# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.022 0.026 0.013 0.037 0.032 0.040 0.094 0.143 0.201 0.196 0.196 2 Y 0.047 0.034 0.024 0.071 0.085 0.113 0.172 0.137 0.138 0.099 0.081 3 T 0.046 0.044 0.018 0.050 0.048 0.058 0.127 0.146 0.175 0.147 0.142 4 G 0.086 0.049 0.012 0.060 0.067 0.072 0.103 0.137 0.151 0.147 0.116 5 R 0.106 0.097 0.026 0.107 0.136 0.119 0.131 0.098 0.082 0.055 0.043 6 P 0.059 0.043 0.017 0.067 0.078 0.093 0.153 0.147 0.150 0.115 0.079 7 P 0.061 0.034 0.017 0.065 0.093 0.124 0.172 0.137 0.119 0.097 0.080 8 D 0.050 0.099 0.046 0.153 0.137 0.118 0.133 0.091 0.076 0.055 0.042 9 E 0.035 0.027 0.013 0.034 0.041 0.062 0.128 0.156 0.184 0.174 0.146 10 P 0.097 0.046 0.028 0.078 0.085 0.100 0.150 0.117 0.119 0.097 0.084 11 A 0.068 0.052 0.041 0.119 0.121 0.126 0.172 0.113 0.089 0.059 0.042 12 V 0.024 0.033 0.042 0.090 0.087 0.107 0.146 0.126 0.133 0.116 0.097 13 L 0.010 0.016 0.025 0.033 0.035 0.040 0.098 0.126 0.189 0.207 0.221 14 G 0.026 0.029 0.043 0.068 0.063 0.085 0.148 0.137 0.157 0.135 0.110 15 V 0.041 0.046 0.095 0.124 0.145 0.154 0.162 0.080 0.075 0.048 0.029 16 A 0.051 0.037 0.096 0.087 0.074 0.081 0.144 0.112 0.115 0.103 0.100 17 L 0.010 0.022 0.034 0.048 0.051 0.079 0.160 0.136 0.178 0.162 0.120 18 N 0.019 0.024 0.072 0.057 0.061 0.085 0.175 0.142 0.163 0.119 0.083 19 E 0.107 0.067 0.225 0.179 0.128 0.114 0.092 0.038 0.025 0.015 0.011 20 V 0.024 0.032 0.110 0.091 0.103 0.119 0.195 0.117 0.097 0.069 0.045 21 F 0.001 0.004 0.008 0.011 0.009 0.014 0.055 0.098 0.199 0.280 0.322 22 V 0.001 0.003 0.009 0.024 0.067 0.152 0.278 0.165 0.142 0.093 0.065 23 P 0.240 0.111 0.451 0.117 0.043 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 24 I 0.002 0.006 0.010 0.055 0.115 0.183 0.334 0.147 0.085 0.043 0.019 25 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.020 0.058 0.189 0.307 0.414 26 Q 0.004 0.008 0.053 0.196 0.279 0.232 0.154 0.042 0.021 0.008 0.003 27 K 0.019 0.044 0.650 0.149 0.066 0.039 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 28 Q 0.001 0.005 0.006 0.026 0.054 0.162 0.370 0.194 0.103 0.056 0.022 29 F 0.003 0.004 0.003 0.009 0.014 0.031 0.121 0.182 0.223 0.214 0.197 30 P 0.147 0.209 0.230 0.177 0.103 0.058 0.038 0.017 0.011 0.006 0.004 31 E 0.345 0.165 0.087 0.192 0.114 0.057 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 32 I 0.003 0.003 0.002 0.009 0.011 0.017 0.063 0.127 0.214 0.263 0.287 33 V 0.018 0.041 0.034 0.136 0.168 0.206 0.203 0.097 0.059 0.024 0.014 34 D 0.026 0.068 0.094 0.185 0.160 0.155 0.151 0.077 0.048 0.025 0.012 35 F 0.003 0.003 0.003 0.011 0.015 0.030 0.099 0.173 0.231 0.247 0.187 36 