# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.039 0.005 0.004 0.060 0.091 0.123 0.078 0.001 0.001 0.005 0.594 2 Y 0.028 0.004 0.004 0.070 0.100 0.131 0.068 0.001 0.001 0.004 0.591 3 T 0.012 0.002 0.002 0.062 0.082 0.144 0.074 0.001 0.001 0.003 0.619 4 G 0.024 0.003 0.002 0.046 0.071 0.123 0.068 0.001 0.001 0.004 0.660 5 R 0.040 0.004 0.002 0.062 0.043 0.108 0.060 0.001 0.001 0.004 0.675 6 P 0.014 0.001 0.001 0.019 0.012 0.035 0.042 0.001 0.001 0.001 0.875 7 P 0.007 0.001 0.001 0.009 0.003 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.962 8 D 0.020 0.002 0.001 0.017 0.011 0.032 0.102 0.001 0.001 0.002 0.813 9 E 0.092 0.005 0.001 0.009 0.006 0.007 0.057 0.001 0.001 0.002 0.820 10 P 0.025 0.022 0.001 0.007 0.003 0.006 0.061 0.001 0.001 0.001 0.874 11 A 0.071 0.058 0.001 0.010 0.013 0.024 0.464 0.001 0.001 0.012 0.347 12 V 0.188 0.335 0.003 0.011 0.011 0.026 0.212 0.002 0.001 0.006 0.205 13 L 0.046 0.756 0.003 0.014 0.013 0.016 0.013 0.003 0.001 0.001 0.136 14 G 0.072 0.524 0.003 0.005 0.005 0.010 0.024 0.008 0.001 0.003 0.346 15 V 0.184 0.390 0.046 0.004 0.002 0.006 0.023 0.005 0.001 0.002 0.337 16 A 0.047 0.358 0.006 0.013 0.005 0.005 0.029 0.014 0.001 0.001 0.523 17 L 0.068 0.530 0.004 0.013 0.007 0.013 0.058 0.008 0.001 0.004 0.294 18 N 0.034 0.809 0.002 0.002 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.133 19 E 0.029 0.850 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.100 20 V 0.126 0.761 0.003 0.003 0.002 0.005 0.017 0.012 0.001 0.002 0.068 21 F 0.166 0.749 0.018 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.051 22 V 0.016 0.907 0.014 0.006 0.001 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.040 23 P 0.002 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.921 24 I 0.136 0.639 0.001 0.004 0.002 0.004 0.018 0.005 0.001 0.001 0.191 25 L 0.071 0.780 0.003 0.004 0.002 0.005 0.013 0.007 0.001 0.001 0.116 26 Q 0.065 0.868 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.053 27 K 0.168 0.715 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.100 28 Q 0.300 0.456 0.009 0.004 0.006 0.004 0.006 0.038 0.001 0.001 0.177 29 F 0.326 0.199 0.127 0.020 0.010 0.015 0.022 0.021 0.001 0.002 0.256 30 P 0.001 0.002 0.011 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.974 31 E 0.024 0.004 0.001 0.113 0.045 0.062 0.126 0.002 0.001 0.001 0.620 32 I 0.324 0.010 0.004 0.051 0.010 0.022 0.036 0.001 0.001 0.006 0.537 33 V 0.040 0.045 0.002 0.377 0.094 0.118 0.085 0.001 0.001 0.003 0.235 34 D 0.048 0.015 0.001 0.112 0.041 0.065 0.112 0.001 0.001 0.003 0.603 35 F 0.119 0.029 0.003 0.213 0.073 0.127 0.060 0.002 0.001 0.006 0.369 36 Y 0.066 0.026 0.007 0.103 0.082 0.151 0.139 0.003 0.001 0.008 0.414 37 L 0.046 0.012 0.013 0.057 0.047 0.099 0.067 0.002 0.001 0.005 0.652 38 P 0.013 0.005 0.002 0.039 0.038 0.083 0.049 0.001 0.001 0.001 0.768 39 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.968 40 E 0.034 0.008 0.001 0.020 0.024 0.070 0.161 0.001 0.001 0.004 0.677 41 G 0.421 0.019 0.001 0.012 0.014 0.013 0.049 0.003 0.001 0.006 0.461 42 C 0.387 0.136 0.008 0.018 0.019 0.024 0.067 0.001 0.001 0.006 0.334 43 S 0.045 0.088 0.006 0.040 0.066 0.116 0.113 0.002 0.001 0.004 0.519 44 Y 0.057 0.103 0.005 0.054 