# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.010 0.002 0.001 0.331 0.054 0.102 0.083 0.002 0.001 0.083 0.331 2 Y 0.020 0.001 0.001 0.371 0.076 0.107 0.073 0.001 0.001 0.064 0.285 3 T 0.007 0.001 0.001 0.255 0.041 0.080 0.105 0.001 0.001 0.043 0.468 4 G 0.007 0.001 0.001 0.186 0.029 0.057 0.131 0.001 0.001 0.043 0.544 5 R 0.012 0.001 0.001 0.053 0.034 0.039 0.196 0.003 0.001 0.041 0.620 6 P 0.067 0.010 0.001 0.026 0.015 0.014 0.193 0.003 0.001 0.047 0.623 7 P 0.012 0.025 0.001 0.015 0.010 0.013 0.143 0.007 0.001 0.032 0.742 8 D 0.168 0.618 0.002 0.003 0.002 0.003 0.029 0.013 0.001 0.011 0.151 9 E 0.145 0.608 0.004 0.004 0.002 0.003 0.024 0.012 0.001 0.073 0.123 10 P 0.099 0.399 0.011 0.006 0.005 0.008 0.061 0.004 0.005 0.144 0.259 11 A 0.114 0.456 0.003 0.008 0.010 0.016 0.061 0.012 0.001 0.136 0.183 12 V 0.088 0.562 0.006 0.009 0.008 0.010 0.048 0.014 0.002 0.065 0.189 13 L 0.046 0.613 0.003 0.010 0.005 0.013 0.052 0.008 0.001 0.021 0.230 14 G 0.021 0.221 0.006 0.009 0.010 0.018 0.035 0.004 0.002 0.457 0.217 15 V 0.038 0.656 0.010 0.004 0.005 0.008 0.032 0.013 0.002 0.100 0.132 16 A 0.083 0.690 0.012 0.005 0.002 0.005 0.017 0.011 0.005 0.044 0.127 17 L 0.090 0.530 0.029 0.010 0.003 0.005 0.036 0.015 0.010 0.087 0.186 18 N 0.148 0.573 0.001 0.004 0.002 0.004 0.033 0.009 0.001 0.028 0.196 19 E 0.096 0.143 0.015 0.015 0.005 0.007 0.065 0.007 0.004 0.351 0.293 20 V 0.016 0.450 0.004 0.017 0.006 0.008 0.093 0.005 0.001 0.056 0.343 21 F 0.007 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.003 0.089 22 V 0.049 0.850 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.001 0.008 0.038 23 P 0.053 0.798 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.005 0.002 0.041 0.082 24 I 0.056 0.493 0.089 0.004 0.002 0.003 0.029 0.015 0.041 0.152 0.117 25 L 0.289 0.306 0.037 0.005 0.002 0.002 0.037 0.071 0.016 0.065 0.169 26 Q 0.253 0.048 0.006 0.007 0.004 0.007 0.080 0.005 0.005 0.069 0.515 27 K 0.014 0.022 0.002 0.020 0.003 0.006 0.109 0.001 0.001 0.019 0.802 28 Q 0.041 0.047 0.009 0.027 0.005 0.011 0.150 0.009 0.003 0.061 0.637 29 F 0.242 0.024 0.006 0.015 0.013 0.011 0.134 0.035 0.003 0.099 0.418 30 P 0.110 0.011 0.002 0.041 0.009 0.018 0.121 0.003 0.001 0.035 0.649 31 E 0.023 0.006 0.002 0.090 0.014 0.044 0.101 0.002 0.001 0.037 0.680 32 I 0.016 0.004 0.002 0.190 0.030 0.041 0.130 0.003 0.001 0.055 0.528 33 V 0.012 0.003 0.001 0.357 0.095 0.098 0.082 0.005 0.001 0.059 0.287 34 D 0.008 0.002 0.001 0.331 0.047 0.078 0.066 0.001 0.001 0.039 0.427 35 F 0.002 0.001 0.001 0.233 0.100 0.127 0.085 0.001 0.001 0.027 0.425 36 Y 0.002 0.001 0.001 0.277 0.061 0.094 0.101 0.001 0.001 0.032 0.430 37 L 0.020 0.003 0.002 0.135 0.071 0.093 0.112 0.005 0.002 0.072 0.484 38 P 0.364 0.040 0.004 0.044 0.012 0.016 0.080 0.011 0.003 0.117 0.310 39 P 0.161 0.018 0.005 0.017 0.006 0.011 0.102 0.004 0.002 0.098 0.575 40 E 0.039 0.022 0.002 0.019 0.018 0.041 0.128 0.005 0.001 0.059 0.667 41 G 0.132 0.016 0.003 0.019 0.048 0.084 0.123 0.005 0.002 0.096 0.472 42 C 0.054 0.008 0.003 0.030 0.103 0.153 0.132 0.005 0.002 0.082 0.428 43 S 0.022 0.006 0.001 0.025 0.065 0.189 0.147 0.002 0.001 0.053 0.490 44 Y 0.005 0.003 0.001 0.043 0.153 0.305 0.105 0.001 0.001 0.064 0.319 45 R 0.001 0.002 