# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.075 0.448 0.303 0.079 0.051 0.016 0.003 0.002 0.021 0.001 0.001 2 Y 0.048 0.410 0.352 0.016 0.060 0.049 0.013 0.003 0.043 0.005 0.001 3 T 0.066 0.271 0.474 0.100 0.008 0.040 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 4 G 0.029 0.024 0.181 0.024 0.146 0.005 0.053 0.260 0.003 0.275 0.001 5 R 0.011 0.317 0.569 0.001 0.026 0.010 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 6 P 0.015 0.002 0.934 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 7 P 0.200 0.002 0.724 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 8 D 0.184 0.069 0.152 0.345 0.039 0.055 0.054 0.068 0.029 0.005 0.001 9 E 0.141 0.190 0.499 0.007 0.030 0.026 0.010 0.001 0.094 0.003 0.001 10 P 0.747 0.004 0.190 0.032 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 11 A 0.629 0.109 0.090 0.078 0.048 0.011 0.009 0.009 0.013 0.003 0.001 12 V 0.671 0.156 0.081 0.038 0.015 0.023 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 13 L 0.778 0.059 0.059 0.066 0.004 0.022 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 14 G 0.849 0.025 0.027 0.034 0.024 0.006 0.010 0.015 0.003 0.007 0.001 15 V 0.918 0.028 0.023 0.015 0.005 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 16 A 0.958 0.005 0.020 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.954 0.003 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.963 0.004 0.009 0.014 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.974 0.003 0.006 0.009 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.983 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.951 0.003 0.004 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.991 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 P 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.979 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.989 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.939 0.003 0.002 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.724 0.014 0.013 0.242 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 F 0.127 0.057 0.087 0.008 0.006 0.018 0.058 0.002 0.636 0.001 0.001 30 P 0.569 0.001 0.372 0.021 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 31 E 0.399 0.069 0.140 0.188 0.055 0.019 0.063 0.055 0.006 0.005 0.001 32 I 0.069 0.272 0.535 0.008 0.010 0.081 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 33 V 0.597 0.145 0.050 0.170 0.004 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 34 D 0.104 0.503 0.171 0.060 0.089 0.030 0.018 0.001 0.023 0.001 0.001 35 F 0.027 0.805 0.058 0.016 0.072 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 Y 0.027 0.571 0.156 0.031 0.055 0.060 0.015 0.001 0.080 0.004 0.001 37 L 0.005 0.498 0.265 0.002 0.029 0.023 0.005 0.001 0.172 0.001 0.001 38 P 0.008 0.003 0.936 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 39 P 0.542 0.003 0.330 0.027 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 40 E 0.355 0.069 0.167 0.211 0.085 0.013 0.042 0.034 0.010 0.011 0.001 41 G 0.215 0.055 0.187 0.112 0.155 0.020 0.065 0.109 0.016 0.064 0.001 42 C 0.267 0.161 0.249 0.134 0.102 0.037 0.017 0.008 0.015 0.008 0.002 43 S 0.338 0.148 0.107 0.264 0.056 0.032 0.018 0.011 0.018 0.006 0.001 44 Y 0.149 0.361 0.213 0.072 0.122 0.027 0.017 0.005 0.029 0.004 0.001 45 R 0.316 0.137 0.224 0.154 0.021 0.088 0.032 0.004 0.021 0.001 0.003 46 L 0.025 0.708 0.119 0.017 0.100 0.012 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 47 A 0.010 0.823 0.106 0.002 0.039 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 48 V 0.009 0.878 0.079 0.002 0.010 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 49 V 0.015 0.831 0.085 0.003 0.031 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 50 T 0.021 0.711 0.156 0.005 0.021 0.047 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 51 I 0.073 0.421 0.385 0.005 0.019 0.070 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 52 K 0.681 0.085 0.125 0.061 0.007 0.029 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 