# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 122.572 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.051 0.005 0.006 0.103 0.115 0.150 0.097 0.001 0.001 0.007 0.464 2 Y 0.017 0.003 0.006 0.138 0.169 0.192 0.068 0.001 0.001 0.004 0.403 3 T 0.006 0.002 0.001 0.122 0.136 0.227 0.086 0.001 0.001 0.002 0.417 4 G 0.014 0.002 0.001 0.079 0.100 0.174 0.060 0.001 0.001 0.003 0.566 5 R 0.016 0.002 0.001 0.091 0.053 0.124 0.061 0.001 0.001 0.003 0.648 6 P 0.011 0.001 0.001 0.025 0.014 0.050 0.060 0.001 0.001 0.002 0.837 7 P 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.959 8 D 0.024 0.002 0.001 0.016 0.009 0.024 0.091 0.001 0.001 0.002 0.832 9 E 0.143 0.006 0.001 0.009 0.005 0.007 0.063 0.001 0.001 0.002 0.763 10 P 0.014 0.015 0.001 0.003 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.938 11 A 0.051 0.069 0.001 0.007 0.009 0.017 0.393 0.001 0.001 0.007 0.446 12 V 0.110 0.421 0.002 0.010 0.009 0.023 0.178 0.002 0.001 0.004 0.242 13 L 0.030 0.870 0.001 0.007 0.007 0.009 0.009 0.002 0.001 0.001 0.066 14 G 0.046 0.817 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.114 15 V 0.075 0.727 0.012 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.167 16 A 0.038 0.673 0.004 0.004 0.002 0.002 0.009 0.014 0.001 0.001 0.253 17 L 0.038 0.804 0.003 0.003 0.002 0.003 0.023 0.008 0.001 0.002 0.114 18 N 0.015 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.056 19 E 0.013 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.061 20 V 0.070 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.038 21 F 0.095 0.859 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 22 V 0.006 0.967 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 23 P 0.003 0.245 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.744 24 I 0.074 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.051 25 L 0.017 0.921 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.048 26 Q 0.030 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 27 K 0.115 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 28 Q 0.194 0.623 0.010 0.001 0.003 0.002 0.003 0.045 0.001 0.001 0.117 29 F 0.376 0.229 0.133 0.011 0.005 0.007 0.011 0.031 0.001 0.002 0.197 30 P 0.002 0.003 0.023 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.960 31 E 0.025 0.005 0.002 0.126 0.040 0.049 0.098 0.003 0.001 0.001 0.652 32 I 0.294 0.011 0.005 0.057 0.009 0.017 0.033 0.001 0.001 0.005 0.569 33 V 0.038 0.046 0.003 0.421 0.087 0.113 0.082 0.001 0.001 0.002 0.207 34 D 0.046 0.017 0.001 0.127 0.041 0.064 0.114 0.001 0.001 0.003 0.587 35 F 0.107 0.031 0.003 0.238 0.074 0.128 0.062 0.002 0.001 0.006 0.350 36 Y 0.068 0.027 0.007 0.110 0.082 0.152 0.139 0.003 0.001 0.008 0.403 37 L 0.047 0.012 0.013 0.063 0.048 0.098 0.067 0.002 0.001 0.005 0.643 38 P 0.013 0.005 0.002 0.041 0.040 0.086 0.050 0.001 0.001 0.001 0.761 39 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.968 40 E 0.033 0.008 0.001 0.021 0.025 0.073 0.159 0.001 0.001 0.004 0.675 41 G 0.420 0.017 0.001 0.012 0.014 0.014 0.051 0.003 0.001 0.007 0.463 42 C 0.392 0.114 0.008 0.020 0.020 0.025 0.069 0.001 0.001 0.006 0.345 43 S 0.044 0.067 0.006 0.040 0.067 0.110 0.123 0.002 0.001 0.004 0.537 44 Y 0.059 0.082 0.005 0.060 