0.001 0.079 0.172 0.461 0.055 0.001 0.001 0.073 0.155 46 L 0.001 0.003 0.001 0.088 0.247 0.410 0.027 0.001 0.001 0.076 0.149 47 A 0.001 0.002 0.001 0.104 0.432 0.395 0.006 0.001 0.001 0.028 0.033 48 V 0.001 0.002 0.001 0.060 0.388 0.448 0.007 0.001 0.001 0.034 0.059 49 V 0.001 0.004 0.001 0.109 0.482 0.287 0.009 0.001 0.001 0.032 0.075 50 T 0.024 0.013 0.003 0.081 0.253 0.332 0.037 0.003 0.003 0.120 0.131 51 I 0.106 0.041 0.002 0.067 0.148 0.174 0.066 0.015 0.003 0.091 0.287 52 K 0.138 0.042 0.002 0.029 0.075 0.106 0.080 0.003 0.003 0.048 0.472 53 K 0.020 0.044 0.008 0.028 0.031 0.046 0.123 0.002 0.004 0.029 0.665 54 Q 0.030 0.156 0.004 0.007 0.026 0.024 0.068 0.010 0.003 0.053 0.618 55 Y 0.108 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.018 0.048 56 A 0.019 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 0.096 57 G 0.008 0.866 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.059 0.053 58 H 0.005 0.859 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.104 0.021 59 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 60 K 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 61 R 0.002 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.060 0.009 62 V 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.040 0.006 63 M 0.008 0.899 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.064 0.015 64 M 0.031 0.706 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.166 0.072 65 G 0.018 0.753 0.008 0.003 0.001 0.001 0.022 0.006 0.002 0.090 0.096 66 V 0.061 0.802 0.011 0.002 0.001 0.001 0.016 0.023 0.003 0.022 0.058 67 W 0.086 0.646 0.017 0.005 0.001 0.002 0.028 0.013 0.012 0.036 0.154 68 S 0.113 0.302 0.012 0.003 0.002 0.003 0.075 0.007 0.010 0.039 0.434 69 F 0.154 0.342 0.007 0.006 0.002 0.004 0.084 0.019 0.004 0.057 0.321 70 L 0.192 0.212 0.018 0.011 0.002 0.006 0.095 0.017 0.008 0.079 0.360 71 R 0.082 0.177 0.010 0.021 0.006 0.016 0.107 0.006 0.004 0.055 0.515 72 Q 0.077 0.030 0.005 0.014 0.015 0.029 0.110 0.005 0.002 0.208 0.505 73 F 0.064 0.035 0.007 0.046 0.024 0.037 0.143 0.006 0.003 0.166 0.470 74 M 0.131 0.011 0.007 0.056 0.026 0.057 0.144 0.005 0.004 0.107 0.452 75 Y 0.027 0.006 0.002 0.121 0.039 0.070 0.152 0.003 0.001 0.044 0.535 76 T 0.012 0.005 0.001 0.120 0.030 0.042 0.139 0.002 0.001 0.054 0.595 77 K 0.002 0.003 0.001 0.464 0.091 0.071 0.079 0.001 0.001 0.077 0.210 78 F 0.001 0.001 0.001 0.598 0.048 0.084 0.036 0.001 0.001 0.066 0.165 79 V 0.001 0.001 0.001 0.834 0.049 0.036 0.009 0.001 0.001 0.029 0.042 80 I 0.001 0.001 0.001 0.927 0.017 0.013 0.006 0.001 0.001 0.021 0.015 81 V 0.002 0.001 0.001 0.886 0.019 0.026 0.011 0.001 0.001 0.035 0.021 82 C 0.010 0.001 0.001 0.755 0.008 0.032 0.061 0.001 0.001 0.036 0.095 83 D 0.130 0.007 0.001 0.266 0.009 0.032 0.172 0.002 0.002 0.083 0.296 84 D 0.032 0.007 0.001 0.089 0.010 0.031 0.213 0.002 0.001 0.082 0.530 85 D 0.038 0.011 0.002 0.030 0.013 0.022 0.250 0.002 0.002 0.064 0.565 86 V 0.055 0.020 0.001 0.016 0.024 0.038 0.215 0.029 0.001 0.085 0.516 87 N 0.355 0.054 0.001 0.008 0.005 0.008 0.104 0.006 0.001 0.093 0.365 88 A 0.073 0.019 0.003 0.009 0.010 0.019 0.152 0.002 0.001 0.104 0.609 89 R 0.004 0.029 0.001 0.008 0.008 0.022 0.151 0.002 0.001 0.035 0.739 90 D 0.150 0.740 