# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119.098 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.013 0.017 0.010 0.027 0.027 0.037 0.100 0.150 0.215 0.203 0.199 2 Y 0.036 0.031 0.025 0.070 0.085 0.116 0.176 0.138 0.136 0.104 0.083 3 T 0.029 0.037 0.016 0.048 0.051 0.059 0.138 0.153 0.184 0.149 0.137 4 G 0.083 0.044 0.014 0.064 0.070 0.078 0.120 0.142 0.148 0.138 0.098 5 R 0.094 0.109 0.030 0.125 0.157 0.133 0.132 0.083 0.063 0.043 0.031 6 P 0.048 0.048 0.019 0.080 0.090 0.102 0.156 0.144 0.141 0.102 0.070 7 P 0.144 0.064 0.026 0.087 0.116 0.136 0.158 0.102 0.074 0.054 0.038 8 D 0.123 0.221 0.088 0.213 0.135 0.080 0.066 0.031 0.021 0.013 0.009 9 E 0.043 0.031 0.015 0.041 0.051 0.073 0.142 0.161 0.173 0.159 0.113 10 P 0.168 0.114 0.068 0.155 0.142 0.116 0.106 0.050 0.039 0.024 0.018 11 A 0.050 0.058 0.058 0.140 0.132 0.133 0.176 0.101 0.078 0.046 0.027 12 V 0.027 0.029 0.040 0.097 0.101 0.136 0.171 0.123 0.120 0.090 0.065 13 L 0.007 0.014 0.031 0.039 0.042 0.049 0.123 0.138 0.190 0.181 0.186 14 G 0.012 0.016 0.050 0.059 0.055 0.082 0.159 0.148 0.167 0.143 0.109 15 V 0.021 0.026 0.118 0.134 0.163 0.178 0.169 0.071 0.062 0.038 0.021 16 A 0.023 0.022 0.143 0.078 0.066 0.079 0.162 0.117 0.116 0.102 0.092 17 L 0.004 0.010 0.036 0.035 0.038 0.066 0.158 0.141 0.197 0.184 0.130 18 N 0.009 0.013 0.082 0.041 0.042 0.062 0.163 0.149 0.187 0.150 0.101 19 E 0.054 0.050 0.296 0.188 0.137 0.119 0.086 0.033 0.019 0.011 0.007 20 V 0.015 0.024 0.126 0.073 0.089 0.116 0.217 0.124 0.103 0.071 0.043 21 F 0.001 0.002 0.008 0.009 0.007 0.011 0.049 0.093 0.200 0.287 0.333 22 V 0.001 0.004 0.014 0.029 0.074 0.169 0.306 0.157 0.125 0.074 0.046 23 P 0.196 0.096 0.486 0.127 0.048 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 24 I 0.003 0.008 0.017 0.055 0.105 0.164 0.329 0.152 0.095 0.050 0.024 25 L 0.002 0.002 0.008 0.005 0.004 0.006 0.033 0.076 0.207 0.299 0.359 26 Q 0.004 0.008 0.071 0.186 0.259 0.223 0.166 0.048 0.024 0.009 0.003 27 K 0.018 0.040 0.664 0.147 0.066 0.037 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 28 Q 0.003 0.011 0.013 0.041 0.076 0.185 0.359 0.165 0.086 0.045 0.017 29 F 0.006 0.008 0.006 0.016 0.022 0.040 0.132 0.180 0.216 0.202 0.172 30 P 0.155 0.209 0.216 0.165 0.108 0.064 0.043 0.018 0.012 0.006 0.004 31 E 0.283 0.167 0.107 0.207 0.125 0.062 0.034 0.008 0.004 0.002 0.001 32 I 0.004 0.004 0.003 0.011 0.013 0.020 0.070 0.124 0.213 0.258 0.279 33 V 0.025 0.048 0.045 0.151 0.170 0.195 0.185 0.088 0.056 0.024 0.014 34 D 0.044 0.093 0.127 0.205 0.158 0.135 0.120 0.058 0.035 0.018 0.008 35 F 0.006 0.007 0.007 0.023 0.028 0.049 0.131 0.182 0.213 0.207 0.147 36 Y 0.041 0.055 0.025 0.122 0.146 0.134 0.185 0.117 0.092 0.049 0.034 37 L 0.015 0.021 0.010 0.038 0.044 