# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 119.098 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.093 0.498 0.214 0.083 0.078 0.015 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 2 Y 0.112 0.405 0.226 0.075 0.066 0.051 0.018 0.003 0.040 0.003 0.001 3 T 0.061 0.420 0.261 0.147 0.046 0.019 0.010 0.002 0.031 0.002 0.001 4 G 0.038 0.041 0.222 0.022 0.187 0.005 0.039 0.150 0.004 0.290 0.001 5 R 0.016 0.178 0.739 0.002 0.018 0.012 0.002 0.001 0.029 0.001 0.004 6 P 0.016 0.005 0.951 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 7 P 0.244 0.001 0.710 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 8 D 0.266 0.021 0.073 0.441 0.014 0.023 0.044 0.105 0.008 0.003 0.001 9 E 0.059 0.240 0.533 0.003 0.025 0.019 0.005 0.001 0.113 0.001 0.001 10 P 0.619 0.004 0.317 0.018 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 11 A 0.670 0.113 0.098 0.045 0.041 0.010 0.005 0.005 0.010 0.002 0.001 12 V 0.747 0.123 0.062 0.028 0.012 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 13 L 0.846 0.049 0.032 0.049 0.004 0.012 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 14 G 0.905 0.018 0.019 0.023 0.013 0.005 0.004 0.007 0.002 0.003 0.001 15 V 0.952 0.017 0.012 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.976 0.004 0.010 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.956 0.002 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.954 0.003 0.008 0.021 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 19 E 0.962 0.004 0.010 0.011 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.977 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.946 0.004 0.005 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.990 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 P 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.979 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.988 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.951 0.003 0.003 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.675 0.016 0.014 0.286 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 F 0.102 0.067 0.107 0.008 0.007 0.016 0.057 0.002 0.632 0.002 0.001 30 P 0.425 0.002 0.509 0.012 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.041 31 E 0.407 0.066 0.279 0.121 0.033 0.032 0.026 0.024 0.006 0.004 0.002 32 I 0.084 0.298 0.491 0.010 0.010 0.079 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 33 V 0.525 0.213 0.068 0.143 0.007 0.024 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 34 D 0.118 0.431 0.220 0.061 0.074 0.045 0.023 0.001 0.027 0.001 0.001 35 F 0.040 0.760 0.069 0.024 0.084 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 36 Y 0.034 0.551 0.172 0.037 0.059 0.055 0.016 0.001 0.071 0.004 0.001 37 L 0.005 0.498 0.276 0.002 0.024 0.020 0.004 0.001 0.171 0.001 0.001 38 P 0.009 0.003 0.942 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 39 P 0.469 0.004 0.403 0.024 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 40 E 0.347 0.079 0.192 0.192 0.089 0.014 0.035 0.029 0.009 0.011 0.001 41 G 0.196 0.055 0.175 0.123 0.163 0.017 0.066 0.120 0.014 0.070 0.001 42 C 0.244 0.161 0.270 0.125 0.111 0.037 0.019 0.008 0.016 0.009 0.002 43 S 0.362 0.153 0.120 0.216 0.062 0.033 0.017 0.012 0.016 0.008 0.001 44 Y 0.207 0.360 0.183 0.077 0.098 0.025 0.013 0.004 0.029 0.003 0.001 45 R 0.347 0.155 0.252 0.107 0.020 0.072 0.022 0.003 0.017 0.001 0.002 46 L 0.057 0.662 0.137 0.021 0.086 0.016 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 47 A 0.025 0.807 0.097 0.004 0.051 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 48 V 0.022 0.870 0.072 0.003 0.014 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 49 V 0.033 0.803 0.093 0.004 0.033 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 50 T 0.038 0.743 0.122 0.007 0.023 0.033 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 51 I 0.116 0.399 0.375 0.006 0.016 0.064 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 52 K 0.774 0.058 0.077 0.061 0.006 0.017 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 53 K 0.429 0.286 0.141 0.030 0.070 0.022 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 54 Q 0.473 0.216 0.109 0.131 0.021 0.020 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 55 Y 0.221 0.240 0.176 0.070 0.061 0.029 0.021 0.003 0.167 0.011 0.001 56 A 0.679 0.008 