# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.027 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.963 2 Y 0.142 0.100 0.006 0.003 0.011 0.013 0.725 3 T 0.216 0.118 0.009 0.002 0.091 0.039 0.526 4 G 0.070 0.025 0.008 0.001 0.207 0.100 0.589 5 R 0.047 0.058 0.002 0.001 0.265 0.026 0.600 6 P 0.010 0.016 0.001 0.001 0.057 0.008 0.908 7 P 0.005 0.013 0.010 0.008 0.248 0.312 0.403 8 D 0.005 0.032 0.014 0.028 0.334 0.236 0.350 9 E 0.010 0.010 0.041 0.135 0.359 0.036 0.410 10 P 0.016 0.008 0.104 0.367 0.078 0.121 0.306 11 A 0.064 0.019 0.192 0.436 0.055 0.140 0.094 12 V 0.081 0.037 0.101 0.590 0.038 0.099 0.054 13 L 0.038 0.011 0.040 0.611 0.019 0.226 0.056 14 G 0.048 0.003 0.041 0.422 0.070 0.203 0.212 15 V 0.056 0.006 0.074 0.610 0.073 0.056 0.126 16 A 0.037 0.010 0.072 0.721 0.025 0.063 0.071 17 L 0.018 0.005 0.098 0.736 0.017 0.090 0.036 18 N 0.025 0.003 0.071 0.732 0.035 0.068 0.066 19 E 0.017 0.002 0.072 0.764 0.033 0.065 0.047 20 V 0.014 0.003 0.045 0.811 0.014 0.091 0.022 21 F 0.008 0.003 0.018 0.906 0.005 0.040 0.020 22 V 0.002 0.001 0.007 0.974 0.003 0.004 0.009 23 P 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.002 24 I 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.004 0.001 25 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.008 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.016 0.954 0.003 0.023 0.001 27 K 0.001 0.001 0.016 0.852 0.003 0.124 0.003 28 Q 0.003 0.002 0.020 0.539 0.034 0.367 0.035 29 F 0.010 0.007 0.010 0.076 0.325 0.057 0.515 30 P 0.017 0.003 0.059 0.067 0.197 0.235 0.422 31 E 0.157 0.014 0.086 0.043 0.161 0.376 0.163 32 I 0.469 0.017 0.039 0.044 0.059 0.039 0.335 33 V 0.751 0.011 0.014 0.034 0.036 0.009 0.144 34 D 0.806 0.006 0.012 0.025 0.025 0.008 0.119 35 F 0.716 0.006 0.011 0.021 0.040 0.032 0.175 36 Y 0.657 0.038 0.007 0.015 0.071 0.037 0.176 37 L 0.329 0.043 0.004 0.008 0.124 0.015 0.477 38 P 0.075 0.011 0.009 0.003 0.077 0.017 0.808 39 P 0.005 0.002 0.515 0.075 0.047 0.319 0.038 40 E 0.003 0.001 0.526 0.041 0.029 0.378 0.020 41 G 0.007 0.004 0.587 0.029 0.066 0.229 0.079 42 C 0.058 0.021 0.175 0.049 0.149 0.246 0.302 43 S 0.145 0.027 0.088 0.020 0.226 0.240 0.254 44 Y 0.289 0.009 0.036 0.009 0.294 0.081 0.282 45 R 0.436 0.006 0.011 0.006 0.212 0.044 0.286 46 L 0.874 0.004 0.003 0.002 0.023 0.006 0.089 47 A 0.959 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.029 48 V 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 49 V 0.987 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 50 T 0.961 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.025 51 I 0.865 0.003 0.001 0.021 0.012 0.011 0.086 52 K 0.681 0.003 0.006 0.025 0.092 0.021 0.172 53 K 0.392 0.010 0.047 0.110 0.122 0.087 0.231 54 Q 0.132 0.020 0.038 0.158 0.244 0.100 0.308 55 Y 0.030 0.006 0.015 0.089 0.246 0.026 0.588 56 A 0.003 0.002 0.033 0.486 0.056 0.358 0.062 57 G 