# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 231 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.292 0.058 0.026 0.016 0.098 0.036 0.474 2 Y 0.297 0.089 0.020 0.022 0.084 0.061 0.427 3 T 0.162 0.028 0.013 0.017 0.240 0.075 0.465 4 G 0.062 0.015 0.012 0.019 0.411 0.070 0.411 5 R 0.021 0.021 0.011 0.022 0.223 0.041 0.661 6 P 0.011 0.018 0.031 0.051 0.198 0.056 0.636 7 P 0.007 0.007 0.093 0.147 0.167 0.241 0.339 8 D 0.006 0.010 0.137 0.276 0.108 0.236 0.228 9 E 0.004 0.006 0.083 0.433 0.097 0.060 0.316 10 P 0.007 0.005 0.065 0.661 0.043 0.065 0.152 11 A 0.014 0.006 0.057 0.736 0.042 0.059 0.086 12 V 0.015 0.010 0.044 0.790 0.027 0.063 0.052 13 L 0.014 0.004 0.033 0.786 0.021 0.085 0.057 14 G 0.009 0.002 0.024 0.814 0.035 0.068 0.049 15 V 0.006 0.001 0.018 0.881 0.029 0.032 0.033 16 A 0.004 0.002 0.027 0.885 0.015 0.042 0.024 17 L 0.003 0.001 0.037 0.855 0.013 0.075 0.017 18 N 0.003 0.001 0.028 0.889 0.017 0.044 0.018 19 E 0.003 0.001 0.020 0.919 0.011 0.035 0.013 20 V 0.002 0.002 0.016 0.917 0.007 0.044 0.012 21 F 0.002 0.001 0.012 0.922 0.009 0.035 0.018 22 V 0.002 0.001 0.013 0.951 0.008 0.016 0.010 23 P 0.002 0.001 0.011 0.967 0.004 0.012 0.004 24 I 0.001 0.001 0.015 0.965 0.002 0.016 0.002 25 L 0.001 0.001 0.012 0.960 0.003 0.021 0.003 26 Q 0.001 0.001 0.032 0.913 0.005 0.045 0.004 27 K 0.002 0.001 0.023 0.835 0.010 0.121 0.009 28 Q 0.003 0.002 0.028 0.712 0.048 0.164 0.043 29 F 0.014 0.013 0.020 0.102 0.217 0.081 0.554 30 P 0.016 0.002 0.059 0.040 0.130 0.434 0.319 31 E 0.055 0.002 0.073 0.025 0.247 0.407 0.191 32 I 0.465 0.024 0.032 0.021 0.051 0.034 0.373 33 V 0.781 0.008 0.006 0.017 0.028 0.008 0.153 34 D 0.872 0.005 0.004 0.008 0.019 0.007 0.085 35 F 0.839 0.007 0.005 0.008 0.020 0.013 0.108 36 Y 0.732 0.009 0.004 0.007 0.056 0.015 0.178 37 L 0.515 0.029 0.003 0.006 0.094 0.011 0.342 38 P 0.166 0.012 0.005 0.006 0.090 0.019 0.703 39 P 0.027 0.005 0.215 0.102 0.146 0.395 0.108 40 E 0.015 0.005 0.229 0.092 0.191 0.394 0.072 41 G 0.033 0.006 0.284 0.088 0.133 0.327 0.129 42 C 0.110 0.014 0.118 0.069 0.200 0.196 0.293 43 S 0.319 0.024 0.061 0.036 0.161 0.109 0.289 44 Y 0.452 0.017 0.038 0.019 0.165 0.045 0.263 45 R 0.624 0.008 0.017 0.008 0.102 0.022 0.219 46 L 0.875 0.004 0.005 0.002 0.029 0.004 0.081 47 A 0.958 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.027 48 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 49 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 T 0.954 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.036 51 I 0.828 0.008 0.003 0.006 0.023 0.008 0.125 52 K 0.556 0.014 0.011 0.011 0.073 0.041 0.295 53 K 0.183 0.019 0.035 0.035 0.198 0.181 0.349 54 Q 0.039 0.036 0.027 0.050 0.412 0.146 0.290 55 Y 0.007 0.004 0.007 0.036 0.417 0.032 0.498 56 A 0.001 0.002 0.037 0.311 0.122 0.400 0.128 57 G 0.001 0.002 0.031 0.595 0.056 0.287 0.028 58 H 0.002 0.002 0.016 0.858 0.026 0.046 0.052 59 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.004 0.007 0.011 60 K 