# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 242 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.321 0.056 0.023 0.014 0.096 0.033 0.458 2 Y 0.331 0.094 0.017 0.018 0.074 0.049 0.418 3 T 0.177 0.029 0.011 0.014 0.228 0.065 0.476 4 G 0.066 0.016 0.011 0.017 0.425 0.062 0.403 5 R 0.020 0.022 0.011 0.020 0.224 0.040 0.662 6 P 0.010 0.018 0.032 0.047 0.199 0.059 0.636 7 P 0.006 0.006 0.103 0.142 0.169 0.249 0.325 8 D 0.005 0.009 0.158 0.264 0.113 0.246 0.204 9 E 0.004 0.007 0.100 0.431 0.108 0.070 0.280 10 P 0.007 0.006 0.079 0.618 0.052 0.078 0.161 11 A 0.015 0.007 0.070 0.690 0.050 0.072 0.096 12 V 0.015 0.012 0.054 0.746 0.033 0.078 0.061 13 L 0.014 0.005 0.038 0.733 0.027 0.112 0.072 14 G 0.009 0.002 0.027 0.763 0.046 0.088 0.065 15 V 0.005 0.001 0.021 0.857 0.037 0.036 0.043 16 A 0.004 0.002 0.032 0.874 0.017 0.045 0.027 17 L 0.003 0.001 0.042 0.848 0.013 0.075 0.018 18 N 0.003 0.001 0.029 0.892 0.016 0.041 0.018 19 E 0.002 0.001 0.018 0.926 0.010 0.031 0.012 20 V 0.001 0.001 0.015 0.927 0.006 0.039 0.011 21 F 0.002 0.001 0.011 0.931 0.008 0.032 0.015 22 V 0.002 0.001 0.012 0.956 0.007 0.014 0.009 23 P 0.002 0.001 0.010 0.970 0.003 0.012 0.004 24 I 0.001 0.001 0.013 0.968 0.001 0.015 0.002 25 L 0.001 0.001 0.010 0.964 0.003 0.019 0.003 26 Q 0.001 0.001 0.027 0.920 0.004 0.043 0.004 27 K 0.002 0.001 0.020 0.844 0.010 0.116 0.008 28 Q 0.003 0.002 0.025 0.718 0.048 0.162 0.042 29 F 0.013 0.012 0.018 0.098 0.218 0.080 0.562 30 P 0.015 0.002 0.057 0.039 0.134 0.426 0.327 31 E 0.055 0.002 0.073 0.024 0.257 0.396 0.192 32 I 0.469 0.025 0.034 0.021 0.052 0.034 0.366 33 V 0.780 0.009 0.006 0.017 0.026 0.007 0.155 34 D 0.865 0.005 0.004 0.008 0.021 0.007 0.090 35 F 0.829 0.007 0.006 0.008 0.022 0.015 0.114 36 Y 0.714 0.009 0.005 0.007 0.061 0.017 0.188 37 L 0.492 0.030 0.004 0.006 0.104 0.012 0.352 38 P 0.152 0.011 0.005 0.006 0.094 0.020 0.713 39 P 0.028 0.005 0.192 0.086 0.159 0.419 0.111 40 E 0.018 0.005 0.204 0.076 0.206 0.414 0.078 41 G 0.041 0.007 0.255 0.072 0.150 0.319 0.155 42 C 0.134 0.015 0.100 0.056 0.209 0.173 0.312 43 S 0.373 0.024 0.051 0.029 0.149 0.092 0.281 44 Y 0.491 0.017 0.035 0.015 0.152 0.039 0.251 45 R 0.651 0.008 0.016 0.006 0.091 0.018 0.209 46 L 0.885 0.004 0.005 0.002 0.026 0.004 0.074 47 A 0.961 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.026 48 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 49 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 50 T 0.957 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 51 I 0.831 0.009 0.003 0.004 0.020 0.006 0.128 52 K 0.559 0.014 0.010 0.008 0.074 0.039 0.296 53 K 0.183 0.020 0.029 0.027 0.207 0.167 0.367 54 Q 0.034 0.034 0.022 0.040 0.430 0.129 0.310 55 Y 0.006 0.004 0.006 0.032 0.418 0.030 0.505 56 A 0.001 0.001 0.041 0.321 0.119 0.402 0.115 57 G 0.001 0.002 0.034 0.595 0.059 0.281 0.029 58 H 0.002 