# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.565 0.207 0.110 0.066 0.034 0.014 0.003 2 Y 0.433 0.160 0.127 0.120 0.091 0.054 0.014 3 T 0.387 0.214 0.152 0.115 0.071 0.046 0.016 4 G 0.276 0.131 0.116 0.151 0.144 0.126 0.057 5 R 0.211 0.215 0.193 0.177 0.110 0.068 0.027 6 P 0.220 0.171 0.165 0.175 0.134 0.099 0.037 7 P 0.267 0.226 0.175 0.151 0.096 0.063 0.023 8 D 0.259 0.238 0.175 0.145 0.091 0.064 0.028 9 E 0.088 0.110 0.123 0.184 0.209 0.210 0.075 10 P 0.108 0.138 0.147 0.186 0.188 0.175 0.058 11 A 0.119 0.133 0.146 0.182 0.173 0.175 0.071 12 V 0.077 0.093 0.119 0.172 0.195 0.236 0.108 13 L 0.053 0.043 0.049 0.088 0.166 0.349 0.253 14 G 0.093 0.101 0.109 0.140 0.174 0.242 0.140 15 V 0.187 0.144 0.145 0.168 0.156 0.139 0.061 16 A 0.151 0.134 0.123 0.152 0.165 0.202 0.073 17 L 0.090 0.090 0.112 0.164 0.203 0.256 0.085 18 N 0.084 0.111 0.115 0.155 0.196 0.234 0.106 19 E 0.141 0.194 0.238 0.220 0.129 0.062 0.016 20 V 0.082 0.091 0.153 0.243 0.242 0.157 0.033 21 F 0.091 0.071 0.046 0.070 0.174 0.402 0.146 22 V 0.045 0.062 0.127 0.263 0.292 0.190 0.021 23 P 0.132 0.277 0.253 0.191 0.094 0.046 0.007 24 I 0.032 0.061 0.137 0.293 0.295 0.165 0.018 25 L 0.009 0.010 0.023 0.115 0.361 0.435 0.047 26 Q 0.077 0.253 0.325 0.232 0.089 0.022 0.002 27 K 0.236 0.401 0.215 0.100 0.035 0.011 0.003 28 Q 0.062 0.177 0.261 0.288 0.150 0.056 0.006 29 F 0.030 0.073 0.145 0.265 0.298 0.170 0.020 30 P 0.160 0.275 0.215 0.161 0.110 0.062 0.018 31 E 0.092 0.221 0.254 0.236 0.130 0.055 0.011 32 I 0.012 0.024 0.050 0.143 0.299 0.359 0.113 33 V 0.022 0.072 0.142 0.235 0.244 0.212 0.073 34 D 0.037 0.076 0.111 0.147 0.187 0.270 0.172 35 F 0.020 0.025 0.030 0.056 0.127 0.335 0.406 36 Y 0.017 0.030 0.060 0.119 0.181 0.300 0.293 37 L 0.026 0.030 0.035 0.063 0.129 0.313 0.404 38 P 0.050 0.065 0.069 0.125 0.187 0.286 0.219 39 P 0.061 0.094 0.118 0.157 0.177 0.228 0.166 40 E 0.061 0.077 0.090 0.118 0.163 0.237 0.255 41 G 0.052 0.051 0.071 0.117 0.162 0.257 0.290 42 C 0.056 0.060 0.063 0.087 0.128 0.264 0.343 43 S 0.050 0.054 0.068 0.112 0.166 0.261 0.289 44 Y 0.044 0.054 0.060 0.100 0.174 0.290 0.279 45 R 0.019 0.030 0.049 0.101 0.186 0.297 0.317 46 L 0.010 0.016 0.031 0.061 0.114 0.276 0.491 47 A 0.006 0.017 0.029 0.054 0.102 0.340 0.453 48 V 0.005 0.010 0.033 0.102 0.172 0.311 0.366 49 V 0.011 0.022 0.025 0.041 0.105 0.393 0.402 50 T 0.015 0.046 0.117 0.285 0.285 0.205 0.047 51 I 0.020 0.044 0.078 0.183 0.349 0.289 0.038 52 K 0.154 0.358 0.262 0.161 0.049 0.014 0.002 53 K 0.343 0.361 0.167 0.088 0.031 0.008 0.001 54 Q 0.296 0.315 0.234 0.119 0.031 0.005 0.001 55 Y 0.199 0.244 0.253 0.194 0.084 0.025 0.001 56 A 0.354 0.267 0.178 0.109 0.060 0.029 0.003 57 G 0.311 0.363 0.171 0.091 0.045 0.017 0.002 58 H 0.054 0.146 0.255 0.295 0.184 0.060 0.005 59 A 0.010 0.022 0.040 0.140 0.373 0.361 0.055 60 K 0.011 0.082 0.254 0.335 