# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.116 0.237 0.070 0.009 0.357 0.009 0.029 0.055 0.042 0.041 0.035 2 Y 0.179 0.140 0.061 0.021 0.241 0.019 0.031 0.086 0.066 0.085 0.070 3 T 0.059 0.187 0.126 0.060 0.156 0.034 0.090 0.096 0.073 0.085 0.035 4 G 0.058 0.083 0.163 0.146 0.072 0.056 0.033 0.067 0.072 0.195 0.054 5 R 0.017 0.388 0.387 0.043 0.072 0.008 0.024 0.031 0.012 0.010 0.008 6 P 0.016 0.479 0.334 0.025 0.087 0.009 0.006 0.021 0.009 0.006 0.009 7 P 0.030 0.113 0.040 0.012 0.072 0.048 0.162 0.252 0.214 0.038 0.019 8 D 0.037 0.101 0.114 0.016 0.045 0.009 0.012 0.102 0.144 0.371 0.050 9 E 0.052 0.148 0.070 0.015 0.092 0.011 0.024 0.343 0.165 0.052 0.028 10 P 0.030 0.061 0.016 0.011 0.057 0.025 0.057 0.483 0.176 0.055 0.028 11 A 0.072 0.092 0.024 0.005 0.123 0.006 0.022 0.418 0.148 0.067 0.024 12 V 0.077 0.056 0.016 0.005 0.119 0.009 0.025 0.516 0.084 0.072 0.021 13 L 0.054 0.084 0.023 0.017 0.081 0.014 0.031 0.481 0.111 0.075 0.030 14 G 0.025 0.032 0.027 0.056 0.039 0.049 0.045 0.505 0.116 0.084 0.021 15 V 0.023 0.108 0.038 0.012 0.078 0.009 0.044 0.548 0.101 0.029 0.010 16 A 0.036 0.039 0.015 0.006 0.036 0.010 0.053 0.662 0.089 0.034 0.021 17 L 0.020 0.049 0.017 0.012 0.033 0.022 0.057 0.489 0.206 0.081 0.013 18 N 0.017 0.076 0.032 0.014 0.031 0.015 0.028 0.556 0.159 0.064 0.010 19 E 0.006 0.019 0.010 0.002 0.015 0.011 0.028 0.727 0.162 0.013 0.007 20 V 0.004 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.019 0.788 0.138 0.022 0.003 21 F 0.004 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.580 0.283 0.107 0.004 22 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.935 0.057 0.001 0.001 23 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.964 0.019 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.900 0.063 0.016 0.001 25 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.775 0.197 0.018 0.001 26 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.058 0.661 0.259 0.004 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.121 0.703 0.112 0.055 0.002 28 Q 0.005 0.011 0.016 0.014 0.009 0.072 0.295 0.179 0.178 0.210 0.012 29 F 0.108 0.152 0.024 0.015 0.133 0.005 0.013 0.199 0.173 0.064 0.114 30 P 0.014 0.084 0.025 0.004 0.041 0.019 0.057 0.355 0.365 0.031 0.006 31 E 0.016 0.055 0.011 0.002 0.051 0.002 0.034 0.168 0.242 0.410 0.009 32 I 0.607 0.013 0.002 0.001 0.151 0.002 0.006 0.014 0.022 0.031 0.152 33 V 0.005 0.031 0.014 0.080 0.040 0.281 0.305 0.169 0.060 0.011 0.004 34 D 0.326 0.084 0.015 0.001 0.443 0.001 0.004 0.024 0.015 0.041 0.046 35 F 0.195 0.121 0.013 0.005 0.562 0.010 0.009 0.024 0.011 0.012 0.039 36 Y 0.292 0.046 0.011 0.003 0.342 0.004 0.008 0.011 0.010 0.077 0.196 37 L 0.035 0.513 0.240 0.023 0.142 0.003 0.006 0.008 0.004 0.011 0.014 38 P 0.004 0.521 0.405 0.021 0.036 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 39 P 0.011 0.032 0.022 0.010 0.023 0.026 0.065 0.376 0.403 0.022 0.009 40 E 0.008 0.031 0.033 0.027 0.014 0.046 0.090 0.421 0.266 0.050 0.014 41 G 0.016 0.019 0.009 0.020 0.017 0.015 0.022 0.098 0.166 0.593 0.026 42 C 0.066 0.052 0.022 0.013 0.079 0.016 0.047 0.255 0.223 0.192 0.036 43 S 0.070 0.074 0.030 0.014 0.092 0.023 0.063 0.170 