0.056 0.117 0.148 0.195 0.189 0.166 38 P 0.029 0.055 0.021 0.109 0.130 0.139 0.174 0.133 0.109 0.064 0.036 39 P 0.209 0.101 0.031 0.116 0.105 0.109 0.118 0.080 0.065 0.042 0.024 40 E 0.162 0.089 0.025 0.121 0.108 0.108 0.143 0.093 0.073 0.050 0.028 41 G 0.099 0.054 0.027 0.079 0.065 0.084 0.128 0.114 0.138 0.115 0.097 42 C 0.064 0.053 0.036 0.107 0.097 0.113 0.173 0.116 0.111 0.081 0.050 43 S 0.034 0.043 0.040 0.103 0.106 0.118 0.177 0.131 0.121 0.078 0.049 44 Y 0.016 0.019 0.030 0.078 0.107 0.132 0.216 0.155 0.130 0.082 0.035 45 R 0.009 0.017 0.029 0.097 0.129 0.162 0.243 0.130 0.096 0.060 0.028 46 L 0.002 0.004 0.020 0.021 0.019 0.032 0.090 0.145 0.217 0.259 0.190 47 A 0.002 0.003 0.010 0.015 0.015 0.022 0.102 0.188 0.239 0.254 0.150 48 V 0.001 0.006 0.035 0.037 0.031 0.045 0.126 0.175 0.203 0.198 0.143 49 V 0.001 0.002 0.013 0.010 0.012 0.020 0.087 0.146 0.277 0.263 0.169 50 T 0.011 0.041 0.076 0.187 0.194 0.148 0.189 0.081 0.050 0.017 0.006 51 I 0.002 0.004 0.006 0.012 0.014 0.021 0.093 0.141 0.292 0.263 0.152 52 K 0.026 0.087 0.086 0.304 0.256 0.134 0.079 0.018 0.007 0.002 0.001 53 K 0.134 0.117 0.077 0.171 0.140 0.118 0.129 0.063 0.033 0.013 0.005 54 Q 0.113 0.126 0.076 0.239 0.195 0.119 0.071 0.034 0.017 0.008 0.003 55 Y 0.021 0.086 0.022 0.073 0.084 0.129 0.208 0.153 0.118 0.073 0.032 56 A 0.144 0.122 0.073 0.185 0.187 0.124 0.091 0.038 0.022 0.010 0.004 57 G 0.622 0.151 0.070 0.076 0.038 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 58 H 0.010 0.039 0.032 0.129 0.142 0.165 0.212 0.117 0.087 0.044 0.022 59 A 0.012 0.005 0.012 0.013 0.017 0.035 0.127 0.157 0.233 0.215 0.174 60 K 0.014 0.017 0.091 0.178 0.217 0.224 0.155 0.054 0.030 0.013 0.005 61 R 0.005 0.024 0.232 0.180 0.155 0.143 0.140 0.060 0.036 0.017 0.007 62 V 0.001 0.001 0.006 0.006 0.007 0.014 0.070 0.117 0.210 0.282 0.285 63 M 0.001 0.001 0.009 0.009 0.013 0.031 0.141 0.165 0.232 0.232 0.166 64 M 0.002 0.007 0.264 0.106 0.105 0.108 0.155 0.100 0.076 0.050 0.026 65 G 0.001 0.002 0.026 0.015 0.025 0.066 0.246 0.181 0.175 0.149 0.113 66 V 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.003 0.024 0.066 0.190 0.338 0.363 67 W 0.002 0.003 0.017 0.020 0.030 0.056 0.158 0.179 0.221 0.177 0.139 68 S 0.007 0.011 0.111 0.039 0.039 0.063 0.166 0.146 0.184 0.139 0.096 69 F 0.004 0.005 0.019 0.021 0.028 0.055 0.170 0.159 0.216 0.189 0.134 70 L 0.014 0.012 0.019 0.037 0.036 0.060 0.150 0.161 0.216 0.181 0.114 71 R 0.031 0.027 0.056 0.090 0.114 0.166 0.226 0.118 0.091 0.053 0.028 72 Q 0.017 0.022 0.051 0.048 0.034 0.046 0.115 0.130 0.191 0.183 0.163 73 F 0.022 0.017 0.017 0.038 0.033 0.055 0.135 0.151 0.188 0.185 0.159 74 M 0.033 0.032 0.047 0.080 0.086 0.122 0.190 0.124 0.123 0.094 0.069 75 Y 0.013 0.018 0.044 0.068 