# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119.098 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.052 0.006 0.006 0.100 0.113 0.147 0.097 0.001 0.001 0.007 0.470 2 Y 0.019 0.004 0.006 0.133 0.163 0.188 0.070 0.001 0.001 0.004 0.414 3 T 0.007 0.002 0.001 0.117 0.132 0.219 0.091 0.001 0.001 0.002 0.428 4 G 0.016 0.002 0.002 0.071 0.089 0.156 0.060 0.001 0.001 0.003 0.600 5 R 0.018 0.003 0.002 0.088 0.051 0.121 0.063 0.001 0.001 0.004 0.650 6 P 0.012 0.001 0.001 0.023 0.013 0.046 0.061 0.001 0.001 0.002 0.842 7 P 0.006 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.963 8 D 0.025 0.002 0.001 0.015 0.009 0.024 0.089 0.001 0.001 0.002 0.833 9 E 0.155 0.007 0.001 0.010 0.005 0.007 0.061 0.001 0.001 0.002 0.752 10 P 0.014 0.016 0.001 0.003 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.938 11 A 0.052 0.074 0.001 0.008 0.010 0.020 0.383 0.001 0.001 0.007 0.446 12 V 0.096 0.446 0.002 0.012 0.009 0.026 0.163 0.001 0.001 0.003 0.242 13 L 0.026 0.878 0.001 0.007 0.007 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.061 14 G 0.038 0.845 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.096 15 V 0.061 0.773 0.008 0.002 0.001 0.003 0.008 0.005 0.001 0.001 0.140 16 A 0.038 0.730 0.004 0.004 0.002 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.201 17 L 0.032 0.832 0.003 0.003 0.002 0.003 0.019 0.007 0.001 0.001 0.097 18 N 0.016 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.056 19 E 0.015 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.063 20 V 0.072 0.864 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.001 0.001 0.040 21 F 0.096 0.851 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.030 22 V 0.007 0.960 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 23 P 0.003 0.210 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.779 24 I 0.080 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.067 25 L 0.022 0.904 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.058 26 Q 0.033 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 27 K 0.127 0.815 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.049 28 Q 0.203 0.607 0.011 0.002 0.004 0.002 0.004 0.043 0.001 0.001 0.124 29 F 0.375 0.231 0.124 0.012 0.005 0.008 0.012 0.030 0.001 0.002 0.201 30 P 0.002 0.003 0.021 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.962 31 E 0.024 0.006 0.002 0.121 0.040 0.051 0.102 0.003 0.001 0.001 0.650 32 I 0.304 0.012 0.005 0.055 0.009 0.018 0.034 0.001 0.001 0.005 0.557 33 V 0.040 0.052 0.003 0.408 0.089 0.113 0.082 0.001 0.001 0.002 0.209 34 D 0.047 0.019 0.001 0.119 0.040 0.063 0.113 0.001 0.001 0.003 0.593 35 F 0.112 0.034 0.003 0.232 0.075 0.129 0.062 0.002 0.001 0.006 0.345 36 Y 0.073 0.031 0.008 0.104 0.080 0.150 0.138 0.004 0.001 0.008 0.404 37 L 0.048 0.014 0.015 0.064 0.049 0.101 0.065 0.002 0.001 0.005 0.636 38 P 0.014 0.006 0.002 0.041 0.041 0.087 0.049 0.001 0.001 0.001 0.759 39 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.968 40 E 0.033 0.008 0.001 0.022 0.027 0.077 0.155 0.001 0.001 0.004 0.673 41 G 0.413 0.017 0.001 0.012 0.014 0.015 0.053 0.003 0.001 0.007 0.465 42 C 0.393 0.113 0.007 0.021 0.021 0.026 0.069 0.001 0.001 0.006 0.342 43 S 0.048 0.063 0.006 0.038 0.064 0.104 0.126 0.002 0.001 0.005 0.543 44 Y 0.063 0.074 0.006 0.060 0.103 0.147 0.078 0.002 0.001 0.006 0.460 45 R 0.041 0.076 0.005 0.086 0.131 0.238 0.081 0.003 0.001 0.008 0.330 46 