0.105 0.153 0.073 0.002 0.001 0.006 0.455 45 R 0.039 0.090 0.004 0.085 0.133 0.243 0.079 0.003 0.001 0.007 0.317 46 L 0.033 0.043 0.005 0.108 0.230 0.381 0.051 0.004 0.001 0.006 0.138 47 A 0.011 0.029 0.003 0.250 0.311 0.347 0.013 0.001 0.001 0.001 0.034 48 V 0.004 0.028 0.002 0.228 0.261 0.403 0.011 0.001 0.001 0.001 0.062 49 V 0.002 0.016 0.001 0.301 0.271 0.365 0.008 0.001 0.001 0.001 0.035 50 T 0.004 0.021 0.002 0.264 0.201 0.350 0.032 0.001 0.001 0.001 0.123 51 I 0.007 0.021 0.005 0.223 0.158 0.303 0.051 0.001 0.001 0.002 0.228 52 K 0.009 0.021 0.003 0.172 0.111 0.287 0.087 0.002 0.001 0.003 0.305 53 K 0.022 0.025 0.001 0.056 0.031 0.097 0.109 0.003 0.001 0.005 0.651 54 Q 0.127 0.047 0.004 0.028 0.019 0.033 0.138 0.006 0.001 0.009 0.587 55 Y 0.216 0.062 0.009 0.008 0.008 0.009 0.102 0.004 0.001 0.003 0.578 56 A 0.017 0.023 0.003 0.003 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.922 57 G 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.164 0.001 0.001 0.002 0.793 58 H 0.217 0.125 0.003 0.001 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.002 0.548 59 A 0.037 0.714 0.001 0.002 0.001 0.003 0.060 0.001 0.001 0.002 0.179 60 K 0.019 0.797 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.150 61 R 0.017 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.086 62 V 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 63 M 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 M 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 65 G 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 66 V 0.010 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 67 W 0.005 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 68 S 0.024 0.936 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 69 F 0.042 0.889 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.046 70 L 0.083 0.720 0.020 0.003 0.002 0.003 0.013 0.028 0.001 0.001 0.126 71 R 0.089 0.431 0.076 0.003 0.004 0.005 0.035 0.020 0.001 0.003 0.334 72 Q 0.139 0.462 0.016 0.006 0.010 0.011 0.028 0.025 0.001 0.003 0.299 73 F 0.257 0.366 0.013 0.009 0.012 0.015 0.021 0.022 0.001 0.004 0.281 74 M 0.106 0.255 0.011 0.016 0.042 0.027 0.039 0.020 0.001 0.003 0.482 75 Y 0.146 0.126 0.011 0.035 0.057 0.075 0.069 0.025 0.001 0.008 0.446 76 T 0.169 0.044 0.020 0.091 0.138 0.137 0.106 0.018 0.001 0.011 0.266 77 K 0.044 0.005 0.021 0.182 0.094 0.103 0.086 0.004 0.001 0.006 0.454 78 F 0.015 0.001 0.021 0.381 0.171 0.196 0.056 0.001 0.001 0.004 0.155 79 V 0.002 0.001 0.002 0.668 0.163 0.124 0.014 0.001 0.001 0.001 0.026 80 I 0.001 0.001 0.001 0.548 0.133 0.138 0.021 0.001 0.001 0.001 0.159 81 V 0.001 0.001 0.001 0.621 0.153 0.187 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 82 C 0.001 0.001 0.001 0.572 0.082 0.155 0.034 0.001 0.001 0.001 0.155 83 D 0.001 0.001 0.001 0.426 0.132 0.180 0.044 0.001 0.001 0.003 0.214 84 D 0.001 0.001 0.001 0.160 0.044 0.097 0.111 0.001 0.001 0.006 0.581 85 D 0.019 0.001 0.001 0.062 0.022 0.046 0.310 0.001 0.001 0.029 0.511 86 V 0.273 0.002 0.002 0.056 0.032 0.034 0.189 0.001 0.001 0.081 0.330 87 N 0.106 0.007 0.002 0.010 0.013 0.012 0.480 0.001 0.001 0.012 0.357 88 A 0.028 0.004 0.006 0.007 0.004 0.007 0.069 0.001 0.001 0.005 0.869 89 R 