# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 231 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.598 0.234 0.109 0.044 0.012 0.003 0.001 2 Y 0.338 0.170 0.146 0.176 0.119 0.045 0.005 3 T 0.272 0.200 0.159 0.168 0.124 0.065 0.012 4 G 0.298 0.189 0.173 0.154 0.117 0.058 0.012 5 R 0.294 0.253 0.182 0.145 0.082 0.036 0.008 6 P 0.445 0.239 0.157 0.100 0.041 0.015 0.003 7 P 0.568 0.229 0.113 0.062 0.022 0.006 0.001 8 D 0.498 0.241 0.117 0.085 0.044 0.014 0.002 9 E 0.414 0.202 0.149 0.132 0.073 0.027 0.004 10 P 0.523 0.205 0.120 0.087 0.042 0.018 0.004 11 A 0.474 0.194 0.119 0.103 0.069 0.035 0.006 12 V 0.314 0.132 0.115 0.138 0.152 0.119 0.031 13 L 0.240 0.118 0.115 0.159 0.166 0.156 0.046 14 G 0.400 0.189 0.109 0.111 0.093 0.078 0.020 15 V 0.167 0.184 0.195 0.197 0.149 0.089 0.020 16 A 0.180 0.137 0.136 0.194 0.206 0.126 0.021 17 L 0.185 0.162 0.153 0.184 0.174 0.121 0.021 18 N 0.196 0.197 0.171 0.188 0.142 0.091 0.015 19 E 0.258 0.290 0.212 0.142 0.073 0.023 0.002 20 V 0.117 0.179 0.234 0.249 0.155 0.060 0.007 21 F 0.059 0.048 0.051 0.124 0.270 0.385 0.062 22 V 0.063 0.126 0.187 0.279 0.237 0.100 0.009 23 P 0.171 0.365 0.253 0.137 0.056 0.016 0.001 24 I 0.033 0.071 0.187 0.367 0.249 0.087 0.007 25 L 0.027 0.033 0.051 0.146 0.320 0.375 0.048 26 Q 0.121 0.257 0.252 0.216 0.110 0.036 0.006 27 K 0.199 0.345 0.235 0.133 0.060 0.023 0.004 28 Q 0.048 0.116 0.190 0.292 0.232 0.110 0.012 29 F 0.038 0.092 0.160 0.260 0.285 0.149 0.017 30 P 0.184 0.231 0.195 0.194 0.129 0.057 0.010 31 E 0.174 0.267 0.236 0.185 0.097 0.036 0.005 32 I 0.059 0.060 0.093 0.203 0.314 0.231 0.040 33 V 0.122 0.221 0.227 0.226 0.138 0.057 0.009 34 D 0.276 0.245 0.179 0.145 0.092 0.054 0.010 35 F 0.076 0.063 0.083 0.164 0.240 0.281 0.093 36 Y 0.110 0.144 0.164 0.197 0.192 0.151 0.043 37 L 0.104 0.060 0.072 0.124 0.209 0.275 0.157 38 P 0.177 0.162 0.145 0.172 0.158 0.131 0.055 39 P 0.203 0.173 0.172 0.190 0.133 0.087 0.042 40 E 0.261 0.211 0.144 0.128 0.115 0.089 0.052 41 G 0.192 0.156 0.129 0.154 0.159 0.142 0.067 42 C 0.143 0.132 0.129 0.162 0.166 0.178 0.089 43 S 0.072 0.068 0.082 0.138 0.187 0.272 0.181 44 Y 0.045 0.058 0.082 0.137 0.192 0.282 0.204 45 R 0.023 0.036 0.066 0.115 0.187 0.281 0.293 46 L 0.015 0.020 0.038 0.078 0.152 0.317 0.380 47 A 0.007 0.012 0.022 0.055 0.136 0.378 0.390 48 V 0.006 0.008 0.019 0.048 0.115 0.404 0.400 49 V 0.010 0.019 0.032 0.081 0.175 0.419 0.264 50 T 0.022 0.057 0.124 0.222 0.278 0.238 0.059 51 I 0.021 0.038 0.076 0.189 0.346 0.284 0.046 52 K 0.125 0.261 0.263 0.211 0.104 0.033 0.004 53 K 0.236 0.285 0.217 0.161 0.075 0.023 0.002 54 Q 0.320 0.300 0.192 0.115 0.056 0.016 0.001 55 Y 0.256 0.273 0.229 0.172 0.058 0.010 0.001 56 A 0.418 0.336 0.163 0.064 0.017 0.003 0.001 57 G 0.452 0.332 0.134 0.060 0.019 0.004 0.001 58 H 0.071 0.162 0.239 0.275 0.188 0.057 0.008 59 A 0.011 0.031 0.072 0.181 0.382 0.279 0.044 60 K 0.025 0.134 0.205 0.272 0.234 0.111 0.019 61 R 0.031 0.120 0.187 0.282 0.224 0.132 0.024 62 V 0.004 0.012 0.024 0.083 0.205 0.447 0.224 63 M 0.004 0.008 0.014 0.043 0.142 0.448 0.341 