# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 242 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.001 0.025 0.788 0.005 0.004 0.008 0.003 0.001 0.028 0.023 0.010 0.017 0.085 2 Y 0.005 0.067 0.689 0.006 0.008 0.010 0.005 0.001 0.045 0.027 0.015 0.060 0.063 3 T 0.006 0.068 0.419 0.008 0.023 0.021 0.005 0.001 0.026 0.167 0.118 0.035 0.102 4 G 0.001 0.019 0.468 0.011 0.020 0.017 0.002 0.001 0.015 0.268 0.129 0.018 0.033 5 R 0.001 0.014 0.574 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.003 0.337 0.027 0.011 0.013 6 P 0.001 0.024 0.794 0.001 0.011 0.020 0.001 0.001 0.003 0.103 0.026 0.003 0.014 7 P 0.001 0.008 0.201 0.002 0.172 0.228 0.001 0.001 0.001 0.104 0.274 0.002 0.007 8 D 0.001 0.016 0.124 0.002 0.242 0.244 0.001 0.001 0.001 0.091 0.274 0.003 0.003 9 E 0.001 0.007 0.244 0.001 0.268 0.252 0.001 0.001 0.002 0.162 0.049 0.009 0.006 10 P 0.001 0.007 0.172 0.002 0.279 0.338 0.001 0.001 0.003 0.050 0.130 0.001 0.018 11 A 0.005 0.012 0.082 0.001 0.242 0.416 0.001 0.001 0.006 0.030 0.192 0.008 0.004 12 V 0.016 0.010 0.072 0.001 0.217 0.488 0.002 0.001 0.007 0.043 0.128 0.007 0.010 13 L 0.007 0.005 0.073 0.001 0.083 0.621 0.001 0.001 0.005 0.053 0.138 0.004 0.008 14 G 0.002 0.004 0.073 0.001 0.055 0.666 0.001 0.001 0.003 0.062 0.129 0.003 0.003 15 V 0.001 0.003 0.055 0.001 0.067 0.758 0.001 0.001 0.002 0.043 0.067 0.002 0.002 16 A 0.001 0.003 0.060 0.001 0.109 0.679 0.001 0.001 0.003 0.045 0.095 0.001 0.003 17 L 0.001 0.007 0.058 0.001 0.062 0.754 0.001 0.001 0.003 0.032 0.079 0.001 0.002 18 N 0.001 0.001 0.039 0.001 0.037 0.850 0.001 0.001 0.002 0.035 0.033 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.024 0.001 0.059 0.860 0.001 0.001 0.001 0.013 0.040 0.001 0.001 20 V 0.001 0.003 0.019 0.001 0.033 0.857 0.001 0.001 0.002 0.013 0.073 0.001 0.001 21 F 0.001 0.002 0.021 0.001 0.014 0.917 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 23 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.023 0.867 0.001 0.001 0.001 0.009 0.090 0.001 0.001 28 Q 0.001 0.004 0.037 0.001 0.017 0.777 0.001 0.001 0.001 0.029 0.130 0.001 0.003 29 F 0.001 0.005 0.305 0.003 0.032 0.301 0.001 0.001 0.002 0.232 0.108 0.006 0.005 30 P 0.001 0.002 0.139 0.004 0.101 0.113 0.001 0.001 0.002 0.125 0.508 0.001 0.006 31 E 0.002 0.005 0.119 0.006 0.112 0.048 0.001 0.001 0.012 0.128 0.539 0.015 0.011 32 I 0.009 0.025 0.388 0.004 0.060 0.049 0.014 0.014 0.179 0.081 0.042 0.015 0.120 33 V 0.016 0.011 0.172 0.120 0.017 0.022 0.024 0.043 0.328 0.085 0.015 0.124 0.023 34 D 0.022 0.008 0.124 0.066 0.040 0.020 0.031 0.070 0.387 0.049 0.029 0.023 0.130 35 F 0.028 0.014 0.156 0.029 0.031 0.019 0.060 0.180 0.299 0.038 0.027 0.053 0.065 36 Y 0.053 0.029 0.145 0.014 0.014 0.010 0.094 0.162 0.237 0.053 0.025 0.062 0.102 37 L 0.018 0.023 0.340 0.003 0.005 0.007 0.022 0.056 0.172 0.106 0.006 0.140 0.103 38 P 0.003 0.010 0.667 0.010 0.011 0.010 0.002 0.004 0.061 0.085 0.026 0.007 0.103 39 P 0.001 0.005 0.123 0.018 0.136 0.083 0.001 0.001 0.006 0.157 0.456 0.007 0.007 40 E 0.002 0.004 0.100 0.007 0.162 0.069 0.001 0.001 0.002 0.124 0.516 0.005 0.010 41 G 0.004 0.013 0.264 0.005 0.176 0.054 0.001 0.001 0.003 0.234 0.189 0.016 0.040 42 C 0.021 0.018 0.344 0.022 0.076 0.067 0.001 0.001 0.009 0.167 0.144 0.034 0.096 43 S 0.130 0.030 0.170 0.018 0.026 0.039 0.007 0.002 0.011 0.134 0.076 