# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119.098 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.008 0.003 0.001 0.337 0.068 0.130 0.080 0.002 0.001 0.086 0.285 2 Y 0.012 0.002 0.001 0.360 0.093 0.148 0.069 0.001 0.001 0.057 0.258 3 T 0.007 0.001 0.001 0.265 0.059 0.120 0.101 0.001 0.001 0.058 0.388 4 G 0.008 0.001 0.001 0.187 0.039 0.075 0.135 0.001 0.001 0.055 0.499 5 R 0.020 0.002 0.001 0.056 0.036 0.045 0.198 0.004 0.001 0.057 0.582 6 P 0.104 0.015 0.002 0.024 0.012 0.011 0.179 0.003 0.001 0.065 0.584 7 P 0.018 0.036 0.001 0.012 0.007 0.010 0.137 0.006 0.001 0.039 0.732 8 D 0.132 0.562 0.001 0.003 0.002 0.003 0.037 0.012 0.001 0.017 0.229 9 E 0.108 0.673 0.003 0.003 0.002 0.003 0.023 0.010 0.001 0.071 0.104 10 P 0.069 0.637 0.004 0.003 0.002 0.004 0.034 0.003 0.002 0.098 0.142 11 A 0.044 0.629 0.002 0.005 0.007 0.011 0.039 0.006 0.001 0.131 0.124 12 V 0.028 0.832 0.003 0.003 0.004 0.005 0.018 0.007 0.001 0.030 0.069 13 L 0.029 0.832 0.002 0.004 0.002 0.005 0.017 0.006 0.001 0.016 0.088 14 G 0.010 0.196 0.005 0.005 0.004 0.006 0.016 0.002 0.001 0.671 0.083 15 V 0.028 0.743 0.008 0.002 0.002 0.003 0.018 0.009 0.002 0.109 0.076 16 A 0.064 0.734 0.017 0.003 0.001 0.002 0.012 0.013 0.006 0.054 0.092 17 L 0.080 0.573 0.025 0.006 0.002 0.003 0.035 0.012 0.011 0.093 0.162 18 N 0.103 0.640 0.001 0.002 0.001 0.002 0.029 0.006 0.001 0.028 0.188 19 E 0.062 0.154 0.013 0.008 0.002 0.003 0.053 0.007 0.003 0.482 0.214 20 V 0.016 0.534 0.004 0.010 0.003 0.004 0.072 0.005 0.001 0.089 0.261 21 F 0.006 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.003 0.072 22 V 0.030 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.006 0.030 23 P 0.039 0.833 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.040 0.066 24 I 0.050 0.501 0.113 0.002 0.001 0.002 0.024 0.016 0.062 0.130 0.097 25 L 0.368 0.234 0.042 0.003 0.001 0.001 0.034 0.081 0.023 0.064 0.149 26 Q 0.279 0.034 0.006 0.005 0.002 0.003 0.080 0.005 0.005 0.058 0.521 27 K 0.014 0.017 0.002 0.015 0.002 0.004 0.112 0.001 0.001 0.015 0.818 28 Q 0.032 0.043 0.008 0.024 0.003 0.008 0.153 0.007 0.002 0.053 0.667 29 F 0.181 0.025 0.005 0.015 0.015 0.011 0.152 0.039 0.002 0.092 0.464 30 P 0.128 0.015 0.002 0.044 0.009 0.018 0.115 0.003 0.001 0.039 0.626 31 E 0.028 0.011 0.002 0.114 0.018 0.055 0.100 0.003 0.001 0.040 0.629 32 I 0.023 0.006 0.003 0.197 0.027 0.044 0.121 0.003 0.001 0.056 0.519 33 V 0.015 0.005 0.001 0.354 0.101 0.100 0.082 0.007 0.001 0.054 0.282 34 D 0.011 0.003 0.001 0.306 0.042 0.074 0.070 0.001 0.001 0.037 0.455 35 F 0.003 0.001 0.001 0.199 0.099 0.126 0.089 0.001 0.001 0.026 0.457 36 Y 0.002 0.001 0.001 0.225 0.061 0.096 0.109 0.001 0.001 0.029 0.475 37 L 0.023 0.004 0.002 0.106 