L 0.032 0.034 0.005 0.115 0.239 0.377 0.054 0.003 0.001 0.007 0.134 47 A 0.010 0.023 0.003 0.262 0.308 0.345 0.013 0.001 0.001 0.001 0.033 48 V 0.003 0.021 0.002 0.247 0.264 0.395 0.011 0.001 0.001 0.001 0.056 49 V 0.002 0.013 0.001 0.324 0.260 0.356 0.008 0.001 0.001 0.001 0.035 50 T 0.004 0.017 0.002 0.283 0.197 0.345 0.031 0.001 0.001 0.001 0.119 51 I 0.006 0.019 0.004 0.240 0.154 0.299 0.052 0.001 0.001 0.002 0.223 52 K 0.008 0.019 0.002 0.174 0.109 0.287 0.086 0.001 0.001 0.003 0.310 53 K 0.022 0.025 0.001 0.055 0.031 0.098 0.111 0.003 0.001 0.005 0.649 54 Q 0.133 0.049 0.004 0.027 0.018 0.032 0.135 0.007 0.001 0.009 0.586 55 Y 0.231 0.065 0.009 0.008 0.008 0.009 0.099 0.004 0.001 0.003 0.564 56 A 0.017 0.022 0.004 0.003 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.927 57 G 0.013 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.162 0.001 0.001 0.002 0.796 58 H 0.248 0.107 0.004 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.001 0.002 0.538 59 A 0.041 0.684 0.001 0.002 0.001 0.003 0.064 0.001 0.001 0.002 0.200 60 K 0.020 0.766 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.174 61 R 0.017 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.106 62 V 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 63 M 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 M 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 65 G 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 66 V 0.009 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 67 W 0.005 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 68 S 0.025 0.935 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.020 69 F 0.047 0.884 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.045 70 L 0.090 0.699 0.023 0.002 0.002 0.003 0.015 0.029 0.001 0.002 0.135 71 R 0.080 0.403 0.084 0.003 0.004 0.005 0.036 0.019 0.001 0.003 0.364 72 Q 0.136 0.449 0.014 0.007 0.011 0.011 0.028 0.025 0.001 0.003 0.318 73 F 0.279 0.358 0.012 0.009 0.012 0.014 0.022 0.020 0.001 0.004 0.270 74 M 0.107 0.268 0.011 0.017 0.044 0.028 0.039 0.019 0.001 0.003 0.464 75 Y 0.141 0.129 0.011 0.038 0.058 0.077 0.068 0.025 0.001 0.008 0.444 76 T 0.168 0.042 0.019 0.093 0.141 0.140 0.108 0.018 0.001 0.012 0.259 77 K 0.044 0.005 0.022 0.182 0.088 0.096 0.083 0.004 0.001 0.006 0.470 78 F 0.014 0.001 0.022 0.388 0.166 0.187 0.059 0.001 0.001 0.004 0.158 79 V 0.002 0.001 0.002 0.672 0.159 0.121 0.015 0.001 0.001 0.001 0.028 80 I 0.001 0.001 0.001 0.552 0.129 0.136 0.022 0.001 0.001 0.001 0.160 81 V 0.001 0.001 0.001 0.630 0.149 0.182 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 82 C 0.001 0.001 0.001 0.578 0.081 0.152 0.033 0.001 0.001 0.001 0.155 83 D 0.001 0.001 0.001 0.431 0.130 0.176 0.043 0.001 0.001 0.003 0.216 84 D 0.001 0.001 0.001 0.162 0.044 0.099 0.109 0.001 0.001 0.006 0.579 85 D 0.019 0.001 0.001 0.063 0.023 0.048 0.298 0.001 0.001 0.030 0.518 86 V 0.274 0.002 0.002 0.058 0.033 0.036 0.185 0.001 0.001 0.080 0.327 87 N 0.107 0.006 0.002 0.011 0.015 0.014 0.473 0.001 0.001 0.012 0.358 88 A 0.027 0.003 0.006 0.008 0.004 0.007 0.063 0.001 0.001 0.005 0.876 89 R 0.028 0.010 0.002 0.018 0.014 0.030 0.475 0.001 0.001 0.010 0.412 90 D 0.088 0.005 0.001 0.002 0.003 0.006 0.590 0.001 0.001 0.016 0.288 91 W 0.078 0.074 0.006 0.007 0.004 0.007 0.097 0.001 0.001 0.006 0.721 92 N 0.015 0.063 0.001 0.002 0.002 0.003 0.391 0.001 0.001 0.009 0.513 93 D 0.032 0.219 