0.029 0.012 0.002 0.016 0.013 0.028 0.468 0.001 0.001 0.010 0.421 90 D 0.088 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.605 0.001 0.001 0.016 0.273 91 W 0.087 0.091 0.007 0.006 0.004 0.008 0.092 0.001 0.001 0.006 0.698 92 N 0.016 0.078 0.001 0.002 0.002 0.003 0.361 0.001 0.001 0.008 0.529 93 D 0.030 0.238 0.001 0.002 0.002 0.005 0.410 0.004 0.001 0.011 0.297 94 V 0.020 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.084 95 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 96 W 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 97 A 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 98 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 99 T 0.019 0.950 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.013 100 T 0.042 0.872 0.017 0.002 0.002 0.002 0.002 0.040 0.001 0.001 0.020 101 R 0.220 0.498 0.018 0.005 0.004 0.004 0.003 0.122 0.001 0.001 0.125 102 M 0.185 0.214 0.381 0.008 0.008 0.011 0.026 0.031 0.001 0.003 0.133 103 D 0.109 0.095 0.064 0.045 0.072 0.070 0.140 0.035 0.001 0.004 0.366 104 P 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.981 105 A 0.015 0.006 0.001 0.023 0.022 0.044 0.401 0.002 0.001 0.014 0.472 106 R 0.626 0.009 0.003 0.014 0.008 0.015 0.093 0.003 0.001 0.060 0.169 107 D 0.417 0.066 0.010 0.113 0.054 0.040 0.079 0.005 0.001 0.012 0.204 108 T 0.090 0.013 0.020 0.168 0.132 0.138 0.095 0.002 0.001 0.009 0.332 109 V 0.010 0.004 0.003 0.280 0.280 0.316 0.037 0.001 0.001 0.001 0.067 110 L 0.004 0.004 0.002 0.300 0.194 0.314 0.047 0.001 0.001 0.001 0.134 111 V 0.003 0.002 0.001 0.191 0.284 0.377 0.038 0.001 0.001 0.001 0.103 112 E 0.002 0.001 0.001 0.100 0.056 0.126 0.043 0.001 0.001 0.002 0.669 113 N 0.011 0.001 0.001 0.102 0.065 0.162 0.169 0.001 0.001 0.013 0.476 114 T 0.168 0.001 0.004 0.093 0.037 0.062 0.206 0.001 0.001 0.037 0.389 115 P 0.007 0.001 0.001 0.014 0.007 0.007 0.035 0.001 0.001 0.002 0.926 116 I 0.018 0.001 0.002 0.083 0.047 0.106 0.153 0.001 0.001 0.009 0.579 117 D 0.090 0.003 0.001 0.056 0.063 0.090 0.242 0.001 0.001 0.008 0.447 118 Y 0.022 0.003 0.001 0.017 0.016 0.017 0.028 0.001 0.001 0.002 0.893 119 L 0.034 0.007 0.002 0.052 0.060 0.132 0.322 0.001 0.001 0.012 0.377 120 D 0.129 0.010 0.001 0.047 0.037 0.058 0.399 0.002 0.001 0.021 0.295 121 F 0.045 0.019 0.003 0.032 0.011 0.016 0.047 0.001 0.001 0.005 0.820 122 A 0.068 0.021 0.005 0.032 0.025 0.047 0.313 0.002 0.001 0.025 0.462 123 S 0.334 0.018 0.006 0.019 0.020 0.033 0.230 0.003 0.001 0.020 0.318 124 P 0.018 0.006 0.003 0.007 0.005 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.942 125 V 0.051 0.015 0.004 0.013 0.030 0.066 0.210 0.001 0.001 0.010 0.600 126 S 0.165 0.026 0.001 0.017 0.032 0.047 0.097 0.003 0.001 0.007 0.604 127 G 0.222 0.065 0.001 0.018 0.038 0.032 0.083 0.010 0.001 0.009 0.523 128 L 0.284 0.028 0.010 0.011 0.021 0.027 0.142 0.003 0.001 0.021 0.452 129 G 0.094 0.008 0.008 0.030 0.033 0.038 0.185 0.005 0.001 0.016 0.582 130 S 0.142 0.003 0.043 0.099 0.053 0.055 0.120 0.002 0.001 0.018 0.464 131 K 0.020 0.001 0.013 0.165 0.098 0.104 0.129 0.001 0.001 0.006 0.464 132 M 0.006 0.001 0.002 0.453 0.194 0.221 0.043 0.001 0.001 0.002 0.079 133 G 0.002 0.001 0.001 0.489 0.156 0.247 0.029 0.001 