Y 0.025 0.038 0.016 0.097 0.132 0.130 0.202 0.143 0.116 0.059 0.043 37 L 0.008 0.011 0.005 0.021 0.024 0.034 0.087 0.137 0.209 0.233 0.230 38 P 0.019 0.038 0.015 0.099 0.134 0.151 0.189 0.144 0.113 0.062 0.035 39 P 0.154 0.091 0.028 0.126 0.117 0.124 0.134 0.091 0.069 0.043 0.024 40 E 0.116 0.070 0.020 0.114 0.104 0.113 0.163 0.114 0.089 0.062 0.034 41 G 0.061 0.034 0.018 0.057 0.051 0.075 0.132 0.129 0.170 0.145 0.128 42 C 0.046 0.039 0.028 0.087 0.081 0.102 0.178 0.131 0.134 0.106 0.069 43 S 0.018 0.030 0.027 0.093 0.101 0.114 0.177 0.145 0.140 0.094 0.060 44 Y 0.012 0.017 0.025 0.071 0.102 0.127 0.214 0.167 0.143 0.088 0.035 45 R 0.006 0.013 0.023 0.093 0.131 0.166 0.251 0.138 0.095 0.058 0.027 46 L 0.001 0.002 0.011 0.012 0.011 0.020 0.063 0.130 0.222 0.294 0.235 47 A 0.001 0.001 0.005 0.010 0.011 0.016 0.089 0.192 0.253 0.268 0.154 48 V 0.001 0.004 0.020 0.029 0.028 0.046 0.127 0.179 0.210 0.200 0.157 49 V 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.011 0.065 0.127 0.290 0.294 0.198 50 T 0.009 0.033 0.042 0.187 0.208 0.165 0.203 0.086 0.048 0.015 0.005 51 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.014 0.068 0.121 0.290 0.296 0.191 52 K 0.022 0.081 0.072 0.323 0.278 0.131 0.070 0.016 0.006 0.001 0.001 53 K 0.129 0.127 0.056 0.188 0.155 0.123 0.122 0.057 0.028 0.011 0.004 54 Q 0.102 0.120 0.063 0.239 0.195 0.126 0.079 0.040 0.021 0.010 0.004 55 Y 0.017 0.072 0.016 0.073 0.092 0.147 0.220 0.154 0.113 0.066 0.029 56 A 0.167 0.134 0.069 0.175 0.170 0.116 0.090 0.040 0.024 0.011 0.005 57 G 0.614 0.152 0.061 0.081 0.043 0.023 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 58 H 0.010 0.041 0.026 0.115 0.128 0.155 0.214 0.129 0.100 0.054 0.028 59 A 0.007 0.004 0.007 0.011 0.016 0.033 0.114 0.154 0.239 0.225 0.190 60 K 0.018 0.019 0.088 0.163 0.205 0.227 0.166 0.059 0.034 0.015 0.007 61 R 0.003 0.022 0.164 0.205 0.182 0.163 0.148 0.061 0.032 0.014 0.005 62 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.008 0.049 0.099 0.207 0.294 0.327 63 M 0.001 0.001 0.006 0.008 0.012 0.030 0.137 0.164 0.228 0.236 0.178 64 M 0.002 0.006 0.221 0.117 0.132 0.138 0.169 0.091 0.066 0.039 0.020 65 G 0.001 0.001 0.015 0.011 0.021 0.064 0.272 0.192 0.172 0.145 0.105 66 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.024 0.068 0.195 0.349 0.352 67 W 0.002 0.003 0.017 0.020 0.028 0.052 0.148 0.172 0.214 0.191 0.152 68 S 0.004 0.012 0.091 0.052 0.059 0.088 0.192 0.156 0.161 0.110 0.075 69 F 0.003 0.004 0.014 0.013 0.016 0.029 0.122 0.147 0.237 0.240 0.177 70 L 0.011 0.010 0.017 0.052 0.064 0.102 0.200 0.170 0.179 0.124 0.071 71 R 0.027 0.026 0.066 0.087 