# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.010 0.002 0.001 0.321 0.054 0.102 0.085 0.002 0.001 0.084 0.339 2 Y 0.021 0.001 0.001 0.366 0.075 0.105 0.074 0.001 0.001 0.064 0.291 3 T 0.007 0.001 0.001 0.249 0.041 0.081 0.106 0.001 0.001 0.042 0.473 4 G 0.007 0.001 0.001 0.182 0.029 0.057 0.131 0.001 0.001 0.042 0.549 5 R 0.011 0.001 0.001 0.053 0.034 0.039 0.196 0.003 0.001 0.039 0.623 6 P 0.064 0.011 0.001 0.026 0.015 0.014 0.193 0.002 0.001 0.047 0.625 7 P 0.011 0.028 0.001 0.015 0.010 0.012 0.140 0.007 0.001 0.032 0.744 8 D 0.163 0.646 0.002 0.003 0.001 0.002 0.025 0.013 0.001 0.011 0.134 9 E 0.140 0.631 0.004 0.004 0.002 0.002 0.021 0.011 0.001 0.074 0.111 10 P 0.106 0.363 0.013 0.005 0.004 0.007 0.060 0.005 0.005 0.169 0.263 11 A 0.133 0.442 0.003 0.007 0.009 0.015 0.060 0.013 0.001 0.132 0.185 12 V 0.101 0.506 0.006 0.009 0.008 0.011 0.054 0.014 0.002 0.069 0.220 13 L 0.047 0.554 0.003 0.011 0.006 0.015 0.062 0.008 0.001 0.022 0.271 14 G 0.024 0.208 0.006 0.010 0.011 0.020 0.040 0.004 0.002 0.420 0.255 15 V 0.042 0.602 0.011 0.005 0.006 0.009 0.039 0.014 0.002 0.110 0.160 16 A 0.094 0.654 0.012 0.006 0.003 0.006 0.020 0.011 0.005 0.045 0.145 17 L 0.100 0.495 0.028 0.012 0.004 0.006 0.039 0.016 0.010 0.086 0.204 18 N 0.161 0.533 0.002 0.005 0.002 0.005 0.037 0.011 0.001 0.028 0.216 19 E 0.108 0.133 0.015 0.018 0.006 0.009 0.070 0.008 0.004 0.302 0.329 20 V 0.016 0.431 0.005 0.019 0.008 0.011 0.096 0.005 0.001 0.044 0.364 21 F 0.008 0.867 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.003 0.097 22 V 0.072 0.797 0.008 0.001 0.002 0.002 0.009 0.055 0.001 0.007 0.044 23 P 0.077 0.779 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.006 0.002 0.024 0.093 24 I 0.056 0.411 0.125 0.005 0.002 0.006 0.036 0.012 0.059 0.128 0.161 25 L 0.326 0.219 0.038 0.007 0.003 0.004 0.048 0.061 0.015 0.069 0.210 26 Q 0.240 0.031 0.004 0.007 0.006 0.008 0.077 0.005 0.004 0.052 0.566 27 K 0.010 0.011 0.001 0.021 0.004 0.008 0.098 0.001 0.001 0.013 0.834 28 Q 0.028 0.033 0.006 0.031 0.006 0.014 0.140 0.006 0.002 0.050 0.684 29 F 0.188 0.015 0.004 0.014 0.021 0.013 0.142 0.033 0.002 0.102 0.466 30 P 0.100 0.009 0.002 0.053 0.011 0.022 0.120 0.003 0.001 0.036 0.643 31 E 0.022 0.005 0.001 0.106 0.017 0.053 0.094 0.002 0.001 0.035 0.665 32 I 0.014 0.003 0.001 0.211 0.033 0.045 0.124 0.002 0.001 0.050 0.515 33 V 0.009 0.003 0.001 0.368 0.112 0.111 0.077 0.004 0.001 0.052 0.262 34 D 0.006 0.002 0.001 0.333 0.054 0.089 0.064 0.001 0.001 0.036 0.415 35 F 0.002 0.001 0.001 0.239 0.115 0.138 0.078 0.001 0.001 0.025 0.402 36 Y 0.002 0.001 0.001 0.278 0.069 0.102 0.094 0.001 0.001 0.032 0.420 37 L 0.017 0.003 0.002 0.136 0.079 0.100 0.108 0.005 0.002 0.071 0.478 38 P 0.367 0.040 0.004 0.046 0.013 0.016 0.079 0.010 0.003 0.114 0.308 39 P 0.156 0.019 0.005 0.018 0.007 0.012 0.101 0.004 0.002 0.103 0.572 40 E 0.039 0.026 0.002 0.019 0.018 0.043 0.125 0.005 0.001 0.060 0.661 41 G 0.123 0.021 0.004 0.021 0.051 0.090 0.121 0.005 0.002 0.099 0.463 42 C 0.053 0.011 0.003 0.031 0.110 0.164 0.126 0.005 0.002 0.088 0.408 43 S 0.024 0.010 0.001 0.026 0.072 0.204 0.138 0.002 0.001 0.060 0.462 44 Y 0.006 0.005 0.002 0.043 0.153 0.312 0.100 0.001 0.001 0.067 0.312 45 R 0.001 0.004 