# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 231 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.130 0.141 0.069 0.030 0.218 0.031 0.041 0.054 0.080 0.124 0.082 2 Y 0.177 0.113 0.052 0.018 0.268 0.018 0.026 0.047 0.065 0.139 0.077 3 T 0.079 0.167 0.136 0.065 0.141 0.044 0.079 0.057 0.057 0.126 0.047 4 G 0.028 0.135 0.262 0.258 0.073 0.053 0.022 0.034 0.034 0.068 0.031 5 R 0.047 0.306 0.306 0.046 0.122 0.015 0.024 0.051 0.032 0.027 0.025 6 P 0.050 0.375 0.249 0.019 0.150 0.008 0.010 0.044 0.034 0.036 0.025 7 P 0.028 0.166 0.086 0.024 0.090 0.020 0.042 0.301 0.184 0.041 0.018 8 D 0.027 0.031 0.021 0.011 0.027 0.028 0.084 0.253 0.184 0.295 0.039 9 E 0.050 0.216 0.083 0.015 0.125 0.009 0.017 0.262 0.116 0.079 0.028 10 P 0.022 0.042 0.011 0.005 0.035 0.006 0.019 0.507 0.257 0.074 0.022 11 A 0.013 0.063 0.022 0.009 0.035 0.012 0.066 0.585 0.147 0.039 0.007 12 V 0.028 0.019 0.008 0.005 0.027 0.011 0.049 0.682 0.099 0.054 0.018 13 L 0.020 0.039 0.020 0.017 0.031 0.012 0.020 0.633 0.129 0.058 0.020 14 G 0.011 0.029 0.033 0.026 0.019 0.010 0.010 0.693 0.116 0.040 0.012 15 V 0.004 0.030 0.018 0.005 0.011 0.006 0.017 0.792 0.101 0.013 0.003 16 A 0.005 0.008 0.004 0.002 0.007 0.005 0.016 0.825 0.097 0.027 0.005 17 L 0.007 0.033 0.012 0.003 0.014 0.005 0.017 0.722 0.137 0.045 0.005 18 N 0.019 0.040 0.011 0.003 0.032 0.002 0.007 0.665 0.145 0.063 0.012 19 E 0.004 0.026 0.007 0.005 0.016 0.023 0.055 0.692 0.149 0.020 0.003 20 V 0.014 0.021 0.004 0.001 0.028 0.003 0.050 0.746 0.099 0.026 0.009 21 F 0.007 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 0.473 0.207 0.278 0.014 22 V 0.004 0.029 0.009 0.002 0.019 0.001 0.003 0.789 0.137 0.006 0.002 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.890 0.095 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.871 0.089 0.018 0.001 25 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.742 0.213 0.032 0.002 26 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.684 0.279 0.011 0.001 27 K 0.001 0.010 0.003 0.002 0.007 0.005 0.140 0.685 0.121 0.025 0.001 28 Q 0.032 0.016 0.007 0.003 0.035 0.012 0.173 0.257 0.122 0.311 0.030 29 F 0.183 0.122 0.074 0.029 0.162 0.006 0.009 0.077 0.054 0.129 0.153 30 P 0.011 0.121 0.060 0.033 0.051 0.051 0.098 0.340 0.199 0.031 0.007 31 E 0.050 0.114 0.089 0.006 0.144 0.003 0.016 0.124 0.135 0.286 0.032 32 I 0.506 0.032 0.002 0.001 0.303 0.001 0.003 0.017 0.009 0.026 0.102 33 V 0.007 0.043 0.012 0.058 0.050 0.417 0.304 0.077 0.019 0.011 0.002 34 D 0.405 0.044 0.007 0.003 0.372 0.001 0.001 0.011 0.009 0.044 0.105 35 F 0.229 0.118 0.010 0.009 0.519 0.017 0.012 0.024 0.011 0.019 0.032 36 Y 0.225 0.116 0.024 0.004 0.416 0.003 0.010 0.013 0.007 0.061 0.123 37 L 0.082 0.373 0.182 0.034 0.247 