# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.042 0.006 0.004 0.061 0.093 0.124 0.080 0.001 0.001 0.005 0.584 2 Y 0.028 0.004 0.004 0.070 0.100 0.130 0.068 0.001 0.001 0.004 0.591 3 T 0.012 0.002 0.002 0.063 0.084 0.147 0.075 0.001 0.001 0.003 0.613 4 G 0.024 0.003 0.002 0.047 0.072 0.127 0.069 0.001 0.001 0.004 0.651 5 R 0.041 0.004 0.003 0.063 0.043 0.109 0.060 0.001 0.001 0.004 0.672 6 P 0.013 0.001 0.001 0.019 0.012 0.034 0.041 0.001 0.001 0.001 0.878 7 P 0.007 0.001 0.001 0.009 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.962 8 D 0.021 0.002 0.001 0.017 0.010 0.031 0.102 0.001 0.001 0.002 0.815 9 E 0.094 0.005 0.001 0.010 0.006 0.007 0.058 0.001 0.001 0.002 0.818 10 P 0.022 0.021 0.001 0.006 0.003 0.005 0.054 0.001 0.001 0.001 0.887 11 A 0.066 0.056 0.001 0.009 0.011 0.022 0.469 0.001 0.001 0.012 0.353 12 V 0.177 0.342 0.003 0.011 0.010 0.024 0.219 0.002 0.001 0.006 0.207 13 L 0.041 0.778 0.002 0.012 0.011 0.013 0.012 0.003 0.001 0.001 0.128 14 G 0.066 0.614 0.002 0.004 0.004 0.009 0.020 0.007 0.001 0.003 0.271 15 V 0.156 0.470 0.035 0.003 0.002 0.005 0.020 0.005 0.001 0.001 0.304 16 A 0.047 0.436 0.005 0.010 0.003 0.003 0.021 0.015 0.001 0.001 0.459 17 L 0.061 0.628 0.004 0.009 0.004 0.009 0.045 0.008 0.001 0.004 0.227 18 N 0.023 0.860 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.101 19 E 0.022 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.073 20 V 0.108 0.805 0.002 0.002 0.001 0.003 0.012 0.013 0.001 0.002 0.052 21 F 0.158 0.770 0.018 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.041 22 V 0.014 0.922 0.016 0.004 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.032 23 P 0.002 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.916 24 I 0.133 0.659 0.001 0.003 0.001 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.180 25 L 0.061 0.798 0.002 0.003 0.001 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.113 26 Q 0.055 0.887 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.046 27 K 0.157 0.740 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.089 28 Q 0.257 0.537 0.009 0.003 0.005 0.004 0.005 0.033 0.001 0.001 0.146 29 F 0.341 0.246 0.096 0.019 0.010 0.014 0.018 0.027 0.001 0.002 0.228 30 P 0.001 0.002 0.013 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.971 31 E 0.025 0.005 0.002 0.109 0.045 0.060 0.116 0.003 0.001 0.001 0.635 32 I 0.333 0.010 0.005 0.049 0.009 0.019 0.031 0.001 0.001 0.006 0.537 33 V 0.038 0.043 0.003 0.357 0.091 0.117 0.089 0.001 0.001 0.003 0.258 34 D 0.048 0.014 0.002 0.116 0.043 0.068 0.115 0.001 0.001 0.003 0.590 35 F 0.113 0.029 0.003 0.212 0.070 0.127 0.062 0.002 0.001 0.006 0.377 36 Y 0.065 0.026 0.007 0.103 0.084 0.156 0.136 0.003 0.001 0.008 0.411 37 L 0.049 0.012 0.012 0.059 0.050 0.103 0.067 0.002 0.001 0.005 0.640 38 P 0.014 0.006 0.002 0.041 0.043 0.091 0.049 0.001 0.001 0.001 0.752 39 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.966 40 E 0.033 0.008 0.001 0.022 0.029 0.080 0.159 0.001 0.001 0.005 0.664 41 G 0.419 0.018 0.001 0.012 0.015 0.015 0.050 0.003 0.001 0.007 0.461 42 C 0.378 0.115 0.008 0.020 0.023 0.027 0.071 0.001 0.001 0.006 0.351 43 S 0.049 0.063 0.006 0.040 0.069 0.115 0.121 0.002 0.001 0.005 0.531 44 Y 