0.102 0.150 0.068 0.002 0.001 0.005 0.454 45 R 0.042 0.115 0.005 0.090 0.139 0.252 0.076 0.004 0.001 0.007 0.270 46 L 0.036 0.064 0.007 0.105 0.219 0.365 0.048 0.004 0.001 0.006 0.146 47 A 0.009 0.040 0.003 0.257 0.312 0.335 0.012 0.001 0.001 0.001 0.029 48 V 0.004 0.046 0.003 0.222 0.235 0.400 0.013 0.001 0.001 0.001 0.075 49 V 0.003 0.026 0.001 0.320 0.256 0.351 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 50 T 0.006 0.037 0.003 0.265 0.180 0.324 0.041 0.002 0.001 0.002 0.141 51 I 0.009 0.036 0.006 0.219 0.152 0.289 0.054 0.002 0.001 0.002 0.230 52 K 0.010 0.038 0.003 0.172 0.113 0.293 0.090 0.002 0.001 0.003 0.276 53 K 0.030 0.045 0.001 0.054 0.032 0.093 0.111 0.005 0.001 0.006 0.624 54 Q 0.169 0.086 0.006 0.031 0.019 0.036 0.121 0.009 0.001 0.009 0.514 55 Y 0.211 0.088 0.012 0.009 0.009 0.009 0.088 0.006 0.001 0.003 0.567 56 A 0.018 0.025 0.004 0.003 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.921 57 G 0.013 0.022 0.001 0.002 0.001 0.002 0.159 0.001 0.001 0.002 0.798 58 H 0.225 0.107 0.003 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.001 0.002 0.564 59 A 0.038 0.692 0.001 0.002 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.002 0.194 60 K 0.019 0.777 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.167 61 R 0.016 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.103 62 V 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 63 M 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 M 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 65 G 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 66 V 0.008 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 W 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 68 S 0.020 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.017 69 F 0.044 0.914 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.024 70 L 0.069 0.764 0.029 0.001 0.001 0.002 0.008 0.025 0.001 0.001 0.101 71 R 0.059 0.532 0.062 0.003 0.004 0.004 0.025 0.027 0.001 0.002 0.281 72 Q 0.143 0.485 0.016 0.005 0.008 0.008 0.023 0.027 0.001 0.003 0.283 73 F 0.228 0.471 0.016 0.010 0.014 0.015 0.021 0.028 0.001 0.004 0.192 74 M 0.123 0.324 0.014 0.025 0.048 0.033 0.047 0.032 0.001 0.004 0.350 75 Y 0.144 0.134 0.017 0.048 0.057 0.070 0.072 0.040 0.001 0.009 0.408 76 T 0.173 0.037 0.022 0.124 0.146 0.133 0.109 0.026 0.001 0.013 0.217 77 K 0.031 0.002 0.030 0.152 0.053 0.051 0.067 0.004 0.001 0.005 0.605 78 F 0.010 0.001 0.023 0.431 0.129 0.145 0.068 0.001 0.001 0.004 0.190 79 V 0.002 0.001 0.002 0.734 0.122 0.091 0.016 0.001 0.001 0.001 0.031 80 I 0.001 0.001 0.001 0.627 0.094 0.099 0.023 0.001 0.001 0.001 0.156 81 V 0.001 0.001 0.001 0.721 0.111 0.139 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 82 C 0.001 0.001 0.001 0.714 0.055 0.105 0.025 0.001 0.001 0.001 0.100 83 D 0.001 0.001 0.001 0.539 0.109 0.143 0.035 0.001 0.001 0.002 0.171 84 D 0.001 0.001 0.001 0.208 0.040 0.090 0.088 0.001 0.001 0.005 0.568 85 D 0.014 0.001 0.001 0.080 0.025 0.055 0.296 0.001 0.001 0.027 0.502 86 V 0.242 0.002 0.002 0.069 0.036 0.040 0.179 0.001 0.001 0.082 0.349 87 N 0.092 0.005 0.002 0.013 0.016 0.016 0.464 0.001 0.001 0.011 0.379 88 A 0.026 0.003 0.005 0.008 0.004 0.006 0.061 0.001 0.001 