0.068 0.081 0.175 0.145 0.173 0.140 0.074 76 T 0.016 0.021 0.029 0.082 0.104 0.107 0.172 0.144 0.164 0.106 0.055 77 K 0.001 0.004 0.009 0.025 0.040 0.067 0.204 0.245 0.217 0.135 0.052 78 F 0.001 0.002 0.005 0.019 0.041 0.108 0.229 0.247 0.185 0.109 0.055 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.127 0.217 0.305 0.296 80 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.055 0.157 0.261 0.284 0.226 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.047 0.118 0.265 0.298 0.258 82 C 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.020 0.080 0.150 0.245 0.253 0.229 83 D 0.004 0.011 0.010 0.061 0.102 0.128 0.238 0.208 0.134 0.067 0.037 84 D 0.205 0.108 0.056 0.215 0.182 0.107 0.071 0.033 0.014 0.006 0.002 85 D 0.043 0.075 0.035 0.183 0.173 0.158 0.155 0.085 0.053 0.027 0.014 86 V 0.004 0.003 0.001 0.009 0.015 0.027 0.070 0.124 0.230 0.252 0.265 87 N 0.066 0.151 0.036 0.151 0.139 0.131 0.151 0.071 0.054 0.028 0.022 88 A 0.021 0.012 0.006 0.025 0.026 0.042 0.099 0.129 0.201 0.213 0.227 89 R 0.116 0.096 0.032 0.159 0.177 0.150 0.125 0.063 0.043 0.022 0.016 90 D 0.019 0.133 0.037 0.142 0.133 0.128 0.157 0.095 0.078 0.049 0.028 91 W 0.007 0.008 0.006 0.030 0.061 0.096 0.172 0.160 0.183 0.156 0.121 92 N 0.149 0.125 0.065 0.187 0.180 0.132 0.105 0.030 0.018 0.007 0.003 93 D 0.003 0.014 0.018 0.135 0.167 0.200 0.273 0.114 0.048 0.019 0.008 94 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.023 0.065 0.188 0.322 0.389 95 I 0.001 0.001 0.005 0.010 0.015 0.037 0.180 0.197 0.215 0.204 0.135 96 W 0.001 0.003 0.140 0.120 0.108 0.121 0.150 0.119 0.106 0.087 0.047 97 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.021 0.154 0.195 0.220 0.236 0.164 98 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.007 0.053 0.142 0.270 0.314 0.200 99 T 0.001 0.003 0.014 0.015 0.020 0.034 0.108 0.147 0.231 0.233 0.195 100 T 0.007 0.015 0.038 0.092 0.109 0.139 0.224 0.166 0.132 0.058 0.021 101 R 0.018 0.034 0.048 0.074 0.086 0.130 0.249 0.156 0.120 0.063 0.022 102 M 0.008 0.010 0.011 0.026 0.025 0.034 0.088 0.140 0.225 0.234 0.197 103 D 0.031 0.092 0.029 0.129 0.163 0.164 0.186 0.102 0.063 0.028 0.013 104 P 0.067 0.056 0.029 0.087 0.086 0.092 0.150 0.143 0.145 0.098 0.046 105 A 0.314 0.116 0.042 0.147 0.118 0.087 0.079 0.043 0.029 0.016 0.009 106 R 0.028 0.044 0.024 0.125 0.118 0.138 0.188 0.137 0.107 0.059 0.031 107 D 0.007 0.011 0.008 0.033 0.042 0.065 0.139 0.177 0.204 0.191 0.125 108 T 0.008 0.013 0.013 0.043 0.052 0.084 0.155 0.165 0.177 0.157 0.133 109 V 0.004 0.006 0.009 0.024 0.041 0.067 0.155 0.198 0.219 0.174 0.103 110 L 0.001 0.004 0.003 0.020 0.029 0.048 0.127 0.167 0.206 0.206 0.189 111 V 0.002 0.004 0.005 0.018 0.026 0.040 0.110 0.162 0.235 0.220 0.177 112 E 0.059 