# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.104 0.075 0.035 0.092 0.069 0.070 0.117 0.109 0.133 0.107 0.089 2 Y 0.086 0.057 0.036 0.089 0.092 0.101 0.151 0.114 0.120 0.091 0.063 3 T 0.086 0.098 0.035 0.082 0.073 0.074 0.114 0.108 0.129 0.108 0.092 4 G 0.100 0.064 0.023 0.079 0.080 0.086 0.125 0.114 0.138 0.111 0.081 5 R 0.112 0.119 0.056 0.158 0.148 0.120 0.112 0.061 0.052 0.035 0.025 6 P 0.051 0.051 0.022 0.077 0.087 0.093 0.142 0.136 0.152 0.110 0.079 7 P 0.124 0.068 0.028 0.093 0.102 0.110 0.145 0.102 0.101 0.072 0.056 8 D 0.183 0.172 0.065 0.182 0.131 0.091 0.081 0.040 0.029 0.016 0.009 9 E 0.058 0.038 0.017 0.047 0.058 0.074 0.135 0.133 0.171 0.148 0.122 10 P 0.104 0.090 0.050 0.152 0.147 0.135 0.123 0.066 0.059 0.040 0.034 11 A 0.024 0.051 0.043 0.115 0.129 0.144 0.193 0.123 0.095 0.056 0.027 12 V 0.031 0.028 0.034 0.083 0.099 0.134 0.199 0.135 0.123 0.084 0.051 13 L 0.016 0.021 0.034 0.040 0.025 0.028 0.085 0.101 0.189 0.208 0.254 14 G 0.015 0.018 0.023 0.045 0.064 0.102 0.189 0.156 0.168 0.138 0.082 15 V 0.032 0.037 0.105 0.140 0.123 0.132 0.171 0.092 0.084 0.054 0.030 16 A 0.051 0.040 0.127 0.073 0.069 0.082 0.152 0.114 0.116 0.095 0.081 17 L 0.009 0.026 0.046 0.069 0.058 0.087 0.180 0.128 0.178 0.137 0.082 18 N 0.010 0.025 0.054 0.056 0.042 0.063 0.165 0.143 0.185 0.155 0.102 19 E 0.102 0.082 0.271 0.164 0.129 0.098 0.079 0.033 0.022 0.013 0.007 20 V 0.033 0.044 0.114 0.093 0.104 0.126 0.208 0.114 0.086 0.050 0.028 21 F 0.003 0.009 0.017 0.021 0.013 0.016 0.067 0.093 0.226 0.281 0.255 22 V 0.002 0.009 0.017 0.036 0.073 0.148 0.250 0.161 0.152 0.099 0.052 23 P 0.230 0.117 0.449 0.118 0.042 0.020 0.014 0.004 0.003 0.002 0.001 24 I 0.006 0.014 0.028 0.079 0.113 0.173 0.310 0.139 0.082 0.041 0.016 25 L 0.002 0.003 0.013 0.010 0.008 0.012 0.049 0.086 0.217 0.294 0.306 26 Q 0.009 0.024 0.108 0.234 0.249 0.190 0.126 0.034 0.017 0.007 0.003 27 K 0.022 0.065 0.517 0.170 0.101 0.063 0.036 0.013 0.008 0.003 0.002 28 Q 0.010 0.020 0.022 0.057 0.088 0.171 0.314 0.144 0.098 0.051 0.025 29 F 0.006 0.006 0.005 0.014 0.017 0.037 0.140 0.161 0.221 0.211 0.182 30 P 0.139 0.193 0.222 0.181 0.110 0.065 0.046 0.018 0.013 0.007 0.005 31 E 0.183 0.163 0.111 0.248 0.147 0.079 0.045 0.012 0.007 0.003 0.001 32 I 0.004 0.004 0.002 0.007 0.009 0.016 0.056 0.108 0.218 0.275 0.301 33 V 0.027 0.063 0.059 0.165 0.173 0.176 0.179 0.078 0.049 0.021 0.010 34 D 0.043 0.093 0.103 0.194 0.168 0.144 0.130 0.061 0.038 0.018 0.009 35 F 0.005 0.004 0.003 0.012 0.015 0.027 0.087 0.139 0.234 0.263 0.210 36 Y 0.021 0.040 0.020 0.103 0.124 0.140 0.206 0.131 