0.001 0.072 0.175 0.470 0.052 0.001 0.001 0.079 0.146 46 L 0.001 0.004 0.001 0.081 0.253 0.398 0.028 0.001 0.001 0.088 0.146 47 A 0.001 0.003 0.001 0.097 0.442 0.385 0.007 0.001 0.001 0.028 0.037 48 V 0.001 0.005 0.001 0.055 0.377 0.457 0.007 0.001 0.001 0.037 0.060 49 V 0.002 0.007 0.001 0.104 0.472 0.276 0.011 0.001 0.001 0.037 0.088 50 T 0.029 0.021 0.005 0.076 0.241 0.300 0.041 0.004 0.004 0.138 0.142 51 I 0.129 0.064 0.003 0.058 0.123 0.144 0.068 0.019 0.003 0.095 0.295 52 K 0.149 0.056 0.003 0.025 0.065 0.091 0.076 0.004 0.004 0.048 0.479 53 K 0.023 0.058 0.010 0.024 0.026 0.040 0.115 0.002 0.005 0.030 0.668 54 Q 0.031 0.168 0.005 0.007 0.023 0.023 0.064 0.010 0.003 0.052 0.614 55 Y 0.109 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.018 0.052 56 A 0.019 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.013 0.099 57 G 0.007 0.876 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.050 0.053 58 H 0.004 0.876 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.089 0.020 59 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 60 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 61 R 0.002 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.047 0.007 62 V 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.032 0.005 63 M 0.007 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.050 0.011 64 M 0.025 0.754 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.140 0.057 65 G 0.018 0.768 0.007 0.003 0.001 0.001 0.021 0.005 0.002 0.091 0.082 66 V 0.060 0.799 0.011 0.003 0.001 0.001 0.017 0.021 0.003 0.025 0.058 67 W 0.088 0.628 0.018 0.006 0.002 0.003 0.031 0.012 0.012 0.039 0.159 68 S 0.114 0.289 0.012 0.004 0.002 0.004 0.077 0.007 0.009 0.041 0.439 69 F 0.154 0.323 0.007 0.007 0.003 0.005 0.087 0.018 0.004 0.061 0.332 70 L 0.193 0.206 0.018 0.012 0.003 0.007 0.098 0.015 0.008 0.076 0.362 71 R 0.081 0.173 0.010 0.023 0.008 0.021 0.107 0.006 0.004 0.053 0.514 72 Q 0.074 0.031 0.005 0.015 0.019 0.035 0.111 0.004 0.002 0.196 0.507 73 F 0.059 0.036 0.006 0.048 0.029 0.043 0.143 0.006 0.002 0.154 0.474 74 M 0.120 0.011 0.008 0.059 0.031 0.065 0.142 0.005 0.004 0.105 0.450 75 Y 0.026 0.006 0.003 0.127 0.047 0.079 0.145 0.003 0.001 0.045 0.518 76 T 0.012 0.005 0.001 0.127 0.033 0.046 0.135 0.002 0.001 0.055 0.584 77 K 0.002 0.003 0.001 0.468 0.099 0.075 0.075 0.001 0.001 0.075 0.200 78 F 0.001 0.001 0.001 0.596 0.051 0.089 0.035 0.001 0.001 0.065 0.162 79 V 0.001 0.001 0.001 0.828 0.051 0.038 0.009 0.001 0.001 0.028 0.045 80 I 0.001 0.001 0.001 0.925 0.018 0.014 0.006 0.001 0.001 0.021 0.015 81 V 0.002 0.001 0.001 0.883 0.019 0.027 0.011 0.001 0.001 0.036 0.021 82 C 0.011 0.001 0.001 0.760 0.009 0.033 0.057 0.001 0.001 0.037 0.091 83 D 0.132 0.006 0.001 0.267 0.008 0.032 0.172 0.003 0.002 0.084 0.293 84 D 0.034 0.006 0.001 0.091 0.011 0.033 0.204 0.002 0.001 0.080 0.537 85 D 0.032 0.009 0.001 0.029 0.013 0.023 0.250 0.002 0.001 0.059 0.580 86 V 0.043 0.014 0.001 0.016 0.025 0.041 0.224 0.028 0.001 0.074 0.533 87 N 0.390 0.047 0.001 0.009 0.006 0.008 0.099 0.006 0.001 0.093 0.340 88 A 0.069 0.015 0.003 0.009 0.010 0.018 0.151 0.002 0.001 0.096 0.626 89 R 0.003 0.022 0.001 0.009 0.008 0.022 0.155 0.002 0.001 0.030 0.748 90 D 0.159 0.726 