0.125 0.232 44 Y 0.209 0.013 0.185 0.060 0.010 0.018 0.009 0.001 0.017 0.082 0.047 0.187 0.161 45 R 0.374 0.006 0.078 0.030 0.002 0.012 0.017 0.003 0.019 0.024 0.013 0.133 0.287 46 L 0.593 0.002 0.029 0.019 0.001 0.005 0.033 0.002 0.009 0.005 0.001 0.075 0.225 47 A 0.703 0.001 0.010 0.007 0.001 0.002 0.054 0.001 0.008 0.002 0.001 0.157 0.054 48 V 0.740 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.065 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.163 49 V 0.800 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.058 0.001 0.003 0.001 0.001 0.082 0.037 50 T 0.662 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.051 0.001 0.008 0.001 0.001 0.127 0.138 51 I 0.391 0.003 0.040 0.012 0.005 0.003 0.028 0.001 0.007 0.006 0.002 0.062 0.440 52 K 0.173 0.006 0.162 0.156 0.016 0.011 0.010 0.001 0.008 0.079 0.017 0.223 0.139 53 K 0.050 0.028 0.215 0.031 0.034 0.032 0.003 0.001 0.007 0.207 0.065 0.052 0.276 54 Q 0.010 0.038 0.443 0.004 0.042 0.044 0.003 0.001 0.003 0.213 0.064 0.058 0.078 55 Y 0.001 0.008 0.568 0.001 0.022 0.042 0.001 0.001 0.002 0.267 0.053 0.008 0.028 56 A 0.001 0.001 0.062 0.001 0.084 0.337 0.001 0.001 0.001 0.059 0.455 0.001 0.001 57 G 0.001 0.002 0.053 0.001 0.051 0.528 0.001 0.001 0.001 0.086 0.279 0.001 0.001 58 H 0.001 0.005 0.050 0.001 0.034 0.835 0.001 0.001 0.001 0.038 0.034 0.001 0.003 59 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 67 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.916 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.001 0.001 68 S 0.001 0.001 0.024 0.001 0.008 0.714 0.001 0.001 0.001 0.027 0.225 0.001 0.001 69 F 0.001 0.008 0.154 0.001 0.026 0.486 0.001 0.001 0.001 0.083 0.238 0.001 0.003 70 L 0.001 0.009 0.142 0.001 0.105 0.372 0.001 0.001 0.001 0.111 0.254 0.002 0.003 71 R 0.001 0.002 0.147 0.001 0.193 0.218 0.001 0.001 0.001 0.109 0.324 0.002 0.002 72 Q 0.001 0.005 0.189 0.001 0.261 0.153 0.001 0.001 0.003 0.142 0.240 0.001 0.004 73 F 0.001 0.008 0.335 0.002 0.166 0.102 0.001 0.001 0.006 0.222 0.145 0.006 0.007 74 M 0.001 0.010 0.260 0.010 0.146 0.057 0.003 0.003 0.024 0.189 0.280 0.007 0.012 75 Y 0.001 0.030 0.324 0.018 0.073 0.015 0.014 0.012 0.111 0.116 0.240 0.014 0.031 76 T 0.002 0.011 0.527 0.006 0.004 0.003 0.009 0.051 0.285 0.060 0.014 0.012 0.016 77 K 0.008 0.002 0.280 0.063 0.001 0.001 0.021 0.032 0.316 0.226 0.015 0.018 0.019 78 F 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.098 0.425 0.434 0.002 0.001 0.005 0.009 79 V 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.132 0.774 0.073 0.001 0.001 0.002 0.003 80 I 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.198 0.716 0.063 0.001 0.001 0.003 0.003 81 V 0.025 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.176 0.573 0.188 0.001 0.001 0.014 0.011 82 C 0.015 0.012 0.148 0.007 0.001 0.001 0.099 0.180 0.466 0.015 0.007 0.007 0.042 83 D 0.002 0.008 0.548 0.009 0.003 0.002 0.003 0.007 0.172 0.199 0.023 0.008 0.017 84 D 0.001 0.009 0.166 0.002 0.043 0.007 0.001 0.001 0.009 0.381 0.373 0.002 0.006 85 D 0.001 0.013 0.150 0.001 0.128 0.005 0.001 0.001 0.005 0.266 0.427 0.001 0.003 86 V 0.001 0.085 0.339 0.001 0.122 0.006 0.001 0.001 0.010 0.283 0.139 0.007 0.008 87 N 0.001 0.053 0.683 0.001 0.043 0.005 0.001 0.001 0.004 0.134 0.069 0.001 0.008 88 A 0.001 0.008 0.058 0.001 0.081 0.047 0.001 0.001 0.001 0.150 0.654 