0.110 0.062 0.042 37 L 0.008 0.010 0.006 0.015 0.018 0.028 0.077 0.123 0.217 0.244 0.254 38 P 0.019 0.057 0.027 0.116 0.137 0.137 0.174 0.125 0.106 0.064 0.037 39 P 0.121 0.071 0.029 0.121 0.119 0.126 0.149 0.098 0.085 0.053 0.029 40 E 0.135 0.069 0.023 0.109 0.113 0.120 0.161 0.101 0.083 0.054 0.032 41 G 0.052 0.037 0.022 0.065 0.059 0.077 0.128 0.127 0.167 0.149 0.117 42 C 0.031 0.049 0.033 0.082 0.072 0.086 0.155 0.129 0.155 0.124 0.085 43 S 0.013 0.022 0.022 0.067 0.088 0.107 0.167 0.148 0.170 0.120 0.076 44 Y 0.009 0.015 0.024 0.072 0.102 0.132 0.208 0.165 0.150 0.085 0.037 45 R 0.007 0.015 0.022 0.100 0.154 0.187 0.246 0.129 0.086 0.040 0.015 46 L 0.001 0.003 0.006 0.012 0.011 0.018 0.061 0.122 0.229 0.285 0.251 47 A 0.001 0.002 0.006 0.012 0.012 0.019 0.102 0.163 0.265 0.242 0.174 48 V 0.001 0.005 0.012 0.025 0.028 0.043 0.126 0.167 0.229 0.204 0.161 49 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.015 0.078 0.141 0.264 0.280 0.206 50 T 0.014 0.049 0.054 0.182 0.183 0.170 0.195 0.084 0.048 0.016 0.006 51 I 0.002 0.005 0.003 0.009 0.011 0.020 0.072 0.122 0.248 0.273 0.234 52 K 0.035 0.126 0.084 0.340 0.240 0.112 0.050 0.010 0.004 0.001 0.001 53 K 0.182 0.138 0.074 0.165 0.139 0.108 0.100 0.047 0.028 0.014 0.006 54 Q 0.171 0.138 0.093 0.206 0.146 0.102 0.076 0.030 0.020 0.011 0.007 55 Y 0.021 0.059 0.021 0.065 0.081 0.122 0.218 0.144 0.136 0.089 0.045 56 A 0.174 0.097 0.061 0.155 0.157 0.143 0.115 0.046 0.029 0.015 0.007 57 G 0.556 0.166 0.112 0.087 0.037 0.019 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 58 H 0.018 0.042 0.036 0.114 0.129 0.179 0.230 0.120 0.079 0.036 0.016 59 A 0.006 0.010 0.017 0.028 0.031 0.052 0.136 0.155 0.225 0.198 0.142 60 K 0.016 0.024 0.121 0.137 0.196 0.217 0.173 0.059 0.035 0.015 0.005 61 R 0.005 0.031 0.218 0.246 0.189 0.146 0.102 0.033 0.019 0.008 0.003 62 V 0.001 0.003 0.020 0.016 0.013 0.019 0.088 0.119 0.236 0.258 0.227 63 M 0.002 0.002 0.014 0.013 0.016 0.033 0.140 0.160 0.232 0.233 0.156 64 M 0.003 0.010 0.247 0.122 0.138 0.145 0.164 0.073 0.052 0.029 0.015 65 G 0.001 0.003 0.028 0.030 0.050 0.108 0.271 0.173 0.150 0.113 0.073 66 V 0.001 0.001 0.007 0.006 0.004 0.008 0.055 0.092 0.231 0.325 0.269 67 W 0.002 0.005 0.026 0.019 0.017 0.033 0.119 0.141 0.215 0.229 0.194 68 S 0.008 0.026 0.128 0.086 0.091 0.102 0.154 0.119 0.123 0.090 0.073 69 F 0.005 0.011 0.021 0.027 0.030 0.050 0.158 0.157 0.211 0.193 0.136 70 L 0.028 0.029 0.035 0.093 0.090 0.121 0.211 0.142 0.130 0.082 0.039 71 R 0.064 0.079 0.095 0.131 0.126 0.149 0.158 0.079 0.060 0.037 0.023 72 Q 0.037 0.042 0.057 0.088 0.072 