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.005 0.005 61 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 62 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 63 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 64 M 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.008 0.002 65 G 0.001 0.001 0.004 0.976 0.003 0.014 0.003 66 V 0.001 0.001 0.015 0.949 0.003 0.025 0.005 67 W 0.002 0.001 0.046 0.787 0.013 0.140 0.011 68 S 0.003 0.001 0.059 0.456 0.026 0.435 0.021 69 F 0.005 0.005 0.079 0.192 0.208 0.267 0.245 70 L 0.008 0.007 0.157 0.091 0.188 0.279 0.270 71 R 0.008 0.004 0.170 0.039 0.163 0.485 0.131 72 Q 0.015 0.014 0.257 0.030 0.196 0.259 0.229 73 F 0.040 0.018 0.155 0.022 0.185 0.132 0.449 74 M 0.102 0.027 0.158 0.026 0.180 0.198 0.309 75 Y 0.273 0.031 0.088 0.012 0.109 0.139 0.348 76 T 0.452 0.006 0.010 0.002 0.078 0.018 0.433 77 K 0.798 0.002 0.002 0.001 0.085 0.004 0.109 78 F 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 79 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 80 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 V 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 82 C 0.760 0.009 0.001 0.001 0.028 0.004 0.198 83 D 0.266 0.013 0.006 0.003 0.146 0.022 0.544 84 D 0.062 0.010 0.028 0.006 0.369 0.272 0.254 85 D 0.068 0.035 0.026 0.006 0.253 0.260 0.352 86 V 0.032 0.033 0.009 0.003 0.245 0.027 0.652 87 N 0.029 0.023 0.003 0.002 0.093 0.017 0.832 88 A 0.015 0.017 0.129 0.026 0.152 0.399 0.262 89 R 0.003 0.009 0.049 0.025 0.490 0.293 0.130 90 D 0.003 0.017 0.019 0.047 0.417 0.042 0.456 91 W 0.001 0.001 0.049 0.912 0.006 0.024 0.009 92 N 0.001 0.001 0.017 0.953 0.002 0.027 0.001 93 D 0.001 0.001 0.013 0.975 0.002 0.009 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 95 I 0.003 0.001 0.001 0.985 0.004 0.006 0.002 96 W 0.012 0.001 0.002 0.978 0.001 0.005 0.002 97 A 0.007 0.001 0.004 0.978 0.001 0.007 0.002 98 I 0.015 0.001 0.009 0.944 0.002 0.027 0.002 99 T 0.014 0.001 0.011 0.864 0.013 0.084 0.012 100 T 0.013 0.001 0.015 0.593 0.055 0.290 0.032 101 R 0.032 0.002 0.010 0.142 0.298 0.090 0.427 102 M 0.064 0.044 0.016 0.082 0.199 0.030 0.564 103 D 0.054 0.025 0.018 0.043 0.082 0.023 0.754 104 P 0.006 0.002 0.390 0.128 0.035 0.368 0.071 105 A 0.009 0.001 0.326 0.069 0.073 0.498 0.024 106 R 0.020 0.004 0.423 0.062 0.095 0.323 0.073 107 D 0.135 0.007 0.068 0.034 0.134 0.181 0.441 108 T 0.653 0.009 0.020 0.025 0.069 0.035 0.189 109 V 0.894 0.017 0.007 0.016 0.014 0.008 0.045 110 L 0.860 0.019 0.009 0.037 0.010 0.009 0.057 111 V 0.738 0.018 0.007 0.043 0.023 0.021 0.151 112 E 0.182 0.005 0.020 0.037 0.140 0.312 0.305 113 N 0.033 0.004 0.011 0.006 0.333 0.392 0.221 114 T 0.051 0.020 0.005 0.005 0.477 0.032 0.410 115 P 0.052 0.050 0.010 0.004 0.206 0.042 0.636 116 I 0.067 0.043 0.028 0.010 0.181 0.068 0.602 117 D 0.064 0.032 0.053 0.014 0.230 0.093 0.514 118 Y 0.090 0.025 0.106 0.036 0.250 0.162 0.331 119 L 0.109 0.054 0.112 0.050 0.180 0.126 0.370 120 D 0.067 0.062 0.088 0.035 0.171 0.065 0.512 