0.002 0.018 0.848 0.028 0.046 0.056 59 A 0.001 0.001 0.003 0.969 0.005 0.008 0.014 60 K 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.007 0.006 61 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.003 62 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 63 M 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.001 64 M 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.002 65 G 0.001 0.001 0.004 0.976 0.003 0.013 0.003 66 V 0.001 0.001 0.015 0.949 0.004 0.025 0.005 67 W 0.003 0.001 0.045 0.798 0.012 0.129 0.011 68 S 0.003 0.001 0.060 0.491 0.028 0.396 0.021 69 F 0.005 0.005 0.081 0.224 0.181 0.286 0.218 70 L 0.007 0.007 0.159 0.104 0.172 0.306 0.245 71 R 0.008 0.004 0.178 0.042 0.152 0.495 0.122 72 Q 0.015 0.012 0.269 0.034 0.197 0.259 0.215 73 F 0.038 0.018 0.157 0.024 0.187 0.133 0.443 74 M 0.095 0.026 0.156 0.028 0.178 0.204 0.313 75 Y 0.274 0.031 0.087 0.012 0.106 0.139 0.352 76 T 0.446 0.006 0.010 0.002 0.075 0.016 0.445 77 K 0.794 0.002 0.002 0.001 0.088 0.003 0.111 78 F 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 79 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 82 C 0.759 0.008 0.001 0.001 0.027 0.004 0.200 83 D 0.265 0.012 0.006 0.003 0.150 0.023 0.542 84 D 0.063 0.010 0.027 0.006 0.375 0.268 0.252 85 D 0.072 0.035 0.025 0.006 0.265 0.239 0.358 86 V 0.036 0.032 0.009 0.003 0.255 0.028 0.637 87 N 0.034 0.025 0.004 0.002 0.097 0.018 0.822 88 A 0.017 0.018 0.127 0.026 0.147 0.387 0.278 89 R 0.004 0.010 0.047 0.024 0.498 0.284 0.134 90 D 0.003 0.017 0.017 0.046 0.429 0.040 0.448 91 W 0.001 0.001 0.047 0.914 0.006 0.023 0.009 92 N 0.001 0.001 0.017 0.953 0.002 0.027 0.001 93 D 0.001 0.001 0.014 0.973 0.002 0.010 0.002 94 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 95 I 0.003 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.002 96 W 0.014 0.001 0.002 0.974 0.001 0.006 0.002 97 A 0.009 0.001 0.004 0.973 0.002 0.009 0.003 98 I 0.019 0.001 0.010 0.936 0.002 0.029 0.003 99 T 0.018 0.001 0.011 0.846 0.016 0.092 0.015 100 T 0.017 0.001 0.015 0.569 0.063 0.294 0.041 101 R 0.036 0.002 0.009 0.134 0.293 0.084 0.442 102 M 0.067 0.042 0.016 0.081 0.193 0.030 0.571 103 D 0.052 0.023 0.019 0.042 0.079 0.024 0.761 104 P 0.006 0.002 0.374 0.109 0.036 0.400 0.072 105 A 0.009 0.001 0.307 0.054 0.073 0.533 0.023 106 R 0.021 0.005 0.406 0.051 0.102 0.336 0.080 107 D 0.146 0.008 0.058 0.027 0.134 0.167 0.460 108 T 0.679 0.008 0.016 0.019 0.067 0.031 0.179 109 V 0.907 0.018 0.005 0.012 0.012 0.006 0.041 110 L 0.874 0.018 0.007 0.029 0.009 0.008 0.056 111 V 0.744 0.018 0.006 0.034 0.022 0.019 0.158 112 E 0.169 0.005 0.020 0.031 0.138 0.345 0.292 113 N 0.029 0.004 0.011 0.005 0.319 0.437 0.195 114 T 0.049 0.021 0.005 0.005 0.471 0.033 0.416 115 P 0.052 0.051 0.010 0.004 0.210 0.047 0.626 116 I 0.072 0.046 0.027 0.010 0.190 0.073 0.582 117 D 0.068 0.034 0.047 0.013 