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.006 0.001 0.034 0.043 91 W 0.034 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.021 0.045 92 N 0.011 0.834 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.001 0.001 0.024 0.101 93 D 0.005 0.936 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.015 0.023 94 V 0.009 0.941 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.002 0.001 0.015 0.018 95 I 0.008 0.258 0.001 0.010 0.016 0.016 0.007 0.001 0.001 0.662 0.022 96 W 0.006 0.232 0.004 0.010 0.014 0.020 0.013 0.001 0.001 0.649 0.051 97 A 0.023 0.633 0.033 0.022 0.016 0.016 0.026 0.012 0.005 0.131 0.084 98 I 0.144 0.254 0.099 0.043 0.020 0.027 0.051 0.032 0.039 0.116 0.175 99 T 0.205 0.181 0.002 0.012 0.012 0.026 0.077 0.016 0.003 0.047 0.419 100 T 0.115 0.024 0.001 0.012 0.007 0.018 0.091 0.004 0.002 0.044 0.682 101 R 0.019 0.017 0.009 0.024 0.011 0.024 0.204 0.002 0.004 0.033 0.653 102 M 0.008 0.007 0.004 0.014 0.007 0.012 0.125 0.001 0.003 0.013 0.807 103 D 0.429 0.031 0.004 0.011 0.010 0.009 0.094 0.022 0.003 0.114 0.273 104 P 0.287 0.010 0.005 0.017 0.002 0.003 0.104 0.004 0.002 0.156 0.410 105 A 0.036 0.011 0.002 0.035 0.008 0.030 0.137 0.003 0.001 0.054 0.683 106 R 0.021 0.007 0.001 0.042 0.022 0.038 0.144 0.002 0.001 0.070 0.654 107 D 0.006 0.006 0.001 0.153 0.131 0.192 0.123 0.005 0.001 0.134 0.250 108 T 0.007 0.002 0.001 0.251 0.081 0.137 0.079 0.001 0.001 0.129 0.314 109 V 0.003 0.001 0.001 0.345 0.174 0.189 0.060 0.001 0.001 0.064 0.162 110 L 0.007 0.001 0.001 0.410 0.049 0.160 0.079 0.001 0.001 0.092 0.200 111 V 0.180 0.003 0.001 0.205 0.042 0.062 0.098 0.002 0.002 0.141 0.264 112 E 0.013 0.001 0.001 0.076 0.018 0.045 0.179 0.003 0.001 0.073 0.591 113 N 0.037 0.003 0.001 0.029 0.009 0.015 0.192 0.002 0.001 0.034 0.678 114 T 0.104 0.004 0.001 0.040 0.036 0.034 0.208 0.013 0.001 0.094 0.465 115 P 0.076 0.007 0.001 0.020 0.007 0.010 0.168 0.005 0.001 0.059 0.646 116 I 0.066 0.011 0.001 0.026 0.019 0.042 0.179 0.011 0.001 0.053 0.591 117 D 0.055 0.014 0.001 0.048 0.020 0.043 0.187 0.003 0.001 0.079 0.550 118 Y 0.040 0.015 0.003 0.063 0.035 0.080 0.202 0.003 0.001 0.084 0.474 119 L 0.022 0.014 0.002 0.072 0.030 0.064 0.182 0.005 0.001 0.061 0.546 120 D 0.284 0.035 0.002 0.038 0.021 0.029 0.131 0.006 0.001 0.106 0.347 121 F 0.051 0.022 0.002 0.039 0.018 0.042 0.185 0.005 0.001 0.104 0.532 122 A 0.022 0.012 0.001 0.021 0.013 0.031 0.146 0.002 0.001 0.041 0.711 123 S 0.077 0.015 0.004 0.029 0.041 0.055 0.176 0.010 0.002 0.132 0.457 124 P 0.167 0.015 0.002 0.016 0.011 0.017 0.120 0.007 0.001 0.103 0.542 125 V 0.190 0.015 0.002 0.014 0.009 0.015 0.118 0.005 0.001 0.071 0.560 126 S 0.037 0.003 0.001 0.012 0.007 0.014 0.145 0.003 0.001 0.045 0.731 127 G 0.067 0.014 0.001 0.019 0.010 0.021 0.174 0.004 0.001 0.061 0.626 128 L 0.105 0.020 0.001 0.030 0.028 0.031 0.167 0.007 0.001 0.062 0.549 129 G 0.041 0.030 0.002 0.052 0.021 0.040 0.187 0.005 0.001 0.044 0.579 130 S 0.040 0.045 0.001 0.089 0.060 0.085 0.159 0.008 0.001 0.080 0.432 131 K 0.029 0.033 0.002 0.195 0.076 0.105 0.137 0.004 0.001 0.071 0.347 132 M 0.009 0.022 0.002 0.307 0.092 0.161 0.088 0.002 0.001 0.054 0.262 133 G 0.024 0.009 0.003 0.318 0.114 0.164 0.070 0.002 0.001 0.118 0.176 134 L 0.017 