121 F 0.068 0.019 0.136 0.056 0.154 0.310 0.257 122 A 0.050 0.025 0.096 0.049 0.185 0.332 0.265 123 S 0.058 0.042 0.070 0.039 0.280 0.177 0.335 124 P 0.049 0.041 0.045 0.027 0.213 0.160 0.466 125 V 0.062 0.046 0.083 0.037 0.215 0.158 0.398 126 S 0.033 0.022 0.122 0.036 0.134 0.470 0.183 127 G 0.025 0.017 0.097 0.017 0.136 0.495 0.212 128 L 0.085 0.047 0.076 0.019 0.195 0.254 0.325 129 G 0.152 0.039 0.034 0.011 0.225 0.243 0.296 130 S 0.238 0.012 0.007 0.003 0.192 0.026 0.522 131 K 0.441 0.002 0.004 0.003 0.247 0.016 0.288 132 M 0.942 0.015 0.002 0.002 0.017 0.004 0.019 133 G 0.972 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 134 L 0.974 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 135 D 0.924 0.004 0.002 0.005 0.007 0.004 0.054 136 A 0.577 0.003 0.016 0.010 0.061 0.072 0.262 137 T 0.296 0.024 0.017 0.020 0.222 0.113 0.309 138 N 0.185 0.014 0.010 0.007 0.393 0.048 0.343 139 K 0.160 0.019 0.010 0.010 0.175 0.044 0.582 140 W 0.188 0.113 0.014 0.021 0.121 0.031 0.512 141 P 0.055 0.009 0.051 0.039 0.153 0.122 0.572 142 G 0.030 0.006 0.107 0.056 0.206 0.281 0.315 143 E 0.039 0.017 0.162 0.095 0.162 0.214 0.311 144 T 0.064 0.019 0.100 0.080 0.178 0.159 0.402 145 Q 0.099 0.022 0.103 0.084 0.173 0.132 0.386 146 R 0.158 0.025 0.083 0.076 0.187 0.098 0.373 147 E 0.139 0.029 0.079 0.099 0.154 0.119 0.382 148 W 0.139 0.030 0.040 0.068 0.192 0.081 0.451 149 G 0.091 0.012 0.032 0.028 0.162 0.074 0.602 150 R 0.106 0.027 0.052 0.045 0.149 0.075 0.546 151 P 0.143 0.031 0.063 0.038 0.140 0.071 0.514 152 I 0.141 0.019 0.054 0.032 0.144 0.065 0.545 153 K 0.100 0.046 0.037 0.025 0.172 0.063 0.558 154 K 0.020 0.031 0.007 0.018 0.231 0.018 0.675 155 D 0.002 0.001 0.001 0.011 0.049 0.003 0.932 156 P 0.001 0.001 0.021 0.939 0.008 0.028 0.004 157 D 0.001 0.001 0.017 0.963 0.003 0.014 0.002 158 V 0.001 0.001 0.013 0.978 0.001 0.006 0.002 159 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 166 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 167 D 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.007 0.001 168 E 0.001 0.001 0.009 0.954 0.001 0.035 0.001 169 L 0.001 0.001 0.015 0.574 0.011 0.394 0.005 170 A 0.001 0.016 0.008 0.074 0.083 0.708 0.112 171 I 0.002 0.017 0.010 0.007 0.072 0.029 0.862 172 F 0.016 0.023 0.127 0.021 0.140 0.175 0.498 173 N 0.010 0.013 0.181 0.016 0.181 0.191 0.407 174 N 0.007 0.019 0.094 0.016 0.329 0.068 0.467 175 G 0.013 0.018 0.062 0.022 0.217 0.135 0.533 176 K 0.008 0.014 0.100 0.031 0.248 0.293 0.306 177 S 0.007 0.016 0.104 0.034 0.199 0.229 0.410 178 A 0.011 0.025 0.159 0.073 0.241 0.188 0.302 179 L 0.023 0.075 0.100 0.094 0.182 0.096 0.431 180 E 0.015 0.045 0.069 0.084 0.122 0.058 0.607 181 H 0.010 0.017 0.206 0.301 0.092 0.145 0.229 182 H 0.010 0.008 0.332 0.268 0.064 0.212 0.106 183 H 0.019 0.009 0.367 0.211 0.088 0.176 0.130 184 H 0.026 0.029 0.191 0.176 0.123 0.151 0.303 185 H 0.025 0.055 0.047 0.076 0.043 0.156 0.598 186 H 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.004 0.975