0.246 0.028 0.004 0.007 0.010 0.005 0.001 0.010 0.002 57 G 0.664 0.001 0.009 0.025 0.004 0.001 0.015 0.220 0.001 0.059 0.001 58 H 0.980 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.917 0.004 0.007 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.712 0.009 0.016 0.239 0.005 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 69 F 0.488 0.033 0.062 0.233 0.019 0.031 0.087 0.018 0.022 0.006 0.001 70 L 0.357 0.063 0.251 0.177 0.020 0.061 0.040 0.006 0.021 0.004 0.001 71 R 0.561 0.052 0.093 0.144 0.035 0.024 0.049 0.024 0.007 0.009 0.001 72 Q 0.396 0.089 0.065 0.304 0.026 0.035 0.051 0.010 0.022 0.003 0.001 73 F 0.233 0.196 0.216 0.160 0.042 0.069 0.032 0.009 0.041 0.002 0.001 74 M 0.302 0.208 0.164 0.151 0.066 0.038 0.037 0.007 0.022 0.003 0.001 75 Y 0.197 0.157 0.154 0.282 0.052 0.059 0.058 0.012 0.025 0.004 0.001 76 T 0.062 0.426 0.316 0.069 0.097 0.017 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 77 K 0.118 0.463 0.226 0.078 0.062 0.024 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 78 F 0.007 0.695 0.221 0.004 0.041 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 79 V 0.003 0.874 0.062 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 80 I 0.002 0.739 0.185 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 81 V 0.007 0.503 0.318 0.002 0.003 0.120 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 82 C 0.043 0.491 0.227 0.030 0.020 0.128 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 83 D 0.111 0.134 0.257 0.070 0.169 0.155 0.032 0.002 0.059 0.008 0.004 84 D 0.757 0.009 0.015 0.202 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.181 0.142 0.104 0.405 0.041 0.031 0.034 0.006 0.053 0.001 0.003 86 V 0.121 0.404 0.258 0.091 0.031 0.041 0.008 0.002 0.042 0.001 0.001 87 N 0.024 0.131 0.237 0.024 0.056 0.278 0.067 0.003 0.174 0.006 0.001 88 A 0.601 0.038 0.072 0.239 0.009 0.020 0.005 0.005 0.006 0.003 0.002 89 R 0.544 0.069 0.125 0.190 0.034 0.015 0.009 0.005 0.006 0.003 0.001 90 D 0.075 0.059 0.266 0.072 0.030 0.213 0.018 0.001 0.257 0.007 0.001 91 W 0.974 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.917 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.989 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.992 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 W 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.995 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.934 0.012 0.008 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 T 0.453 0.018 0.009 0.509 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.155 0.042 0.065 0.202 0.033 0.047 0.376 0.041 0.035 0.004 0.001 102 M 0.065 0.461 0.241 0.088 0.049 0.057 0.006 0.001 0.030 0.002 0.001 103 D 0.009 0.124 0.382 0.003 0.039 0.170 0.014 0.001 0.257 0.001 0.001 104 P 0.824 0.005 0.098 0.040 0.002 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 105 A 0.734 0.013 0.042 0.188 0.004 0.007 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 106 R 0.329 0.106 0.076 0.409 0.031 0.011 0.018 0.005 0.014 0.001 0.001 107 D 0.070 0.158 0.258 0.156 0.042 0.102 0.152 0.004 0.056 0.001 0.002 108 T 0.035 0.617 0.212 0.023 0.083 0.014 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 109 V 0.014 0.806 0.118 0.005 0.022 0.019 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 110 L 0.020 0.518 0.383 0.004 0.008 0.045 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 111 V 0.016 0.629 0.140 0.004 0.012 0.038 0.002 0.001 0.158 0.001 0.001 112 E 0.058 0.028 0.881 0.006 0.002 0.017 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 113 N 0.035 0.016 0.036 0.190 0.022 0.032 0.409 0.241 0.015 0.004 0.001 114 T 0.010 0.371 0.507 0.002 0.028 0.017 0.003 0.001 0.062 0.001 0.001 115 P 0.208 0.026 0.580 0.053 0.001 0.089 0.002 0.001 0.004 0.001 0.036 116 I 0.126 0.380 0.250 0.085 0.084 0.033 0.011 0.005 0.022 0.003 0.001 117 D 0.098 0.284 0.255 0.067 0.080 0.092 0.029 0.004 0.088 0.003 0.001 118 Y 0.342 0.185 0.169 0.178 0.042 0.038 0.012 0.004 0.026 0.003 0.001 119 L 0.225 0.198 0.289 0.134 0.040 0.061 0.014 0.006 0.028 0.004 0.001 120 D 0.129 0.225 0.258 0.101 0.045 0.107 0.037 0.005 0.088 0.003 0.001 121 F 0.381 0.092 0.193 0.209 0.024 0.036 0.035 0.010 0.013 0.005 0.002 122 A 0.232 0.104 0.233 0.252 0.052 0.027 0.031 0.036 0.015 0.016 0.002 123 S 0.083 0.242 0.414 0.006 0.076 0.017 