0.001 0.002 0.002 0.005 0.422 0.003 0.001 0.012 0.302 94 V 0.021 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.089 95 I 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 96 W 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 97 A 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 98 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 99 T 0.019 0.950 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.013 100 T 0.043 0.873 0.017 0.002 0.002 0.002 0.002 0.040 0.001 0.001 0.019 101 R 0.215 0.498 0.019 0.005 0.004 0.004 0.003 0.124 0.001 0.001 0.127 102 M 0.177 0.214 0.396 0.008 0.007 0.010 0.026 0.030 0.001 0.003 0.129 103 D 0.110 0.097 0.064 0.046 0.070 0.070 0.139 0.036 0.001 0.004 0.365 104 P 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.981 105 A 0.016 0.006 0.001 0.024 0.022 0.045 0.387 0.002 0.001 0.014 0.483 106 R 0.611 0.010 0.004 0.014 0.009 0.016 0.094 0.004 0.001 0.057 0.181 107 D 0.406 0.070 0.009 0.116 0.055 0.041 0.076 0.005 0.001 0.012 0.210 108 T 0.094 0.015 0.020 0.164 0.129 0.140 0.093 0.002 0.001 0.010 0.335 109 V 0.011 0.004 0.003 0.281 0.285 0.311 0.038 0.001 0.001 0.001 0.066 110 L 0.004 0.004 0.003 0.294 0.187 0.307 0.050 0.001 0.001 0.001 0.149 111 V 0.003 0.002 0.001 0.195 0.293 0.378 0.037 0.001 0.001 0.001 0.091 112 E 0.002 0.001 0.001 0.089 0.050 0.113 0.040 0.001 0.001 0.002 0.704 113 N 0.011 0.001 0.001 0.104 0.069 0.171 0.174 0.001 0.001 0.013 0.456 114 T 0.188 0.001 0.004 0.085 0.035 0.058 0.202 0.001 0.001 0.038 0.387 115 P 0.007 0.001 0.001 0.014 0.006 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.929 116 I 0.018 0.001 0.002 0.081 0.044 0.102 0.157 0.001 0.001 0.009 0.586 117 D 0.095 0.003 0.001 0.057 0.060 0.084 0.245 0.001 0.001 0.008 0.446 118 Y 0.021 0.003 0.001 0.016 0.014 0.016 0.028 0.001 0.001 0.002 0.899 119 L 0.032 0.007 0.002 0.054 0.061 0.132 0.325 0.001 0.001 0.012 0.375 120 D 0.131 0.010 0.001 0.048 0.036 0.056 0.397 0.002 0.001 0.020 0.299 121 F 0.043 0.021 0.003 0.032 0.011 0.016 0.046 0.001 0.001 0.005 0.823 122 A 0.069 0.024 0.005 0.033 0.027 0.051 0.306 0.002 0.001 0.025 0.458 123 S 0.319 0.020 0.006 0.019 0.020 0.034 0.230 0.003 0.001 0.020 0.329 124 P 0.021 0.008 0.003 0.007 0.006 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.936 125 V 0.057 0.018 0.005 0.013 0.030 0.067 0.192 0.001 0.001 0.010 0.608 126 S 0.167 0.031 0.002 0.019 0.040 0.056 0.104 0.004 0.001 0.008 0.572 127 G 0.222 0.075 0.001 0.019 0.040 0.034 0.075 0.011 0.001 0.008 0.514 128 L 0.249 0.035 0.010 0.013 0.025 0.033 0.153 0.004 0.001 0.020 0.458 129 G 0.106 0.010 0.008 0.029 0.035 0.041 0.193 0.006 0.001 0.019 0.552 130 S 0.167 0.003 0.051 0.096 0.051 0.052 0.117 0.002 0.001 0.020 0.441 131 K 0.021 0.001 0.015 0.170 0.102 0.101 0.130 0.001 0.001 0.006 0.453 132 M 0.006 0.001 0.003 0.444 0.197 0.221 0.044 0.001 0.001 0.002 0.083 133 G 0.002 0.001 0.001 0.498 0.156 0.247 0.027 0.001 0.001 0.001 0.069 134 L 0.001 0.001 0.001 0.623 0.146 0.170 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 135 D 0.001 0.001 0.001 0.476 0.122 0.220 0.040 0.001 0.001 0.001 0.140 136 A 0.003 0.001 0.001 0.556 0.120 0.175 0.034 0.001 0.001 0.003 0.108 137 T 0.007 0.001 0.001 0.254 0.102 0.204 0.158 0.001 0.001 0.009 0.264 138 N 0.028 0.002 0.001 0.152 0.116 0.173 0.098 0.001 0.001 0.012 0.416 139 K 0.027 0.002 0.003 0.066 0.042 0.084 0.098 0.001 0.001 0.009 0.666 140 W 