0.001 0.001 0.016 0.673 0.047 0.251 0.012 58 H 0.002 0.002 0.006 0.918 0.023 0.024 0.024 59 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.004 0.006 60 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 64 M 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 65 G 0.001 0.001 0.004 0.966 0.001 0.027 0.002 66 V 0.001 0.001 0.010 0.944 0.002 0.038 0.004 67 W 0.001 0.001 0.024 0.916 0.005 0.049 0.004 68 S 0.002 0.001 0.041 0.781 0.009 0.151 0.015 69 F 0.005 0.002 0.073 0.671 0.025 0.185 0.039 70 L 0.015 0.007 0.123 0.541 0.091 0.137 0.086 71 R 0.019 0.004 0.257 0.324 0.067 0.256 0.075 72 Q 0.022 0.005 0.305 0.239 0.055 0.282 0.091 73 F 0.059 0.024 0.208 0.104 0.110 0.294 0.200 74 M 0.107 0.007 0.114 0.056 0.139 0.396 0.181 75 Y 0.181 0.016 0.070 0.012 0.226 0.241 0.255 76 T 0.251 0.007 0.007 0.001 0.087 0.025 0.622 77 K 0.324 0.002 0.002 0.001 0.325 0.027 0.318 78 F 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.041 79 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 80 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 82 C 0.919 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.065 83 D 0.430 0.006 0.004 0.001 0.124 0.017 0.418 84 D 0.095 0.013 0.024 0.002 0.377 0.277 0.212 85 D 0.050 0.022 0.046 0.005 0.263 0.270 0.344 86 V 0.045 0.077 0.029 0.009 0.362 0.083 0.395 87 N 0.050 0.033 0.014 0.005 0.091 0.054 0.753 88 A 0.025 0.027 0.093 0.020 0.123 0.485 0.227 89 R 0.022 0.058 0.051 0.031 0.313 0.323 0.202 90 D 0.020 0.033 0.008 0.021 0.333 0.013 0.571 91 W 0.001 0.001 0.036 0.943 0.001 0.018 0.003 92 N 0.001 0.001 0.025 0.960 0.001 0.013 0.001 93 D 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.003 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 97 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 98 I 0.004 0.001 0.004 0.962 0.001 0.028 0.001 99 T 0.008 0.002 0.010 0.869 0.006 0.099 0.007 100 T 0.020 0.001 0.016 0.718 0.025 0.192 0.028 101 R 0.054 0.008 0.016 0.290 0.174 0.190 0.268 102 M 0.040 0.047 0.012 0.102 0.255 0.054 0.491 103 D 0.016 0.008 0.002 0.004 0.118 0.008 0.843 104 P 0.006 0.002 0.134 0.059 0.076 0.676 0.047 105 A 0.011 0.003 0.153 0.041 0.090 0.666 0.035 106 R 0.066 0.009 0.240 0.030 0.222 0.233 0.200 107 D 0.286 0.019 0.029 0.024 0.162 0.041 0.440 108 T 0.793 0.011 0.014 0.019 0.034 0.017 0.112 109 V 0.911 0.008 0.007 0.017 0.014 0.013 0.031 110 L 0.909 0.015 0.002 0.020 0.006 0.008 0.040 111 V 0.818 0.017 0.002 0.009 0.013 0.008 0.133 112 E 0.277 0.006 0.009 0.015 0.070 0.481 0.143 113 N 0.058 0.006 0.011 0.005 0.245 0.536 0.140 114 T 0.101 0.030 0.005 0.003 0.286 0.028 0.548 115 P 0.167 0.061 0.006 0.003 0.094 0.064 0.604 116 I 0.180 0.071 0.031 0.006 0.131 0.066 0.515 117 D 0.168 0.022 0.045 0.011 0.226 0.061 0.468 118 Y 0.125 0.035 0.090 0.032 0.178 0.159 0.381 119 L 0.129 0.079 0.065 0.036 0.150 0.082 0.459 120 D 0.102 0.055 0.055 0.027 