0.104 0.156 0.234 0.124 0.093 0.055 0.028 72 Q 0.010 0.013 0.028 0.043 0.037 0.060 0.151 0.158 0.202 0.178 0.121 73 F 0.015 0.011 0.011 0.021 0.016 0.027 0.094 0.136 0.213 0.234 0.223 74 M 0.020 0.017 0.026 0.053 0.060 0.099 0.187 0.150 0.159 0.128 0.101 75 Y 0.012 0.024 0.045 0.085 0.090 0.109 0.199 0.137 0.145 0.104 0.049 76 T 0.009 0.010 0.016 0.040 0.047 0.047 0.110 0.161 0.249 0.198 0.112 77 K 0.003 0.009 0.018 0.054 0.092 0.131 0.258 0.208 0.136 0.067 0.025 78 F 0.001 0.001 0.004 0.011 0.023 0.064 0.191 0.252 0.229 0.148 0.076 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.041 0.141 0.229 0.298 0.278 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 0.123 0.237 0.300 0.291 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.099 0.248 0.315 0.297 82 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.069 0.145 0.246 0.264 0.248 83 D 0.002 0.005 0.006 0.032 0.055 0.084 0.209 0.233 0.188 0.116 0.069 84 D 0.118 0.078 0.053 0.201 0.199 0.138 0.111 0.057 0.028 0.012 0.006 85 D 0.044 0.081 0.040 0.205 0.187 0.151 0.138 0.074 0.045 0.023 0.012 86 V 0.007 0.006 0.003 0.019 0.035 0.055 0.111 0.151 0.222 0.206 0.184 87 N 0.079 0.172 0.039 0.152 0.135 0.122 0.138 0.065 0.051 0.027 0.020 88 A 0.024 0.011 0.005 0.024 0.028 0.045 0.106 0.129 0.201 0.208 0.220 89 R 0.132 0.111 0.038 0.161 0.166 0.138 0.113 0.058 0.042 0.023 0.018 90 D 0.015 0.135 0.037 0.145 0.139 0.132 0.157 0.093 0.074 0.047 0.027 91 W 0.006 0.006 0.004 0.023 0.048 0.082 0.162 0.165 0.195 0.171 0.139 92 N 0.163 0.129 0.065 0.186 0.182 0.126 0.096 0.027 0.016 0.006 0.003 93 D 0.003 0.015 0.022 0.160 0.181 0.204 0.256 0.100 0.039 0.015 0.007 94 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.021 0.062 0.184 0.323 0.399 95 I 0.001 0.001 0.005 0.009 0.014 0.035 0.182 0.201 0.216 0.204 0.134 96 W 0.001 0.003 0.162 0.153 0.136 0.136 0.139 0.098 0.080 0.062 0.032 97 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.025 0.179 0.203 0.214 0.219 0.151 98 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.043 0.129 0.265 0.328 0.220 99 T 0.001 0.002 0.012 0.013 0.019 0.034 0.113 0.151 0.227 0.230 0.198 100 T 0.006 0.013 0.042 0.093 0.109 0.144 0.226 0.164 0.127 0.056 0.020 101 R 0.012 0.026 0.042 0.060 0.074 0.124 0.260 0.168 0.134 0.073 0.027 102 M 0.006 0.007 0.008 0.017 0.016 0.023 0.068 0.126 0.228 0.262 0.240 103 D 0.023 0.069 0.025 0.117 0.157 0.172 0.206 0.115 0.070 0.031 0.015 104 P 0.044 0.044 0.027 0.073 0.071 0.082 0.148 0.157 0.173 0.122 0.060 105 A 0.249 0.104 0.041 0.157 0.135 0.103 0.094 0.053 0.035 0.019 0.011 106 R 0.024 0.041 0.023 0.121 0.117 0.137 0.191 0.142 0.111 