# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.425 0.036 0.007 0.002 0.221 0.309 2 Y 0.573 0.058 0.007 0.002 0.155 0.206 3 T 0.530 0.070 0.006 0.002 0.159 0.233 4 G 0.263 0.028 0.009 0.001 0.260 0.439 5 R 0.116 0.032 0.009 0.002 0.275 0.565 6 P 0.053 0.045 0.012 0.005 0.424 0.461 7 P 0.021 0.026 0.022 0.018 0.484 0.429 8 D 0.018 0.018 0.031 0.077 0.486 0.369 9 E 0.025 0.015 0.041 0.308 0.469 0.143 10 P 0.026 0.010 0.045 0.373 0.297 0.248 11 A 0.049 0.019 0.064 0.626 0.148 0.094 12 V 0.077 0.022 0.051 0.625 0.141 0.084 13 L 0.058 0.009 0.041 0.659 0.115 0.117 14 G 0.053 0.008 0.026 0.632 0.089 0.193 15 V 0.015 0.002 0.030 0.839 0.054 0.060 16 A 0.009 0.003 0.027 0.899 0.030 0.033 17 L 0.003 0.001 0.020 0.941 0.021 0.015 18 N 0.002 0.001 0.018 0.937 0.019 0.024 19 E 0.002 0.001 0.021 0.937 0.023 0.017 20 V 0.003 0.001 0.013 0.938 0.023 0.022 21 F 0.002 0.001 0.005 0.973 0.008 0.011 22 V 0.004 0.001 0.012 0.927 0.024 0.031 23 P 0.001 0.001 0.011 0.968 0.013 0.007 24 I 0.001 0.001 0.012 0.978 0.006 0.003 25 L 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.003 26 Q 0.001 0.001 0.014 0.970 0.011 0.004 27 K 0.001 0.001 0.012 0.934 0.025 0.028 28 Q 0.002 0.003 0.013 0.831 0.046 0.106 29 F 0.008 0.010 0.013 0.099 0.515 0.355 30 P 0.009 0.001 0.034 0.040 0.697 0.219 31 E 0.091 0.003 0.045 0.027 0.690 0.145 32 I 0.737 0.013 0.014 0.033 0.164 0.039 33 V 0.888 0.003 0.003 0.032 0.025 0.050 34 D 0.951 0.002 0.002 0.016 0.011 0.018 35 F 0.954 0.002 0.001 0.011 0.010 0.021 36 Y 0.861 0.006 0.002 0.017 0.026 0.087 37 L 0.490 0.017 0.003 0.015 0.106 0.369 38 P 0.159 0.016 0.008 0.014 0.336 0.467 39 P 0.052 0.008 0.107 0.071 0.626 0.137 40 E 0.046 0.007 0.156 0.054 0.651 0.086 41 G 0.080 0.016 0.203 0.048 0.585 0.069 42 C 0.202 0.026 0.116 0.038 0.413 0.205 43 S 0.308 0.035 0.091 0.037 0.303 0.227 44 Y 0.366 0.010 0.065 0.027 0.331 0.202 45 R 0.466 0.003 0.024 0.019 0.256 0.232 46 L 0.870 0.003 0.009 0.011 0.050 0.057 47 A 0.971 0.001 0.001 0.006 0.009 0.013 48 V 0.986 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 49 V 0.975 0.001 0.001 0.011 0.003 0.010 50 T 0.949 0.001 0.001 0.015 0.008 0.028 51 I 0.877 0.002 0.001 0.030 0.024 0.067 52 K 0.763 0.005 0.005 0.054 0.084 0.089 53 K 0.561 0.009 0.019 0.067 0.186 0.157 54 Q 0.204 0.013 0.029 0.073 0.277 0.404 55 Y 0.061 0.011 0.023 0.108 0.356 0.439 56 A 0.010 0.004 0.025 0.416 0.283 0.262 57 G 0.001 0.001 0.034 0.862 0.071 0.030 58 H 0.001 0.001 0.022 0.947 0.020 0.010 59 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.002 0.002 60 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 67 W 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 68 S 0.001 0.001 0.008 0.981 0.005 0.006 69 F 0.001 0.001 0.016 0.942 0.014 0.026 70 L 0.002 0.003 0.043 0.828 0.056 0.069 71 R 0.006 0.003 0.066 0.729 0.102 0.094 72 Q 0.013 0.003 0.077 0.673 0.124 0.110 73 F 0.046 0.013 0.087 0.250 0.271 0.332 74 M 0.067 0.015 0.084 0.067 0.341 0.427 75 Y 0.160 0.008 0.103 0.020 0.372 0.337 76 T 0.347 0.008 0.040 0.010 0.304 0.291 77 K 0.719 0.003 0.007 0.004 0.110 0.156 78 F 0.934 0.002 0.001 0.002 0.018 0.044 79 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 80 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 C 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.028 83 D 0.373 0.006 0.001 0.002 0.584 0.034 84 D 0.020 0.003 0.008 0.002 0.939 0.028 85 D 0.004 0.002 0.019 0.004 0.941 0.030 86 V 0.027 0.067 0.011 0.002 0.850 0.044 87 N 0.026 0.016 0.002 0.002 0.225 0.729 88 A 0.061 0.052 0.057 0.055 0.475 0.300 89 R 0.038 0.032 0.032 0.099 0.459 0.340 90 D 0.020 0.019 0.029 0.162 0.239 