0.214 0.195 0.055 44 Y 0.052 0.285 0.090 0.024 0.223 0.024 0.040 0.114 0.065 0.068 0.017 45 R 0.365 0.046 0.008 0.008 0.279 0.011 0.038 0.060 0.036 0.063 0.085 46 L 0.199 0.148 0.023 0.011 0.549 0.012 0.011 0.011 0.006 0.009 0.020 47 A 0.120 0.130 0.005 0.001 0.728 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 48 V 0.472 0.021 0.002 0.001 0.453 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.041 49 V 0.178 0.154 0.016 0.007 0.571 0.012 0.014 0.011 0.002 0.005 0.030 50 T 0.351 0.103 0.010 0.001 0.464 0.001 0.003 0.005 0.002 0.006 0.056 51 I 0.240 0.170 0.036 0.014 0.275 0.013 0.011 0.051 0.040 0.055 0.093 52 K 0.056 0.281 0.084 0.032 0.195 0.036 0.064 0.121 0.072 0.040 0.019 53 K 0.104 0.170 0.048 0.009 0.168 0.018 0.070 0.208 0.100 0.052 0.052 54 Q 0.057 0.108 0.045 0.033 0.079 0.051 0.124 0.173 0.105 0.160 0.066 55 Y 0.052 0.282 0.252 0.061 0.099 0.023 0.016 0.091 0.039 0.051 0.035 56 A 0.009 0.057 0.032 0.046 0.023 0.094 0.085 0.546 0.089 0.012 0.007 57 G 0.005 0.032 0.031 0.050 0.013 0.045 0.045 0.579 0.084 0.097 0.019 58 H 0.006 0.006 0.004 0.002 0.004 0.003 0.010 0.828 0.076 0.056 0.005 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.071 0.007 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.037 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.016 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.029 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.054 0.004 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.039 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.041 0.003 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.876 0.094 0.008 0.001 67 W 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.812 0.145 0.010 0.001 68 S 0.003 0.010 0.004 0.003 0.005 0.008 0.073 0.754 0.112 0.025 0.003 69 F 0.012 0.016 0.009 0.006 0.012 0.008 0.048 0.583 0.139 0.156 0.011 70 L 0.019 0.062 0.018 0.008 0.037 0.012 0.031 0.535 0.229 0.038 0.011 71 R 0.014 0.029 0.012 0.014 0.021 0.024 0.053 0.515 0.255 0.050 0.011 72 Q 0.022 0.019 0.007 0.011 0.032 0.019 0.130 0.490 0.181 0.075 0.013 73 F 0.056 0.068 0.022 0.018 0.073 0.024 0.063 0.274 0.204 0.159 0.039 74 M 0.101 0.101 0.033 0.016 0.143 0.018 0.057 0.172 0.151 0.147 0.060 75 Y 0.160 0.081 0.031 0.008 0.163 0.012 0.030 0.072 0.119 0.238 0.086 76 T 0.143 0.225 0.110 0.017 0.362 0.012 0.023 0.013 0.013 0.043 0.040 77 K 0.288 0.063 0.013 0.025 0.307 0.063 0.114 0.021 0.013 0.034 0.058 78 F 0.195 0.049 0.006 0.004 0.728 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 79 V 0.164 0.019 0.001 0.001 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 80 I 0.171 0.038 0.001 0.001 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 81 V 0.396 0.039 0.003 0.001 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.091 82 C 0.151 0.238 0.055 0.036 0.241 0.017 0.018 0.010 0.009 0.100 0.124 83 D 0.018 0.240 0.441 0.113 0.129 0.012 0.004 0.014 0.017 0.006 0.006 84 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.153 0.401 0.387 0.036 0.002 85 D 0.072 0.110 0.046 0.003 0.180 0.002 0.037 0.077 0.127 0.296 0.050 86 V 0.074 0.373 0.135 0.006 0.289 0.003 0.006 0.014 0.026 0.038 0.036 87 N 0.294 0.077 0.041 0.001 0.401 0.001 