0.004 0.883 89 R 0.028 0.009 0.002 0.017 0.011 0.024 0.474 0.001 0.001 0.010 0.425 90 D 0.087 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.605 0.001 0.001 0.015 0.277 91 W 0.085 0.075 0.006 0.006 0.003 0.006 0.108 0.001 0.001 0.006 0.703 92 N 0.014 0.067 0.001 0.002 0.001 0.002 0.373 0.001 0.001 0.007 0.532 93 D 0.025 0.219 0.001 0.001 0.001 0.003 0.416 0.003 0.001 0.009 0.323 94 V 0.016 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.094 95 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 96 W 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 97 A 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 98 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 99 T 0.015 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 100 T 0.032 0.904 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.013 101 R 0.213 0.566 0.013 0.002 0.002 0.002 0.002 0.121 0.001 0.001 0.079 102 M 0.172 0.260 0.410 0.004 0.004 0.006 0.015 0.032 0.001 0.002 0.094 103 D 0.112 0.120 0.083 0.042 0.067 0.064 0.119 0.050 0.001 0.003 0.339 104 P 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.981 105 A 0.015 0.006 0.001 0.026 0.020 0.040 0.394 0.002 0.001 0.013 0.483 106 R 0.626 0.009 0.004 0.014 0.007 0.012 0.091 0.003 0.001 0.060 0.173 107 D 0.410 0.069 0.009 0.119 0.048 0.035 0.085 0.005 0.001 0.013 0.207 108 T 0.104 0.015 0.019 0.164 0.114 0.127 0.103 0.002 0.001 0.011 0.340 109 V 0.013 0.004 0.003 0.285 0.282 0.301 0.042 0.001 0.001 0.002 0.067 110 L 0.005 0.005 0.003 0.276 0.178 0.302 0.058 0.001 0.001 0.001 0.173 111 V 0.004 0.002 0.001 0.179 0.303 0.378 0.038 0.001 0.001 0.001 0.094 112 E 0.002 0.001 0.001 0.070 0.041 0.090 0.034 0.001 0.001 0.001 0.761 113 N 0.009 0.001 0.001 0.096 0.070 0.180 0.166 0.001 0.001 0.012 0.464 114 T 0.188 0.001 0.004 0.087 0.034 0.058 0.191 0.001 0.001 0.039 0.397 115 P 0.007 0.001 0.001 0.014 0.006 0.007 0.032 0.001 0.001 0.001 0.931 116 I 0.018 0.001 0.002 0.094 0.047 0.108 0.147 0.001 0.001 0.008 0.575 117 D 0.094 0.003 0.001 0.066 0.068 0.095 0.219 0.001 0.001 0.008 0.445 118 Y 0.021 0.002 0.001 0.018 0.017 0.020 0.027 0.001 0.001 0.002 0.891 119 L 0.028 0.005 0.002 0.066 0.075 0.160 0.290 0.001 0.001 0.010 0.363 120 D 0.115 0.007 0.001 0.053 0.039 0.060 0.384 0.001 0.001 0.018 0.321 121 F 0.033 0.012 0.003 0.032 0.011 0.016 0.046 0.001 0.001 0.005 0.841 122 A 0.053 0.014 0.004 0.031 0.023 0.044 0.372 0.002 0.001 0.026 0.432 123 S 0.350 0.013 0.004 0.016 0.014 0.022 0.270 0.003 0.001 0.024 0.284 124 P 0.022 0.007 0.003 0.006 0.004 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.935 125 V 0.048 0.016 0.004 0.011 0.024 0.054 0.279 0.001 0.001 0.013 0.551 126 S 0.176 0.033 0.002 0.017 0.035 0.055 0.129 0.004 0.001 0.010 0.541 127 G 0.248 0.083 0.001 0.017 0.041 0.034 0.074 0.012 0.001 0.009 0.480 128 L 0.288 0.035 0.014 0.010 0.023 0.028 0.121 0.003 0.001 0.019 0.458 129 G 0.075 0.009 0.009 0.031 0.040 0.048 0.174 0.005 0.001 0.014 0.595 130 S 0.147 0.004 0.043 0.116 0.063 0.071 0.124 0.002 0.001 0.019 0.411 131 K 0.025 0.002 0.011 0.175 0.108 0.120 0.140 0.001 0.001 0.007 0.412 132 M 0.008 0.001 0.002 0.436 0.194 0.224 0.044 0.001 0.001 0.002 0.088 133 G 0.003 0.001 0.001 0.447 0.159 0.250 0.036 0.001 