# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 231 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.309 0.024 0.010 0.012 0.266 0.379 2 Y 0.354 0.074 0.007 0.009 0.147 0.408 3 T 0.153 0.028 0.004 0.011 0.146 0.658 4 G 0.055 0.007 0.002 0.007 0.091 0.837 5 R 0.065 0.032 0.002 0.013 0.141 0.746 6 P 0.037 0.011 0.010 0.047 0.208 0.687 7 P 0.023 0.008 0.045 0.267 0.229 0.428 8 D 0.017 0.009 0.061 0.402 0.242 0.269 9 E 0.013 0.006 0.071 0.500 0.226 0.184 10 P 0.011 0.004 0.062 0.536 0.190 0.197 11 A 0.013 0.006 0.054 0.648 0.136 0.142 12 V 0.016 0.006 0.061 0.749 0.102 0.067 13 L 0.014 0.004 0.035 0.807 0.079 0.061 14 G 0.014 0.002 0.033 0.782 0.080 0.088 15 V 0.010 0.001 0.036 0.828 0.068 0.057 16 A 0.007 0.002 0.032 0.873 0.052 0.033 17 L 0.005 0.002 0.031 0.888 0.038 0.036 18 N 0.006 0.001 0.022 0.816 0.056 0.098 19 E 0.005 0.001 0.028 0.869 0.047 0.051 20 V 0.005 0.003 0.025 0.872 0.044 0.050 21 F 0.004 0.002 0.015 0.913 0.028 0.038 22 V 0.005 0.001 0.014 0.907 0.029 0.043 23 P 0.002 0.001 0.016 0.932 0.025 0.025 24 I 0.001 0.001 0.015 0.969 0.009 0.005 25 L 0.002 0.001 0.042 0.919 0.024 0.012 26 Q 0.001 0.001 0.135 0.816 0.038 0.010 27 K 0.002 0.001 0.123 0.756 0.085 0.035 28 Q 0.003 0.003 0.069 0.660 0.133 0.132 29 F 0.015 0.009 0.052 0.093 0.528 0.303 30 P 0.019 0.001 0.064 0.030 0.590 0.297 31 E 0.250 0.008 0.101 0.028 0.470 0.143 32 I 0.744 0.012 0.022 0.007 0.156 0.059 33 V 0.857 0.003 0.007 0.004 0.047 0.081 34 D 0.924 0.004 0.004 0.002 0.017 0.049 35 F 0.916 0.004 0.002 0.003 0.018 0.057 36 Y 0.884 0.005 0.002 0.004 0.027 0.078 37 L 0.733 0.021 0.002 0.003 0.070 0.170 38 P 0.381 0.028 0.008 0.006 0.396 0.181 39 P 0.064 0.005 0.066 0.010 0.765 0.089 40 E 0.035 0.005 0.091 0.010 0.801 0.058 41 G 0.081 0.008 0.061 0.010 0.762 0.078 42 C 0.236 0.021 0.022 0.020 0.406 0.296 43 S 0.479 0.057 0.016 0.014 0.260 0.174 44 Y 0.514 0.021 0.019 0.011 0.302 0.132 45 R 0.498 0.005 0.014 0.006 0.289 0.189 46 L 0.847 0.004 0.002 0.001 0.066 0.079 47 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 48 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 50 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 51 I 0.944 0.002 0.002 0.003 0.017 0.032 52 K 0.731 0.002 0.013 0.007 0.126 0.122 53 K 0.535 0.011 0.040 0.011 0.225 0.179 54 Q 0.330 0.048 0.021 0.007 0.231 0.363 55 Y 0.094 0.022 0.006 0.008 0.339 0.532 56 A 0.004 0.001 0.096 0.333 0.420 0.146 57 G 0.001 0.001 0.101 0.756 0.123 0.018 58 H 0.001 0.001 0.075 0.892 0.030 0.002 59 A 0.001 0.001 0.013 0.973 0.008 0.004 60 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 61 