0.001 0.001 0.075 134 L 0.001 0.001 0.001 0.626 0.146 0.165 0.013 0.001 0.001 0.001 0.049 135 D 0.001 0.001 0.001 0.466 0.121 0.220 0.044 0.001 0.001 0.001 0.146 136 A 0.003 0.001 0.001 0.542 0.121 0.178 0.036 0.001 0.001 0.004 0.114 137 T 0.008 0.001 0.001 0.243 0.099 0.195 0.177 0.001 0.001 0.010 0.264 138 N 0.034 0.002 0.002 0.138 0.103 0.148 0.109 0.001 0.001 0.014 0.450 139 K 0.031 0.002 0.003 0.066 0.037 0.074 0.109 0.001 0.001 0.010 0.666 140 W 0.043 0.002 0.004 0.037 0.078 0.128 0.161 0.001 0.001 0.008 0.538 141 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.981 142 G 0.012 0.001 0.001 0.018 0.028 0.064 0.110 0.001 0.001 0.003 0.763 143 E 0.190 0.004 0.001 0.013 0.013 0.028 0.094 0.001 0.001 0.012 0.645 144 T 0.116 0.025 0.001 0.025 0.035 0.037 0.112 0.001 0.001 0.004 0.644 145 Q 0.122 0.029 0.002 0.036 0.038 0.055 0.119 0.001 0.001 0.008 0.590 146 R 0.114 0.054 0.003 0.043 0.048 0.062 0.169 0.001 0.001 0.008 0.498 147 E 0.115 0.048 0.005 0.025 0.050 0.090 0.130 0.003 0.001 0.008 0.525 148 W 0.096 0.042 0.006 0.041 0.084 0.167 0.096 0.004 0.001 0.006 0.457 149 G 0.061 0.012 0.006 0.029 0.032 0.069 0.043 0.004 0.001 0.006 0.738 150 R 0.082 0.007 0.014 0.040 0.066 0.118 0.072 0.002 0.001 0.005 0.593 151 P 0.005 0.001 0.001 0.011 0.007 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.961 152 I 0.046 0.003 0.002 0.060 0.028 0.063 0.103 0.001 0.001 0.004 0.691 153 K 0.187 0.006 0.002 0.099 0.029 0.076 0.146 0.002 0.001 0.009 0.444 154 K 0.107 0.008 0.004 0.068 0.014 0.030 0.088 0.001 0.001 0.004 0.676 155 D 0.075 0.004 0.002 0.054 0.012 0.024 0.248 0.001 0.001 0.004 0.575 156 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 157 D 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.438 0.001 0.001 0.002 0.544 158 V 0.268 0.052 0.001 0.010 0.006 0.017 0.284 0.001 0.001 0.025 0.337 159 V 0.106 0.769 0.001 0.009 0.003 0.013 0.022 0.001 0.001 0.002 0.075 160 A 0.049 0.793 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.140 161 H 0.106 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.112 162 I 0.048 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 163 D 0.010 0.915 0.004 0.002 0.003 0.008 0.005 0.008 0.001 0.001 0.045 164 A 0.031 0.781 0.004 0.002 0.003 0.007 0.019 0.009 0.001 0.001 0.141 165 I 0.097 0.785 0.004 0.002 0.003 0.004 0.016 0.010 0.001 0.001 0.078 166 W 0.053 0.839 0.009 0.005 0.006 0.012 0.021 0.008 0.001 0.002 0.047 167 D 0.015 0.861 0.010 0.010 0.011 0.013 0.007 0.008 0.001 0.001 0.064 168 E 0.093 0.721 0.003 0.005 0.011 0.026 0.011 0.036 0.001 0.002 0.092 169 L 0.256 0.405 0.009 0.012 0.028 0.028 0.014 0.151 0.001 0.002 0.093 170 A 0.399 0.156 0.101 0.017 0.019 0.020 0.028 0.077 0.001 0.006 0.177 171 I 0.043 0.030 0.393 0.036 0.063 0.063 0.038 0.009 0.001 0.002 0.324 172 F 0.004 0.002 0.003 0.032 0.020 0.031 0.024 0.001 0.001 0.001 0.880 173 N 0.037 0.003 0.003 0.056 0.036 0.065 0.142 0.001 0.001 0.004 0.653 174 N 0.042 0.003 0.001 0.018 0.005 0.010 0.084 0.001 0.001 0.005 0.831 175 G 0.125 0.004 0.001 0.026 0.010 0.014 0.309 0.002 0.001 0.027 0.483 176 K 0.483 0.005 0.008 0.022 0.006 0.009 0.174 0.001 0.001 0.033 0.259 177 S 0.039 0.014 0.003 0.026 0.020 0.019 0.216 0.001 0.001 0.004 0.659