0.062 0.069 0.006 0.060 0.112 0.164 0.076 0.002 0.001 0.006 0.443 45 R 0.040 0.071 0.005 0.095 0.141 0.246 0.078 0.003 0.001 0.007 0.314 46 L 0.032 0.035 0.006 0.110 0.224 0.368 0.052 0.003 0.001 0.006 0.163 47 A 0.009 0.021 0.003 0.260 0.318 0.341 0.014 0.001 0.001 0.001 0.032 48 V 0.004 0.023 0.002 0.237 0.245 0.401 0.014 0.001 0.001 0.001 0.073 49 V 0.002 0.013 0.001 0.320 0.262 0.356 0.009 0.001 0.001 0.001 0.035 50 T 0.004 0.018 0.002 0.268 0.190 0.341 0.039 0.001 0.001 0.001 0.136 51 I 0.007 0.020 0.004 0.222 0.156 0.295 0.052 0.001 0.001 0.002 0.239 52 K 0.009 0.023 0.002 0.171 0.112 0.292 0.090 0.001 0.001 0.003 0.297 53 K 0.026 0.030 0.001 0.057 0.034 0.103 0.114 0.004 0.001 0.006 0.626 54 Q 0.149 0.061 0.005 0.030 0.020 0.036 0.126 0.007 0.001 0.009 0.557 55 Y 0.212 0.073 0.010 0.009 0.010 0.010 0.094 0.005 0.001 0.003 0.574 56 A 0.017 0.022 0.004 0.003 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.926 57 G 0.012 0.021 0.001 0.002 0.001 0.002 0.165 0.001 0.001 0.002 0.794 58 H 0.217 0.106 0.003 0.001 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 0.002 0.568 59 A 0.037 0.694 0.001 0.002 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 0.002 0.190 60 K 0.019 0.781 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.163 61 R 0.016 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.097 62 V 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 63 M 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 65 G 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 66 V 0.008 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 W 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 68 S 0.020 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.019 69 F 0.043 0.917 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.023 70 L 0.068 0.772 0.026 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 0.001 0.001 0.097 71 R 0.057 0.578 0.057 0.003 0.004 0.004 0.023 0.027 0.001 0.002 0.246 72 Q 0.136 0.527 0.013 0.004 0.007 0.006 0.018 0.027 0.001 0.003 0.259 73 F 0.224 0.505 0.014 0.009 0.012 0.012 0.019 0.033 0.001 0.004 0.168 74 M 0.138 0.339 0.013 0.022 0.040 0.029 0.047 0.047 0.001 0.004 0.322 75 Y 0.174 0.131 0.022 0.049 0.047 0.059 0.069 0.057 0.001 0.010 0.381 76 T 0.196 0.029 0.029 0.123 0.123 0.103 0.114 0.030 0.001 0.013 0.241 77 K 0.022 0.001 0.035 0.122 0.032 0.029 0.050 0.002 0.001 0.004 0.702 78 F 0.007 0.001 0.020 0.444 0.106 0.127 0.079 0.001 0.001 0.003 0.212 79 V 0.002 0.001 0.002 0.766 0.102 0.078 0.017 0.001 0.001 0.001 0.032 80 I 0.001 0.001 0.001 0.660 0.077 0.086 0.023 0.001 0.001 0.001 0.153 81 V 0.001 0.001 0.001 0.753 0.099 0.122 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 82 C 0.001 0.001 0.001 0.741 0.047 0.089 0.023 0.001 0.001 0.001 0.099 83 D 0.001 0.001 0.001 0.532 0.111 0.145 0.036 0.001 0.001 0.002 0.172 84 D 0.001 0.001 0.001 0.198 0.040 0.090 0.092 0.001 0.001 0.005 0.574 85 D 0.014 0.001 0.001 0.071 0.023 0.051 0.308 0.001 0.001 0.028 0.504 86 V 0.268 0.002 0.002 0.062 0.032 0.035 0.181 0.001 0.001 0.086 0.333 87 N 0.099 0.005 0.002 0.011 0.013 0.013 0.476 0.001 0.001 0.011 0.368 88 A 0.026 0.003 0.006 0.007 0.003 0.006 0.062 0.001 0.001 0.004 0.882 89 R 0.028 0.009 