0.006 0.006 0.010 0.006 0.017 0.037 38 P 0.053 0.361 0.329 0.061 0.111 0.012 0.009 0.020 0.013 0.013 0.019 39 P 0.037 0.042 0.038 0.025 0.046 0.053 0.095 0.313 0.282 0.047 0.022 40 E 0.034 0.135 0.090 0.058 0.073 0.041 0.096 0.205 0.130 0.108 0.030 41 G 0.052 0.101 0.062 0.059 0.084 0.063 0.050 0.078 0.067 0.297 0.087 42 C 0.099 0.130 0.065 0.036 0.179 0.043 0.061 0.104 0.084 0.142 0.057 43 S 0.182 0.080 0.034 0.018 0.200 0.022 0.039 0.081 0.088 0.166 0.090 44 Y 0.093 0.262 0.122 0.049 0.255 0.026 0.033 0.046 0.026 0.063 0.025 45 R 0.266 0.097 0.022 0.013 0.370 0.013 0.040 0.047 0.018 0.042 0.071 46 L 0.235 0.120 0.014 0.007 0.567 0.005 0.004 0.008 0.003 0.007 0.030 47 A 0.112 0.139 0.008 0.002 0.721 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.005 48 V 0.484 0.013 0.001 0.001 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 49 V 0.252 0.114 0.007 0.009 0.534 0.028 0.008 0.007 0.001 0.003 0.036 50 T 0.288 0.103 0.019 0.001 0.522 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.057 51 I 0.306 0.106 0.025 0.020 0.229 0.021 0.015 0.066 0.052 0.048 0.113 52 K 0.064 0.248 0.092 0.060 0.182 0.040 0.056 0.105 0.086 0.040 0.028 53 K 0.106 0.171 0.068 0.015 0.181 0.014 0.062 0.172 0.111 0.061 0.037 54 Q 0.071 0.083 0.059 0.038 0.095 0.058 0.201 0.134 0.073 0.141 0.046 55 Y 0.055 0.385 0.300 0.054 0.127 0.011 0.004 0.023 0.009 0.015 0.017 56 A 0.004 0.017 0.009 0.020 0.009 0.104 0.091 0.569 0.158 0.016 0.004 57 G 0.011 0.019 0.023 0.010 0.013 0.008 0.019 0.543 0.136 0.184 0.034 58 H 0.004 0.019 0.011 0.002 0.007 0.001 0.005 0.745 0.144 0.057 0.006 59 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.089 0.003 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.044 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.036 0.003 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.051 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.066 0.002 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.926 0.057 0.002 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.914 0.052 0.006 0.001 66 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.816 0.145 0.014 0.002 67 W 0.002 0.007 0.003 0.003 0.004 0.009 0.040 0.732 0.171 0.028 0.002 68 S 0.005 0.020 0.014 0.010 0.012 0.015 0.080 0.626 0.136 0.077 0.005 69 F 0.018 0.058 0.050 0.029 0.030 0.037 0.129 0.395 0.127 0.111 0.014 70 L 0.028 0.222 0.080 0.032 0.076 0.038 0.093 0.241 0.110 0.065 0.018 71 R 0.043 0.053 0.031 0.039 0.048 0.042 0.095 0.272 0.154 0.171 0.051 72 Q 0.066 0.122 0.059 0.027 0.109 0.033 0.074 0.169 0.127 0.167 0.047 73 F 0.100 0.108 0.038 0.026 0.166 0.025 0.026 0.132 0.172 0.142 0.066 74 M 0.054 0.079 0.042 0.026 0.120 0.024 0.050 0.235 0.237 0.110 0.024 75 Y 0.165 0.042 0.012 0.004 0.154 0.007 