# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 242 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.132 0.139 0.067 0.030 0.219 0.030 0.038 0.051 0.080 0.128 0.085 2 Y 0.173 0.115 0.054 0.019 0.271 0.019 0.027 0.046 0.066 0.137 0.075 3 T 0.086 0.166 0.138 0.065 0.147 0.042 0.074 0.054 0.055 0.123 0.051 4 G 0.028 0.140 0.260 0.253 0.077 0.056 0.024 0.034 0.034 0.064 0.031 5 R 0.049 0.304 0.302 0.045 0.130 0.015 0.023 0.049 0.030 0.026 0.027 6 P 0.051 0.357 0.251 0.022 0.149 0.009 0.011 0.047 0.037 0.039 0.026 7 P 0.026 0.158 0.083 0.025 0.085 0.021 0.044 0.309 0.189 0.042 0.017 8 D 0.025 0.027 0.019 0.011 0.024 0.027 0.080 0.236 0.189 0.322 0.039 9 E 0.048 0.234 0.091 0.015 0.130 0.009 0.017 0.239 0.112 0.078 0.027 10 P 0.025 0.045 0.011 0.005 0.040 0.006 0.021 0.471 0.270 0.082 0.024 11 A 0.015 0.070 0.025 0.010 0.039 0.014 0.079 0.543 0.155 0.042 0.008 12 V 0.034 0.021 0.008 0.006 0.031 0.013 0.060 0.633 0.103 0.067 0.023 13 L 0.022 0.056 0.028 0.022 0.038 0.016 0.026 0.570 0.132 0.067 0.022 14 G 0.014 0.035 0.042 0.036 0.022 0.013 0.012 0.629 0.121 0.057 0.017 15 V 0.005 0.039 0.024 0.006 0.014 0.007 0.019 0.756 0.108 0.017 0.004 16 A 0.006 0.010 0.005 0.003 0.008 0.005 0.017 0.809 0.102 0.030 0.006 17 L 0.008 0.037 0.013 0.004 0.015 0.005 0.016 0.705 0.143 0.048 0.005 18 N 0.019 0.039 0.011 0.003 0.032 0.002 0.007 0.669 0.144 0.061 0.012 19 E 0.004 0.026 0.006 0.005 0.016 0.021 0.048 0.700 0.152 0.020 0.003 20 V 0.013 0.020 0.004 0.001 0.027 0.003 0.047 0.755 0.099 0.024 0.008 21 F 0.006 0.005 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.472 0.206 0.283 0.013 22 V 0.004 0.023 0.007 0.001 0.018 0.001 0.003 0.795 0.141 0.006 0.002 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.895 0.091 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.867 0.094 0.019 0.001 25 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.741 0.218 0.028 0.002 26 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.686 0.276 0.011 0.001 27 K 0.001 0.010 0.003 0.003 0.007 0.005 0.143 0.672 0.122 0.032 0.001 28 Q 0.034 0.017 0.008 0.003 0.038 0.012 0.163 0.249 0.122 0.320 0.033 29 F 0.168 0.136 0.086 0.033 0.161 0.007 0.010 0.077 0.053 0.126 0.143 30 P 0.011 0.135 0.065 0.033 0.055 0.051 0.101 0.322 0.187 0.031 0.007 31 E 0.057 0.119 0.088 0.006 0.158 0.003 0.016 0.113 0.127 0.279 0.034 32 I 0.508 0.032 0.002 0.001 0.309 0.001 0.002 0.014 0.007 0.023 0.102 33 V 0.007 0.043 0.012 0.058 0.051 0.434 0.293 0.072 0.018 0.010 0.002 34 D 0.409 0.043 0.007 0.002 0.376 0.001 0.001 0.010 0.008 0.041 0.102 35 F 0.234 0.113 0.010 0.009 0.518 0.017 0.012 0.024 0.010 0.019 0.032 36 Y 0.220 0.118 0.025 0.004 0.419 0.003 0.010 0.014 0.007 0.060 0.121 37 L 0.082 0.375 0.175 0.034 0.254 0.006 0.005 0.010 0.006 0.016 0.037 38 P 0.055 0.346 0.332 0.064 0.108 0.013 0.009 0.022 0.014 0.014 0.021 39 P 0.035 0.044 0.042 0.027 0.045 0.061 0.109 0.312 0.263 0.043 0.020 40 E 0.039 0.149 0.094 0.060 0.082 0.039 0.089 0.178 0.117 0.117 0.035 41 G 0.056 0.103 0.065 0.061 0.090 0.059 0.042 0.067 0.060 0.297 0.099 42 C 0.103 0.131 0.063 0.034 0.187 0.044 0.063 0.101 0.082 0.138 0.055 43 S 0.205 0.085 0.035 0.017 0.226 0.019 0.033 0.069 0.073 0.149 0.089 44 Y 0.102 0.258 0.109 0.050 0.269 0.028 0.036 0.042 0.023 0.056 