0.004 0.006 0.005 0.014 0.157 88 A 0.043 0.026 0.003 0.001 0.046 0.003 0.006 0.164 0.538 0.130 0.039 89 R 0.007 0.010 0.010 0.022 0.013 0.067 0.242 0.157 0.170 0.287 0.014 90 D 0.207 0.232 0.076 0.002 0.268 0.001 0.003 0.033 0.026 0.104 0.049 91 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.587 0.405 0.004 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.869 0.116 0.003 0.001 93 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.118 0.029 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.082 0.005 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.066 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.967 0.027 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.903 0.084 0.004 0.001 99 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.729 0.198 0.021 0.001 100 T 0.004 0.137 0.028 0.008 0.022 0.025 0.107 0.364 0.178 0.123 0.005 101 R 0.055 0.022 0.009 0.005 0.043 0.009 0.088 0.217 0.120 0.353 0.080 102 M 0.033 0.134 0.105 0.061 0.098 0.099 0.204 0.072 0.071 0.094 0.030 103 D 0.317 0.079 0.017 0.002 0.506 0.001 0.003 0.005 0.004 0.004 0.063 104 P 0.013 0.042 0.008 0.001 0.034 0.001 0.005 0.227 0.625 0.038 0.006 105 A 0.010 0.012 0.004 0.001 0.016 0.007 0.094 0.382 0.375 0.093 0.006 106 R 0.054 0.097 0.020 0.006 0.102 0.008 0.058 0.245 0.173 0.214 0.024 107 D 0.233 0.076 0.014 0.003 0.339 0.004 0.016 0.082 0.052 0.095 0.086 108 T 0.211 0.138 0.021 0.003 0.362 0.006 0.011 0.067 0.075 0.051 0.057 109 V 0.181 0.188 0.029 0.002 0.526 0.003 0.007 0.022 0.010 0.010 0.021 110 L 0.296 0.113 0.023 0.007 0.352 0.005 0.014 0.040 0.016 0.047 0.086 111 V 0.083 0.237 0.231 0.081 0.224 0.025 0.012 0.030 0.019 0.028 0.030 112 E 0.010 0.041 0.032 0.057 0.028 0.132 0.336 0.248 0.084 0.024 0.008 113 N 0.079 0.064 0.074 0.025 0.080 0.012 0.018 0.031 0.070 0.399 0.149 114 T 0.044 0.411 0.212 0.021 0.233 0.007 0.008 0.017 0.015 0.016 0.014 115 P 0.131 0.227 0.090 0.012 0.299 0.011 0.035 0.065 0.049 0.034 0.047 116 I 0.082 0.116 0.048 0.027 0.125 0.038 0.088 0.084 0.162 0.156 0.075 117 D 0.125 0.170 0.111 0.031 0.255 0.015 0.027 0.061 0.061 0.084 0.061 118 Y 0.074 0.142 0.047 0.008 0.147 0.010 0.027 0.194 0.207 0.115 0.029 119 L 0.058 0.181 0.101 0.026 0.129 0.024 0.056 0.105 0.131 0.150 0.039 120 D 0.294 0.080 0.030 0.006 0.373 0.004 0.021 0.055 0.031 0.022 0.086 121 F 0.039 0.052 0.016 0.004 0.064 0.007 0.018 0.301 0.366 0.112 0.022 122 A 0.043 0.093 0.046 0.014 0.073 0.016 0.069 0.169 0.171 0.263 0.043 123 S 0.068 0.285 0.177 0.021 0.220 0.010 0.028 0.091 0.048 0.033 0.020 124 P 0.050 0.146 0.127 0.020 0.088 0.032 0.069 0.191 0.162 0.072 0.043 125 V 0.054 0.156 0.137 0.043 0.111 0.037 0.067 0.127 0.118 0.105 0.044 126 S 0.027 0.147 0.090 0.105 0.052 0.148 0.220 0.095 0.058 0.036 0.021 127 G 0.016 0.021 0.054 0.186 0.014 0.053 0.016 0.026 0.053 0.475 0.086 128 L 0.112 0.143 0.054 0.042 0.171 0.052 0.133 0.083 0.077 0.078 0.056 129 G 0.087 0.087 0.058 0.056 0.099 0.025 0.019 0.050 0.098 0.299 0.122 130 S 0.082 0.232 0.070 0.031 0.223 0.022 0.040 0.093 0.094 0.086 0.027 131 K 0.296 0.081 0.020 0.010 0.258 0.013 0.040 0.070 0.055 0.086 0.070 132 M 0.192 0.190 0.053 0.037 0.359 0.024 0.022 0.033 0.020 0.031 