0.089 0.160 0.123 0.140 0.109 0.083 73 F 0.040 0.026 0.025 0.046 0.036 0.051 0.120 0.123 0.178 0.184 0.170 74 M 0.034 0.039 0.046 0.074 0.070 0.094 0.163 0.127 0.146 0.120 0.087 75 Y 0.020 0.038 0.055 0.099 0.093 0.113 0.180 0.122 0.134 0.093 0.054 76 T 0.016 0.019 0.029 0.054 0.053 0.057 0.122 0.144 0.220 0.171 0.114 77 K 0.003 0.009 0.014 0.049 0.086 0.124 0.229 0.196 0.168 0.085 0.036 78 F 0.001 0.004 0.006 0.029 0.054 0.099 0.235 0.218 0.199 0.108 0.048 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.047 0.116 0.232 0.288 0.305 80 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.065 0.132 0.235 0.278 0.273 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.036 0.101 0.223 0.313 0.314 82 C 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.022 0.077 0.139 0.246 0.259 0.239 83 D 0.003 0.012 0.010 0.083 0.120 0.155 0.218 0.173 0.121 0.068 0.037 84 D 0.094 0.090 0.048 0.216 0.202 0.148 0.113 0.048 0.025 0.011 0.005 85 D 0.037 0.079 0.049 0.216 0.192 0.157 0.138 0.061 0.039 0.020 0.012 86 V 0.006 0.005 0.002 0.011 0.018 0.029 0.077 0.110 0.212 0.255 0.277 87 N 0.105 0.222 0.057 0.204 0.144 0.103 0.087 0.034 0.025 0.012 0.008 88 A 0.021 0.012 0.005 0.020 0.022 0.036 0.092 0.130 0.210 0.216 0.237 89 R 0.130 0.134 0.047 0.193 0.162 0.114 0.106 0.048 0.034 0.019 0.014 90 D 0.019 0.264 0.058 0.207 0.157 0.115 0.088 0.041 0.030 0.014 0.008 91 W 0.006 0.006 0.004 0.029 0.074 0.113 0.164 0.161 0.185 0.148 0.109 92 N 0.233 0.144 0.056 0.178 0.161 0.116 0.078 0.019 0.011 0.003 0.002 93 D 0.002 0.019 0.026 0.184 0.204 0.210 0.228 0.079 0.031 0.013 0.005 94 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.021 0.058 0.187 0.304 0.420 95 I 0.001 0.001 0.013 0.012 0.016 0.037 0.158 0.180 0.232 0.207 0.143 96 W 0.001 0.002 0.074 0.133 0.164 0.172 0.173 0.094 0.093 0.067 0.029 97 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 0.102 0.166 0.235 0.258 0.217 98 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.042 0.114 0.266 0.312 0.257 99 T 0.001 0.002 0.007 0.007 0.011 0.027 0.099 0.138 0.219 0.243 0.248 100 T 0.003 0.012 0.033 0.087 0.105 0.139 0.234 0.163 0.133 0.066 0.026 101 R 0.009 0.017 0.018 0.047 0.062 0.121 0.264 0.187 0.151 0.085 0.039 102 M 0.004 0.004 0.003 0.009 0.012 0.021 0.067 0.107 0.210 0.275 0.287 103 D 0.013 0.066 0.030 0.157 0.172 0.164 0.182 0.096 0.070 0.033 0.017 104 P 0.020 0.022 0.012 0.038 0.050 0.074 0.139 0.169 0.207 0.160 0.106 105 A 0.231 0.116 0.054 0.187 0.148 0.097 0.080 0.036 0.026 0.014 0.010 106 R 0.035 0.053 0.028 0.128 0.135 0.148 0.186 0.113 0.092 0.054 0.027 107 D 0.007 0.007 