0.097 0.088 0.577 121 F 0.036 0.022 0.080 0.028 0.108 0.427 0.299 122 A 0.041 0.040 0.056 0.027 0.245 0.340 0.253 123 S 0.026 0.029 0.013 0.008 0.482 0.041 0.401 124 P 0.022 0.026 0.029 0.016 0.236 0.218 0.454 125 V 0.026 0.035 0.073 0.018 0.207 0.339 0.301 126 S 0.016 0.016 0.096 0.023 0.187 0.494 0.167 127 G 0.020 0.013 0.071 0.024 0.241 0.442 0.189 128 L 0.068 0.052 0.050 0.055 0.252 0.155 0.368 129 G 0.118 0.045 0.031 0.015 0.240 0.155 0.395 130 S 0.218 0.017 0.018 0.009 0.188 0.096 0.453 131 K 0.634 0.008 0.012 0.016 0.141 0.035 0.155 132 M 0.902 0.005 0.005 0.015 0.011 0.005 0.058 133 G 0.944 0.004 0.002 0.019 0.003 0.003 0.025 134 L 0.936 0.004 0.003 0.030 0.003 0.002 0.022 135 D 0.892 0.003 0.002 0.027 0.006 0.006 0.063 136 A 0.438 0.006 0.024 0.037 0.056 0.098 0.342 137 T 0.213 0.020 0.029 0.038 0.302 0.140 0.259 138 N 0.111 0.019 0.007 0.008 0.472 0.032 0.351 139 K 0.052 0.023 0.008 0.005 0.259 0.064 0.589 140 W 0.020 0.016 0.010 0.005 0.211 0.045 0.693 141 P 0.016 0.009 0.057 0.023 0.203 0.361 0.331 142 G 0.019 0.009 0.077 0.046 0.214 0.449 0.185 143 E 0.053 0.026 0.097 0.084 0.217 0.156 0.366 144 T 0.129 0.039 0.057 0.088 0.149 0.087 0.452 145 Q 0.201 0.042 0.061 0.093 0.139 0.122 0.342 146 R 0.204 0.022 0.062 0.074 0.160 0.108 0.370 147 E 0.223 0.036 0.054 0.059 0.142 0.129 0.357 148 W 0.159 0.021 0.031 0.025 0.147 0.249 0.367 149 G 0.106 0.011 0.021 0.011 0.249 0.196 0.406 150 R 0.150 0.016 0.013 0.014 0.243 0.024 0.541 151 P 0.225 0.040 0.014 0.018 0.042 0.032 0.630 152 I 0.289 0.044 0.028 0.015 0.054 0.037 0.534 153 K 0.259 0.029 0.023 0.019 0.073 0.080 0.516 154 K 0.063 0.022 0.011 0.012 0.223 0.048 0.621 155 D 0.005 0.004 0.001 0.005 0.071 0.002 0.912 156 P 0.001 0.001 0.026 0.818 0.012 0.130 0.013 157 D 0.001 0.001 0.033 0.872 0.005 0.085 0.005 158 V 0.001 0.001 0.013 0.972 0.001 0.009 0.005 159 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.003 160 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.001 161 H 0.001 0.001 0.004 0.958 0.001 0.030 0.006 162 I 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.007 0.006 163 D 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.009 0.002 164 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.001 165 I 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.015 0.004 166 W 0.001 0.001 0.006 0.981 0.002 0.008 0.003 167 D 0.001 0.001 0.021 0.935 0.004 0.033 0.005 168 E 0.001 0.001 0.026 0.876 0.005 0.087 0.004 169 L 0.004 0.002 0.025 0.681 0.012 0.259 0.017 170 A 0.019 0.008 0.032 0.325 0.047 0.399 0.171 171 I 0.057 0.016 0.074 0.218 0.096 0.121 0.418 172 F 0.064 0.020 0.075 0.203 0.095 0.134 0.409 173 N 0.030 0.010 0.061 0.129 0.178 0.171 0.421 174 N 0.020 0.008 0.062 0.079 0.246 0.213 0.372 175 G 0.016 0.008 0.038 0.043 0.257 0.247 0.391 176 K 0.014 0.010 0.012 0.018 0.074 0.073 0.799 177 S 0.004 0.001 0.002 0.002 0.009 0.003 0.977