# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.022 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.970 2 Y 0.134 0.100 0.006 0.003 0.009 0.011 0.738 3 T 0.213 0.117 0.009 0.002 0.088 0.038 0.532 4 G 0.071 0.025 0.009 0.001 0.204 0.104 0.585 5 R 0.048 0.057 0.002 0.002 0.268 0.029 0.594 6 P 0.009 0.015 0.001 0.001 0.057 0.008 0.909 7 P 0.005 0.013 0.011 0.009 0.244 0.318 0.401 8 D 0.004 0.031 0.015 0.032 0.335 0.246 0.336 9 E 0.010 0.009 0.039 0.148 0.371 0.034 0.390 10 P 0.016 0.008 0.102 0.386 0.077 0.108 0.303 11 A 0.068 0.018 0.194 0.443 0.053 0.132 0.091 12 V 0.087 0.037 0.110 0.573 0.038 0.102 0.053 13 L 0.040 0.011 0.045 0.580 0.020 0.248 0.056 14 G 0.050 0.003 0.043 0.365 0.080 0.242 0.216 15 V 0.065 0.007 0.088 0.536 0.086 0.065 0.153 16 A 0.046 0.013 0.095 0.643 0.031 0.076 0.097 17 L 0.021 0.006 0.128 0.664 0.023 0.109 0.050 18 N 0.029 0.003 0.087 0.657 0.051 0.075 0.097 19 E 0.020 0.002 0.079 0.729 0.040 0.069 0.061 20 V 0.017 0.004 0.046 0.799 0.015 0.090 0.028 21 F 0.011 0.004 0.018 0.903 0.006 0.036 0.023 22 V 0.003 0.001 0.008 0.971 0.003 0.004 0.011 23 P 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.002 24 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 25 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.008 0.001 26 Q 0.002 0.001 0.016 0.950 0.003 0.027 0.002 27 K 0.002 0.001 0.017 0.837 0.004 0.136 0.003 28 Q 0.003 0.002 0.020 0.515 0.036 0.386 0.037 29 F 0.012 0.008 0.009 0.066 0.324 0.054 0.527 30 P 0.023 0.004 0.047 0.054 0.185 0.179 0.508 31 E 0.209 0.016 0.067 0.033 0.164 0.308 0.202 32 I 0.502 0.015 0.032 0.032 0.057 0.032 0.329 33 V 0.759 0.009 0.012 0.026 0.039 0.008 0.146 34 D 0.815 0.006 0.010 0.019 0.024 0.007 0.118 35 F 0.739 0.006 0.007 0.015 0.035 0.025 0.173 36 Y 0.687 0.037 0.005 0.012 0.058 0.030 0.170 37 L 0.344 0.041 0.004 0.007 0.101 0.015 0.488 38 P 0.081 0.010 0.009 0.003 0.075 0.019 0.803 39 P 0.006 0.002 0.500 0.082 0.054 0.318 0.039 40 E 0.004 0.001 0.505 0.046 0.032 0.387 0.024 41 G 0.011 0.005 0.529 0.035 0.077 0.246 0.097 42 C 0.085 0.023 0.135 0.058 0.153 0.209 0.337 43 S 0.212 0.027 0.065 0.023 0.224 0.190 0.260 44 Y 0.394 0.008 0.034 0.013 0.216 0.075 0.259 45 R 0.553 0.005 0.009 0.009 0.177 0.033 0.213 46 L 0.906 0.003 0.002 0.003 0.018 0.004 0.064 47 A 0.962 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.026 48 V 0.987 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 49 V 0.984 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 50 T 0.954 0.002 0.001 0.008 0.005 0.004 0.029 51 I 0.847 0.004 0.002 0.029 0.015 0.013 0.090 52 K 0.632 0.003 0.007 0.032 0.110 0.026 0.190 53 K 0.338 0.010 0.053 0.117 0.137 0.099 0.246 54 Q 0.107 0.019 0.040 0.153 0.255 0.102 0.325 55 Y 0.025 0.006 0.015 0.094 0.250 0.026 0.584 56 A 0.002 0.001 0.033 0.520 