0.006 0.021 0.030 0.051 0.119 0.153 0.227 0.210 0.169 108 T 0.007 0.012 0.011 0.030 0.037 0.063 0.148 0.153 0.200 0.182 0.157 109 V 0.002 0.005 0.007 0.021 0.033 0.063 0.157 0.176 0.217 0.194 0.125 110 L 0.003 0.007 0.007 0.030 0.038 0.053 0.135 0.154 0.191 0.179 0.203 111 V 0.002 0.003 0.003 0.012 0.020 0.031 0.086 0.142 0.225 0.245 0.232 112 E 0.074 0.106 0.102 0.260 0.173 0.111 0.087 0.038 0.028 0.014 0.008 113 N 0.147 0.125 0.068 0.202 0.161 0.124 0.095 0.038 0.023 0.012 0.006 114 T 0.011 0.011 0.006 0.027 0.032 0.049 0.122 0.159 0.224 0.203 0.155 115 P 0.141 0.188 0.056 0.170 0.138 0.106 0.094 0.044 0.033 0.018 0.012 116 I 0.021 0.011 0.005 0.017 0.021 0.036 0.091 0.129 0.211 0.225 0.233 117 D 0.045 0.062 0.022 0.087 0.096 0.108 0.169 0.133 0.128 0.086 0.064 118 Y 0.024 0.038 0.023 0.089 0.095 0.114 0.177 0.142 0.141 0.096 0.059 119 L 0.005 0.004 0.004 0.010 0.016 0.028 0.073 0.110 0.202 0.257 0.290 120 D 0.010 0.022 0.017 0.065 0.078 0.094 0.169 0.169 0.173 0.123 0.081 121 F 0.013 0.017 0.011 0.039 0.049 0.076 0.165 0.163 0.194 0.163 0.110 122 A 0.031 0.028 0.018 0.058 0.067 0.083 0.147 0.135 0.154 0.143 0.136 123 S 0.046 0.041 0.020 0.068 0.077 0.086 0.146 0.134 0.149 0.128 0.107 124 P 0.148 0.156 0.069 0.168 0.114 0.089 0.083 0.050 0.049 0.039 0.035 125 V 0.120 0.080 0.047 0.127 0.121 0.116 0.125 0.078 0.075 0.062 0.049 126 S 0.165 0.128 0.047 0.144 0.118 0.101 0.100 0.062 0.058 0.042 0.036 127 G 0.242 0.125 0.059 0.147 0.106 0.082 0.074 0.047 0.045 0.039 0.036 128 L 0.048 0.069 0.039 0.124 0.122 0.123 0.163 0.099 0.093 0.070 0.050 129 G 0.068 0.062 0.029 0.097 0.108 0.107 0.125 0.104 0.118 0.098 0.083 130 S 0.012 0.018 0.011 0.044 0.062 0.078 0.138 0.139 0.181 0.162 0.155 131 K 0.014 0.019 0.015 0.060 0.095 0.123 0.190 0.146 0.141 0.110 0.086 132 M 0.009 0.008 0.005 0.017 0.021 0.031 0.090 0.143 0.224 0.232 0.221 133 G 0.006 0.007 0.007 0.026 0.034 0.051 0.121 0.139 0.195 0.195 0.219 134 L 0.002 0.002 0.004 0.007 0.008 0.013 0.043 0.080 0.188 0.291 0.362 135 D 0.003 0.006 0.008 0.033 0.047 0.071 0.167 0.176 0.198 0.164 0.127 136 A 0.002 0.003 0.005 0.008 0.010 0.019 0.064 0.107 0.193 0.250 0.339 137 T 0.007 0.016 0.012 0.050 0.067 0.094 0.172 0.141 0.167 0.153 0.120 138 N 0.035 0.052 0.029 0.117 0.126 0.132 0.167 0.115 0.110 0.075 0.043 139 K 0.110 0.120 0.068 0.177 0.142 0.115 0.108 0.059 0.048 0.031 0.021 140 W 0.039 0.035 0.021 0.069 0.086 0.096 0.160 0.138 0.147 0.120 0.087 141 P 0.219 0.247 0.047 0.145 0.106 0.083 0.071 0.034 0.027 0.014 0.007 142 G 0.428 0.165 0.057 0.127 0.080 0.053 0.041 0.019 0.016 0.009 0.005 143 E 