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.006 0.001 0.035 0.045 91 W 0.037 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.022 0.046 92 N 0.010 0.843 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.022 0.098 93 D 0.004 0.945 0.001 0.002 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.011 0.021 94 V 0.008 0.951 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.012 0.015 95 I 0.007 0.254 0.001 0.008 0.013 0.013 0.006 0.001 0.001 0.675 0.021 96 W 0.006 0.232 0.004 0.008 0.012 0.016 0.012 0.001 0.001 0.662 0.047 97 A 0.023 0.659 0.034 0.017 0.012 0.014 0.023 0.013 0.005 0.124 0.075 98 I 0.147 0.266 0.107 0.036 0.017 0.022 0.049 0.033 0.044 0.106 0.173 99 T 0.206 0.194 0.002 0.010 0.010 0.022 0.074 0.016 0.003 0.043 0.420 100 T 0.117 0.026 0.001 0.011 0.006 0.016 0.088 0.004 0.002 0.043 0.686 101 R 0.020 0.017 0.009 0.023 0.010 0.023 0.202 0.002 0.005 0.033 0.657 102 M 0.007 0.007 0.004 0.013 0.007 0.011 0.122 0.001 0.003 0.012 0.813 103 D 0.439 0.031 0.004 0.010 0.010 0.008 0.091 0.021 0.003 0.110 0.272 104 P 0.294 0.010 0.005 0.016 0.001 0.003 0.102 0.004 0.002 0.157 0.405 105 A 0.036 0.011 0.002 0.035 0.008 0.028 0.136 0.003 0.001 0.053 0.688 106 R 0.020 0.007 0.001 0.041 0.021 0.037 0.143 0.002 0.001 0.068 0.660 107 D 0.005 0.006 0.001 0.152 0.135 0.201 0.120 0.004 0.001 0.131 0.245 108 T 0.007 0.002 0.001 0.249 0.081 0.137 0.078 0.001 0.001 0.130 0.316 109 V 0.003 0.001 0.001 0.352 0.176 0.187 0.059 0.001 0.001 0.062 0.158 110 L 0.006 0.001 0.001 0.414 0.049 0.157 0.079 0.001 0.001 0.092 0.199 111 V 0.197 0.003 0.001 0.202 0.041 0.058 0.096 0.002 0.002 0.138 0.261 112 E 0.012 0.001 0.001 0.075 0.016 0.041 0.180 0.003 0.001 0.072 0.600 113 N 0.042 0.003 0.001 0.031 0.008 0.013 0.195 0.002 0.001 0.036 0.669 114 T 0.098 0.004 0.001 0.044 0.036 0.035 0.211 0.012 0.001 0.098 0.460 115 P 0.065 0.006 0.001 0.021 0.007 0.010 0.174 0.004 0.001 0.056 0.656 116 I 0.055 0.010 0.001 0.031 0.021 0.049 0.190 0.012 0.001 0.056 0.574 117 D 0.063 0.013 0.001 0.053 0.017 0.038 0.192 0.003 0.001 0.088 0.532 118 Y 0.039 0.014 0.003 0.070 0.039 0.086 0.208 0.002 0.001 0.088 0.450 119 L 0.016 0.012 0.002 0.071 0.025 0.062 0.190 0.004 0.001 0.054 0.564 120 D 0.366 0.039 0.002 0.034 0.018 0.024 0.118 0.007 0.001 0.105 0.286 121 F 0.063 0.024 0.002 0.036 0.014 0.034 0.184 0.005 0.001 0.118 0.520 122 A 0.021 0.010 0.001 0.017 0.011 0.029 0.142 0.002 0.001 0.038 0.728 123 S 0.069 0.014 0.004 0.029 0.044 0.059 0.181 0.009 0.002 0.127 0.462 124 P 0.162 0.014 0.002 0.015 0.012 0.017 0.120 0.006 0.001 0.100 0.551 125 V 0.200 0.014 0.002 0.012 0.010 0.015 0.114 0.005 0.001 0.069 0.558 126 S 0.040 0.003 0.001 0.010 0.007 0.014 0.138 0.003 0.001 0.042 0.741 127 G 0.061 0.013 0.001 0.018 0.009 0.020 0.173 0.004 0.001 0.057 0.643 128 L 0.093 0.017 0.001 0.030 0.032 0.034 0.168 0.007 0.001 0.059 0.558 129 G 0.038 0.025 0.001 0.056 0.023 0.041 0.182 0.004 0.001 0.043 0.587 130 S 0.032 0.034 0.001 0.101 0.068 0.092 0.156 0.008 0.001 0.078 0.431 131 K 0.026 0.026 0.001 0.215 0.079 0.107 0.133 0.004 0.001 0.070 0.338 132 M 0.008 0.016 0.002 0.330 0.090 0.154 0.086 0.002 0.001 0.049 0.262 133 G 0.022 0.008 0.003 0.341 0.108 0.156 0.071 0.002 0.001 0.115 0.173 134 