0.062 0.031 107 D 0.006 0.011 0.008 0.033 0.044 0.068 0.144 0.182 0.206 0.184 0.114 108 T 0.006 0.011 0.011 0.038 0.047 0.080 0.153 0.168 0.181 0.163 0.143 109 V 0.003 0.004 0.006 0.018 0.032 0.056 0.143 0.202 0.233 0.191 0.112 110 L 0.001 0.004 0.003 0.020 0.030 0.051 0.134 0.176 0.209 0.196 0.175 111 V 0.002 0.003 0.004 0.013 0.019 0.030 0.092 0.150 0.233 0.239 0.214 112 E 0.054 0.052 0.046 0.191 0.181 0.153 0.141 0.086 0.056 0.026 0.014 113 N 0.122 0.121 0.054 0.196 0.140 0.123 0.113 0.063 0.037 0.021 0.011 114 T 0.013 0.018 0.009 0.041 0.051 0.066 0.144 0.181 0.186 0.172 0.120 115 P 0.181 0.194 0.052 0.162 0.117 0.085 0.089 0.045 0.035 0.021 0.017 116 I 0.015 0.011 0.005 0.026 0.036 0.055 0.100 0.133 0.198 0.204 0.217 117 D 0.044 0.064 0.019 0.098 0.101 0.107 0.161 0.141 0.121 0.083 0.061 118 Y 0.028 0.029 0.015 0.077 0.087 0.113 0.197 0.159 0.145 0.095 0.055 119 L 0.006 0.005 0.004 0.011 0.014 0.029 0.069 0.112 0.202 0.252 0.297 120 D 0.014 0.024 0.015 0.076 0.084 0.102 0.152 0.162 0.160 0.125 0.087 121 F 0.010 0.014 0.008 0.035 0.049 0.079 0.169 0.189 0.186 0.157 0.105 122 A 0.022 0.024 0.016 0.042 0.045 0.055 0.116 0.139 0.179 0.185 0.176 123 S 0.043 0.035 0.014 0.072 0.092 0.102 0.149 0.145 0.135 0.113 0.100 124 P 0.111 0.133 0.056 0.193 0.140 0.108 0.096 0.058 0.044 0.034 0.026 125 V 0.137 0.083 0.047 0.111 0.103 0.103 0.129 0.092 0.080 0.068 0.048 126 S 0.198 0.113 0.042 0.121 0.103 0.088 0.100 0.077 0.067 0.051 0.041 127 G 0.165 0.100 0.045 0.116 0.096 0.092 0.104 0.074 0.076 0.066 0.067 128 L 0.050 0.064 0.030 0.103 0.100 0.113 0.155 0.107 0.107 0.090 0.082 129 G 0.081 0.064 0.023 0.082 0.098 0.095 0.132 0.119 0.122 0.100 0.084 130 S 0.018 0.018 0.007 0.039 0.052 0.059 0.107 0.134 0.181 0.183 0.203 131 K 0.010 0.017 0.010 0.052 0.095 0.138 0.184 0.147 0.141 0.108 0.100 132 M 0.005 0.003 0.002 0.010 0.016 0.028 0.099 0.174 0.236 0.230 0.196 133 G 0.004 0.003 0.003 0.011 0.016 0.032 0.101 0.144 0.195 0.226 0.265 134 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.028 0.069 0.175 0.309 0.402 135 D 0.001 0.003 0.003 0.015 0.025 0.047 0.125 0.193 0.220 0.200 0.169 136 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.017 0.076 0.126 0.203 0.267 0.290 137 T 0.006 0.012 0.012 0.060 0.084 0.103 0.187 0.164 0.159 0.128 0.085 138 N 0.031 0.051 0.020 0.138 0.174 0.158 0.158 0.113 0.083 0.050 0.025 139 K 0.088 0.117 0.056 0.177 0.157 0.114 0.115 0.075 0.053 0.034 0.016 140 W 0.043 0.038 0.022 0.081 0.095 0.104 0.190 0.146 0.127 0.098 0.057 141 P 0.272 0.223 0.037 0.123 0.090 0.072 0.074 0.043 0.034 0.020 0.011 142 G 0.405 0.169 0.049 0.136 0.082 0.058 