0.009 0.003 0.418 0.073 0.104 0.081 0.003 0.002 0.095 0.196 135 D 0.133 0.014 0.005 0.194 0.048 0.115 0.116 0.006 0.004 0.112 0.252 136 A 0.066 0.007 0.002 0.127 0.036 0.106 0.144 0.008 0.001 0.075 0.429 137 T 0.036 0.003 0.001 0.037 0.022 0.052 0.147 0.001 0.001 0.044 0.657 138 N 0.010 0.001 0.001 0.033 0.058 0.094 0.166 0.002 0.001 0.048 0.588 139 K 0.009 0.002 0.001 0.015 0.014 0.024 0.161 0.002 0.001 0.024 0.746 140 W 0.278 0.008 0.002 0.011 0.022 0.023 0.100 0.016 0.002 0.096 0.442 141 P 0.110 0.019 0.003 0.009 0.003 0.007 0.113 0.004 0.001 0.103 0.627 142 G 0.094 0.008 0.002 0.005 0.008 0.020 0.094 0.006 0.001 0.034 0.728 143 E 0.075 0.007 0.001 0.011 0.018 0.034 0.102 0.004 0.001 0.040 0.708 144 T 0.035 0.008 0.001 0.012 0.050 0.081 0.105 0.004 0.001 0.050 0.653 145 Q 0.041 0.007 0.003 0.028 0.040 0.084 0.123 0.005 0.001 0.047 0.622 146 R 0.025 0.002 0.001 0.021 0.107 0.129 0.095 0.005 0.001 0.025 0.590 147 E 0.091 0.004 0.001 0.022 0.049 0.063 0.082 0.001 0.001 0.031 0.656 148 W 0.007 0.001 0.001 0.020 0.059 0.075 0.117 0.003 0.001 0.017 0.700 149 G 0.036 0.012 0.001 0.015 0.024 0.029 0.113 0.006 0.001 0.018 0.746 150 R 0.098 0.009 0.001 0.015 0.088 0.082 0.129 0.063 0.001 0.055 0.459 151 P 0.056 0.017 0.001 0.042 0.023 0.064 0.114 0.004 0.001 0.033 0.646 152 I 0.042 0.010 0.001 0.076 0.043 0.083 0.096 0.001 0.001 0.036 0.613 153 K 0.005 0.012 0.001 0.076 0.056 0.063 0.154 0.001 0.001 0.040 0.592 154 K 0.011 0.122 0.001 0.018 0.021 0.020 0.106 0.006 0.001 0.042 0.652 155 D 0.112 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.010 0.022 156 P 0.044 0.793 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.033 0.108 157 D 0.013 0.887 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.021 0.059 158 V 0.041 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.016 0.033 159 V 0.018 0.855 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.074 0.037 160 A 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 0.030 161 H 0.003 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.009 0.025 162 I 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.010 163 D 0.010 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.043 0.038 164 A 0.011 0.854 0.018 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.043 0.056 165 I 0.059 0.792 0.017 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.007 0.048 0.045 166 W 0.115 0.437 0.073 0.003 0.001 0.001 0.026 0.019 0.062 0.078 0.185 167 D 0.333 0.220 0.003 0.002 0.001 0.003 0.055 0.011 0.002 0.035 0.334 168 E 0.072 0.169 0.003 0.012 0.002 0.011 0.076 0.008 0.002 0.052 0.592 169 L 0.048 0.049 0.007 0.021 0.005 0.016 0.127 0.002 0.002 0.050 0.674 170 A 0.028 0.038 0.007 0.043 0.023 0.056 0.120 0.003 0.003 0.083 0.596 171 I 0.069 0.030 0.006 0.016 0.009 0.019 0.116 0.006 0.003 0.059 0.667 172 F 0.470 0.021 0.005 0.016 0.006 0.011 0.058 0.011 0.003 0.091 0.309 173 N 0.125 0.005 0.001 0.010 0.002 0.005 0.075 0.002 0.001 0.058 0.715 174 N 0.016 0.001 0.001 0.009 0.004 0.012 0.089 0.002 0.001 0.024 0.842 175 G 0.066 0.003 0.001 0.012 0.011 0.011 0.093 0.002 0.001 0.033 0.767 176 K 0.024 0.002 0.001 0.007 0.017 0.016 0.136 0.006 0.001 0.032 0.759 177 S 0.050 0.006 0.001 0.009 0.011 0.014 0.139 0.005 0.001 0.027 0.739