L 0.016 0.007 0.003 0.431 0.067 0.098 0.081 0.003 0.001 0.096 0.195 135 D 0.126 0.012 0.005 0.208 0.045 0.103 0.120 0.005 0.004 0.116 0.258 136 A 0.060 0.007 0.002 0.139 0.035 0.101 0.149 0.007 0.001 0.075 0.425 137 T 0.037 0.003 0.001 0.042 0.021 0.046 0.157 0.001 0.001 0.046 0.646 138 N 0.013 0.001 0.001 0.036 0.055 0.080 0.174 0.002 0.001 0.050 0.588 139 K 0.008 0.003 0.001 0.016 0.012 0.022 0.176 0.002 0.001 0.022 0.738 140 W 0.239 0.010 0.002 0.012 0.022 0.022 0.113 0.012 0.002 0.099 0.465 141 P 0.095 0.055 0.004 0.012 0.004 0.008 0.129 0.008 0.002 0.121 0.561 142 G 0.163 0.032 0.004 0.005 0.008 0.018 0.092 0.007 0.002 0.038 0.631 143 E 0.124 0.023 0.002 0.012 0.025 0.047 0.099 0.008 0.001 0.048 0.610 144 T 0.054 0.026 0.001 0.010 0.039 0.079 0.105 0.005 0.001 0.048 0.634 145 Q 0.075 0.023 0.008 0.029 0.036 0.076 0.114 0.006 0.002 0.052 0.578 146 R 0.051 0.005 0.002 0.017 0.095 0.113 0.101 0.008 0.001 0.031 0.577 147 E 0.091 0.005 0.001 0.014 0.041 0.056 0.085 0.001 0.001 0.028 0.677 148 W 0.008 0.002 0.001 0.023 0.059 0.075 0.121 0.003 0.001 0.019 0.688 149 G 0.038 0.015 0.001 0.014 0.026 0.031 0.114 0.006 0.001 0.022 0.732 150 R 0.087 0.009 0.001 0.015 0.096 0.084 0.131 0.061 0.001 0.060 0.455 151 P 0.052 0.017 0.001 0.046 0.023 0.065 0.120 0.004 0.001 0.034 0.639 152 I 0.038 0.009 0.001 0.082 0.041 0.080 0.103 0.001 0.001 0.038 0.606 153 K 0.005 0.011 0.001 0.087 0.053 0.062 0.160 0.001 0.001 0.047 0.574 154 K 0.010 0.098 0.001 0.020 0.020 0.019 0.109 0.005 0.001 0.053 0.663 155 D 0.102 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.011 0.021 156 P 0.040 0.796 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.040 0.103 157 D 0.009 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.017 0.047 158 V 0.024 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.012 0.024 159 V 0.010 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.056 0.021 160 A 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.017 161 H 0.002 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.019 162 I 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.006 163 D 0.007 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.053 0.032 164 A 0.010 0.856 0.021 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.045 0.050 165 I 0.066 0.781 0.017 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.008 0.055 0.041 166 W 0.114 0.270 0.147 0.003 0.001 0.001 0.026 0.019 0.143 0.090 0.186 167 D 0.421 0.137 0.002 0.002 0.001 0.002 0.055 0.010 0.001 0.029 0.340 168 E 0.055 0.075 0.003 0.010 0.002 0.009 0.073 0.005 0.002 0.043 0.724 169 L 0.034 0.027 0.005 0.019 0.005 0.014 0.131 0.001 0.001 0.038 0.725 170 A 0.022 0.024 0.005 0.043 0.020 0.055 0.115 0.003 0.002 0.086 0.624 171 I 0.076 0.017 0.004 0.016 0.010 0.019 0.112 0.006 0.002 0.071 0.668 172 F 0.364 0.012 0.002 0.027 0.009 0.016 0.075 0.007 0.002 0.103 0.383 173 N 0.061 0.003 0.001 0.013 0.003 0.009 0.089 0.001 0.001 0.047 0.773 174 N 0.010 0.001 0.001 0.011 0.004 0.012 0.099 0.001 0.001 0.019 0.842 175 G 0.107 0.003 0.001 0.011 0.012 0.011 0.101 0.004 0.001 0.041 0.708 176 K 0.039 0.002 0.001 0.007 0.010 0.011 0.136 0.005 0.001 0.038 0.752 177 S 0.038 0.006 0.001 0.009 0.009 0.015 0.136 0.004 0.001 0.027 0.756