0.080 0.097 0.113 0.006 0.002 0.072 0.495 38 P 0.383 0.042 0.004 0.039 0.013 0.016 0.075 0.011 0.003 0.112 0.302 39 P 0.167 0.018 0.005 0.016 0.006 0.011 0.098 0.004 0.002 0.088 0.585 40 E 0.036 0.023 0.002 0.020 0.018 0.044 0.126 0.004 0.001 0.053 0.672 41 G 0.134 0.019 0.003 0.019 0.048 0.082 0.123 0.005 0.002 0.090 0.475 42 C 0.052 0.009 0.003 0.030 0.110 0.158 0.130 0.006 0.002 0.076 0.423 43 S 0.022 0.007 0.001 0.026 0.069 0.202 0.141 0.002 0.001 0.054 0.477 44 Y 0.005 0.004 0.001 0.044 0.162 0.327 0.098 0.001 0.001 0.066 0.291 45 R 0.001 0.003 0.001 0.072 0.172 0.465 0.055 0.001 0.001 0.073 0.158 46 L 0.001 0.003 0.001 0.075 0.266 0.426 0.024 0.001 0.001 0.072 0.131 47 A 0.001 0.003 0.001 0.086 0.434 0.407 0.006 0.001 0.001 0.028 0.035 48 V 0.001 0.004 0.001 0.051 0.397 0.452 0.007 0.001 0.001 0.031 0.056 49 V 0.001 0.006 0.001 0.094 0.482 0.296 0.010 0.001 0.001 0.035 0.075 50 T 0.026 0.015 0.004 0.071 0.269 0.315 0.036 0.003 0.003 0.120 0.139 51 I 0.092 0.048 0.003 0.064 0.152 0.176 0.067 0.015 0.003 0.087 0.294 52 K 0.143 0.057 0.003 0.027 0.074 0.101 0.076 0.004 0.004 0.048 0.463 53 K 0.029 0.058 0.011 0.026 0.036 0.049 0.115 0.002 0.006 0.032 0.636 54 Q 0.032 0.165 0.004 0.007 0.025 0.026 0.063 0.010 0.003 0.044 0.620 55 Y 0.118 0.791 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.017 0.056 56 A 0.021 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.014 0.107 57 G 0.008 0.867 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.048 0.061 58 H 0.005 0.891 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.072 0.021 59 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 60 K 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 61 R 0.002 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.007 62 V 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.030 0.005 63 M 0.006 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.029 0.009 64 M 0.029 0.646 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.237 0.063 65 G 0.019 0.666 0.011 0.004 0.001 0.001 0.025 0.006 0.003 0.170 0.094 66 V 0.092 0.696 0.015 0.004 0.001 0.002 0.026 0.024 0.004 0.050 0.085 67 W 0.095 0.486 0.035 0.009 0.002 0.004 0.043 0.015 0.025 0.054 0.232 68 S 0.143 0.253 0.006 0.004 0.002 0.004 0.078 0.006 0.006 0.029 0.470 69 F 0.121 0.292 0.007 0.007 0.002 0.005 0.083 0.017 0.005 0.053 0.408 70 L 0.206 0.231 0.015 0.009 0.002 0.005 0.095 0.017 0.006 0.061 0.353 71 R 0.100 0.195 0.010 0.016 0.005 0.013 0.093 0.007 0.004 0.049 0.508 72 Q 0.090 0.038 0.005 0.012 0.013 0.022 0.115 0.005 0.002 0.154 0.544 73 F 0.080 0.035 0.007 0.040 0.021 0.035 0.138 0.007 0.003 0.170 0.465 74 M 0.121 0.010 0.007 0.053 0.028 0.053 0.147 0.005 0.004 0.096 0.478 75 Y 0.026 0.005 