0.053 0.331 0.058 57 G 0.001 0.001 0.015 0.705 0.042 0.226 0.011 58 H 0.002 0.002 0.006 0.930 0.018 0.022 0.020 59 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.003 0.005 60 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 65 G 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.020 0.001 66 V 0.001 0.001 0.007 0.953 0.001 0.034 0.003 67 W 0.001 0.001 0.018 0.923 0.004 0.050 0.003 68 S 0.002 0.001 0.031 0.774 0.010 0.167 0.016 69 F 0.005 0.003 0.063 0.654 0.035 0.187 0.053 70 L 0.015 0.007 0.114 0.527 0.109 0.137 0.093 71 R 0.021 0.004 0.242 0.299 0.080 0.269 0.086 72 Q 0.032 0.006 0.295 0.211 0.070 0.280 0.106 73 F 0.088 0.026 0.180 0.081 0.128 0.265 0.233 74 M 0.153 0.007 0.107 0.046 0.145 0.330 0.212 75 Y 0.259 0.015 0.069 0.012 0.196 0.195 0.254 76 T 0.376 0.008 0.010 0.001 0.070 0.028 0.507 77 K 0.497 0.003 0.003 0.001 0.229 0.023 0.245 78 F 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.037 79 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 80 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 82 C 0.921 0.003 0.001 0.001 0.012 0.003 0.061 83 D 0.460 0.006 0.004 0.001 0.113 0.019 0.397 84 D 0.102 0.011 0.024 0.002 0.372 0.306 0.184 85 D 0.056 0.024 0.046 0.005 0.255 0.286 0.329 86 V 0.052 0.088 0.027 0.008 0.333 0.084 0.409 87 N 0.050 0.035 0.012 0.004 0.080 0.049 0.770 88 A 0.022 0.024 0.088 0.018 0.117 0.525 0.205 89 R 0.020 0.054 0.052 0.029 0.296 0.361 0.188 90 D 0.019 0.032 0.009 0.021 0.341 0.014 0.564 91 W 0.001 0.001 0.033 0.944 0.001 0.019 0.003 92 N 0.001 0.001 0.023 0.962 0.001 0.014 0.001 93 D 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.003 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 97 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 98 I 0.003 0.001 0.004 0.964 0.001 0.026 0.001 99 T 0.007 0.002 0.010 0.873 0.006 0.097 0.006 100 T 0.015 0.001 0.016 0.736 0.022 0.186 0.024 101 R 0.048 0.009 0.016 0.319 0.159 0.198 0.250 102 M 0.038 0.047 0.010 0.104 0.262 0.048 0.492 103 D 0.015 0.008 0.002 0.004 0.110 0.007 0.854 104 P 0.006 0.003 0.126 0.056 0.079 0.680 0.050 105 A 0.012 0.004 0.146 0.039 0.100 0.659 0.038 106 R 0.072 0.010 0.223 0.026 0.232 0.219 0.218 107 D 0.282 0.019 0.028 0.020 0.151 0.041 0.460 108 T 0.782 0.011 0.014 0.018 0.038 0.016 0.120 109 V 0.909 0.008 0.007 0.016 0.015 0.012 0.033 110 L 0.907 0.016 0.002 0.018 0.006 0.008 0.043 111 V 0.809 0.021 0.002 0.008 0.012 0.007 0.142 112 E 0.244 0.006 0.007 0.011 0.065 0.529 0.138 113 N 0.049 0.006 0.008 0.003 0.235 0.562 0.137 114 T 0.093 0.032 0.004 0.002 0.268 0.026 0.575 115 P 0.153 0.065 0.004 0.002 0.095 0.062 0.618 116 I 0.167 0.078 0.022 0.004 0.129 0.058 0.541 117 D 0.160 0.021 0.035 0.008 0.233 0.050 0.493 118 Y 0.120 0.035 0.088 0.032 0.174 0.171 0.380 119 L 0.136 0.098 0.061 0.034 