# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 122.572 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.012 0.016 0.009 0.026 0.026 0.036 0.097 0.150 0.216 0.207 0.204 2 Y 0.030 0.027 0.022 0.065 0.080 0.113 0.178 0.143 0.144 0.111 0.088 3 T 0.024 0.032 0.015 0.044 0.046 0.055 0.134 0.155 0.191 0.157 0.147 4 G 0.060 0.033 0.011 0.051 0.060 0.071 0.119 0.152 0.166 0.159 0.118 5 R 0.105 0.116 0.033 0.131 0.157 0.129 0.124 0.078 0.059 0.040 0.029 6 P 0.045 0.045 0.017 0.075 0.087 0.101 0.159 0.148 0.145 0.106 0.071 7 P 0.149 0.068 0.028 0.092 0.118 0.132 0.150 0.099 0.073 0.053 0.038 8 D 0.101 0.184 0.076 0.201 0.143 0.096 0.089 0.045 0.033 0.021 0.015 9 E 0.044 0.033 0.016 0.042 0.050 0.072 0.138 0.158 0.172 0.160 0.117 10 P 0.167 0.104 0.061 0.147 0.138 0.118 0.114 0.057 0.045 0.029 0.022 11 A 0.060 0.066 0.064 0.149 0.136 0.131 0.162 0.093 0.071 0.042 0.026 12 V 0.031 0.032 0.043 0.100 0.102 0.134 0.167 0.121 0.118 0.089 0.064 13 L 0.008 0.015 0.031 0.039 0.043 0.049 0.122 0.136 0.188 0.181 0.187 14 G 0.015 0.019 0.052 0.062 0.058 0.087 0.163 0.147 0.162 0.135 0.101 15 V 0.026 0.030 0.121 0.140 0.169 0.178 0.161 0.066 0.057 0.034 0.018 16 A 0.029 0.025 0.142 0.080 0.067 0.080 0.159 0.114 0.113 0.099 0.092 17 L 0.004 0.011 0.035 0.036 0.038 0.066 0.154 0.140 0.196 0.185 0.134 18 N 0.008 0.013 0.076 0.039 0.040 0.061 0.164 0.151 0.190 0.152 0.105 19 E 0.055 0.050 0.297 0.191 0.138 0.119 0.084 0.031 0.018 0.010 0.006 20 V 0.013 0.022 0.121 0.074 0.091 0.118 0.220 0.125 0.104 0.071 0.043 21 F 0.001 0.002 0.007 0.007 0.006 0.009 0.043 0.087 0.197 0.292 0.351 22 V 0.001 0.003 0.012 0.025 0.067 0.165 0.311 0.161 0.128 0.078 0.048 23 P 0.149 0.087 0.525 0.136 0.052 0.027 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 24 I 0.002 0.006 0.014 0.049 0.099 0.165 0.339 0.157 0.095 0.050 0.024 25 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.005 0.028 0.070 0.200 0.303 0.377 26 Q 0.003 0.007 0.066 0.178 0.258 0.228 0.173 0.050 0.024 0.009 0.003 27 K 0.017 0.039 0.664 0.150 0.067 0.036 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 28 Q 0.004 0.012 0.013 0.043 0.080 0.194 0.366 0.158 0.078 0.039 0.015 29 F 0.006 0.008 0.005 0.017 0.022 0.041 0.133 0.182 0.217 0.199 0.170 30 P 0.161 0.217 0.204 0.162 0.107 0.064 0.044 0.019 0.012 0.006 0.004 31 E 0.308 0.174 0.106 0.200 0.115 0.055 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 32 I 0.004 0.004 0.003 0.010 0.012 0.020 0.070 0.124 0.211 0.257 0.283 33 V 0.025 0.050 0.047 0.157 0.173 0.194 0.180 0.084 0.053 0.022 0.013 34 D 0.043 0.093 0.122 0.205 0.159 0.136 0.121 0.059 0.036 0.018 0.008 