0.001 0.001 89 R 0.001 0.008 0.088 0.001 0.050 0.074 0.001 0.001 0.001 0.245 0.534 0.001 0.001 90 D 0.001 0.019 0.483 0.001 0.015 0.146 0.001 0.001 0.001 0.301 0.030 0.001 0.005 91 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 93 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 98 I 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 99 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.023 0.814 0.001 0.001 0.001 0.008 0.140 0.001 0.001 100 T 0.001 0.001 0.045 0.002 0.023 0.573 0.001 0.001 0.001 0.050 0.295 0.002 0.006 101 R 0.002 0.007 0.227 0.003 0.030 0.230 0.001 0.001 0.002 0.123 0.350 0.011 0.016 102 M 0.002 0.083 0.520 0.001 0.014 0.055 0.001 0.001 0.003 0.213 0.050 0.010 0.049 103 D 0.001 0.017 0.833 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.084 0.012 0.005 0.023 104 P 0.001 0.001 0.044 0.003 0.246 0.129 0.001 0.001 0.001 0.078 0.496 0.001 0.003 105 A 0.001 0.003 0.034 0.002 0.201 0.092 0.001 0.001 0.001 0.067 0.596 0.002 0.002 106 R 0.001 0.014 0.193 0.003 0.189 0.050 0.001 0.001 0.003 0.190 0.339 0.005 0.012 107 D 0.008 0.009 0.378 0.009 0.025 0.013 0.002 0.001 0.027 0.139 0.328 0.007 0.052 108 T 0.244 0.020 0.155 0.037 0.006 0.007 0.077 0.029 0.084 0.059 0.030 0.086 0.165 109 V 0.424 0.011 0.040 0.003 0.003 0.003 0.100 0.095 0.078 0.008 0.003 0.105 0.127 110 L 0.404 0.015 0.036 0.005 0.002 0.004 0.094 0.105 0.114 0.009 0.002 0.054 0.156 111 V 0.075 0.013 0.277 0.008 0.005 0.004 0.022 0.024 0.244 0.024 0.008 0.160 0.136 112 E 0.006 0.004 0.204 0.058 0.016 0.008 0.003 0.005 0.043 0.232 0.321 0.023 0.076 113 N 0.001 0.012 0.185 0.027 0.019 0.003 0.001 0.001 0.011 0.305 0.419 0.008 0.010 114 T 0.001 0.019 0.665 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.217 0.018 0.036 0.023 115 P 0.001 0.040 0.673 0.004 0.012 0.004 0.001 0.001 0.022 0.104 0.065 0.010 0.063 116 I 0.005 0.099 0.381 0.005 0.042 0.011 0.006 0.018 0.032 0.197 0.118 0.032 0.053 117 D 0.006 0.034 0.507 0.025 0.059 0.013 0.005 0.004 0.023 0.170 0.071 0.032 0.052 118 Y 0.009 0.023 0.374 0.015 0.087 0.023 0.007 0.004 0.029 0.176 0.152 0.034 0.066 119 L 0.014 0.097 0.338 0.007 0.054 0.023 0.009 0.006 0.033 0.172 0.111 0.054 0.082 120 D 0.007 0.085 0.614 0.003 0.028 0.015 0.003 0.002 0.021 0.093 0.031 0.042 0.055 121 F 0.005 0.019 0.223 0.012 0.074 0.060 0.001 0.001 0.005 0.148 0.405 0.011 0.035 122 A 0.005 0.029 0.213 0.009 0.063 0.044 0.001 0.001 0.004 0.178 0.425 0.011 0.017 123 S 0.002 0.023 0.427 0.004 0.038 0.025 0.001 0.001 0.005 0.362 0.077 0.017 0.021 124 P 0.001 0.031 0.434 0.004 0.049 0.040 0.001 0.001 0.005 0.236 0.156 0.008 0.033 125 V 0.002 0.052 0.435 0.006 0.056 0.031 0.001 0.001 0.004 0.238 0.135 0.017 0.022 126 S 0.001 0.029 0.267 0.008 0.113 0.031 0.001 0.001 0.004 0.228 0.279 0.012 0.026 127 G 0.003 0.018 0.245 0.008 0.122 0.018 0.001 0.001 0.004 0.220 0.315 0.018 0.028 128 L 0.005 0.036 0.360 0.010 0.087 0.025 0.002 0.002 0.008 0.198 0.194 0.025 0.047 129 G 0.017 0.038 0.386 0.016 0.039 0.025 0.009 0.003 0.022 0.149 0.180 0.047 0.068 130 S 0.049 0.025 0.365 0.032 0.010 0.023 0.030 0.016 0.092 0.145 0.053 0.064 0.098 131 K 0.098 0.009 0.202 0.075 0.004 0.022 0.094 0.075 0.130 0.094 0.028 0.064 0.106 132 M 0.190 0.006 0.034 0.003 0.001 0.006 0.256 0.296 0.105 0.006 0.002 0.041 0.054 133 G 0.109 0.004 0.015 0.002 0.001 0.005 0.321 0.383 0.098 