0.056 0.053 0.203 0.180 0.147 0.133 0.080 0.052 0.024 0.013 113 N 0.124 0.117 0.057 0.195 0.139 0.125 0.114 0.062 0.037 0.020 0.010 114 T 0.014 0.020 0.010 0.045 0.053 0.070 0.149 0.179 0.180 0.166 0.115 115 P 0.180 0.192 0.049 0.168 0.124 0.088 0.089 0.044 0.033 0.020 0.014 116 I 0.013 0.008 0.004 0.018 0.025 0.038 0.081 0.123 0.210 0.221 0.259 117 D 0.037 0.056 0.018 0.103 0.110 0.116 0.172 0.142 0.116 0.075 0.055 118 Y 0.020 0.025 0.013 0.071 0.084 0.115 0.198 0.170 0.151 0.098 0.057 119 L 0.005 0.003 0.004 0.009 0.012 0.024 0.064 0.113 0.212 0.256 0.298 120 D 0.007 0.012 0.009 0.048 0.060 0.087 0.154 0.183 0.186 0.149 0.106 121 F 0.006 0.011 0.008 0.030 0.041 0.067 0.151 0.190 0.202 0.175 0.118 122 A 0.017 0.020 0.014 0.041 0.046 0.059 0.125 0.150 0.184 0.178 0.167 123 S 0.027 0.020 0.009 0.046 0.061 0.077 0.138 0.159 0.165 0.152 0.144 124 P 0.102 0.121 0.052 0.176 0.135 0.109 0.102 0.069 0.056 0.043 0.034 125 V 0.125 0.083 0.041 0.111 0.105 0.109 0.131 0.093 0.082 0.069 0.050 126 S 0.202 0.102 0.036 0.104 0.093 0.085 0.101 0.083 0.077 0.064 0.052 127 G 0.156 0.090 0.039 0.106 0.090 0.090 0.110 0.079 0.086 0.075 0.080 128 L 0.044 0.054 0.026 0.091 0.091 0.105 0.151 0.113 0.120 0.105 0.099 129 G 0.070 0.063 0.024 0.084 0.104 0.101 0.132 0.119 0.119 0.098 0.085 130 S 0.019 0.018 0.008 0.041 0.057 0.066 0.120 0.143 0.178 0.172 0.179 131 K 0.009 0.015 0.009 0.050 0.094 0.140 0.194 0.151 0.140 0.105 0.093 132 M 0.003 0.002 0.002 0.007 0.010 0.019 0.078 0.155 0.235 0.249 0.239 133 G 0.003 0.002 0.002 0.007 0.011 0.023 0.081 0.130 0.195 0.242 0.304 134 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.030 0.071 0.176 0.305 0.402 135 D 0.001 0.003 0.003 0.015 0.024 0.045 0.123 0.194 0.221 0.203 0.169 136 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.019 0.082 0.130 0.202 0.261 0.284 137 T 0.006 0.012 0.013 0.058 0.080 0.097 0.178 0.161 0.165 0.137 0.094 138 N 0.032 0.053 0.020 0.145 0.185 0.163 0.157 0.106 0.074 0.043 0.021 139 K 0.083 0.105 0.052 0.166 0.154 0.118 0.124 0.083 0.058 0.039 0.019 140 W 0.059 0.051 0.027 0.093 0.105 0.109 0.183 0.131 0.109 0.084 0.048 141 P 0.304 0.229 0.036 0.113 0.081 0.065 0.068 0.039 0.033 0.020 0.011 142 G 0.400 0.153 0.048 0.133 0.084 0.061 0.048 0.027 0.023 0.015 0.007 143 E 0.503 0.135 0.047 0.075 0.043 0.035 0.046 0.031 0.033 0.028 0.025 144 T 0.156 0.151 0.073 0.145 0.113 0.100 0.119 0.064 0.047 0.023 0.009 145 Q 0.142 0.119 0.067 0.145 0.133 0.121 0.114 0.072 0.048 0.027 0.012 146 R 0.063 0.103 0.119 0.232 0.183 0.113 0.090 0.045 0.028 0.015 0.009 147 E 0.079 0.080 0.110 0.151 0.151 0.128 0.130 0.074 0.056 0.028 0.013 148 W 0.017 0.025 0.022 0.082 0.111 0.129 0.231 0.164 0.118 0.067 0.035 149 G 0.158 0.085 0.060 0.104 0.104 0.112 0.145 