35 F 0.006 0.007 0.007 0.022 0.028 0.048 0.128 0.180 0.213 0.209 0.152 36 Y 0.040 0.055 0.024 0.121 0.148 0.135 0.186 0.117 0.092 0.048 0.034 37 L 0.015 0.020 0.010 0.038 0.043 0.055 0.116 0.147 0.195 0.190 0.170 38 P 0.030 0.056 0.022 0.111 0.133 0.141 0.173 0.130 0.105 0.062 0.035 39 P 0.231 0.110 0.033 0.122 0.107 0.105 0.110 0.071 0.056 0.035 0.020 40 E 0.166 0.090 0.025 0.122 0.108 0.109 0.143 0.091 0.071 0.048 0.026 41 G 0.095 0.052 0.025 0.076 0.063 0.082 0.128 0.116 0.142 0.119 0.101 42 C 0.063 0.054 0.036 0.108 0.099 0.115 0.176 0.115 0.109 0.077 0.048 43 S 0.031 0.038 0.036 0.096 0.099 0.113 0.177 0.138 0.129 0.087 0.055 44 Y 0.016 0.019 0.032 0.080 0.111 0.136 0.215 0.151 0.127 0.079 0.034 45 R 0.009 0.015 0.028 0.093 0.122 0.153 0.245 0.138 0.103 0.065 0.030 46 L 0.002 0.005 0.023 0.024 0.022 0.036 0.092 0.145 0.213 0.253 0.185 47 A 0.002 0.003 0.010 0.014 0.013 0.019 0.098 0.186 0.243 0.260 0.151 48 V 0.001 0.007 0.040 0.044 0.038 0.054 0.138 0.177 0.193 0.180 0.128 49 V 0.001 0.002 0.014 0.009 0.010 0.016 0.076 0.134 0.275 0.277 0.186 50 T 0.011 0.041 0.073 0.203 0.213 0.153 0.177 0.071 0.040 0.013 0.004 51 I 0.002 0.004 0.006 0.011 0.012 0.019 0.089 0.136 0.293 0.270 0.159 52 K 0.023 0.077 0.085 0.305 0.263 0.138 0.081 0.019 0.008 0.002 0.001 53 K 0.142 0.124 0.078 0.169 0.135 0.115 0.128 0.061 0.032 0.013 0.005 54 Q 0.100 0.117 0.078 0.240 0.199 0.124 0.076 0.036 0.018 0.009 0.003 55 Y 0.024 0.085 0.024 0.073 0.084 0.129 0.207 0.152 0.118 0.072 0.032 56 A 0.167 0.133 0.084 0.195 0.177 0.108 0.076 0.031 0.018 0.008 0.003 57 G 0.588 0.154 0.080 0.083 0.043 0.024 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 58 H 0.013 0.043 0.039 0.132 0.138 0.158 0.204 0.114 0.089 0.047 0.024 59 A 0.013 0.007 0.013 0.015 0.021 0.044 0.145 0.165 0.227 0.198 0.152 60 K 0.018 0.021 0.111 0.183 0.208 0.209 0.146 0.054 0.031 0.014 0.006 61 R 0.006 0.026 0.218 0.175 0.156 0.146 0.144 0.063 0.039 0.019 0.008 62 V 0.001 0.001 0.010 0.009 0.009 0.015 0.069 0.115 0.211 0.275 0.283 63 M 0.001 0.001 0.012 0.011 0.016 0.038 0.156 0.168 0.229 0.218 0.151 64 M 0.003 0.008 0.264 0.111 0.110 0.115 0.155 0.092 0.071 0.046 0.025 65 G 0.001 0.003 0.035 0.019 0.029 0.070 0.248 0.179 0.170 0.142 0.105 66 V 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.005 0.032 0.076 0.201 0.328 0.341 67 W 0.003 0.004 0.026 0.023 0.029 0.051 0.142 0.163 0.213 0.188 0.157 68 S 0.007 0.013 0.118 0.049 0.051 0.078 0.176 0.143 0.166 0.118 0.080 69 F 0.005 0.006 0.023 0.021 0.027 0.052 0.161 0.152 0.216 0.194 0.143 70 L 0.015 0.012 0.021 0.038 0.037 0.058 0.145 0.156 0.215 0.184 0.119 71 R 