0.225 0.082 0.011 61 R 0.025 0.110 0.235 0.301 0.220 0.096 0.013 62 V 0.003 0.005 0.009 0.035 0.151 0.469 0.328 63 M 0.005 0.007 0.014 0.041 0.149 0.471 0.313 64 M 0.009 0.041 0.117 0.238 0.262 0.255 0.077 65 G 0.006 0.013 0.043 0.147 0.290 0.370 0.132 66 V 0.001 0.002 0.003 0.013 0.070 0.382 0.529 67 W 0.004 0.014 0.039 0.103 0.214 0.377 0.249 68 S 0.021 0.070 0.135 0.214 0.242 0.197 0.122 69 F 0.017 0.029 0.046 0.123 0.221 0.310 0.255 70 L 0.039 0.102 0.154 0.214 0.202 0.206 0.083 71 R 0.101 0.137 0.151 0.179 0.183 0.163 0.087 72 Q 0.077 0.083 0.090 0.129 0.175 0.250 0.195 73 F 0.049 0.057 0.074 0.116 0.185 0.285 0.234 74 M 0.038 0.064 0.081 0.116 0.181 0.281 0.239 75 Y 0.031 0.056 0.082 0.153 0.200 0.248 0.230 76 T 0.008 0.023 0.051 0.107 0.184 0.324 0.302 77 K 0.001 0.008 0.024 0.084 0.210 0.388 0.284 78 F 0.001 0.002 0.012 0.049 0.151 0.367 0.418 79 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.261 0.709 80 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.229 0.742 81 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.256 0.709 82 C 0.001 0.002 0.004 0.014 0.075 0.373 0.532 83 D 0.003 0.017 0.051 0.145 0.267 0.337 0.181 84 D 0.015 0.112 0.204 0.252 0.225 0.141 0.051 85 D 0.030 0.105 0.160 0.239 0.244 0.179 0.042 86 V 0.024 0.033 0.058 0.143 0.289 0.364 0.090 87 N 0.035 0.101 0.211 0.274 0.213 0.137 0.028 88 A 0.043 0.058 0.071 0.124 0.219 0.358 0.128 89 R 0.069 0.124 0.165 0.243 0.221 0.144 0.034 90 D 0.068 0.185 0.224 0.222 0.161 0.113 0.027 91 W 0.034 0.048 0.077 0.170 0.299 0.295 0.077 92 N 0.108 0.208 0.233 0.217 0.142 0.075 0.018 93 D 0.039 0.092 0.177 0.242 0.226 0.176 0.048 94 V 0.026 0.030 0.041 0.090 0.207 0.425 0.180 95 I 0.009 0.016 0.031 0.076 0.188 0.427 0.253 96 W 0.021 0.033 0.056 0.106 0.193 0.334 0.257 97 A 0.014 0.016 0.031 0.078 0.165 0.365 0.331 98 I 0.012 0.015 0.027 0.060 0.119 0.355 0.411 99 T 0.027 0.026 0.041 0.093 0.170 0.327 0.316 100 T 0.030 0.057 0.083 0.146 0.221 0.298 0.165 101 R 0.037 0.056 0.092 0.175 0.226 0.256 0.158 102 M 0.044 0.062 0.082 0.135 0.203 0.296 0.177 103 D 0.078 0.148 0.165 0.203 0.183 0.155 0.067 104 P 0.085 0.109 0.124 0.189 0.220 0.184 0.090 105 A 0.158 0.236 0.213 0.180 0.109 0.071 0.032 106 R 0.043 0.101 0.149 0.208 0.220 0.204 0.074 107 D 0.017 0.032 0.065 0.135 0.235 0.341 0.175 108 T 0.011 0.027 0.051 0.088 0.169 0.386 0.268 109 V 0.008 0.018 0.031 0.063 0.144 0.369 0.367 110 L 0.009 0.022 0.047 0.123 0.246 0.364 0.188 111 V 0.021 0.031 0.054 0.133 0.284 0.352 0.124 112 E 0.149 0.286 0.251 0.182 0.084 0.037 0.012 113 N 0.171 0.286 0.230 0.169 0.089 0.044 0.011 114 T 0.054 0.087 0.124 0.224 0.276 0.200 0.034 115 P 0.100 0.198 0.220 0.234 0.155 0.077 0.017 116 I 0.022 0.051 0.086 0.158 0.250 0.324 0.108 117 D 0.017 0.061 0.116 0.211 0.255 0.254 0.086 118 Y 0.008 0.022 0.065 0.147 0.235 0.322 0.202 119 L 0.006 0.010 