0.032 0.076 0.111 0.307 0.089 76 T 0.279 0.150 0.013 0.003 0.431 0.002 0.002 0.008 0.008 0.033 0.072 77 K 0.063 0.048 0.016 0.038 0.167 0.128 0.287 0.152 0.034 0.050 0.016 78 F 0.246 0.071 0.009 0.003 0.642 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.017 79 V 0.147 0.053 0.002 0.001 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 80 I 0.145 0.069 0.005 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 81 V 0.353 0.094 0.007 0.001 0.480 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.058 82 C 0.095 0.128 0.051 0.088 0.186 0.113 0.069 0.035 0.029 0.124 0.081 83 D 0.036 0.242 0.196 0.099 0.185 0.026 0.032 0.073 0.083 0.020 0.008 84 D 0.004 0.006 0.005 0.020 0.006 0.051 0.121 0.250 0.409 0.119 0.010 85 D 0.074 0.181 0.067 0.003 0.274 0.004 0.041 0.055 0.081 0.179 0.040 86 V 0.087 0.300 0.048 0.005 0.378 0.007 0.009 0.013 0.037 0.069 0.048 87 N 0.112 0.142 0.031 0.001 0.668 0.001 0.001 0.004 0.008 0.010 0.023 88 A 0.016 0.012 0.003 0.001 0.050 0.002 0.023 0.342 0.504 0.041 0.005 89 R 0.003 0.044 0.027 0.005 0.014 0.030 0.285 0.223 0.104 0.255 0.011 90 D 0.276 0.086 0.011 0.001 0.471 0.001 0.003 0.040 0.024 0.038 0.049 91 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.455 0.518 0.019 0.001 92 N 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.063 0.787 0.113 0.025 0.001 93 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.762 0.117 0.085 0.001 94 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.842 0.107 0.020 0.008 95 I 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.034 0.886 0.057 0.007 0.001 96 W 0.016 0.007 0.001 0.001 0.027 0.002 0.015 0.845 0.078 0.005 0.003 97 A 0.021 0.009 0.002 0.008 0.036 0.017 0.051 0.778 0.067 0.006 0.004 98 I 0.052 0.017 0.006 0.002 0.091 0.003 0.027 0.675 0.082 0.028 0.016 99 T 0.031 0.051 0.013 0.005 0.054 0.019 0.058 0.517 0.168 0.070 0.014 100 T 0.036 0.125 0.030 0.036 0.109 0.055 0.095 0.226 0.122 0.143 0.024 101 R 0.117 0.048 0.022 0.013 0.144 0.016 0.118 0.187 0.095 0.186 0.054 102 M 0.090 0.310 0.067 0.014 0.277 0.016 0.039 0.040 0.031 0.071 0.047 103 D 0.358 0.043 0.007 0.002 0.511 0.001 0.002 0.011 0.006 0.005 0.053 104 P 0.007 0.082 0.025 0.012 0.032 0.014 0.039 0.310 0.406 0.069 0.004 105 A 0.008 0.008 0.007 0.008 0.011 0.025 0.216 0.391 0.220 0.101 0.005 106 R 0.077 0.175 0.036 0.013 0.124 0.039 0.066 0.219 0.155 0.067 0.027 107 D 0.141 0.053 0.012 0.007 0.275 0.005 0.013 0.065 0.104 0.163 0.162 108 T 0.282 0.077 0.015 0.004 0.462 0.005 0.007 0.031 0.034 0.049 0.035 109 V 0.172 0.144 0.011 0.001 0.591 0.001 0.008 0.035 0.012 0.008 0.017 110 L 0.295 0.104 0.012 0.005 0.438 0.005 0.006 0.020 0.010 0.035 0.069 111 V 0.097 0.257 0.276 0.080 0.227 0.005 0.003 0.012 0.006 0.013 0.024 112 E 