0.035 0.030 0.063 0.090 0.107 0.158 0.222 0.115 0.092 0.057 0.032 72 Q 0.019 0.025 0.058 0.055 0.040 0.055 0.129 0.131 0.178 0.166 0.144 73 F 0.026 0.019 0.020 0.038 0.032 0.052 0.127 0.145 0.188 0.187 0.167 74 M 0.040 0.034 0.047 0.080 0.084 0.119 0.186 0.121 0.121 0.095 0.073 75 Y 0.015 0.020 0.047 0.071 0.071 0.083 0.173 0.141 0.167 0.137 0.074 76 T 0.016 0.022 0.030 0.084 0.107 0.109 0.173 0.141 0.158 0.103 0.055 77 K 0.001 0.004 0.009 0.026 0.043 0.070 0.208 0.243 0.211 0.131 0.052 78 F 0.001 0.002 0.005 0.018 0.040 0.103 0.225 0.247 0.190 0.113 0.059 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.127 0.218 0.304 0.297 80 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.054 0.154 0.259 0.285 0.233 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.044 0.116 0.264 0.301 0.262 82 C 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.020 0.079 0.150 0.244 0.254 0.230 83 D 0.004 0.010 0.009 0.056 0.091 0.119 0.230 0.215 0.145 0.077 0.044 84 D 0.174 0.100 0.054 0.213 0.192 0.118 0.082 0.039 0.017 0.007 0.003 85 D 0.042 0.078 0.036 0.189 0.178 0.158 0.151 0.081 0.050 0.025 0.013 86 V 0.004 0.003 0.001 0.008 0.014 0.025 0.067 0.120 0.228 0.255 0.275 87 N 0.062 0.150 0.037 0.155 0.143 0.133 0.151 0.069 0.052 0.027 0.021 88 A 0.020 0.012 0.006 0.024 0.026 0.042 0.100 0.130 0.200 0.213 0.228 89 R 0.121 0.097 0.033 0.162 0.177 0.148 0.120 0.061 0.042 0.022 0.017 90 D 0.018 0.138 0.038 0.146 0.135 0.129 0.156 0.092 0.075 0.047 0.026 91 W 0.006 0.007 0.005 0.027 0.057 0.091 0.168 0.161 0.187 0.162 0.128 92 N 0.153 0.129 0.064 0.186 0.181 0.131 0.101 0.029 0.017 0.006 0.003 93 D 0.003 0.014 0.019 0.143 0.174 0.204 0.268 0.108 0.044 0.017 0.008 94 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.022 0.064 0.187 0.323 0.391 95 I 0.001 0.001 0.005 0.010 0.015 0.036 0.179 0.199 0.216 0.205 0.135 96 W 0.001 0.003 0.144 0.132 0.119 0.129 0.145 0.112 0.097 0.078 0.041 97 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.022 0.162 0.198 0.218 0.231 0.158 98 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.007 0.052 0.142 0.270 0.315 0.200 99 T 0.001 0.003 0.014 0.015 0.020 0.034 0.110 0.148 0.231 0.233 0.193 100 T 0.007 0.016 0.043 0.103 0.119 0.146 0.220 0.156 0.120 0.052 0.018 101 R 0.018 0.034 0.048 0.073 0.084 0.129 0.251 0.157 0.121 0.064 0.022 102 M 0.009 0.010 0.011 0.026 0.025 0.034 0.088 0.140 0.226 0.234 0.198 103 D 0.032 0.094 0.030 0.130 0.162 0.163 0.184 0.101 0.062 0.028 0.014 104 P 0.066 0.056 0.029 0.088 0.087 0.092 0.149 0.143 0.145 0.099 0.046 105 A 0.307 0.115 0.041 0.147 0.119 0.088 0.081 0.045 0.030 0.016 0.010 106 R 0.026 0.043 