0.150 0.091 0.430 120 D 0.097 0.060 0.046 0.021 0.094 0.071 0.612 121 F 0.032 0.020 0.077 0.026 0.107 0.468 0.271 122 A 0.036 0.035 0.055 0.023 0.236 0.394 0.219 123 S 0.026 0.031 0.014 0.007 0.492 0.042 0.388 124 P 0.021 0.028 0.029 0.015 0.239 0.224 0.445 125 V 0.024 0.035 0.077 0.019 0.198 0.371 0.275 126 S 0.015 0.016 0.101 0.025 0.173 0.525 0.145 127 G 0.019 0.010 0.068 0.024 0.243 0.461 0.175 128 L 0.077 0.050 0.045 0.052 0.252 0.131 0.392 129 G 0.155 0.052 0.025 0.014 0.216 0.111 0.427 130 S 0.278 0.016 0.013 0.007 0.158 0.065 0.464 131 K 0.736 0.005 0.008 0.012 0.103 0.023 0.113 132 M 0.940 0.003 0.003 0.010 0.006 0.003 0.034 133 G 0.961 0.003 0.001 0.014 0.002 0.002 0.018 134 L 0.952 0.003 0.002 0.022 0.002 0.002 0.018 135 D 0.903 0.003 0.002 0.020 0.006 0.005 0.062 136 A 0.423 0.006 0.019 0.029 0.058 0.083 0.382 137 T 0.182 0.019 0.027 0.032 0.326 0.139 0.275 138 N 0.093 0.018 0.007 0.008 0.477 0.034 0.362 139 K 0.047 0.021 0.008 0.006 0.256 0.077 0.585 140 W 0.017 0.015 0.010 0.008 0.203 0.051 0.695 141 P 0.016 0.009 0.062 0.040 0.187 0.286 0.400 142 G 0.018 0.007 0.106 0.101 0.177 0.417 0.175 143 E 0.047 0.025 0.134 0.156 0.160 0.201 0.277 144 T 0.112 0.038 0.084 0.169 0.118 0.115 0.364 145 Q 0.161 0.035 0.074 0.179 0.122 0.113 0.316 146 R 0.161 0.013 0.086 0.156 0.144 0.117 0.324 147 E 0.172 0.021 0.090 0.128 0.131 0.199 0.259 148 W 0.168 0.021 0.041 0.047 0.138 0.219 0.365 149 G 0.135 0.014 0.023 0.022 0.236 0.147 0.424 150 R 0.185 0.015 0.018 0.026 0.233 0.032 0.490 151 P 0.239 0.031 0.019 0.032 0.044 0.044 0.591 152 I 0.290 0.040 0.031 0.023 0.055 0.044 0.517 153 K 0.238 0.026 0.023 0.022 0.076 0.085 0.529 154 K 0.050 0.017 0.009 0.011 0.223 0.046 0.643 155 D 0.005 0.004 0.001 0.005 0.076 0.003 0.908 156 P 0.001 0.001 0.024 0.851 0.010 0.103 0.011 157 D 0.001 0.001 0.034 0.886 0.004 0.071 0.004 158 V 0.001 0.001 0.014 0.972 0.001 0.008 0.004 159 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.002 160 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.016 0.001 161 H 0.001 0.001 0.003 0.961 0.001 0.031 0.004 162 I 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.005 163 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.002 166 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 167 D 0.001 0.001 0.005 0.978 0.002 0.015 0.002 168 E 0.001 0.001 0.007 0.933 0.003 0.054 0.002 169 L 0.001 0.002 0.007 0.643 0.007 0.333 0.008 170 A 0.005 0.004 0.009 0.134 0.037 0.630 0.180 171 I 0.025 0.013 0.039 0.073 0.086 0.066 0.699 172 F 0.068 0.023 0.097 0.126 0.108 0.086 0.492 173 N 0.042 0.012 0.092 0.113 0.183 0.175 0.383 174 N 0.029 0.011 0.068 0.089 0.279 0.209 0.316 175 G 0.020 0.012 0.025 0.036 0.342 0.167 0.398 176 K 0.013 0.010 0.012 0.018 0.079 0.109 0.759 177 S 0.005 0.002 0.004 0.004 0.019 0.009 0.957