0.010 0.036 0.016 0.039 0.028 0.111 0.310 0.291 0.124 0.028 0.007 113 N 0.070 0.038 0.022 0.014 0.055 0.005 0.010 0.016 0.047 0.554 0.169 114 T 0.056 0.376 0.200 0.051 0.193 0.011 0.008 0.020 0.019 0.035 0.031 115 P 0.058 0.183 0.079 0.029 0.156 0.051 0.127 0.141 0.083 0.062 0.031 116 I 0.126 0.120 0.073 0.042 0.171 0.024 0.031 0.065 0.106 0.164 0.078 117 D 0.070 0.157 0.140 0.090 0.170 0.032 0.041 0.079 0.068 0.103 0.050 118 Y 0.063 0.172 0.086 0.019 0.151 0.014 0.036 0.168 0.152 0.108 0.032 119 L 0.092 0.244 0.089 0.018 0.180 0.013 0.023 0.052 0.058 0.159 0.071 120 D 0.165 0.148 0.077 0.015 0.386 0.008 0.015 0.048 0.048 0.038 0.052 121 F 0.035 0.092 0.051 0.015 0.067 0.010 0.020 0.280 0.338 0.070 0.021 122 A 0.023 0.058 0.027 0.014 0.051 0.020 0.131 0.254 0.185 0.219 0.018 123 S 0.052 0.176 0.140 0.070 0.124 0.036 0.053 0.112 0.077 0.126 0.034 124 P 0.067 0.145 0.059 0.031 0.118 0.036 0.105 0.195 0.115 0.083 0.046 125 V 0.097 0.145 0.216 0.049 0.148 0.024 0.038 0.097 0.060 0.078 0.050 126 S 0.031 0.157 0.074 0.069 0.079 0.093 0.194 0.132 0.084 0.065 0.022 127 G 0.064 0.057 0.078 0.095 0.077 0.050 0.035 0.056 0.075 0.319 0.095 128 L 0.099 0.180 0.080 0.036 0.150 0.023 0.036 0.069 0.079 0.172 0.077 129 G 0.067 0.075 0.078 0.116 0.083 0.055 0.039 0.056 0.085 0.244 0.103 130 S 0.110 0.256 0.122 0.054 0.225 0.013 0.017 0.039 0.045 0.076 0.044 131 K 0.193 0.162 0.034 0.017 0.361 0.022 0.050 0.068 0.032 0.027 0.034 132 M 0.180 0.159 0.026 0.012 0.509 0.005 0.007 0.028 0.013 0.022 0.038 133 G 0.276 0.090 0.018 0.006 0.522 0.005 0.008 0.020 0.005 0.011 0.040 134 L 0.167 0.219 0.047 0.012 0.420 0.017 0.014 0.026 0.011 0.020 0.048 135 D 0.280 0.109 0.047 0.010 0.334 0.005 0.006 0.024 0.020 0.035 0.130 136 A 0.095 0.117 0.059 0.025 0.156 0.014 0.023 0.123 0.148 0.183 0.057 137 T 0.067 0.219 0.084 0.039 0.145 0.038 0.109 0.102 0.074 0.095 0.028 138 N 0.064 0.270 0.239 0.062 0.170 0.016 0.019 0.035 0.029 0.060 0.035 139 K 0.052 0.267 0.241 0.061 0.113 0.028 0.049 0.082 0.048 0.035 0.025 140 W 0.046 0.313 0.292 0.043 0.114 0.020 0.031 0.048 0.030 0.040 0.022 141 P 0.059 0.253 0.147 0.036 0.156 0.026 0.050 0.102 0.079 0.058 0.035 142 G 0.052 0.103 0.105 0.038 0.094 0.029 0.047 0.160 0.171 0.156 0.045 143 E 0.060 0.133 0.096 0.027 0.117 0.027 0.070 0.189 0.118 0.118 0.043 144 T 0.071 0.180 0.088 0.031 0.155 0.030 0.039 0.134 0.103 0.129 0.041 145 Q 0.092 0.137 0.064 0.026 0.176 0.019 0.044 0.128 0.140 0.126 0.048 146 R 0.085 0.182 0.108 0.025 0.192 0.013 0.028 0.125 0.100 0.093 0.046 147 E 0.086 0.141 0.067 0.025 0.152 0.023 0.070 0.156 0.101 0.131 0.048 148 W 0.081 0.244 0.157 0.036 0.187 0.015 0.029 0.081 0.049 0.085 0.036 149 G 0.058 0.217 0.176 0.061 0.123 0.032 0.042 0.104 0.067 0.082 