.479 0.140 32 I 0.733 0.012 0.024 0.007 0.164 0.060 33 V 0.851 0.003 0.007 0.004 0.050 0.084 34 D 0.922 0.004 0.004 0.002 0.018 0.050 35 F 0.912 0.004 0.002 0.003 0.019 0.059 36 Y 0.875 0.006 0.002 0.004 0.030 0.083 37 L 0.729 0.024 0.002 0.003 0.073 0.169 38 P 0.382 0.028 0.008 0.005 0.419 0.158 39 P 0.069 0.006 0.050 0.007 0.784 0.084 40 E 0.038 0.005 0.064 0.007 0.827 0.058 41 G 0.091 0.007 0.041 0.007 0.775 0.079 42 C 0.279 0.019 0.016 0.014 0.381 0.291 43 S 0.549 0.061 0.012 0.009 0.217 0.151 44 Y 0.570 0.019 0.014 0.008 0.272 0.116 45 R 0.520 0.005 0.012 0.004 0.279 0.181 46 L 0.855 0.003 0.002 0.001 0.064 0.075 47 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 48 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 50 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 51 I 0.950 0.001 0.002 0.002 0.015 0.030 52 K 0.748 0.002 0.011 0.006 0.116 0.117 53 K 0.535 0.011 0.035 0.010 0.220 0.189 54 Q 0.309 0.045 0.017 0.007 0.239 0.384 55 Y 0.087 0.024 0.005 0.007 0.361 0.517 56 A 0.004 0.001 0.087 0.342 0.440 0.125 57 G 0.001 0.001 0.095 0.730 0.154 0.020 58 H 0.001 0.001 0.072 0.889 0.036 0.003 59 A 0.001 0.001 0.012 0.972 0.009 0.006 60 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 61 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 62 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 64 M 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 65 G 0.001 0.001 0.008 0.978 0.009 0.004 66 V 0.001 0.001 0.008 0.958 0.017 0.017 67 W 0.001 0.002 0.022 0.907 0.033 0.034 68 S 0.003 0.004 0.040 0.643 0.112 0.198 69 F 0.005 0.003 0.103 0.489 0.182 0.217 70 L 0.004 0.003 0.197 0.340 0.305 0.150 71 R 0.006 0.005 0.289 0.180 0.399 0.121 72 Q 0.013 0.009 0.296 0.114 0.464 0.104 73 F 0.032 0.012 0.244 0.056 0.531 0.125 74 M 0.059 0.010 0.193 0.034 0.520 0.184 75 Y 0.175 0.025 0.129 0.018 0.464 0.189 76 T 0.494 0.010 0.022 0.007 0.286 0.181 77 K 0.769 0.003 0.003 0.001 0.086 0.137 78 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 79 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 80 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 82 C 0.807 0.024 0.001 0.002 0.034 0.132 83 D 0.185 0.022 0.016 0.007 0.651 0.118 84 D 0.036 0.004 0.026 0.008 0.827 0.098 85 D 0.024 0.007 0.039 0.007 0.864 0.059 86 V 0.056 0.156 0.032 0.007 0.660 0.090 87 N 0.041 0.023 0.006 0.003 0.804 0.123 88 A 0.011 0.005 0.070 0.009 0.863 0.042 89 R 0.015 0.010 0.032 0.008 0.880 0.054 90 D 0.032 0.046 0.013 0.029 0.780 0.100 91 W 0.001 0.001 0.021 0.918 0.047 0.012 92 N 0.001 0.001 0.011 0.967 0.018 0.003 93 D 0.002 0.001 0.011 0.973 0.011 0.002 94 V 0.002 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 95 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 99 T 0.002 0.001 0.006 0.976 0.010 0.006 100 T 0.007 0.001 0.020 0.836 0.076 0.060 101 R 0.044 0.019 0.020 0.315 0.266 0.335 102 M 0.036 0.074 0.010 0.051 0.232 0.597 103 D 0.019 0.017 