0.042 0.023 0.019 0.011 0.005 143 E 0.472 0.122 0.047 0.076 0.046 0.040 0.054 0.038 0.041 0.035 0.029 144 T 0.177 0.175 0.080 0.155 0.115 0.090 0.101 0.051 0.035 0.017 0.006 145 Q 0.192 0.167 0.086 0.154 0.121 0.095 0.081 0.048 0.031 0.017 0.008 146 R 0.052 0.090 0.081 0.194 0.178 0.129 0.126 0.068 0.044 0.024 0.013 147 E 0.148 0.122 0.124 0.165 0.137 0.100 0.091 0.049 0.035 0.019 0.009 148 W 0.019 0.026 0.021 0.082 0.117 0.132 0.235 0.163 0.115 0.061 0.030 149 G 0.311 0.126 0.069 0.112 0.092 0.083 0.089 0.054 0.034 0.020 0.010 150 R 0.153 0.201 0.106 0.159 0.130 0.089 0.087 0.037 0.024 0.011 0.005 151 P 0.347 0.197 0.086 0.168 0.092 0.048 0.035 0.013 0.008 0.004 0.002 152 I 0.021 0.011 0.006 0.020 0.032 0.052 0.155 0.162 0.198 0.189 0.155 153 K 0.113 0.177 0.138 0.190 0.143 0.088 0.088 0.036 0.017 0.007 0.003 154 K 0.090 0.179 0.095 0.139 0.138 0.148 0.107 0.048 0.027 0.018 0.011 155 D 0.037 0.388 0.086 0.154 0.114 0.077 0.073 0.033 0.020 0.012 0.006 156 P 0.905 0.044 0.019 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.747 0.132 0.066 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.001 0.004 0.010 0.017 0.020 0.096 0.350 0.246 0.154 0.074 0.028 159 V 0.002 0.005 0.029 0.101 0.206 0.313 0.239 0.070 0.025 0.008 0.002 160 A 0.028 0.037 0.906 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.001 0.010 0.101 0.231 0.247 0.240 0.122 0.033 0.011 0.004 0.001 162 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.006 0.057 0.106 0.232 0.303 0.286 163 D 0.004 0.011 0.319 0.306 0.216 0.104 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 164 A 0.007 0.023 0.870 0.064 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.001 0.003 0.025 0.021 0.033 0.096 0.312 0.197 0.156 0.100 0.057 166 W 0.001 0.002 0.017 0.008 0.015 0.041 0.248 0.227 0.220 0.150 0.071 167 D 0.007 0.025 0.731 0.143 0.061 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 168 E 0.013 0.042 0.404 0.178 0.145 0.123 0.068 0.016 0.007 0.003 0.001 169 L 0.007 0.006 0.017 0.014 0.018 0.037 0.132 0.165 0.247 0.219 0.139 170 A 0.056 0.070 0.124 0.114 0.115 0.130 0.176 0.085 0.065 0.041 0.025 171 I 0.028 0.073 0.294 0.117 0.101 0.083 0.116 0.069 0.057 0.040 0.022 172 F 0.057 0.091 0.112 0.149 0.138 0.125 0.150 0.078 0.053 0.032 0.016 173 N 0.325 0.152 0.096 0.122 0.091 0.065 0.065 0.034 0.026 0.016 0.008 174 N 0.345 0.178 0.078 0.127 0.083 0.058 0.057 0.030 0.023 0.014 0.007 175 G 0.477 0.123 0.050 0.080 0.057 0.051 0.059 0.037 0.033 0.023 0.012 176 K 0.379 0.195 0.053 0.106 0.077 0.059 0.055 0.031 0.022 0.014 0.008 177 S 0.383 0.225 0.056 0.105 0.067 0.041 0.039 0.029 0.025 0.018 0.012