0.001 0.001 0.103 134 L 0.001 0.001 0.001 0.562 0.164 0.185 0.018 0.001 0.001 0.001 0.070 135 D 0.001 0.001 0.001 0.371 0.131 0.237 0.054 0.001 0.001 0.001 0.203 136 A 0.005 0.001 0.001 0.470 0.137 0.194 0.042 0.001 0.001 0.004 0.146 137 T 0.010 0.002 0.001 0.216 0.095 0.186 0.180 0.001 0.001 0.010 0.300 138 N 0.034 0.002 0.002 0.138 0.100 0.144 0.105 0.001 0.001 0.012 0.462 139 K 0.028 0.003 0.003 0.066 0.036 0.076 0.104 0.001 0.001 0.009 0.673 140 W 0.039 0.002 0.004 0.039 0.076 0.134 0.150 0.001 0.001 0.007 0.549 141 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.976 142 G 0.014 0.001 0.001 0.017 0.026 0.057 0.105 0.001 0.001 0.003 0.775 143 E 0.186 0.006 0.001 0.013 0.016 0.031 0.111 0.001 0.001 0.011 0.624 144 T 0.154 0.039 0.001 0.025 0.037 0.038 0.111 0.002 0.001 0.004 0.589 145 Q 0.147 0.046 0.003 0.032 0.038 0.056 0.118 0.001 0.001 0.009 0.551 146 R 0.118 0.061 0.004 0.036 0.042 0.055 0.152 0.002 0.001 0.007 0.524 147 E 0.119 0.043 0.007 0.025 0.044 0.078 0.110 0.003 0.001 0.007 0.565 148 W 0.086 0.033 0.009 0.043 0.076 0.152 0.084 0.004 0.001 0.005 0.509 149 G 0.038 0.008 0.004 0.026 0.028 0.062 0.036 0.002 0.001 0.004 0.793 150 R 0.071 0.007 0.009 0.045 0.058 0.130 0.068 0.002 0.001 0.004 0.606 151 P 0.006 0.001 0.001 0.011 0.007 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.963 152 I 0.065 0.005 0.002 0.067 0.027 0.064 0.105 0.001 0.001 0.005 0.659 153 K 0.210 0.009 0.003 0.085 0.023 0.068 0.138 0.002 0.001 0.008 0.454 154 K 0.151 0.012 0.005 0.067 0.013 0.026 0.091 0.002 0.001 0.004 0.630 155 D 0.098 0.004 0.003 0.035 0.007 0.015 0.237 0.001 0.001 0.004 0.597 156 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 157 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.488 0.001 0.001 0.001 0.504 158 V 0.238 0.058 0.001 0.007 0.003 0.008 0.359 0.001 0.001 0.021 0.305 159 V 0.086 0.819 0.001 0.005 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.002 0.062 160 A 0.042 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.090 161 H 0.062 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.085 162 I 0.026 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 163 D 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.023 164 A 0.016 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.060 165 I 0.043 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.021 166 W 0.023 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.013 167 D 0.007 0.956 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 168 E 0.046 0.892 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.034 169 L 0.167 0.682 0.007 0.002 0.003 0.003 0.004 0.085 0.001 0.001 0.047 170 A 0.312 0.328 0.082 0.006 0.006 0.006 0.018 0.089 0.001 0.003 0.148 171 I 0.071 0.118 0.462 0.020 0.013 0.023 0.023 0.012 0.001 0.002 0.255 172 F 0.016 0.022 0.006 0.042 0.023 0.032 0.026 0.007 0.001 0.001 0.825 173 N 0.084 0.017 0.006 0.034 0.017 0.027 0.057 0.004 0.001 0.003 0.751 174 N 0.090 0.021 0.004 0.029 0.011 0.018 0.072 0.004 0.001 0.003 0.748 175 G 0.162 0.013 0.003 0.033 0.015 0.021 0.218 0.005 0.001 0.015 0.513 176 K 0.221 0.012 0.010 0.020 0.008 0.013 0.169 0.001 0.001 0.016 0.529 177 S 0.044 0.013 0.003 0.016 0.010 0.011 0.188 0.001 0.001 0.005 0.710