0.003 0.116 0.039 0.068 0.150 0.003 0.001 0.040 0.550 76 T 0.012 0.004 0.001 0.121 0.034 0.043 0.139 0.002 0.001 0.050 0.594 77 K 0.003 0.003 0.001 0.445 0.084 0.066 0.081 0.002 0.001 0.070 0.246 78 F 0.001 0.001 0.001 0.582 0.048 0.075 0.040 0.001 0.001 0.055 0.197 79 V 0.001 0.001 0.001 0.846 0.043 0.032 0.010 0.001 0.001 0.025 0.043 80 I 0.001 0.001 0.001 0.931 0.016 0.012 0.006 0.001 0.001 0.019 0.016 81 V 0.002 0.001 0.001 0.908 0.015 0.021 0.010 0.001 0.001 0.023 0.021 82 C 0.012 0.001 0.001 0.764 0.007 0.027 0.059 0.001 0.001 0.029 0.100 83 D 0.111 0.008 0.001 0.301 0.007 0.024 0.160 0.003 0.002 0.076 0.306 84 D 0.040 0.011 0.001 0.108 0.010 0.029 0.210 0.002 0.002 0.088 0.499 85 D 0.046 0.013 0.002 0.036 0.015 0.026 0.248 0.003 0.002 0.075 0.533 86 V 0.066 0.027 0.001 0.020 0.026 0.041 0.202 0.024 0.001 0.087 0.504 87 N 0.293 0.045 0.001 0.012 0.007 0.012 0.116 0.007 0.001 0.107 0.399 88 A 0.071 0.017 0.003 0.010 0.013 0.024 0.162 0.002 0.001 0.097 0.601 89 R 0.004 0.019 0.001 0.010 0.011 0.030 0.164 0.002 0.001 0.033 0.725 90 D 0.213 0.644 0.001 0.001 0.004 0.005 0.025 0.007 0.001 0.039 0.058 91 W 0.047 0.831 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.028 0.070 92 N 0.013 0.753 0.001 0.002 0.004 0.011 0.025 0.001 0.001 0.031 0.159 93 D 0.006 0.898 0.001 0.004 0.009 0.012 0.012 0.001 0.001 0.022 0.036 94 V 0.010 0.916 0.001 0.004 0.006 0.007 0.009 0.002 0.001 0.019 0.026 95 I 0.008 0.227 0.001 0.014 0.025 0.026 0.007 0.001 0.001 0.665 0.025 96 W 0.006 0.199 0.003 0.015 0.022 0.031 0.014 0.001 0.001 0.650 0.058 97 A 0.024 0.566 0.032 0.034 0.028 0.028 0.031 0.012 0.006 0.142 0.097 98 I 0.138 0.214 0.088 0.056 0.031 0.040 0.057 0.030 0.035 0.122 0.190 99 T 0.188 0.147 0.002 0.016 0.018 0.037 0.083 0.016 0.003 0.055 0.437 100 T 0.114 0.022 0.001 0.015 0.008 0.022 0.094 0.004 0.002 0.048 0.671 101 R 0.020 0.014 0.008 0.026 0.013 0.029 0.204 0.002 0.004 0.035 0.646 102 M 0.008 0.006 0.004 0.015 0.009 0.014 0.125 0.001 0.003 0.014 0.800 103 D 0.395 0.027 0.004 0.013 0.011 0.011 0.101 0.020 0.003 0.118 0.297 104 P 0.275 0.010 0.005 0.017 0.002 0.004 0.107 0.004 0.002 0.150 0.424 105 A 0.032 0.010 0.002 0.035 0.009 0.033 0.141 0.003 0.001 0.054 0.680 106 R 0.017 0.007 0.001 0.044 0.024 0.043 0.145 0.002 0.001 0.072 0.645 107 D 0.004 0.005 0.001 0.162 0.141 0.209 0.111 0.004 0.001 0.134 0.229 108 T 0.005 0.002 0.001 0.265 0.090 0.153 0.068 0.001 0.001 0.130 0.285 109 V 0.003 0.001 0.001 0.352 0.186 0.200 0.050 0.001 0.001 0.063 0.145 110 L 0.006 0.001 0.001 0.409 0.058 0.181 0.068 0.001 0.001 0.093 0.181 111 V 0.157 0.002 0.001 0.209 0.050 0.075 0.095 0.001 0.001 0.140 0.269 112 E 0.012 0.001 0.001 0.075 0.023 0.056 0.177 0.003 0.001 0.069 0.583 