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 62 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 64 M 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 65 G 0.001 0.001 0.008 0.978 0.009 0.005 66 V 0.001 0.001 0.008 0.960 0.016 0.016 67 W 0.002 0.002 0.023 0.908 0.034 0.031 68 S 0.004 0.004 0.042 0.667 0.114 0.170 69 F 0.006 0.003 0.094 0.464 0.192 0.241 70 L 0.005 0.004 0.175 0.298 0.335 0.184 71 R 0.007 0.005 0.268 0.157 0.429 0.135 72 Q 0.017 0.010 0.275 0.095 0.492 0.112 73 F 0.041 0.013 0.234 0.048 0.536 0.129 74 M 0.082 0.012 0.174 0.030 0.503 0.199 75 Y 0.215 0.024 0.111 0.016 0.439 0.195 76 T 0.546 0.009 0.018 0.006 0.248 0.173 77 K 0.817 0.003 0.003 0.001 0.067 0.109 78 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 79 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 80 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 V 0.949 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 82 C 0.794 0.025 0.001 0.003 0.036 0.142 83 D 0.181 0.024 0.017 0.007 0.651 0.119 84 D 0.038 0.004 0.026 0.008 0.824 0.101 85 D 0.023 0.007 0.039 0.006 0.864 0.061 86 V 0.052 0.160 0.030 0.006 0.657 0.094 87 N 0.036 0.023 0.006 0.003 0.810 0.122 88 A 0.009 0.004 0.067 0.009 0.868 0.042 89 R 0.014 0.010 0.030 0.007 0.886 0.053 90 D 0.032 0.047 0.013 0.029 0.784 0.095 91 W 0.001 0.001 0.022 0.916 0.048 0.012 92 N 0.001 0.001 0.011 0.967 0.017 0.003 93 D 0.002 0.001 0.012 0.973 0.011 0.002 94 V 0.003 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 95 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 96 W 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 98 I 0.002 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 99 T 0.003 0.001 0.007 0.970 0.012 0.007 100 T 0.011 0.002 0.023 0.801 0.091 0.072 101 R 0.052 0.021 0.019 0.263 0.283 0.362 102 M 0.039 0.078 0.009 0.046 0.240 0.588 103 D 0.020 0.016 0.011 0.017 0.504 0.431 104 P 0.005 0.002 0.177 0.160 0.566 0.090 105 A 0.010 0.001 0.236 0.079 0.646 0.027 106 R 0.068 0.006 0.101 0.036 0.750 0.039 107 D 0.260 0.020 0.041 0.030 0.390 0.258 108 T 0.725 0.017 0.009 0.017 0.130 0.102 109 V 0.866 0.009 0.004 0.010 0.068 0.043 110 L 0.710 0.022 0.004 0.024 0.100 0.141 111 V 0.457 0.068 0.014 0.032 0.270 0.159 112 E 0.126 0.005 0.019 0.021 0.584 0.245 113 N 0.041 0.003 0.020 0.015 0.718 0.203 114 T 0.182 0.100 0.012 0.007 0.504 0.195 115 P 0.290 0.053 0.008 0.010 0.211 0.428 116 I 0.214 0.064 0.018 0.015 0.274 0.417 117 D 0.118 0.046 0.016 0.013 0.511 0.296 118 Y 0.142 0.043 0.020 0.040 0.417 0.338 119 L 0.126 0.046 0.020 0.021 0.444 0.343 120 D 0.136 0.072 0.020 0.011 0.632 0.129 121 F 0.082 