0.012 0.018 0.520 0.414 104 P 0.005 0.002 0.186 0.129 0.590 0.088 105 A 0.010 0.001 0.247 0.061 0.652 0.028 106 R 0.069 0.007 0.117 0.029 0.740 0.039 107 D 0.268 0.021 0.043 0.025 0.368 0.275 108 T 0.731 0.017 0.009 0.015 0.123 0.105 109 V 0.865 0.010 0.004 0.009 0.068 0.043 110 L 0.715 0.024 0.004 0.023 0.105 0.131 111 V 0.450 0.057 0.015 0.031 0.274 0.172 112 E 0.116 0.005 0.020 0.020 0.584 0.255 113 N 0.041 0.004 0.023 0.015 0.702 0.216 114 T 0.162 0.091 0.014 0.008 0.500 0.225 115 P 0.250 0.047 0.010 0.011 0.226 0.456 116 I 0.201 0.060 0.018 0.014 0.272 0.434 117 D 0.123 0.050 0.015 0.013 0.503 0.297 118 Y 0.151 0.041 0.019 0.039 0.406 0.344 119 L 0.142 0.048 0.020 0.021 0.424 0.345 120 D 0.153 0.074 0.020 0.012 0.606 0.135 121 F 0.093 0.029 0.046 0.020 0.591 0.222 122 A 0.040 0.024 0.049 0.014 0.672 0.201 123 S 0.047 0.035 0.041 0.013 0.681 0.184 124 P 0.048 0.063 0.046 0.023 0.458 0.361 125 V 0.032 0.046 0.093 0.040 0.569 0.221 126 S 0.023 0.017 0.089 0.044 0.625 0.202 127 G 0.038 0.023 0.076 0.042 0.651 0.171 128 L 0.058 0.043 0.079 0.042 0.590 0.189 129 G 0.088 0.011 0.020 0.016 0.502 0.363 130 S 0.275 0.008 0.019 0.015 0.356 0.326 131 K 0.694 0.022 0.009 0.012 0.109 0.154 132 M 0.871 0.014 0.005 0.011 0.036 0.064 133 G 0.929 0.005 0.005 0.009 0.020 0.033 134 L 0.915 0.004 0.005 0.008 0.022 0.047 135 D 0.839 0.006 0.010 0.015 0.061 0.069 136 A 0.729 0.008 0.015 0.027 0.092 0.129 137 T 0.565 0.015 0.014 0.027 0.166 0.212 138 N 0.454 0.020 0.010 0.016 0.240 0.261 139 K 0.216 0.023 0.012 0.019 0.299 0.431 140 W 0.077 0.021 0.019 0.031 0.373 0.479 141 P 0.054 0.013 0.039 0.042 0.461 0.391 142 G 0.043 0.014 0.079 0.062 0.512 0.289 143 E 0.041 0.011 0.112 0.069 0.514 0.252 144 T 0.054 0.019 0.096 0.086 0.434 0.311 145 Q 0.079 0.020 0.066 0.067 0.380 0.389 146 R 0.087 0.024 0.062 0.082 0.341 0.404 147 E 0.152 0.030 0.044 0.069 0.259 0.446 148 W 0.128 0.016 0.025 0.050 0.235 0.545 149 G 0.091 0.018 0.013 0.030 0.191 0.657 150 R 0.076 0.011 0.014 0.029 0.171 0.698 151 P 0.094 0.012 0.025 0.041 0.148 0.680 152 I 0.138 0.021 0.036 0.045 0.184 0.576 153 K 0.068 0.019 0.018 0.025 0.148 0.722 154 K 0.020 0.018 0.004 0.018 0.120 0.821 155 D 0.001 0.002 0.001 0.018 0.058 0.920 156 P 0.001 0.001 0.004 0.979 0.008 0.009 157 D 0.001 0.001 0.004 0.983 0.010 0.002 158 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.006 165 I 0.002 0.001 0.001 0.952 0.019 0.024 166 W 0.009 0.002 0.008 0.924 0.035 0.021 167 D 0.007 0.001 0.036 0.865 0.054 0.037 168 E 0.002 0.001 0.071 0.853 0.036 0.036 169 L 0.003 0.002 0.043 0.772 0.049 0.130 170 A 0.003 0.002 0.007 0.031 0.074 0.883 171 I 0.010 0.017 0.015 0.022 0.154 0.781 172 F 0.022 0.019 0.037 0.033 0.491 0.398 173 N 0.018 0.012 0.078 0.023 0.662 0.206 174 N 0.020 0.010 0.099 0.027 0.589 0.256 175 G 0.043 0.045 0.045 0.020 0.438 0.410 176 K 0.042 0.046 0.020 0.039 0.212 0.641 177 S 0.002 0.008 0.001 0.005 0.041 0.942