0.027 45 R 0.277 0.096 0.021 0.013 0.397 0.012 0.033 0.035 0.014 0.035 0.067 46 L 0.236 0.113 0.012 0.007 0.583 0.005 0.004 0.006 0.002 0.006 0.028 47 A 0.123 0.116 0.006 0.002 0.739 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 48 V 0.472 0.013 0.001 0.001 0.490 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 49 V 0.245 0.113 0.007 0.007 0.557 0.020 0.006 0.005 0.001 0.003 0.035 50 T 0.300 0.094 0.018 0.001 0.515 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.062 51 I 0.296 0.125 0.031 0.021 0.245 0.020 0.014 0.052 0.043 0.046 0.107 52 K 0.062 0.286 0.113 0.055 0.196 0.034 0.046 0.081 0.067 0.035 0.026 53 K 0.117 0.179 0.071 0.015 0.193 0.015 0.056 0.154 0.101 0.059 0.039 54 Q 0.075 0.089 0.066 0.040 0.103 0.058 0.183 0.121 0.064 0.150 0.050 55 Y 0.046 0.410 0.317 0.049 0.111 0.009 0.003 0.020 0.008 0.014 0.014 56 A 0.003 0.013 0.007 0.017 0.007 0.087 0.073 0.605 0.169 0.015 0.003 57 G 0.010 0.019 0.022 0.009 0.012 0.007 0.017 0.593 0.138 0.147 0.028 58 H 0.003 0.013 0.007 0.001 0.006 0.001 0.005 0.762 0.138 0.058 0.005 59 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.087 0.003 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.047 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.037 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.053 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.065 0.002 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.924 0.060 0.002 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.910 0.054 0.005 0.001 66 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.827 0.136 0.012 0.001 67 W 0.002 0.007 0.003 0.003 0.005 0.008 0.039 0.730 0.166 0.035 0.002 68 S 0.006 0.020 0.015 0.012 0.012 0.017 0.073 0.609 0.145 0.084 0.006 69 F 0.016 0.052 0.043 0.027 0.029 0.038 0.132 0.439 0.125 0.086 0.012 70 L 0.026 0.185 0.064 0.030 0.071 0.040 0.105 0.271 0.119 0.073 0.017 71 R 0.048 0.048 0.030 0.043 0.049 0.044 0.093 0.262 0.142 0.185 0.057 72 Q 0.072 0.129 0.059 0.027 0.114 0.033 0.072 0.173 0.125 0.150 0.046 73 F 0.096 0.114 0.040 0.027 0.170 0.025 0.026 0.136 0.173 0.134 0.058 74 M 0.055 0.073 0.040 0.026 0.112 0.023 0.049 0.238 0.245 0.114 0.026 75 Y 0.149 0.043 0.013 0.005 0.141 0.007 0.033 0.081 0.119 0.324 0.086 76 T 0.279 0.151 0.013 0.003 0.422 0.002 0.002 0.009 0.009 0.036 0.074 77 K 0.056 0.043 0.015 0.037 0.145 0.135 0.306 0.163 0.037 0.050 0.014 78 F 0.253 0.072 0.010 0.003 0.630 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.019 79 V 0.150 0.055 0.002 0.001 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 80 I 0.141 0.073 0.005 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 81 V 0.358 0.093 0.007 0.001 0.477 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.058 82 C 0.092 0.117 0.046 0.090 0.172 0.122 0.071 0.035 0.031 0.140 0.084 83 D 0.033 0.258 0.221 0.102 0.177 0.024 0.029 0.063 0.070 0.016 0.007 84 D 0.004 0.005 0.004 0.018 0.005 0.047 0.115 0.253 0.423 0.117 0.009 85 D 0.071 0.190 0.071 0.004 0.283 0.004 0.039 0.056 0.081 0.164 0.037 86 V 0.087 0.288 0.047 0.005 0.371 0.007 0.010 0.015 0.042 0.075 0.052 87 N 0.114 0.135 0.028 0.001 0.675 0.001 0.001 0.005 0.009 0.010 0.023 88 A 0.017 0.013 0.003 0.001 0.052 0.002 0.022 0.338 0.503 0.044 0.006 89 R 0.003 0.042 0.025 0.005 0.015 