0.027 0.051 0.020 0.617 0.202 122 A 0.037 0.021 0.056 0.015 0.695 0.176 123 S 0.048 0.035 0.048 0.013 0.685 0.171 124 P 0.048 0.059 0.050 0.023 0.459 0.361 125 V 0.036 0.046 0.103 0.042 0.553 0.221 126 S 0.026 0.018 0.100 0.048 0.606 0.202 127 G 0.043 0.022 0.085 0.045 0.644 0.161 128 L 0.061 0.040 0.082 0.041 0.593 0.183 129 G 0.093 0.010 0.020 0.015 0.509 0.352 130 S 0.284 0.008 0.018 0.013 0.357 0.320 131 K 0.700 0.021 0.009 0.009 0.107 0.154 132 M 0.883 0.012 0.005 0.007 0.034 0.060 133 G 0.938 0.004 0.004 0.006 0.018 0.029 134 L 0.928 0.003 0.004 0.005 0.019 0.041 135 D 0.870 0.005 0.008 0.010 0.047 0.060 136 A 0.780 0.006 0.011 0.018 0.071 0.114 137 T 0.658 0.013 0.011 0.020 0.122 0.175 138 N 0.540 0.020 0.008 0.013 0.191 0.229 139 K 0.262 0.022 0.010 0.015 0.269 0.421 140 W 0.088 0.022 0.015 0.024 0.337 0.513 141 P 0.061 0.014 0.035 0.034 0.438 0.418 142 G 0.047 0.012 0.092 0.062 0.500 0.286 143 E 0.046 0.013 0.133 0.068 0.489 0.250 144 T 0.056 0.019 0.104 0.077 0.435 0.307 145 Q 0.076 0.018 0.065 0.061 0.372 0.409 146 R 0.076 0.026 0.056 0.074 0.325 0.443 147 E 0.137 0.036 0.041 0.061 0.263 0.462 148 W 0.116 0.013 0.023 0.044 0.239 0.564 149 G 0.088 0.019 0.013 0.027 0.206 0.648 150 R 0.065 0.012 0.014 0.028 0.184 0.697 151 P 0.079 0.011 0.024 0.041 0.154 0.691 152 I 0.123 0.020 0.044 0.050 0.207 0.556 153 K 0.068 0.020 0.022 0.030 0.170 0.691 154 K 0.018 0.017 0.005 0.020 0.137 0.802 155 D 0.001 0.002 0.001 0.016 0.053 0.927 156 P 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.009 157 D 0.001 0.001 0.005 0.982 0.011 0.002 158 V 0.001 0.001 0.004 0.989 0.006 0.002 159 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.010 0.009 165 I 0.002 0.001 0.001 0.951 0.019 0.026 166 W 0.009 0.003 0.007 0.935 0.030 0.016 167 D 0.006 0.002 0.035 0.868 0.053 0.035 168 E 0.002 0.001 0.054 0.885 0.029 0.029 169 L 0.003 0.002 0.024 0.851 0.031 0.089 170 A 0.002 0.003 0.004 0.038 0.085 0.869 171 I 0.006 0.022 0.019 0.028 0.444 0.481 172 F 0.017 0.012 0.033 0.026 0.623 0.289 173 N 0.011 0.016 0.041 0.014 0.742 0.177 174 N 0.021 0.036 0.047 0.014 0.605 0.276 175 G 0.030 0.031 0.038 0.014 0.507 0.379 176 K 0.023 0.026 0.113 0.027 0.572 0.239 177 S 0.019 0.022 0.057 0.025 0.590 0.287 178 A 0.047 0.063 0.042 0.031 0.437 0.380 179 L 0.052 0.055 0.024 0.029 0.320 0.520 180 E 0.038 0.016 0.032 0.022 0.362 0.530 181 H 0.049 0.022 0.138 0.054 0.388 0.349 182 H 0.115 0.048 0.144 0.044 0.355 0.294 183 H 0.170 0.020 0.105 0.047 0.295 0.362 184 H 0.178 0.028 0.025 0.035 0.187 0.547 185 H 0.087 0.041 0.005 0.026 0.133 0.708 186 H 0.002 0.005 0.001 0.006 0.021 0.966