# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.113 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.154 0.151 0.146 0.162 0.179 0.154 0.055 2 Y 0.092 0.088 0.097 0.142 0.201 0.248 0.132 3 T 0.080 0.069 0.074 0.117 0.179 0.275 0.205 4 G 0.079 0.100 0.118 0.168 0.191 0.205 0.139 5 R 0.107 0.144 0.162 0.206 0.181 0.128 0.072 6 P 0.101 0.130 0.153 0.190 0.188 0.150 0.088 7 P 0.159 0.176 0.187 0.182 0.146 0.098 0.052 8 D 0.231 0.256 0.201 0.131 0.079 0.058 0.044 9 E 0.058 0.069 0.108 0.184 0.249 0.239 0.092 10 P 0.067 0.127 0.166 0.197 0.194 0.180 0.069 11 A 0.067 0.109 0.147 0.194 0.195 0.207 0.081 12 V 0.057 0.071 0.089 0.147 0.202 0.304 0.129 13 L 0.049 0.047 0.059 0.105 0.172 0.328 0.242 14 G 0.101 0.113 0.125 0.166 0.179 0.211 0.104 15 V 0.151 0.178 0.188 0.193 0.146 0.105 0.038 16 A 0.131 0.126 0.132 0.171 0.186 0.184 0.070 17 L 0.109 0.105 0.131 0.188 0.212 0.194 0.061 18 N 0.104 0.174 0.159 0.180 0.175 0.159 0.049 19 E 0.123 0.200 0.250 0.230 0.131 0.053 0.012 20 V 0.056 0.120 0.181 0.253 0.226 0.142 0.022 21 F 0.028 0.028 0.038 0.083 0.232 0.459 0.132 22 V 0.028 0.071 0.150 0.282 0.287 0.163 0.019 23 P 0.115 0.283 0.283 0.195 0.087 0.030 0.007 24 I 0.031 0.067 0.150 0.293 0.287 0.152 0.021 25 L 0.022 0.021 0.035 0.120 0.344 0.396 0.062 26 Q 0.112 0.259 0.291 0.222 0.088 0.024 0.003 27 K 0.244 0.343 0.207 0.123 0.056 0.022 0.004 28 Q 0.041 0.112 0.196 0.273 0.236 0.125 0.018 29 F 0.039 0.075 0.138 0.265 0.290 0.163 0.031 30 P 0.197 0.277 0.221 0.153 0.091 0.045 0.017 31 E 0.159 0.328 0.236 0.160 0.074 0.033 0.010 32 I 0.012 0.029 0.059 0.163 0.283 0.327 0.127 33 V 0.037 0.122 0.185 0.229 0.208 0.157 0.062 34 D 0.040 0.081 0.124 0.192 0.220 0.224 0.119 35 F 0.021 0.028 0.033 0.063 0.137 0.346 0.372 36 Y 0.029 0.044 0.062 0.121 0.222 0.310 0.211 37 L 0.043 0.053 0.075 0.115 0.163 0.255 0.295 38 P 0.061 0.070 0.087 0.147 0.187 0.245 0.204 39 P 0.062 0.084 0.094 0.126 0.177 0.249 0.209 40 E 0.053 0.081 0.113 0.148 0.166 0.209 0.231 41 G 0.079 0.065 0.074 0.110 0.179 0.264 0.229 42 C 0.066 0.063 0.067 0.096 0.146 0.249 0.313 43 S 0.047 0.071 0.085 0.119 0.132 0.243 0.304 44 Y 0.053 0.057 0.072 0.105 0.165 0.239 0.309 45 R 0.026 0.036 0.071 0.147 0.202 0.264 0.255 46 L 0.020 0.020 0.033 0.059 0.109 0.272 0.487 47 A 0.019 0.026 0.023 0.043 0.080 0.267 0.542 48 V 0.006 0.013 0.026 0.060 0.111 0.277 0.508 49 V 0.007 0.015 0.029 0.071 0.131 0.359 0.388 50 T 0.012 0.053 0.117 0.241 0.250 0.248 0.078 51 I 0.011 0.023 0.043 0.136 0.315 0.400 0.074 52 K 0.078 0.262 0.292 0.224 0.102 0.037 0.005 53 K 0.190 0.340 0.237 0.143 0.065 0.022 0.002 54 Q 0.127 0.264 0.280 0.208 0.091 0.027 0.003 55 Y 0.103 0.178 0.255 0.262 0.156 0.043 0.004 56 A 0.347 0.282 0.185 0.114 0.050 0.017 0.003 57 G 0.374 0.351 0.165 0.072 0.029 0.008 0.001 58 H 0.080 0.163 0.223 0.244 0.195 0.085 0.010 59 A 0.049 0.051 0.071 0.200 0.336 