0.031 0.302 0.225 0.104 0.236 0.011 90 D 0.278 0.097 0.014 0.001 0.443 0.001 0.003 0.041 0.025 0.043 0.054 91 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.450 0.519 0.021 0.001 92 N 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.060 0.789 0.115 0.023 0.001 93 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 0.754 0.118 0.091 0.002 94 V 0.006 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.838 0.108 0.021 0.008 95 I 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.032 0.880 0.062 0.008 0.001 96 W 0.015 0.007 0.001 0.001 0.026 0.002 0.016 0.843 0.081 0.006 0.003 97 A 0.022 0.009 0.003 0.007 0.036 0.016 0.053 0.775 0.069 0.007 0.004 98 I 0.051 0.017 0.006 0.002 0.090 0.004 0.028 0.673 0.085 0.029 0.016 99 T 0.032 0.052 0.013 0.006 0.058 0.020 0.060 0.506 0.166 0.073 0.014 100 T 0.038 0.121 0.031 0.037 0.110 0.058 0.098 0.223 0.117 0.142 0.026 101 R 0.119 0.049 0.022 0.013 0.146 0.015 0.104 0.185 0.096 0.192 0.058 102 M 0.092 0.302 0.064 0.014 0.277 0.016 0.038 0.043 0.033 0.073 0.048 103 D 0.344 0.049 0.009 0.002 0.516 0.002 0.002 0.013 0.007 0.006 0.051 104 P 0.008 0.075 0.024 0.012 0.031 0.014 0.039 0.326 0.400 0.068 0.004 105 A 0.008 0.009 0.008 0.008 0.012 0.026 0.217 0.384 0.211 0.110 0.006 106 R 0.081 0.185 0.038 0.013 0.134 0.037 0.061 0.208 0.144 0.069 0.030 107 D 0.148 0.056 0.012 0.008 0.282 0.005 0.014 0.066 0.097 0.151 0.161 108 T 0.274 0.079 0.014 0.004 0.469 0.004 0.007 0.034 0.034 0.046 0.033 109 V 0.185 0.128 0.010 0.001 0.583 0.001 0.009 0.040 0.013 0.010 0.019 110 L 0.270 0.116 0.014 0.006 0.459 0.005 0.007 0.021 0.010 0.032 0.062 111 V 0.104 0.253 0.264 0.079 0.226 0.006 0.004 0.014 0.007 0.015 0.028 112 E 0.011 0.042 0.019 0.042 0.032 0.114 0.303 0.279 0.121 0.029 0.007 113 N 0.069 0.035 0.020 0.015 0.051 0.006 0.011 0.017 0.049 0.558 0.171 114 T 0.056 0.370 0.209 0.054 0.183 0.012 0.008 0.020 0.019 0.037 0.032 115 P 0.051 0.172 0.078 0.033 0.137 0.060 0.137 0.148 0.088 0.066 0.029 116 I 0.121 0.116 0.077 0.048 0.160 0.024 0.031 0.064 0.107 0.174 0.077 117 D 0.070 0.156 0.140 0.088 0.167 0.031 0.041 0.084 0.069 0.102 0.050 118 Y 0.058 0.176 0.087 0.019 0.143 0.014 0.035 0.171 0.158 0.107 0.031 119 L 0.099 0.226 0.086 0.019 0.181 0.014 0.025 0.059 0.063 0.156 0.073 120 D 0.155 0.154 0.088 0.019 0.346 0.011 0.019 0.054 0.051 0.046 0.057 121 F 0.042 0.114 0.062 0.018 0.080 0.011 0.022 0.252 0.299 0.075 0.025 122 A 0.029 0.071 0.035 0.017 0.066 0.020 0.106 0.234 0.183 0.217 0.023 123 S 0.051 0.176 0.150 0.075 0.123 0.035 0.050 0.107 0.078 0.121 0.035 124 P 0.067 0.143 0.058 0.028 0.119 0.035 0.104 0.200 0.118 0.085 0.043 125 V 0.101 0.144 0.207 0.048 0.149 0.023 0.036 0.097 0.059 0.083 0.052 126 S 0.029 0.148 0.074 0.076 0.074 0.106 0.196 0.131 0.081 0.063 0.021 127 G 0.062 0.056 0.082 0.101 0.075 0.051 0.034 0.058 0.073 0.317 0.092 128 L 0.099 0.169 0.077 0.036 0.146 0.023 0.035 0.073 0.082 0.180 0.079 129 G 0.064 0.078 0.081 0.124 0.082 0.056 0.040 0.060 0.083 0.235 0.097 130 S 0.105 0.245 0.121 0.058 0.214 0.014 0.019 0.046 0.050 0.083 0.045 131 K 0.197 0.160 0.034 0.016 0.357 0.021 0.048 0.072 0.033 0.027 0.034 132 M 0.179 0.163 0.028 0.013 0.495 0.006 0.008 0.032 0.014 0.023 0.039 133 G 0.278 0.092 0.019 0.006 0.512 0.005 0.008 0.022 0.005 0.011 