0.002 0.016 0.011 0.024 0.477 0.001 0.001 0.010 0.423 90 D 0.086 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.614 0.001 0.001 0.015 0.270 91 W 0.080 0.074 0.006 0.006 0.003 0.006 0.099 0.001 0.001 0.005 0.720 92 N 0.014 0.068 0.001 0.002 0.001 0.002 0.380 0.001 0.001 0.008 0.525 93 D 0.025 0.219 0.001 0.001 0.001 0.003 0.432 0.003 0.001 0.010 0.304 94 V 0.017 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.087 95 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 96 W 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 97 A 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 98 I 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 99 T 0.015 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 100 T 0.034 0.897 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.015 101 R 0.208 0.562 0.014 0.003 0.002 0.002 0.002 0.114 0.001 0.001 0.091 102 M 0.176 0.258 0.389 0.005 0.005 0.007 0.019 0.031 0.001 0.003 0.108 103 D 0.108 0.117 0.076 0.043 0.067 0.065 0.126 0.044 0.001 0.003 0.351 104 P 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.980 105 A 0.016 0.007 0.001 0.023 0.020 0.040 0.391 0.002 0.001 0.014 0.486 106 R 0.612 0.010 0.004 0.014 0.008 0.014 0.096 0.004 0.001 0.059 0.179 107 D 0.415 0.077 0.009 0.110 0.049 0.036 0.080 0.005 0.001 0.012 0.205 108 T 0.105 0.018 0.019 0.160 0.120 0.131 0.099 0.002 0.001 0.011 0.335 109 V 0.014 0.005 0.003 0.279 0.281 0.306 0.042 0.001 0.001 0.002 0.066 110 L 0.005 0.005 0.003 0.289 0.179 0.301 0.054 0.001 0.001 0.001 0.161 111 V 0.003 0.002 0.001 0.188 0.298 0.373 0.039 0.001 0.001 0.001 0.094 112 E 0.002 0.001 0.001 0.076 0.043 0.092 0.035 0.001 0.001 0.001 0.750 113 N 0.010 0.001 0.001 0.098 0.065 0.162 0.168 0.001 0.001 0.012 0.484 114 T 0.186 0.001 0.004 0.091 0.034 0.057 0.197 0.001 0.001 0.040 0.388 115 P 0.008 0.001 0.001 0.016 0.007 0.007 0.037 0.001 0.001 0.002 0.922 116 I 0.017 0.001 0.002 0.091 0.042 0.096 0.148 0.001 0.001 0.008 0.595 117 D 0.089 0.003 0.001 0.068 0.062 0.091 0.237 0.001 0.001 0.008 0.441 118 Y 0.019 0.002 0.001 0.016 0.013 0.016 0.026 0.001 0.001 0.002 0.904 119 L 0.030 0.005 0.001 0.056 0.062 0.134 0.300 0.001 0.001 0.010 0.400 120 D 0.138 0.008 0.001 0.046 0.032 0.054 0.336 0.001 0.001 0.020 0.363 121 F 0.046 0.019 0.003 0.034 0.013 0.020 0.052 0.001 0.001 0.005 0.807 122 A 0.075 0.021 0.004 0.037 0.029 0.055 0.285 0.003 0.001 0.024 0.467 123 S 0.323 0.018 0.005 0.018 0.020 0.030 0.229 0.003 0.001 0.016 0.339 124 P 0.016 0.005 0.003 0.005 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.950 125 V 0.046 0.013 0.004 0.010 0.025 0.057 0.269 0.001 0.001 0.011 0.563 126 S 0.186 0.027 0.002 0.016 0.030 0.047 0.121 0.003 0.001 0.010 0.558 127 G 0.247 0.076 0.001 0.019 0.038 0.031 0.081 0.011 0.001 0.010 0.484 128 L 0.298 0.030 0.013 0.011 0.020 0.024 0.130 0.003 0.001 0.020 0.451 129 G 0.073 0.009 0.008 0.029 0.034 0.040 0.167 0.004 0.001 0.014 0.621 130 S 0.138 0.004 0.034 0.103 0.060 0.067 0.133 0.002 0.001 0.019 0.439 131 K 0.029 0.002 0.011 0.144 0.097 0.109 0.145 0.001 0.001 0.008 0.456 132 M 0.009 0.001 0.003 0.421 0.198 0.230 0.048 0.001 0.001 0.003 0.087 133 G 0.003 0.001 0.001 0.430 0.165 0.255 0.038 0.001 0.001 0.001 0.106 134 L 