0.014 0.027 0.084 0.383 0.476 120 D 0.014 0.029 0.055 0.100 0.157 0.303 0.342 121 F 0.015 0.024 0.037 0.072 0.145 0.328 0.380 122 A 0.021 0.034 0.047 0.106 0.206 0.340 0.246 123 S 0.037 0.082 0.123 0.204 0.224 0.227 0.101 124 P 0.081 0.164 0.175 0.202 0.175 0.140 0.062 125 V 0.130 0.176 0.171 0.194 0.161 0.119 0.049 126 S 0.202 0.188 0.159 0.161 0.131 0.109 0.051 127 G 0.127 0.163 0.152 0.162 0.156 0.164 0.075 128 L 0.044 0.071 0.103 0.164 0.222 0.271 0.125 129 G 0.025 0.058 0.082 0.125 0.192 0.297 0.221 130 S 0.006 0.016 0.031 0.072 0.147 0.314 0.413 131 K 0.002 0.008 0.023 0.060 0.126 0.301 0.480 132 M 0.001 0.002 0.005 0.014 0.050 0.244 0.684 133 G 0.002 0.003 0.008 0.020 0.059 0.256 0.652 134 L 0.002 0.004 0.007 0.017 0.054 0.260 0.656 135 D 0.003 0.008 0.019 0.052 0.132 0.346 0.439 136 A 0.002 0.005 0.011 0.040 0.143 0.431 0.368 137 T 0.004 0.013 0.032 0.106 0.270 0.448 0.127 138 N 0.022 0.099 0.212 0.305 0.240 0.105 0.016 139 K 0.120 0.264 0.256 0.198 0.109 0.044 0.009 140 W 0.132 0.152 0.185 0.230 0.184 0.101 0.016 141 P 0.466 0.272 0.141 0.075 0.032 0.012 0.002 142 G 0.440 0.264 0.153 0.089 0.039 0.012 0.002 143 E 0.459 0.238 0.138 0.097 0.049 0.017 0.002 144 T 0.360 0.266 0.179 0.123 0.054 0.017 0.002 145 Q 0.298 0.271 0.215 0.143 0.056 0.016 0.001 146 R 0.327 0.264 0.184 0.135 0.065 0.021 0.003 147 E 0.426 0.256 0.152 0.098 0.046 0.019 0.003 148 W 0.145 0.167 0.220 0.251 0.155 0.057 0.004 149 G 0.218 0.265 0.216 0.175 0.090 0.033 0.003 150 R 0.236 0.243 0.221 0.183 0.089 0.025 0.003 151 P 0.418 0.341 0.150 0.066 0.020 0.004 0.001 152 I 0.080 0.136 0.229 0.309 0.191 0.054 0.002 153 K 0.303 0.280 0.213 0.134 0.054 0.014 0.001 154 K 0.397 0.352 0.168 0.067 0.014 0.002 0.001 155 D 0.203 0.311 0.288 0.158 0.036 0.005 0.001 156 P 0.709 0.213 0.054 0.018 0.006 0.001 0.001 157 D 0.522 0.354 0.098 0.022 0.003 0.001 0.001 158 V 0.030 0.057 0.160 0.425 0.290 0.037 0.001 159 V 0.050 0.232 0.376 0.264 0.071 0.007 0.001 160 A 0.451 0.452 0.082 0.013 0.002 0.001 0.001 161 H 0.017 0.111 0.365 0.385 0.110 0.012 0.001 162 I 0.006 0.013 0.044 0.195 0.461 0.274 0.007 163 D 0.080 0.320 0.369 0.182 0.041 0.007 0.001 164 A 0.349 0.475 0.130 0.037 0.008 0.002 0.001 165 I 0.031 0.129 0.241 0.341 0.204 0.053 0.001 166 W 0.021 0.051 0.140 0.354 0.347 0.086 0.002 167 D 0.441 0.381 0.136 0.036 0.005 0.001 0.001 168 E 0.440 0.377 0.139 0.036 0.007 0.001 0.001 169 L 0.085 0.123 0.221 0.309 0.210 0.052 0.001 170 A 0.254 0.289 0.229 0.148 0.063 0.015 0.001 171 I 0.229 0.142 0.160 0.221 0.171 0.073 0.004 172 F 0.406 0.279 0.183 0.093 0.030 0.008 0.001 173 N 0.622 0.227 0.096 0.042 0.011 0.002 0.001 174 N 0.708 0.185 0.067 0.030 0.008 0.002 0.001 175 G 0.650 0.209 0.088 0.042 0.010 0.001 0.001 176 K 0.756 0.166 0.054 0.019 0.004 0.001 0.001 177 S 0.821 0.129 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001