0.491 0.164 0.064 0.092 0.053 0.035 0.034 0.020 0.021 0.015 0.012 144 T 0.118 0.145 0.069 0.156 0.122 0.116 0.130 0.066 0.046 0.022 0.011 145 Q 0.119 0.116 0.074 0.163 0.144 0.129 0.121 0.060 0.043 0.022 0.010 146 R 0.100 0.124 0.133 0.202 0.165 0.110 0.088 0.036 0.024 0.012 0.007 147 E 0.135 0.146 0.152 0.198 0.142 0.096 0.067 0.027 0.020 0.011 0.006 148 W 0.020 0.022 0.015 0.059 0.084 0.128 0.235 0.165 0.135 0.088 0.049 149 G 0.273 0.142 0.068 0.109 0.094 0.086 0.096 0.054 0.041 0.024 0.014 150 R 0.148 0.173 0.130 0.166 0.117 0.089 0.098 0.039 0.025 0.011 0.004 151 P 0.262 0.184 0.079 0.180 0.117 0.075 0.055 0.022 0.015 0.007 0.003 152 I 0.037 0.021 0.011 0.031 0.041 0.059 0.140 0.138 0.201 0.175 0.146 153 K 0.162 0.149 0.090 0.182 0.138 0.108 0.094 0.037 0.024 0.010 0.006 154 K 0.129 0.127 0.092 0.114 0.108 0.112 0.123 0.066 0.052 0.045 0.033 155 D 0.031 0.406 0.087 0.140 0.097 0.080 0.080 0.037 0.024 0.012 0.006 156 P 0.870 0.050 0.025 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.714 0.132 0.054 0.065 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.002 0.004 0.013 0.026 0.041 0.110 0.307 0.226 0.159 0.078 0.034 159 V 0.003 0.007 0.025 0.117 0.231 0.300 0.217 0.063 0.026 0.009 0.002 160 A 0.046 0.055 0.851 0.032 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.001 0.009 0.106 0.185 0.228 0.232 0.170 0.039 0.020 0.007 0.002 162 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.005 0.048 0.100 0.232 0.312 0.293 163 D 0.003 0.011 0.208 0.325 0.279 0.120 0.044 0.007 0.002 0.001 0.001 164 A 0.018 0.053 0.779 0.086 0.036 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 165 I 0.002 0.004 0.025 0.029 0.043 0.103 0.308 0.186 0.163 0.094 0.044 166 W 0.001 0.002 0.009 0.006 0.011 0.036 0.195 0.207 0.237 0.194 0.102 167 D 0.008 0.045 0.589 0.215 0.091 0.033 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 168 E 0.017 0.055 0.357 0.176 0.142 0.123 0.088 0.023 0.013 0.005 0.002 169 L 0.011 0.008 0.012 0.018 0.019 0.040 0.146 0.172 0.243 0.209 0.122 170 A 0.113 0.176 0.125 0.153 0.124 0.108 0.108 0.042 0.028 0.015 0.007 171 I 0.025 0.033 0.069 0.054 0.049 0.061 0.125 0.125 0.181 0.156 0.122 172 F 0.067 0.117 0.093 0.173 0.142 0.124 0.132 0.062 0.047 0.026 0.016 173 N 0.208 0.169 0.079 0.145 0.110 0.090 0.087 0.044 0.035 0.020 0.011 174 N 0.273 0.127 0.060 0.121 0.098 0.090 0.092 0.051 0.043 0.028 0.017 175 G 0.439 0.151 0.049 0.089 0.067 0.056 0.056 0.033 0.029 0.019 0.012 176 K 0.367 0.231 0.059 0.125 0.078 0.052 0.040 0.019 0.015 0.009 0.005 177 S 0.400 0.185 0.049 0.098 0.068 0.053 0.049 0.032 0.031 0.021 0.014