53 K 0.362 0.317 0.182 0.026 0.056 0.030 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 54 Q 0.449 0.214 0.132 0.124 0.020 0.027 0.010 0.002 0.019 0.002 0.001 55 Y 0.209 0.251 0.165 0.062 0.072 0.028 0.022 0.003 0.172 0.015 0.001 56 A 0.677 0.008 0.255 0.024 0.004 0.008 0.007 0.004 0.001 0.009 0.003 57 G 0.674 0.001 0.008 0.019 0.004 0.001 0.015 0.227 0.001 0.050 0.001 58 H 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.946 0.002 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.814 0.005 0.007 0.156 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 69 F 0.636 0.026 0.052 0.203 0.009 0.027 0.028 0.005 0.011 0.002 0.001 70 L 0.560 0.052 0.142 0.147 0.013 0.039 0.021 0.004 0.019 0.003 0.001 71 R 0.750 0.022 0.051 0.088 0.022 0.010 0.031 0.016 0.003 0.006 0.001 72 Q 0.570 0.043 0.034 0.263 0.017 0.024 0.030 0.006 0.011 0.002 0.001 73 F 0.311 0.162 0.139 0.250 0.025 0.057 0.018 0.004 0.032 0.001 0.001 74 M 0.357 0.168 0.149 0.164 0.055 0.038 0.038 0.006 0.023 0.003 0.001 75 Y 0.181 0.105 0.094 0.393 0.040 0.048 0.084 0.022 0.031 0.003 0.001 76 T 0.047 0.288 0.508 0.048 0.068 0.023 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 77 K 0.176 0.399 0.238 0.087 0.056 0.022 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 78 F 0.012 0.679 0.214 0.008 0.050 0.019 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 79 V 0.004 0.866 0.067 0.002 0.017 0.011 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 80 I 0.003 0.764 0.159 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 81 V 0.007 0.509 0.312 0.002 0.004 0.117 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 82 C 0.040 0.529 0.203 0.028 0.020 0.121 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 83 D 0.065 0.138 0.277 0.049 0.165 0.183 0.030 0.001 0.080 0.007 0.004 84 D 0.767 0.009 0.017 0.188 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.201 0.100 0.090 0.455 0.029 0.032 0.038 0.007 0.044 0.001 0.002 86 V 0.131 0.407 0.236 0.097 0.034 0.037 0.009 0.002 0.046 0.001 0.001 87 N 0.024 0.104 0.265 0.021 0.039 0.305 0.061 0.002 0.171 0.006 0.001 88 A 0.658 0.027 0.054 0.222 0.007 0.015 0.004 0.005 0.004 0.003 0.002 89 R 0.598 0.053 0.101 0.186 0.029 0.014 0.008 0.005 0.004 0.003 0.001 90 D 0.088 0.053 0.232 0.089 0.028 0.211 0.016 0.002 0.273 0.007 0.001 91 W 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.941 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 W 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.955 0.006 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 T 0.490 0.011 0.006 0.486 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.182 0.039 0.060 0.207 0.033 0.039 0.364 0.042 0.030 0.004 0.001 102 M 0.078 0.439 0.229 0.105 0.055 0.057 0.006 0.001 0.029 0.002 0.001 103 D 0.009 0.120 0.344 0.003 0.040 0.180 0.014 0.001 0.287 0.001 0.001 104 P 0.838 0.004 0.084 0.041 0.002 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 105 A 0.734 0.013 0.040 0.189 0.004 0.007 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 106 R 0.337 0.108 0.074 0.400 0.030 0.011 0.018 0.004 0.014 0.001 0.001 107 D 0.078 0.145 0.256 0.151 0.037 0.105 0.164 0.005 0.057 0.001 0.002 108 T 0.047 0.598 0.210 0.027 0.087 0.015 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 109 V 0.019 0.812 0.106 0.006 0.026 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 110 L 0.024 0.535 0.360 0.005 0.010 0.044 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 111 V 0.015 0.611 0.121 0.004 0.012 0.037 0.003 0.001 0.198 0.001 0.001 112 E 0.073 0.028 0.860 0.008 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 113 N 0.040 0.019 0.038 0.194 0.028 0.033 0.416 0.212 0.016 0.004 0.001 114 T 0.013 0.397 0.473 0.002 0.034 0.016 0.004 0.001 0.060 0.001 0.001 115 P 0.211 0.025 0.585 0.047 0.001 0.090 0.002 0.001 0.004 0.001 0.035 116 I 0.127 0.387 0.236 0.083 0.092 0.031 0.012 0.005 0.023 0.003 0.001 117 D 0.087 0.286 0.275 0.054 0.078 0.089 0.031 0.004 0.091 0.003 