0.001 0.001 0.001 0.567 0.165 0.186 0.016 0.001 0.001 0.001 0.064 135 D 0.001 0.001 0.001 0.381 0.134 0.248 0.052 0.001 0.001 0.001 0.182 136 A 0.004 0.001 0.001 0.489 0.138 0.194 0.039 0.001 0.001 0.004 0.132 137 T 0.009 0.002 0.001 0.227 0.097 0.193 0.177 0.001 0.001 0.009 0.285 138 N 0.035 0.002 0.002 0.143 0.108 0.156 0.103 0.001 0.001 0.012 0.438 139 K 0.029 0.003 0.003 0.071 0.039 0.078 0.108 0.001 0.001 0.009 0.659 140 W 0.040 0.002 0.003 0.039 0.080 0.133 0.161 0.001 0.001 0.007 0.533 141 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 142 G 0.013 0.001 0.001 0.016 0.025 0.055 0.115 0.001 0.001 0.003 0.771 143 E 0.245 0.005 0.001 0.013 0.012 0.028 0.097 0.001 0.001 0.014 0.584 144 T 0.152 0.033 0.001 0.027 0.037 0.035 0.107 0.002 0.001 0.004 0.604 145 Q 0.134 0.028 0.003 0.031 0.031 0.045 0.098 0.001 0.001 0.008 0.620 146 R 0.111 0.047 0.004 0.049 0.052 0.070 0.154 0.001 0.001 0.007 0.505 147 E 0.086 0.030 0.005 0.029 0.051 0.092 0.125 0.003 0.001 0.006 0.573 148 W 0.071 0.025 0.006 0.048 0.077 0.161 0.079 0.003 0.001 0.005 0.525 149 G 0.038 0.007 0.003 0.029 0.027 0.062 0.041 0.002 0.001 0.004 0.785 150 R 0.087 0.006 0.009 0.048 0.057 0.119 0.075 0.002 0.001 0.006 0.591 151 P 0.006 0.001 0.001 0.012 0.007 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.959 152 I 0.053 0.004 0.001 0.065 0.027 0.061 0.104 0.001 0.001 0.004 0.679 153 K 0.203 0.009 0.002 0.088 0.024 0.072 0.142 0.002 0.001 0.009 0.449 154 K 0.154 0.013 0.004 0.062 0.013 0.026 0.089 0.002 0.001 0.004 0.632 155 D 0.112 0.005 0.004 0.037 0.008 0.016 0.227 0.001 0.001 0.005 0.585 156 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 157 D 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.437 0.001 0.001 0.001 0.553 158 V 0.259 0.062 0.001 0.007 0.003 0.010 0.310 0.001 0.001 0.020 0.328 159 V 0.090 0.802 0.001 0.005 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.002 0.072 160 A 0.049 0.826 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.111 161 H 0.075 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.096 162 I 0.033 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 163 D 0.004 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 164 A 0.021 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.078 165 I 0.052 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.027 166 W 0.025 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.017 167 D 0.007 0.950 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 168 E 0.031 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.040 169 L 0.106 0.787 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.054 0.001 0.001 0.039 170 A 0.192 0.600 0.044 0.004 0.004 0.006 0.010 0.049 0.001 0.002 0.088 171 I 0.089 0.436 0.168 0.016 0.016 0.028 0.018 0.024 0.001 0.001 0.205 172 F 0.057 0.138 0.009 0.038 0.026 0.037 0.019 0.024 0.001 0.001 0.651 173 N 0.143 0.076 0.012 0.029 0.018 0.028 0.050 0.013 0.001 0.003 0.627 174 N 0.088 0.037 0.009 0.021 0.009 0.014 0.060 0.007 0.001 0.003 0.752 175 G 0.168 0.018 0.006 0.023 0.011 0.015 0.186 0.008 0.001 0.012 0.552 176 K 0.249 0.017 0.019 0.018 0.007 0.012 0.140 0.002 0.001 0.014 0.523 177 S 0.036 0.016 0.003 0.017 0.012 0.014 0.166 0.001 0.001 0.003 0.730