0.039 133 G 0.131 0.226 0.042 0.016 0.504 0.010 0.008 0.027 0.008 0.012 0.016 134 L 0.344 0.084 0.013 0.006 0.382 0.011 0.012 0.024 0.010 0.018 0.096 135 D 0.341 0.043 0.009 0.004 0.361 0.007 0.018 0.015 0.007 0.032 0.162 136 A 0.208 0.104 0.024 0.003 0.293 0.003 0.007 0.055 0.077 0.146 0.079 137 T 0.079 0.132 0.051 0.021 0.138 0.034 0.090 0.140 0.162 0.120 0.032 138 N 0.051 0.159 0.199 0.107 0.107 0.035 0.045 0.082 0.072 0.109 0.034 139 K 0.081 0.176 0.138 0.068 0.127 0.048 0.059 0.072 0.058 0.107 0.067 140 W 0.051 0.310 0.283 0.058 0.156 0.020 0.020 0.041 0.023 0.015 0.023 141 P 0.021 0.146 0.101 0.063 0.046 0.138 0.195 0.171 0.078 0.025 0.015 142 G 0.025 0.060 0.072 0.094 0.039 0.034 0.035 0.103 0.115 0.366 0.056 143 E 0.166 0.083 0.020 0.009 0.173 0.025 0.056 0.131 0.122 0.124 0.091 144 T 0.048 0.234 0.109 0.036 0.145 0.023 0.033 0.115 0.112 0.108 0.037 145 Q 0.102 0.081 0.046 0.020 0.130 0.022 0.035 0.160 0.160 0.185 0.059 146 R 0.085 0.194 0.090 0.018 0.180 0.015 0.053 0.173 0.093 0.070 0.028 147 E 0.107 0.104 0.066 0.026 0.111 0.027 0.058 0.191 0.096 0.147 0.067 148 W 0.029 0.270 0.248 0.097 0.102 0.042 0.066 0.084 0.026 0.023 0.013 149 G 0.049 0.061 0.090 0.094 0.042 0.042 0.020 0.054 0.071 0.383 0.093 150 R 0.013 0.452 0.382 0.009 0.094 0.003 0.007 0.025 0.010 0.004 0.002 151 P 0.080 0.402 0.102 0.004 0.254 0.005 0.016 0.064 0.029 0.021 0.023 152 I 0.098 0.189 0.059 0.009 0.248 0.019 0.066 0.092 0.101 0.076 0.044 153 K 0.089 0.260 0.090 0.005 0.260 0.011 0.041 0.104 0.053 0.057 0.030 154 K 0.036 0.247 0.236 0.043 0.113 0.035 0.054 0.036 0.029 0.131 0.040 155 D 0.181 0.172 0.040 0.001 0.563 0.001 0.001 0.011 0.003 0.002 0.025 156 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.535 0.437 0.014 0.001 157 D 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.013 0.771 0.095 0.098 0.004 158 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.090 0.058 0.001 159 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.002 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.019 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.016 0.003 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.041 0.009 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.026 0.003 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.037 0.011 0.001 166 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.084 0.008 0.001 167 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.874 0.108 0.004 0.001 168 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.864 0.070 0.018 0.001 169 L 0.017 0.111 0.037 0.006 0.053 0.005 0.024 0.501 0.136 0.101 0.009 170 A 0.030 0.026 0.012 0.011 0.023 0.014 0.037 0.492 0.165 0.155 0.036 171 I 0.045 0.070 0.028 0.012 0.078 0.026 0.099 0.395 0.125 0.097 0.025 172 F 0.046 0.151 0.095 0.041 0.117 0.042 0.089 0.218 0.093 0.075 0.033 173 N 0.081 0.080 0.056 0.038 0.098 0.034 0.070 0.202 0.133 0.160 0.048 174 N 0.044 0.143 0.094 0.057 0.100 0.053 0.110 0.127 0.108 0.131 0.033 175 G 0.038 0.071 0.078 0.081 0.052 0.033 0.026 0.088 0.101 0.353 0.079 176 K 0.067 0.217 0.096 0.023 0.162 0.021 0.053 0.122 0.092 0.105 0.042 177 S 0.081 0.300 0.132 0.015 0.224 0.011 0.027 0.083 0.047 0.045 0.034