113 N 0.039 0.002 0.001 0.030 0.009 0.016 0.187 0.002 0.001 0.033 0.681 114 T 0.094 0.004 0.001 0.037 0.041 0.038 0.206 0.013 0.001 0.088 0.478 115 P 0.068 0.006 0.001 0.017 0.007 0.010 0.163 0.005 0.001 0.050 0.673 116 I 0.056 0.011 0.001 0.025 0.021 0.045 0.178 0.014 0.001 0.051 0.598 117 D 0.081 0.018 0.001 0.046 0.018 0.039 0.173 0.003 0.001 0.085 0.535 118 Y 0.039 0.014 0.003 0.063 0.038 0.085 0.196 0.003 0.001 0.081 0.477 119 L 0.018 0.013 0.002 0.070 0.029 0.065 0.177 0.004 0.001 0.052 0.570 120 D 0.318 0.036 0.002 0.039 0.022 0.029 0.124 0.007 0.001 0.110 0.313 121 F 0.061 0.021 0.002 0.042 0.016 0.037 0.182 0.005 0.001 0.112 0.522 122 A 0.022 0.009 0.001 0.020 0.012 0.031 0.142 0.002 0.001 0.038 0.723 123 S 0.057 0.011 0.003 0.031 0.043 0.059 0.180 0.008 0.002 0.117 0.489 124 P 0.148 0.014 0.002 0.018 0.012 0.018 0.126 0.006 0.001 0.105 0.551 125 V 0.170 0.012 0.002 0.015 0.010 0.016 0.124 0.005 0.001 0.079 0.565 126 S 0.045 0.003 0.001 0.012 0.007 0.014 0.146 0.003 0.001 0.047 0.721 127 G 0.071 0.011 0.001 0.019 0.009 0.020 0.177 0.004 0.001 0.061 0.625 128 L 0.098 0.017 0.001 0.031 0.024 0.027 0.169 0.006 0.001 0.060 0.567 129 G 0.035 0.026 0.001 0.054 0.020 0.037 0.185 0.004 0.001 0.042 0.596 130 S 0.027 0.034 0.001 0.103 0.062 0.083 0.159 0.007 0.001 0.081 0.443 131 K 0.022 0.029 0.001 0.250 0.080 0.104 0.121 0.004 0.001 0.078 0.311 132 M 0.009 0.020 0.002 0.369 0.087 0.143 0.076 0.002 0.001 0.053 0.239 133 G 0.022 0.009 0.003 0.372 0.108 0.148 0.063 0.002 0.001 0.112 0.160 134 L 0.016 0.010 0.003 0.458 0.063 0.093 0.077 0.003 0.002 0.095 0.180 135 D 0.147 0.017 0.006 0.207 0.043 0.103 0.117 0.006 0.004 0.116 0.234 136 A 0.079 0.009 0.002 0.137 0.035 0.104 0.143 0.008 0.002 0.075 0.406 137 T 0.037 0.003 0.001 0.041 0.023 0.056 0.153 0.001 0.001 0.047 0.638 138 N 0.014 0.001 0.001 0.042 0.057 0.090 0.164 0.001 0.001 0.052 0.576 139 K 0.007 0.002 0.001 0.017 0.016 0.028 0.163 0.002 0.001 0.025 0.739 140 W 0.194 0.006 0.002 0.013 0.025 0.025 0.122 0.015 0.002 0.086 0.512 141 P 0.119 0.017 0.003 0.011 0.004 0.007 0.117 0.006 0.001 0.095 0.621 142 G 0.113 0.011 0.002 0.005 0.006 0.012 0.093 0.004 0.001 0.030 0.723 143 E 0.062 0.009 0.001 0.009 0.018 0.035 0.112 0.006 0.001 0.038 0.710 144 T 0.041 0.018 0.001 0.011 0.029 0.053 0.119 0.005 0.001 0.045 0.677 145 Q 0.090 0.020 0.005 0.027 0.041 0.077 0.123 0.009 0.002 0.057 0.551 146 R 0.066 0.006 0.001 0.018 0.068 0.090 0.102 0.006 0.001 0.034 0.608 147 E 0.074 0.006 0.001 0.018 0.039 0.059 0.092 0.001 0.001 0.028 0.682 148 W 0.008 0.003 0.001 0.024 0.047 0.072 0.129 0.003 0.001 0.020 0.692 149 G 0.052 0.020 0.002 0.015 0.030 0.034 0.120 0.006 0.001 0.026 0.695 150 R 0.107 0.011 0.001 0.015 0.085 0.076 