0.099 0.069 0.042 0.022 150 R 0.205 0.255 0.137 0.158 0.107 0.057 0.046 0.018 0.011 0.005 0.002 151 P 0.310 0.189 0.089 0.182 0.103 0.057 0.042 0.014 0.008 0.004 0.001 152 I 0.026 0.013 0.006 0.021 0.032 0.051 0.151 0.157 0.200 0.189 0.154 153 K 0.197 0.236 0.162 0.177 0.103 0.053 0.045 0.016 0.007 0.003 0.001 154 K 0.067 0.141 0.081 0.126 0.135 0.175 0.136 0.065 0.035 0.025 0.014 155 D 0.040 0.509 0.088 0.132 0.084 0.052 0.048 0.022 0.013 0.008 0.004 156 P 0.917 0.039 0.017 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.788 0.111 0.063 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.002 0.004 0.020 0.023 0.022 0.114 0.416 0.229 0.113 0.044 0.014 159 V 0.001 0.003 0.035 0.091 0.189 0.317 0.261 0.072 0.022 0.007 0.002 160 A 0.008 0.017 0.951 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.001 0.007 0.140 0.271 0.273 0.207 0.076 0.018 0.005 0.002 0.001 162 I 0.001 0.001 0.017 0.002 0.003 0.006 0.074 0.116 0.237 0.290 0.255 163 D 0.002 0.007 0.324 0.294 0.229 0.103 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 164 A 0.006 0.022 0.897 0.047 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.002 0.007 0.085 0.057 0.069 0.131 0.310 0.153 0.102 0.055 0.028 166 W 0.001 0.001 0.016 0.006 0.011 0.026 0.206 0.211 0.242 0.185 0.095 167 D 0.009 0.031 0.602 0.199 0.098 0.037 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 168 E 0.004 0.021 0.226 0.158 0.172 0.207 0.137 0.042 0.020 0.009 0.003 169 L 0.002 0.002 0.006 0.007 0.011 0.023 0.106 0.180 0.266 0.242 0.156 170 A 0.017 0.031 0.057 0.068 0.083 0.123 0.254 0.129 0.111 0.075 0.050 171 I 0.004 0.014 0.060 0.038 0.038 0.040 0.104 0.122 0.188 0.211 0.182 172 F 0.037 0.086 0.084 0.191 0.181 0.148 0.141 0.065 0.037 0.019 0.011 173 N 0.187 0.156 0.080 0.128 0.114 0.094 0.114 0.058 0.039 0.021 0.011 174 N 0.182 0.122 0.055 0.128 0.125 0.111 0.117 0.063 0.047 0.033 0.017 175 G 0.456 0.253 0.063 0.102 0.053 0.029 0.021 0.009 0.007 0.004 0.003 176 K 0.297 0.179 0.074 0.148 0.107 0.070 0.063 0.029 0.018 0.010 0.005 177 S 0.429 0.188 0.077 0.117 0.066 0.045 0.038 0.017 0.012 0.007 0.004 178 A 0.219 0.165 0.073 0.162 0.112 0.087 0.084 0.043 0.030 0.016 0.008 179 L 0.184 0.076 0.044 0.086 0.097 0.109 0.143 0.102 0.084 0.050 0.024 180 E 0.240 0.192 0.110 0.143 0.093 0.065 0.065 0.037 0.029 0.017 0.010 181 H 0.125 0.098 0.071 0.142 0.114 0.105 0.130 0.088 0.066 0.043 0.018 182 H 0.197 0.105 0.058 0.123 0.116 0.102 0.117 0.076 0.055 0.035 0.017 183 H 0.115 0.118 0.096 0.166 0.124 0.101 0.109 0.073 0.053 0.031 0.015 184 H 0.092 0.074 0.058 0.115 0.110 0.110 0.143 0.114 0.093 0.061 0.029 185 H 0.087 0.075 0.056 0.097 0.099 0.098 0.144 0.122 0.110 0.073 0.041 186 H 0.114 0.106 0.061 0.129 0.120 0.102 0.128 0.097 0.076 0.045 0.022