0.001 118 Y 0.316 0.179 0.199 0.178 0.038 0.043 0.012 0.005 0.026 0.003 0.002 119 L 0.187 0.221 0.301 0.127 0.048 0.062 0.014 0.005 0.029 0.004 0.001 120 D 0.105 0.221 0.300 0.081 0.048 0.117 0.034 0.005 0.084 0.004 0.001 121 F 0.418 0.073 0.154 0.236 0.018 0.035 0.035 0.011 0.014 0.003 0.002 122 A 0.249 0.099 0.259 0.236 0.049 0.024 0.023 0.031 0.012 0.016 0.001 123 S 0.084 0.231 0.431 0.006 0.070 0.019 0.022 0.003 0.117 0.016 0.001 124 P 0.346 0.003 0.446 0.022 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 125 V 0.395 0.173 0.191 0.108 0.033 0.028 0.020 0.011 0.035 0.004 0.002 126 S 0.264 0.041 0.397 0.194 0.011 0.020 0.050 0.004 0.010 0.005 0.003 127 G 0.046 0.006 0.039 0.040 0.043 0.005 0.141 0.611 0.003 0.066 0.001 128 L 0.241 0.131 0.310 0.256 0.021 0.024 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 129 G 0.089 0.045 0.180 0.108 0.120 0.010 0.063 0.204 0.010 0.170 0.001 130 S 0.115 0.204 0.457 0.061 0.105 0.028 0.008 0.006 0.010 0.006 0.002 131 K 0.155 0.386 0.269 0.081 0.056 0.024 0.006 0.003 0.017 0.002 0.001 132 M 0.060 0.532 0.232 0.035 0.099 0.020 0.004 0.002 0.014 0.002 0.001 133 G 0.046 0.645 0.115 0.012 0.139 0.018 0.003 0.002 0.018 0.002 0.001 134 L 0.044 0.753 0.105 0.007 0.042 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 135 D 0.077 0.440 0.249 0.025 0.030 0.100 0.009 0.001 0.067 0.001 0.001 136 A 0.178 0.247 0.242 0.093 0.124 0.049 0.025 0.008 0.026 0.006 0.003 137 T 0.229 0.269 0.118 0.277 0.058 0.018 0.007 0.003 0.017 0.002 0.001 138 N 0.077 0.160 0.231 0.096 0.097 0.076 0.196 0.014 0.037 0.015 0.001 139 K 0.136 0.177 0.502 0.078 0.014 0.049 0.009 0.001 0.028 0.002 0.003 140 W 0.040 0.182 0.612 0.004 0.016 0.025 0.012 0.001 0.102 0.003 0.002 141 P 0.102 0.003 0.830 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 142 G 0.107 0.011 0.073 0.038 0.044 0.003 0.032 0.614 0.002 0.077 0.001 143 E 0.199 0.146 0.466 0.092 0.026 0.039 0.010 0.002 0.016 0.002 0.002 144 T 0.116 0.284 0.372 0.101 0.070 0.024 0.009 0.004 0.014 0.005 0.001 145 Q 0.227 0.201 0.267 0.135 0.076 0.043 0.019 0.008 0.020 0.004 0.001 146 R 0.191 0.255 0.347 0.063 0.060 0.026 0.010 0.003 0.040 0.003 0.001 147 E 0.330 0.179 0.329 0.077 0.010 0.047 0.003 0.001 0.020 0.001 0.002 148 W 0.140 0.175 0.324 0.235 0.046 0.020 0.033 0.004 0.015 0.007 0.001 149 G 0.051 0.020 0.127 0.036 0.083 0.004 0.064 0.375 0.004 0.235 0.001 150 R 0.023 0.359 0.518 0.002 0.019 0.013 0.003 0.001 0.062 0.001 0.001 151 P 0.070 0.006 0.865 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 152 I 0.304 0.231 0.237 0.089 0.026 0.081 0.007 0.003 0.021 0.001 0.001 153 K 0.219 0.398 0.196 0.057 0.081 0.021 0.009 0.001 0.016 0.002 0.001 154 K 0.085 0.227 0.413 0.163 0.040 0.054 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 155 D 0.005 0.112 0.678 0.001 0.024 0.050 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 156 P 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.940 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 158 V 0.919 0.001 0.002 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 V 0.982 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.927 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 I 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 W 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 L 0.554 0.004 0.006 0.433 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 A 0.396 0.018 0.044 0.043 0.021 0.015 0.340 0.072 0.022 0.028 0.001 171 I 0.460 0.132 0.197 0.147 0.011 0.034 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 172 F 0.349 0.071 0.266 0.201 0.030 0.041 0.016 0.004 0.014 0.006 0.001 173 N 0.328 0.090 0.122 0.164 0.045 0.055 0.122 0.023 0.040 0.010 0.001 174 N 0.284 0.064 0.115 0.430 0.011 0.024 0.042 0.005 0.022 0.001 0.001 175 G 0.121 0.037 0.186 0.062 0.096 0.011 0.062 0.265 0.006 0.152 0.001 176 K 0.225 0.155 0.258 0.259 0.020 0.037 0.018 0.003 0.021 0.003 0.002 177 S 0.114 0.160 0.286 0.100 0.130 0.022 0.063 0.046 0.016 0.062 0.001