0.042 134 L 0.158 0.235 0.052 0.012 0.404 0.018 0.016 0.030 0.012 0.019 0.044 135 D 0.284 0.111 0.047 0.009 0.329 0.004 0.005 0.025 0.021 0.033 0.130 136 A 0.092 0.109 0.054 0.025 0.146 0.015 0.025 0.136 0.161 0.182 0.055 137 T 0.062 0.205 0.075 0.040 0.131 0.042 0.125 0.111 0.080 0.102 0.027 138 N 0.070 0.252 0.224 0.066 0.174 0.016 0.018 0.037 0.032 0.070 0.041 139 K 0.055 0.249 0.207 0.062 0.114 0.032 0.056 0.098 0.058 0.040 0.027 140 W 0.046 0.305 0.306 0.044 0.115 0.019 0.028 0.046 0.029 0.040 0.022 141 P 0.061 0.228 0.123 0.036 0.152 0.031 0.064 0.122 0.089 0.059 0.035 142 G 0.057 0.095 0.100 0.040 0.095 0.031 0.047 0.153 0.160 0.171 0.051 143 E 0.066 0.132 0.093 0.032 0.121 0.031 0.067 0.177 0.107 0.124 0.049 144 T 0.076 0.169 0.076 0.033 0.158 0.036 0.041 0.134 0.102 0.133 0.041 145 Q 0.101 0.128 0.061 0.030 0.171 0.019 0.040 0.114 0.130 0.151 0.056 146 R 0.094 0.197 0.111 0.025 0.211 0.012 0.022 0.106 0.084 0.090 0.048 147 E 0.095 0.153 0.075 0.028 0.165 0.021 0.057 0.144 0.095 0.118 0.051 148 W 0.080 0.256 0.173 0.036 0.194 0.014 0.027 0.072 0.043 0.071 0.032 149 G 0.066 0.234 0.180 0.054 0.138 0.029 0.039 0.090 0.058 0.074 0.039 150 R 0.038 0.383 0.199 0.011 0.180 0.008 0.019 0.074 0.050 0.026 0.012 151 P 0.137 0.263 0.071 0.005 0.309 0.006 0.014 0.078 0.058 0.026 0.031 152 I 0.072 0.173 0.065 0.017 0.229 0.047 0.086 0.124 0.103 0.054 0.031 153 K 0.109 0.300 0.137 0.007 0.224 0.003 0.012 0.025 0.034 0.095 0.054 154 K 0.031 0.456 0.319 0.012 0.115 0.004 0.004 0.007 0.006 0.029 0.016 155 D 0.013 0.665 0.195 0.003 0.116 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.659 0.321 0.005 0.001 157 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.885 0.098 0.008 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.882 0.080 0.031 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.911 0.075 0.006 0.001 160 A 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.896 0.076 0.004 0.002 161 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.923 0.043 0.016 0.002 162 I 0.005 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.787 0.138 0.051 0.005 163 D 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.874 0.094 0.004 0.001 164 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.907 0.053 0.010 0.001 165 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.012 0.918 0.050 0.009 0.001 166 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.885 0.091 0.013 0.003 167 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.737 0.235 0.002 0.001 168 E 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.093 0.790 0.100 0.004 0.001 169 L 0.001 0.666 0.305 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 170 A 0.122 0.022 0.010 0.018 0.036 0.005 0.005 0.010 0.011 0.352 0.409 171 I 0.050 0.452 0.152 0.018 0.221 0.011 0.005 0.024 0.021 0.025 0.020 172 F 0.046 0.205 0.114 0.123 0.107 0.059 0.104 0.097 0.061 0.039 0.046 173 N 0.099 0.092 0.111 0.044 0.110 0.046 0.056 0.080 0.131 0.171 0.060 174 N 0.034 0.210 0.120 0.067 0.115 0.034 0.074 0.121 0.106 0.087 0.033 175 G 0.057 0.053 0.092 0.086 0.072 0.030 0.024 0.053 0.057 0.361 0.114 176 K 0.050 0.253 0.185 0.044 0.151 0.025 0.043 0.096 0.061 0.071 0.021 177 S 0.101 0.193 0.099 0.017 0.207 0.016 0.031 0.120 0.070 0.093 0.054