0.531 91 W 0.001 0.001 0.056 0.940 0.003 0.001 92 N 0.001 0.001 0.019 0.978 0.001 0.001 93 D 0.001 0.001 0.013 0.986 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 97 A 0.003 0.001 0.002 0.990 0.004 0.001 98 I 0.003 0.001 0.002 0.989 0.004 0.002 99 T 0.006 0.001 0.007 0.962 0.018 0.006 100 T 0.013 0.001 0.008 0.911 0.035 0.033 101 R 0.021 0.006 0.009 0.452 0.099 0.414 102 M 0.034 0.052 0.005 0.086 0.123 0.701 103 D 0.042 0.025 0.004 0.009 0.343 0.576 104 P 0.007 0.001 0.399 0.091 0.473 0.029 105 A 0.017 0.002 0.424 0.032 0.500 0.024 106 R 0.059 0.004 0.274 0.030 0.605 0.028 107 D 0.298 0.009 0.016 0.016 0.344 0.318 108 T 0.856 0.024 0.003 0.007 0.036 0.075 109 V 0.978 0.003 0.001 0.002 0.006 0.010 110 L 0.984 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 111 V 0.931 0.005 0.004 0.005 0.044 0.011 112 E 0.650 0.003 0.007 0.006 0.273 0.061 113 N 0.121 0.004 0.009 0.006 0.688 0.171 114 T 0.220 0.077 0.006 0.003 0.536 0.159 115 P 0.294 0.047 0.006 0.006 0.208 0.438 116 I 0.268 0.052 0.035 0.011 0.306 0.327 117 D 0.162 0.028 0.040 0.009 0.405 0.357 118 Y 0.157 0.049 0.099 0.014 0.355 0.326 119 L 0.112 0.056 0.048 0.015 0.339 0.429 120 D 0.065 0.052 0.045 0.015 0.505 0.318 121 F 0.024 0.023 0.085 0.024 0.618 0.227 122 A 0.024 0.027 0.054 0.016 0.654 0.225 123 S 0.019 0.040 0.036 0.009 0.732 0.164 124 P 0.016 0.039 0.040 0.012 0.596 0.296 125 V 0.018 0.064 0.072 0.017 0.663 0.167 126 S 0.016 0.024 0.059 0.015 0.757 0.129 127 G 0.020 0.015 0.058 0.016 0.733 0.158 128 L 0.044 0.030 0.035 0.021 0.674 0.196 129 G 0.058 0.019 0.020 0.013 0.555 0.334 130 S 0.131 0.028 0.021 0.016 0.441 0.363 131 K 0.399 0.040 0.019 0.008 0.249 0.284 132 M 0.747 0.023 0.014 0.006 0.092 0.117 133 G 0.878 0.014 0.011 0.007 0.034 0.056 134 L 0.857 0.014 0.013 0.011 0.034 0.071 135 D 0.676 0.035 0.015 0.021 0.107 0.145 136 A 0.288 0.033 0.026 0.021 0.332 0.300 137 T 0.103 0.028 0.038 0.015 0.477 0.339 138 N 0.056 0.011 0.042 0.010 0.483 0.398 139 K 0.033 0.023 0.059 0.016 0.350 0.519 140 W 0.023 0.051 0.021 0.008 0.388 0.509 141 P 0.014 0.018 0.079 0.024 0.569 0.297 142 G 0.012 0.010 0.135 0.053 0.544 0.246 143 E 0.023 0.020 0.245 0.069 0.516 0.126 144 T 0.043 0.028 0.106 0.078 0.457 0.288 145 Q 0.061 0.026 0.061 0.067 0.352 0.433 146 R 0.113 0.027 0.069 0.084 0.300 0.407 147 E 0.184 0.049 0.051 0.101 0.235 0.381 148 W 0.165 0.029 0.032 0.150 0.258 0.365 149 G 0.080 0.019 0.010 0.069 0.210 0.611 150 R 0.119 0.019 0.007 0.040 0.159 0.656 151 P 0.205 0.034 0.029 0.049 0.154 0.531 152 I 0.254 0.045 0.080 0.056 0.221 0.345 153 K 0.168 0.040 0.062 0.044 0.235 0.450 154 K 0.076 0.021 0.026 0.046 0.254 0.577 155 D 0.019 0.007 0.005 0.046 0.248 0.674 156 P 0.001 0.001 0.060 0.847 0.068 0.023 157 D 0.002 0.001 0.054 0.856 0.072 0.014 158 V 0.003 0.001 0.055 0.895 0.038 0.007 159 V 0.008 0.002 0.030 0.903 0.029 0.027 160 A 0.018 0.004 0.036 0.833 0.057 0.052 161 H 0.008 0.002 0.021 0.905 0.027 0.038 162 I 0.005 0.001 0.006 0.966 0.007 0.016 163 D 0.003 0.001 0.007 0.965 0.010 0.014 164 A 0.002 0.001 0.007 0.969 0.011 0.011 165 I 0.002 0.001 0.007 0.974 0.009 0.007 166 W 0.001 0.001 0.013 0.960 0.017 0.008 167 D 0.001 0.001 0.028 0.942 0.016 0.013 168 E 0.002 0.001 0.027 0.929 0.018 0.024 169 L 0.004 0.002 0.035 0.867 0.029 0.063 170 A 0.011 0.003 0.025 0.111 0.124 0.727 171 I 0.043 0.019 0.064 0.107 0.221 0.547 172 F 0.069 0.030 0.083 0.111 0.337 0.370 173 N 0.037 0.014 0.152 0.109 0.416 0.274 174 N 0.026 0.008 0.099 0.068 0.472 0.327 175 G 0.026 0.012 0.057 0.048 0.398 0.459 176 K 0.026 0.032 0.009 0.031 0.193 0.708 177 S 0.015 0.008 0.001 0.009 0.076 0.892