0.023 0.123 0.117 0.137 0.189 0.140 0.110 0.061 0.031 107 D 0.006 0.011 0.008 0.033 0.043 0.068 0.143 0.180 0.203 0.187 0.119 108 T 0.007 0.012 0.012 0.041 0.050 0.082 0.154 0.167 0.179 0.160 0.136 109 V 0.003 0.005 0.007 0.021 0.036 0.061 0.150 0.201 0.227 0.182 0.106 110 L 0.001 0.004 0.003 0.020 0.030 0.050 0.131 0.171 0.209 0.201 0.181 111 V 0.002 0.004 0.005 0.017 0.026 0.040 0.110 0.164 0.234 0.219 0.180 112 E 0.062 0.060 0.052 0.211 0.185 0.146 0.129 0.076 0.047 0.021 0.011 113 N 0.140 0.125 0.057 0.197 0.135 0.119 0.107 0.058 0.034 0.019 0.009 114 T 0.015 0.021 0.010 0.046 0.054 0.070 0.148 0.178 0.178 0.165 0.116 115 P 0.185 0.194 0.049 0.162 0.117 0.085 0.089 0.046 0.036 0.022 0.016 116 I 0.016 0.011 0.006 0.024 0.033 0.050 0.096 0.130 0.204 0.204 0.227 117 D 0.037 0.053 0.017 0.095 0.101 0.110 0.167 0.147 0.125 0.085 0.064 118 Y 0.019 0.024 0.013 0.070 0.087 0.118 0.200 0.168 0.150 0.095 0.056 119 L 0.006 0.004 0.004 0.010 0.012 0.025 0.065 0.114 0.211 0.254 0.295 120 D 0.008 0.012 0.009 0.047 0.060 0.087 0.153 0.181 0.184 0.151 0.108 121 F 0.006 0.011 0.008 0.030 0.041 0.067 0.151 0.189 0.202 0.175 0.119 122 A 0.017 0.019 0.014 0.038 0.042 0.055 0.120 0.148 0.185 0.185 0.177 123 S 0.026 0.019 0.009 0.042 0.056 0.072 0.134 0.157 0.168 0.160 0.159 124 P 0.096 0.116 0.052 0.176 0.135 0.111 0.105 0.070 0.058 0.045 0.036 125 V 0.122 0.081 0.042 0.109 0.103 0.110 0.133 0.096 0.083 0.070 0.050 126 S 0.196 0.097 0.036 0.101 0.090 0.083 0.102 0.086 0.082 0.070 0.059 127 G 0.165 0.094 0.040 0.109 0.090 0.088 0.106 0.075 0.082 0.073 0.077 128 L 0.047 0.058 0.028 0.095 0.094 0.108 0.151 0.110 0.115 0.100 0.093 129 G 0.070 0.062 0.023 0.081 0.100 0.097 0.130 0.120 0.122 0.103 0.093 130 S 0.020 0.019 0.009 0.044 0.062 0.071 0.122 0.141 0.174 0.165 0.172 131 K 0.009 0.016 0.010 0.051 0.096 0.142 0.194 0.150 0.139 0.103 0.091 132 M 0.004 0.002 0.002 0.007 0.011 0.020 0.079 0.156 0.233 0.248 0.238 133 G 0.003 0.002 0.002 0.008 0.011 0.024 0.083 0.131 0.195 0.241 0.300 134 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.031 0.073 0.178 0.303 0.398 135 D 0.001 0.003 0.003 0.015 0.025 0.046 0.124 0.193 0.220 0.202 0.169 136 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.019 0.081 0.128 0.201 0.262 0.287 137 T 0.006 0.013 0.013 0.059 0.081 0.097 0.177 0.160 0.163 0.137 0.094 138 N 0.034 0.054 0.021 0.144 0.182 0.160 0.156 0.106 0.075 0.044 0.023 139 K 0.085 0.106 0.054 0.164 0.151 0.117 0.123 0.083 0.058 0.040 0.020 140 W 0.063 0.055 0.029 0.095 0.105 0.109 0.179 0.128 0.107 0.083 0.049 141 P 0.313 0.218 0.037 0.112 0.081 0.066 0.068 0.040 0.033 0.021 0.012 