0.255 0.038 60 K 0.033 0.166 0.286 0.299 0.156 0.054 0.006 61 R 0.034 0.107 0.223 0.316 0.228 0.078 0.014 62 V 0.007 0.011 0.023 0.060 0.148 0.399 0.353 63 M 0.008 0.018 0.039 0.110 0.230 0.376 0.219 64 M 0.014 0.057 0.122 0.199 0.217 0.226 0.165 65 G 0.005 0.015 0.027 0.073 0.186 0.406 0.287 66 V 0.002 0.004 0.006 0.018 0.062 0.277 0.630 67 W 0.005 0.017 0.040 0.107 0.201 0.344 0.285 68 S 0.015 0.044 0.089 0.137 0.200 0.291 0.225 69 F 0.021 0.032 0.055 0.112 0.191 0.318 0.271 70 L 0.041 0.070 0.106 0.182 0.218 0.261 0.122 71 R 0.107 0.126 0.130 0.173 0.195 0.181 0.088 72 Q 0.103 0.106 0.110 0.143 0.176 0.229 0.133 73 F 0.055 0.054 0.072 0.125 0.232 0.293 0.169 74 M 0.036 0.064 0.087 0.128 0.170 0.267 0.248 75 Y 0.028 0.060 0.102 0.164 0.177 0.227 0.243 76 T 0.016 0.028 0.044 0.092 0.166 0.307 0.347 77 K 0.005 0.015 0.044 0.115 0.229 0.318 0.274 78 F 0.002 0.003 0.010 0.038 0.107 0.372 0.467 79 V 0.002 0.003 0.004 0.008 0.038 0.282 0.664 80 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.051 0.319 0.615 81 V 0.001 0.003 0.015 0.070 0.211 0.440 0.259 82 C 0.002 0.010 0.022 0.079 0.237 0.472 0.177 83 D 0.012 0.043 0.116 0.265 0.305 0.208 0.051 84 D 0.083 0.270 0.268 0.189 0.114 0.064 0.012 85 D 0.139 0.219 0.222 0.209 0.137 0.063 0.012 86 V 0.062 0.081 0.126 0.201 0.256 0.229 0.044 87 N 0.087 0.140 0.182 0.221 0.187 0.149 0.034 88 A 0.048 0.057 0.082 0.157 0.260 0.311 0.085 89 R 0.058 0.114 0.170 0.231 0.237 0.156 0.035 90 D 0.075 0.155 0.196 0.200 0.187 0.143 0.044 91 W 0.046 0.058 0.087 0.164 0.277 0.289 0.079 92 N 0.086 0.178 0.233 0.245 0.163 0.078 0.016 93 D 0.037 0.113 0.227 0.272 0.222 0.107 0.023 94 V 0.019 0.018 0.032 0.093 0.219 0.417 0.202 95 I 0.013 0.023 0.032 0.072 0.170 0.395 0.294 96 W 0.012 0.031 0.056 0.104 0.162 0.302 0.333 97 A 0.011 0.018 0.043 0.104 0.174 0.304 0.346 98 I 0.012 0.019 0.025 0.049 0.099 0.323 0.474 99 T 0.030 0.034 0.046 0.090 0.150 0.297 0.352 100 T 0.025 0.053 0.085 0.159 0.197 0.284 0.197 101 R 0.024 0.049 0.075 0.147 0.226 0.292 0.187 102 M 0.014 0.029 0.042 0.097 0.183 0.388 0.247 103 D 0.043 0.096 0.127 0.187 0.223 0.220 0.104 104 P 0.026 0.059 0.092 0.146 0.203 0.288 0.186 105 A 0.050 0.131 0.177 0.219 0.173 0.152 0.098 106 R 0.016 0.056 0.095 0.169 0.231 0.292 0.141 107 D 0.008 0.017 0.034 0.088 0.211 0.378 0.264 108 T 0.007 0.016 0.036 0.077 0.169 0.393 0.302 109 V 0.005 0.013 0.023 0.054 0.136 0.382 0.386 110 L 0.006 0.015 0.033 0.090 0.219 0.403 0.234 111 V 0.013 0.026 0.051 0.126 0.280 0.342 0.162 112 E 0.154 0.275 0.236 0.171 0.092 0.051 0.021 113 N 0.103 0.210 0.221 0.210 0.149 0.086 0.021 114 T 0.019 0.039 0.081 0.191 0.359 0.263 0.048 115 P 0.073 0.158 0.187 0.238 0.195 0.117 0.032 116 I 0.015 0.041 0.069 0.138 0.216 0.333 0.189 117 D 0.005 0.034 0.075 0.161 0.261 0.312 0.151 118 Y 0.002 0.006 0.027 0.103 0.232 0.333 0.298 119 