0.128 0.049 0.001 0.068 0.459 151 P 0.049 0.018 0.001 0.039 0.022 0.064 0.126 0.004 0.001 0.035 0.643 152 I 0.045 0.011 0.001 0.072 0.039 0.075 0.108 0.001 0.001 0.041 0.608 153 K 0.006 0.012 0.001 0.075 0.056 0.061 0.161 0.001 0.001 0.047 0.582 154 K 0.008 0.079 0.001 0.019 0.019 0.020 0.110 0.005 0.001 0.042 0.696 155 D 0.108 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.009 0.020 156 P 0.050 0.786 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.039 0.104 157 D 0.012 0.884 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.020 0.062 158 V 0.040 0.883 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.001 0.023 0.038 159 V 0.015 0.893 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.050 0.028 160 A 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 0.023 161 H 0.002 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.008 0.023 162 I 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.007 163 D 0.006 0.918 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.039 0.029 164 A 0.007 0.908 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.027 0.035 165 I 0.043 0.837 0.012 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.005 0.047 0.031 166 W 0.087 0.321 0.174 0.003 0.001 0.002 0.021 0.019 0.139 0.103 0.131 167 D 0.441 0.167 0.002 0.002 0.001 0.003 0.051 0.015 0.002 0.041 0.274 168 E 0.085 0.083 0.003 0.012 0.002 0.012 0.070 0.006 0.002 0.060 0.664 169 L 0.028 0.027 0.006 0.027 0.004 0.015 0.151 0.001 0.001 0.038 0.701 170 A 0.019 0.016 0.005 0.060 0.022 0.060 0.120 0.003 0.002 0.091 0.602 171 I 0.102 0.015 0.004 0.019 0.009 0.016 0.131 0.006 0.002 0.085 0.612 172 F 0.343 0.011 0.002 0.020 0.006 0.012 0.083 0.007 0.002 0.077 0.438 173 N 0.103 0.007 0.001 0.009 0.002 0.004 0.081 0.001 0.001 0.035 0.757 174 N 0.010 0.004 0.001 0.009 0.004 0.011 0.125 0.004 0.001 0.020 0.813 175 G 0.219 0.040 0.002 0.013 0.012 0.013 0.101 0.007 0.001 0.044 0.547 176 K 0.078 0.021 0.001 0.013 0.029 0.034 0.134 0.014 0.001 0.057 0.618 177 S 0.057 0.038 0.001 0.018 0.025 0.054 0.133 0.003 0.001 0.036 0.636 178 A 0.046 0.054 0.004 0.030 0.047 0.090 0.129 0.003 0.001 0.040 0.555 179 L 0.056 0.071 0.003 0.016 0.053 0.069 0.125 0.006 0.002 0.040 0.559 180 E 0.193 0.111 0.005 0.010 0.036 0.055 0.081 0.012 0.003 0.057 0.437 181 H 0.119 0.043 0.004 0.009 0.012 0.022 0.079 0.008 0.002 0.049 0.654 182 H 0.104 0.024 0.003 0.007 0.018 0.031 0.076 0.005 0.002 0.050 0.680 183 H 0.054 0.009 0.002 0.008 0.011 0.018 0.073 0.002 0.001 0.035 0.787 184 H 0.044 0.008 0.001 0.008 0.023 0.023 0.090 0.003 0.001 0.037 0.762 185 H 0.031 0.010 0.001 0.009 0.017 0.020 0.119 0.003 0.001 0.036 0.755 186 H 0.036 0.015 0.001 0.012 0.022 0.029 0.154 0.006 0.001 0.042 0.684