0.039 150 R 0.035 0.360 0.196 0.011 0.168 0.008 0.021 0.095 0.063 0.031 0.013 151 P 0.138 0.242 0.061 0.005 0.295 0.006 0.016 0.100 0.075 0.031 0.032 152 I 0.068 0.165 0.062 0.015 0.224 0.040 0.079 0.134 0.122 0.062 0.029 153 K 0.101 0.325 0.138 0.006 0.214 0.003 0.011 0.026 0.036 0.091 0.048 154 K 0.033 0.471 0.281 0.010 0.128 0.005 0.006 0.008 0.008 0.033 0.017 155 D 0.010 0.681 0.200 0.002 0.099 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.675 0.309 0.004 0.001 157 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.901 0.089 0.005 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.897 0.076 0.023 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.065 0.003 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.914 0.066 0.003 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.921 0.046 0.020 0.001 162 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.806 0.133 0.041 0.003 163 D 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.884 0.088 0.004 0.001 164 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.909 0.053 0.009 0.001 165 I 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 0.920 0.050 0.008 0.001 166 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.866 0.109 0.014 0.003 167 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.741 0.232 0.002 0.001 168 E 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.006 0.096 0.779 0.102 0.006 0.001 169 L 0.001 0.638 0.318 0.004 0.026 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 170 A 0.117 0.020 0.007 0.012 0.041 0.004 0.003 0.014 0.014 0.342 0.425 171 I 0.079 0.264 0.093 0.020 0.267 0.022 0.016 0.092 0.063 0.055 0.030 172 F 0.036 0.074 0.022 0.043 0.091 0.068 0.178 0.241 0.138 0.075 0.035 173 N 0.181 0.072 0.052 0.020 0.190 0.011 0.011 0.029 0.049 0.275 0.111 174 N 0.080 0.173 0.071 0.035 0.190 0.017 0.038 0.107 0.108 0.127 0.053 175 G 0.065 0.212 0.213 0.056 0.174 0.017 0.022 0.060 0.045 0.094 0.042 176 K 0.061 0.093 0.029 0.013 0.135 0.016 0.070 0.249 0.237 0.079 0.019 177 S 0.038 0.081 0.071 0.023 0.061 0.013 0.032 0.175 0.161 0.298 0.048 178 A 0.092 0.235 0.090 0.011 0.206 0.008 0.028 0.155 0.070 0.074 0.031 179 L 0.115 0.220 0.080 0.017 0.224 0.026 0.042 0.137 0.054 0.045 0.039 180 E 0.142 0.189 0.103 0.028 0.288 0.016 0.025 0.077 0.043 0.040 0.050 181 H 0.103 0.099 0.053 0.027 0.141 0.024 0.036 0.207 0.174 0.092 0.044 182 H 0.064 0.108 0.064 0.031 0.117 0.030 0.086 0.225 0.144 0.098 0.033 183 H 0.121 0.093 0.035 0.032 0.154 0.043 0.083 0.178 0.099 0.101 0.062 184 H 0.090 0.115 0.080 0.063 0.173 0.043 0.054 0.126 0.076 0.116 0.063 185 H 0.104 0.102 0.063 0.054 0.146 0.039 0.046 0.131 0.094 0.144 0.078 186 H 0.091 0.138 0.096 0.041 0.169 0.017 0.022 0.107 0.084 0.174 0.063