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.032 0.272 0.684 120 D 0.003 0.008 0.013 0.033 0.095 0.287 0.561 121 F 0.003 0.005 0.009 0.026 0.085 0.255 0.617 122 A 0.003 0.008 0.014 0.045 0.143 0.341 0.446 123 S 0.010 0.040 0.077 0.151 0.204 0.289 0.229 124 P 0.024 0.103 0.159 0.226 0.214 0.179 0.095 125 V 0.093 0.153 0.181 0.209 0.185 0.128 0.052 126 S 0.106 0.148 0.184 0.191 0.169 0.132 0.070 127 G 0.079 0.111 0.138 0.165 0.187 0.202 0.118 128 L 0.035 0.044 0.069 0.130 0.215 0.296 0.211 129 G 0.030 0.049 0.063 0.101 0.167 0.311 0.280 130 S 0.012 0.022 0.033 0.070 0.139 0.291 0.433 131 K 0.005 0.009 0.019 0.047 0.094 0.229 0.597 132 M 0.001 0.002 0.005 0.012 0.038 0.207 0.734 133 G 0.001 0.002 0.006 0.021 0.062 0.207 0.701 134 L 0.002 0.005 0.008 0.014 0.038 0.198 0.736 135 D 0.003 0.006 0.013 0.044 0.132 0.326 0.476 136 A 0.002 0.004 0.009 0.028 0.103 0.408 0.445 137 T 0.005 0.019 0.045 0.133 0.296 0.378 0.125 138 N 0.013 0.070 0.161 0.268 0.272 0.184 0.033 139 K 0.065 0.175 0.219 0.245 0.184 0.094 0.019 140 W 0.112 0.156 0.215 0.251 0.182 0.077 0.007 141 P 0.520 0.263 0.122 0.060 0.025 0.009 0.002 142 G 0.525 0.251 0.126 0.065 0.025 0.007 0.001 143 E 0.439 0.240 0.161 0.103 0.045 0.012 0.001 144 T 0.479 0.287 0.135 0.068 0.023 0.006 0.001 145 Q 0.373 0.273 0.189 0.110 0.044 0.010 0.001 146 R 0.209 0.227 0.249 0.200 0.094 0.020 0.001 147 E 0.414 0.284 0.158 0.094 0.039 0.011 0.001 148 W 0.123 0.153 0.233 0.276 0.169 0.044 0.002 149 G 0.277 0.300 0.226 0.129 0.054 0.014 0.001 150 R 0.252 0.270 0.236 0.165 0.065 0.012 0.001 151 P 0.356 0.322 0.170 0.095 0.043 0.014 0.001 152 I 0.059 0.116 0.236 0.326 0.211 0.050 0.002 153 K 0.232 0.326 0.229 0.142 0.058 0.013 0.001 154 K 0.282 0.374 0.227 0.092 0.022 0.002 0.001 155 D 0.272 0.323 0.236 0.129 0.035 0.004 0.001 156 P 0.728 0.212 0.047 0.011 0.002 0.001 0.001 157 D 0.545 0.339 0.091 0.021 0.003 0.001 0.001 158 V 0.034 0.067 0.167 0.413 0.279 0.040 0.001 159 V 0.056 0.265 0.386 0.233 0.056 0.006 0.001 160 A 0.456 0.420 0.098 0.023 0.004 0.001 0.001 161 H 0.037 0.182 0.366 0.294 0.103 0.017 0.001 162 I 0.007 0.015 0.055 0.244 0.479 0.194 0.006 163 D 0.108 0.364 0.354 0.144 0.027 0.003 0.001 164 A 0.359 0.470 0.129 0.033 0.007 0.002 0.001 165 I 0.039 0.103 0.204 0.322 0.247 0.081 0.003 166 W 0.038 0.077 0.176 0.343 0.285 0.077 0.003 167 D 0.352 0.378 0.183 0.067 0.016 0.003 0.001 168 E 0.238 0.321 0.253 0.135 0.042 0.011 0.001 169 L 0.066 0.077 0.146 0.271 0.303 0.129 0.008 170 A 0.252 0.232 0.206 0.181 0.097 0.030 0.003 171 I 0.374 0.216 0.163 0.137 0.083 0.026 0.002 172 F 0.409 0.254 0.179 0.109 0.041 0.008 0.001 173 N 0.605 0.253 0.093 0.038 0.009 0.001 0.001 174 N 0.738 0.179 0.056 0.020 0.005 0.001 0.001 175 G 0.753 0.168 0.053 0.020 0.005 0.001 0.001 176 K 0.771 0.154 0.049 0.021 0.005 0.001 0.001 177 S 0.821 0.127 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001