142 G 0.411 0.153 0.048 0.132 0.081 0.058 0.046 0.026 0.023 0.015 0.007 143 E 0.464 0.136 0.049 0.080 0.047 0.039 0.052 0.035 0.038 0.032 0.028 144 T 0.145 0.134 0.067 0.139 0.113 0.106 0.129 0.074 0.054 0.028 0.012 145 Q 0.146 0.132 0.074 0.155 0.136 0.118 0.104 0.063 0.040 0.023 0.010 146 R 0.063 0.098 0.111 0.213 0.178 0.118 0.100 0.053 0.035 0.019 0.011 147 E 0.096 0.087 0.102 0.152 0.148 0.122 0.124 0.072 0.055 0.029 0.013 148 W 0.019 0.026 0.022 0.079 0.106 0.122 0.226 0.165 0.124 0.073 0.039 149 G 0.155 0.085 0.060 0.106 0.105 0.112 0.144 0.098 0.069 0.042 0.022 150 R 0.186 0.236 0.129 0.160 0.115 0.067 0.058 0.024 0.015 0.007 0.003 151 P 0.331 0.196 0.089 0.173 0.096 0.052 0.037 0.013 0.008 0.004 0.001 152 I 0.033 0.015 0.007 0.025 0.036 0.056 0.156 0.158 0.193 0.181 0.140 153 K 0.211 0.248 0.152 0.172 0.100 0.050 0.041 0.015 0.007 0.003 0.001 154 K 0.069 0.131 0.074 0.123 0.136 0.177 0.142 0.069 0.038 0.026 0.015 155 D 0.054 0.534 0.090 0.129 0.076 0.044 0.037 0.017 0.010 0.006 0.003 156 P 0.899 0.045 0.020 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.787 0.114 0.059 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.002 0.005 0.023 0.027 0.026 0.119 0.405 0.222 0.112 0.045 0.015 159 V 0.002 0.004 0.037 0.098 0.195 0.309 0.253 0.071 0.022 0.007 0.002 160 A 0.011 0.021 0.937 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.001 0.009 0.141 0.272 0.271 0.203 0.077 0.018 0.005 0.002 0.001 162 I 0.001 0.001 0.017 0.002 0.003 0.007 0.076 0.119 0.238 0.288 0.249 163 D 0.002 0.007 0.298 0.292 0.241 0.113 0.039 0.006 0.002 0.001 0.001 164 A 0.008 0.024 0.900 0.045 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.002 0.006 0.079 0.055 0.069 0.138 0.325 0.152 0.098 0.051 0.025 166 W 0.001 0.001 0.019 0.006 0.011 0.026 0.211 0.216 0.239 0.179 0.091 167 D 0.009 0.030 0.622 0.201 0.091 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 168 E 0.006 0.029 0.330 0.172 0.165 0.169 0.090 0.023 0.010 0.005 0.001 169 L 0.002 0.002 0.006 0.007 0.012 0.027 0.121 0.188 0.269 0.226 0.138 170 A 0.023 0.043 0.067 0.080 0.098 0.128 0.231 0.116 0.098 0.069 0.047 171 I 0.007 0.024 0.077 0.053 0.054 0.050 0.116 0.124 0.166 0.176 0.152 172 F 0.056 0.099 0.107 0.212 0.181 0.132 0.119 0.050 0.026 0.011 0.006 173 N 0.262 0.140 0.081 0.132 0.111 0.089 0.093 0.043 0.026 0.015 0.007 174 N 0.336 0.233 0.068 0.145 0.083 0.049 0.042 0.019 0.013 0.008 0.004 175 G 0.449 0.116 0.038 0.079 0.063 0.058 0.062 0.041 0.041 0.032 0.022 176 K 0.253 0.225 0.065 0.133 0.095 0.071 0.069 0.036 0.025 0.017 0.011 177 S 0.264 0.207 0.057 0.131 0.091 0.063 0.063 0.043 0.038 0.026 0.017