0.027 0.003 0.114 0.019 0.001 124 P 0.255 0.005 0.521 0.018 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 125 V 0.319 0.198 0.230 0.106 0.030 0.040 0.020 0.009 0.042 0.003 0.002 126 S 0.240 0.060 0.432 0.154 0.018 0.021 0.047 0.005 0.011 0.009 0.003 127 G 0.071 0.009 0.052 0.051 0.056 0.007 0.140 0.533 0.003 0.077 0.001 128 L 0.258 0.129 0.274 0.272 0.022 0.023 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 129 G 0.093 0.040 0.163 0.101 0.114 0.009 0.073 0.220 0.010 0.176 0.001 130 S 0.120 0.168 0.496 0.056 0.102 0.025 0.008 0.007 0.008 0.008 0.002 131 K 0.139 0.389 0.276 0.082 0.062 0.024 0.006 0.003 0.016 0.002 0.001 132 M 0.041 0.596 0.204 0.026 0.095 0.018 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 133 G 0.033 0.698 0.105 0.008 0.115 0.018 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 134 L 0.034 0.775 0.098 0.006 0.040 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 135 D 0.063 0.442 0.252 0.021 0.031 0.104 0.010 0.001 0.075 0.001 0.001 136 A 0.171 0.231 0.263 0.094 0.121 0.053 0.025 0.008 0.025 0.006 0.003 137 T 0.213 0.277 0.123 0.278 0.063 0.017 0.007 0.003 0.016 0.003 0.001 138 N 0.068 0.173 0.232 0.095 0.107 0.072 0.185 0.013 0.040 0.015 0.001 139 K 0.104 0.187 0.551 0.058 0.013 0.046 0.007 0.001 0.028 0.001 0.003 140 W 0.038 0.176 0.624 0.004 0.017 0.027 0.012 0.001 0.095 0.003 0.003 141 P 0.107 0.004 0.799 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 142 G 0.106 0.015 0.098 0.035 0.067 0.003 0.026 0.534 0.003 0.113 0.001 143 E 0.238 0.121 0.438 0.099 0.035 0.034 0.011 0.004 0.013 0.004 0.002 144 T 0.140 0.257 0.332 0.131 0.067 0.030 0.012 0.005 0.018 0.005 0.001 145 Q 0.209 0.225 0.260 0.137 0.061 0.055 0.018 0.005 0.026 0.003 0.001 146 R 0.227 0.223 0.335 0.075 0.055 0.030 0.011 0.005 0.034 0.004 0.001 147 E 0.383 0.167 0.265 0.098 0.014 0.043 0.005 0.002 0.021 0.001 0.002 148 W 0.146 0.160 0.296 0.272 0.040 0.019 0.037 0.004 0.018 0.006 0.001 149 G 0.044 0.010 0.096 0.024 0.068 0.002 0.047 0.374 0.002 0.331 0.001 150 R 0.027 0.280 0.605 0.002 0.014 0.016 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 151 P 0.062 0.006 0.876 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 152 I 0.344 0.226 0.190 0.120 0.026 0.065 0.006 0.002 0.020 0.001 0.001 153 K 0.150 0.455 0.193 0.040 0.112 0.020 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 154 K 0.092 0.255 0.441 0.125 0.031 0.042 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 155 D 0.005 0.108 0.725 0.001 0.028 0.039 0.001 0.001 0.092 0.001 0.001 156 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.968 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.940 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 V 0.982 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.890 0.002 0.002 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 I 0.971 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 W 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 L 0.672 0.003 0.005 0.318 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 A 0.342 0.009 0.022 0.065 0.015 0.011 0.302 0.192 0.022 0.020 0.001 171 I 0.299 0.175 0.282 0.158 0.011 0.049 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 172 F 0.411 0.077 0.255 0.138 0.033 0.033 0.019 0.009 0.008 0.016 0.001 173 N 0.176 0.043 0.046 0.264 0.026 0.085 0.282 0.020 0.052 0.005 0.001 174 N 0.170 0.050 0.098 0.475 0.014 0.030 0.125 0.008 0.028 0.002 0.001 175 G 0.069 0.017 0.123 0.034 0.073 0.007 0.070 0.341 0.003 0.263 0.001 176 K 0.463 0.066 0.188 0.211 0.018 0.023 0.016 0.004 0.006 0.003 0.001 177 S 0.205 0.148 0.272 0.138 0.104 0.029 0.045 0.021 0.023 0.014 0.001 178 A 0.645 0.084 0.115 0.084 0.022 0.019 0.009 0.004 0.016 0.003 0.001 179 L 0.554 0.089 0.217 0.090 0.013 0.020 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 180 E 0.472 0.132 0.178 0.090 0.055 0.023 0.018 0.006 0.020 0.005 0.002 181 H 0.458 0.101 0.175 0.150 0.042 0.026 0.023 0.006 0.013 0.004 0.002 182 H 0.366 0.162 0.131 0.173 0.053 0.026 0.048 0.014 0.020 0.006 0.001 183 H 0.332 0.206 0.160 0.138 0.043 0.040 0.038 0.007 0.033 0.004 0.001 184 H 0.217 0.234 0.210 0.145 0.031 0.070 0.035 0.005 0.050 0.003 0.001 185 H 0.195 0.182 0.157 0.192 0.029 0.101 0.069 0.006 0.063 0.005 0.001 186 H 0.195 0.159 0.197 0.175 0.078 0.062 0.060 0.014 0.039 0.019 0.001