0.038 0.002 0.004 0.038 0.085 0.144 0.139 0.001 0.001 0.007 0.542 141 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 142 G 0.013 0.001 0.001 0.018 0.028 0.066 0.100 0.001 0.001 0.003 0.770 143 E 0.163 0.004 0.001 0.014 0.014 0.030 0.092 0.001 0.001 0.010 0.672 144 T 0.105 0.020 0.001 0.023 0.033 0.035 0.113 0.001 0.001 0.003 0.664 145 Q 0.111 0.024 0.002 0.032 0.033 0.046 0.112 0.001 0.001 0.007 0.631 146 R 0.108 0.046 0.002 0.037 0.042 0.053 0.191 0.001 0.001 0.008 0.512 147 E 0.127 0.044 0.005 0.022 0.042 0.075 0.141 0.003 0.001 0.010 0.531 148 W 0.106 0.047 0.006 0.041 0.077 0.154 0.102 0.004 0.001 0.007 0.456 149 G 0.070 0.014 0.006 0.028 0.030 0.067 0.045 0.004 0.001 0.006 0.730 150 R 0.090 0.009 0.014 0.038 0.059 0.110 0.066 0.002 0.001 0.005 0.607 151 P 0.006 0.001 0.001 0.011 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.961 152 I 0.053 0.003 0.002 0.057 0.026 0.060 0.102 0.001 0.001 0.004 0.691 153 K 0.198 0.007 0.003 0.101 0.027 0.074 0.149 0.002 0.001 0.009 0.429 154 K 0.120 0.009 0.004 0.068 0.013 0.027 0.093 0.002 0.001 0.004 0.660 155 D 0.076 0.004 0.003 0.053 0.010 0.020 0.260 0.001 0.001 0.004 0.570 156 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 157 D 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.493 0.001 0.001 0.002 0.494 158 V 0.215 0.056 0.001 0.009 0.005 0.015 0.346 0.001 0.001 0.025 0.328 159 V 0.092 0.811 0.001 0.007 0.002 0.009 0.018 0.001 0.001 0.002 0.058 160 A 0.037 0.859 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.091 161 H 0.085 0.816 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.087 162 I 0.046 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 163 D 0.009 0.932 0.004 0.001 0.002 0.005 0.004 0.009 0.001 0.001 0.034 164 A 0.029 0.809 0.005 0.002 0.002 0.005 0.015 0.009 0.001 0.001 0.122 165 I 0.088 0.807 0.003 0.002 0.002 0.003 0.013 0.009 0.001 0.001 0.072 166 W 0.048 0.853 0.008 0.005 0.004 0.010 0.018 0.007 0.001 0.002 0.046 167 D 0.013 0.871 0.010 0.009 0.009 0.011 0.006 0.007 0.001 0.001 0.063 168 E 0.079 0.762 0.002 0.005 0.009 0.021 0.010 0.030 0.001 0.001 0.081 169 L 0.209 0.499 0.007 0.011 0.023 0.023 0.011 0.131 0.001 0.002 0.086 170 A 0.391 0.229 0.082 0.014 0.015 0.015 0.025 0.071 0.001 0.005 0.153 171 I 0.053 0.053 0.392 0.032 0.055 0.058 0.039 0.013 0.001 0.002 0.303 172 F 0.007 0.004 0.004 0.036 0.020 0.030 0.026 0.003 0.001 0.001 0.870 173 N 0.072 0.005 0.005 0.052 0.029 0.049 0.164 0.002 0.001 0.006 0.614 174 N 0.065 0.004 0.004 0.021 0.005 0.009 0.090 0.001 0.001 0.006 0.795 175 G 0.075 0.003 0.001 0.021 0.006 0.010 0.353 0.001 0.001 0.018 0.512 176 K 0.393 0.004 0.007 0.022 0.004 0.007 0.155 0.001 0.001 0.033 0.374 177 S 0.051 0.012 0.002 0.018 0.011 0.009 0.257 0.001 0.001 0.005 0.635 178 A 0.059 0.014 0.002 0.014 0.012 0.018 0.166 0.001 0.001 0.010 0.704 179 L 0.102 0.040 0.003 0.036 0.052 0.107 0.258 0.002 0.001 0.017 0.381 180 E 0.125 0.054 0.003 0.017 0.043 0.080 0.272 0.002 0.001 0.012 0.390 181 H 0.074 0.070 0.003 0.019 0.036 0.062 0.043 0.003 0.001 0.003 0.688 182 H 0.075 0.094 0.002 0.023 0.040 0.047 0.087 0.005 0.001 0.005 0.621 183 H 0.176 0.082 0.004 0.016 0.024 0.041 0.219 0.012 0.001 0.016 0.411 184 H 0.293 0.155 0.012 0.030 0.027 0.041 0.095 0.017 0.001 0.009 0.322 185 H 0.204 0.122 0.014 0.019 0.018 0.024 0.109 0.007 0.001 0.008 0.474 186 H 0.065 0.041 0.011 0.011 0.015 0.026 0.078 0.003 0.001 0.005 0.745