0.002 0.001 0.021 0.038 134 L 0.081 0.002 0.034 0.005 0.001 0.008 0.270 0.311 0.189 0.005 0.002 0.044 0.048 135 D 0.066 0.005 0.144 0.035 0.005 0.016 0.108 0.110 0.324 0.024 0.012 0.062 0.087 136 A 0.036 0.036 0.313 0.030 0.041 0.030 0.032 0.010 0.114 0.100 0.121 0.022 0.114 137 T 0.014 0.045 0.314 0.025 0.093 0.032 0.007 0.001 0.028 0.219 0.167 0.021 0.034 138 N 0.002 0.012 0.338 0.003 0.049 0.027 0.001 0.001 0.016 0.444 0.058 0.030 0.019 139 K 0.001 0.018 0.530 0.001 0.066 0.034 0.001 0.001 0.008 0.224 0.078 0.005 0.035 140 W 0.001 0.026 0.633 0.001 0.048 0.038 0.001 0.001 0.004 0.170 0.062 0.005 0.010 141 P 0.001 0.015 0.498 0.001 0.087 0.081 0.001 0.001 0.002 0.136 0.167 0.003 0.008 142 G 0.001 0.008 0.259 0.001 0.156 0.137 0.001 0.001 0.001 0.165 0.264 0.002 0.005 143 E 0.001 0.012 0.319 0.001 0.146 0.150 0.001 0.001 0.002 0.174 0.176 0.008 0.010 144 T 0.003 0.024 0.381 0.002 0.123 0.160 0.001 0.001 0.004 0.109 0.157 0.010 0.026 145 Q 0.007 0.025 0.398 0.007 0.108 0.116 0.001 0.001 0.004 0.134 0.143 0.014 0.041 146 R 0.017 0.022 0.313 0.007 0.078 0.134 0.004 0.001 0.006 0.134 0.153 0.067 0.065 147 E 0.032 0.043 0.283 0.007 0.063 0.141 0.004 0.001 0.006 0.130 0.117 0.025 0.148 148 W 0.005 0.016 0.398 0.012 0.025 0.122 0.001 0.001 0.005 0.212 0.075 0.087 0.041 149 G 0.002 0.015 0.499 0.012 0.019 0.095 0.001 0.001 0.006 0.140 0.120 0.008 0.084 150 R 0.001 0.016 0.459 0.005 0.019 0.096 0.001 0.001 0.011 0.213 0.048 0.102 0.028 151 P 0.001 0.029 0.740 0.003 0.018 0.037 0.001 0.001 0.013 0.026 0.029 0.007 0.095 152 I 0.003 0.058 0.593 0.011 0.024 0.042 0.002 0.001 0.028 0.103 0.060 0.034 0.043 153 K 0.002 0.037 0.470 0.004 0.017 0.038 0.001 0.001 0.019 0.233 0.084 0.027 0.068 154 K 0.001 0.023 0.693 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.007 0.201 0.015 0.018 0.018 155 D 0.001 0.007 0.863 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 0.075 0.004 0.001 0.014 156 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 157 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.941 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 159 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 160 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 163 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 165 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 166 W 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 167 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 168 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.912 0.001 0.001 0.001 0.005 0.068 0.001 0.001 169 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.019 0.384 0.001 0.001 0.001 0.020 0.556 0.001 0.001 170 A 0.001 0.006 0.130 0.001 0.018 0.074 0.001 0.001 0.003 0.072 0.693 0.001 0.002 171 I 0.001 0.017 0.708 0.001 0.021 0.022 0.001 0.001 0.002 0.192 0.025 0.003 0.009 172 F 0.001 0.020 0.276 0.001 0.119 0.094 0.001 0.001 0.002 0.190 0.283 0.003 0.013 173 N 0.001 0.004 0.062 0.001 0.129 0.067 0.001 0.001 0.001 0.103 0.631 0.001 0.001 174 N 0.001 0.003 0.251 0.002 0.087 0.042 0.001 0.001 0.001 0.288 0.319 0.002 0.005 175 G 0.001 0.019 0.468 0.001 0.027 0.023 0.001 0.001 0.002 0.264 0.174 0.004 0.017 176 K 0.001 0.093 0.720 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.009 0.062 0.036 0.018 0.029 177 S 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009