0.226 0.085 0.526 118 Y 0.098 0.025 0.099 0.036 0.251 0.154 0.337 119 L 0.120 0.052 0.111 0.051 0.169 0.122 0.375 120 D 0.075 0.062 0.095 0.037 0.170 0.068 0.493 121 F 0.082 0.021 0.134 0.057 0.156 0.279 0.271 122 A 0.060 0.026 0.094 0.047 0.189 0.294 0.290 123 S 0.063 0.041 0.073 0.040 0.268 0.174 0.343 124 P 0.050 0.040 0.049 0.027 0.210 0.164 0.459 125 V 0.059 0.045 0.090 0.038 0.215 0.155 0.397 126 S 0.027 0.018 0.122 0.035 0.133 0.511 0.155 127 G 0.021 0.014 0.093 0.016 0.130 0.540 0.186 128 L 0.081 0.044 0.076 0.019 0.196 0.253 0.332 129 G 0.160 0.039 0.035 0.012 0.210 0.248 0.295 130 S 0.266 0.012 0.009 0.004 0.189 0.031 0.489 131 K 0.484 0.003 0.005 0.004 0.208 0.016 0.280 132 M 0.936 0.015 0.002 0.003 0.018 0.004 0.022 133 G 0.967 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.023 134 L 0.968 0.002 0.002 0.004 0.004 0.005 0.014 135 D 0.912 0.005 0.003 0.007 0.009 0.005 0.060 136 A 0.555 0.003 0.017 0.014 0.063 0.083 0.265 137 T 0.273 0.024 0.018 0.024 0.234 0.127 0.300 138 N 0.162 0.013 0.011 0.008 0.410 0.055 0.341 139 K 0.140 0.019 0.012 0.012 0.189 0.053 0.574 140 W 0.173 0.107 0.017 0.026 0.128 0.037 0.511 141 P 0.056 0.009 0.064 0.050 0.156 0.143 0.523 142 G 0.034 0.006 0.120 0.069 0.197 0.285 0.288 143 E 0.042 0.016 0.172 0.110 0.158 0.215 0.286 144 T 0.077 0.018 0.101 0.090 0.170 0.175 0.368 145 Q 0.130 0.023 0.096 0.088 0.169 0.130 0.365 146 R 0.205 0.028 0.073 0.075 0.176 0.081 0.361 147 E 0.181 0.031 0.070 0.096 0.135 0.102 0.384 148 W 0.169 0.028 0.038 0.063 0.173 0.077 0.451 149 G 0.107 0.011 0.028 0.026 0.156 0.068 0.604 150 R 0.129 0.030 0.042 0.042 0.151 0.061 0.544 151 P 0.161 0.032 0.045 0.033 0.132 0.056 0.543 152 I 0.153 0.021 0.041 0.028 0.139 0.056 0.561 153 K 0.107 0.046 0.029 0.023 0.169 0.059 0.568 154 K 0.020 0.028 0.007 0.018 0.223 0.018 0.686 155 D 0.003 0.002 0.001 0.013 0.058 0.004 0.920 156 P 0.001 0.001 0.028 0.917 0.011 0.037 0.006 157 D 0.001 0.001 0.023 0.950 0.004 0.019 0.003 158 V 0.001 0.001 0.018 0.970 0.001 0.008 0.003 159 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 160 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 161 H 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.012 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 166 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 167 D 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.008 0.001 168 E 0.001 0.001 0.017 0.947 0.001 0.034 0.001 169 L 0.001 0.001 0.024 0.630 0.008 0.333 0.004 170 A 0.001 0.017 0.007 0.041 0.049 0.799 0.085 171 I 0.008 0.034 0.006 0.005 0.113 0.024 0.809 172 F 0.031 0.024 0.058 0.010 0.102 0.078 0.697 173 N 0.040 0.025 0.125 0.021 0.153 0.246 0.389 174 N 0.037 0.027 0.085 0.032 0.293 0.219 0.306 175 G 0.042 0.013 0.011 0.021 0.554 0.069 0.289 176 K 0.036 0.038 0.009 0.030 0.168 0.053 0.666 177 S 0.014 0.035 0.009 0.041 0.063 0.018 0.820