64 M 0.017 0.043 0.090 0.203 0.230 0.284 0.133 65 G 0.010 0.026 0.050 0.126 0.249 0.381 0.159 66 V 0.002 0.003 0.006 0.023 0.078 0.373 0.515 67 W 0.008 0.015 0.027 0.078 0.190 0.375 0.306 68 S 0.060 0.110 0.128 0.187 0.224 0.181 0.111 69 F 0.054 0.095 0.132 0.197 0.213 0.209 0.100 70 L 0.068 0.113 0.136 0.200 0.213 0.195 0.076 71 R 0.144 0.166 0.164 0.183 0.172 0.125 0.046 72 Q 0.129 0.119 0.128 0.176 0.199 0.176 0.072 73 F 0.070 0.089 0.093 0.166 0.232 0.248 0.102 74 M 0.041 0.072 0.083 0.155 0.251 0.288 0.110 75 Y 0.024 0.054 0.099 0.174 0.233 0.307 0.108 76 T 0.006 0.019 0.052 0.127 0.254 0.403 0.139 77 K 0.002 0.014 0.052 0.147 0.280 0.382 0.122 78 F 0.001 0.002 0.009 0.040 0.170 0.489 0.290 79 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.264 0.714 80 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.241 0.736 81 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.050 0.360 0.580 82 C 0.001 0.008 0.034 0.132 0.292 0.396 0.137 83 D 0.021 0.086 0.187 0.290 0.268 0.119 0.030 84 D 0.139 0.344 0.257 0.153 0.070 0.030 0.008 85 D 0.149 0.253 0.218 0.194 0.122 0.056 0.008 86 V 0.027 0.042 0.109 0.230 0.312 0.247 0.034 87 N 0.166 0.238 0.220 0.195 0.120 0.057 0.006 88 A 0.063 0.101 0.162 0.230 0.243 0.176 0.025 89 R 0.112 0.227 0.226 0.211 0.152 0.064 0.008 90 D 0.083 0.241 0.275 0.234 0.124 0.039 0.006 91 W 0.027 0.070 0.137 0.231 0.302 0.197 0.037 92 N 0.197 0.302 0.223 0.163 0.082 0.029 0.004 93 D 0.066 0.209 0.282 0.239 0.143 0.051 0.010 94 V 0.015 0.025 0.050 0.134 0.293 0.401 0.082 95 I 0.014 0.039 0.061 0.149 0.259 0.344 0.134 96 W 0.056 0.085 0.106 0.142 0.181 0.256 0.174 97 A 0.027 0.045 0.079 0.172 0.256 0.272 0.149 98 I 0.006 0.008 0.014 0.037 0.089 0.355 0.491 99 T 0.012 0.021 0.037 0.086 0.148 0.292 0.403 100 T 0.051 0.138 0.166 0.201 0.191 0.167 0.087 101 R 0.025 0.041 0.059 0.133 0.248 0.322 0.172 102 M 0.016 0.033 0.056 0.112 0.217 0.368 0.199 103 D 0.042 0.091 0.149 0.239 0.244 0.184 0.052 104 P 0.062 0.099 0.140 0.204 0.248 0.188 0.059 105 A 0.150 0.214 0.203 0.202 0.129 0.078 0.024 106 R 0.073 0.147 0.190 0.224 0.196 0.123 0.047 107 D 0.032 0.061 0.091 0.161 0.242 0.291 0.123 108 T 0.025 0.029 0.056 0.120 0.180 0.362 0.228 109 V 0.035 0.044 0.064 0.122 0.215 0.339 0.180 110 L 0.022 0.034 0.063 0.123 0.237 0.364 0.156 111 V 0.023 0.036 0.071 0.174 0.304 0.293 0.099 112 E 0.109 0.243 0.260 0.210 0.103 0.054 0.021 113 N 0.177 0.269 0.214 0.168 0.108 0.051 0.013 114 T 0.045 0.079 0.134 0.228 0.269 0.200 0.044 115 P 0.098 0.172 0.191 0.219 0.179 0.115 0.025 116 I 0.065 0.068 0.106 0.168 0.236 0.258 0.099 117 D 0.069 0.139 0.175 0.232 0.208 0.142 0.035 118 Y 0.040 0.082 0.123 0.185 0.229 0.235 0.107 119 L 0.016 0.021 0.037 0.089 0.181 0.375 0.280 120 D 0.026 0.042 0.074 0.138 0.201 0.315 0.205 121 F 0.028 0.040 0.065 0.120 0.197 0.316 0.235 122 A 0.046 0.075 0.094 0.165 0.220 0.250 0.151 123 S 0.054 0.101 0.142 0.195 0.233 0.186 0.089 124 P 0.128 0.237 0.229 0.199 0.117 0.061 0.029 125 V 0.146 0.223 0.191 0.193 0.139 0.079 0.030 126 S 0.093 0.159 0.197 0.219 0.182 0.117 0.032 127 G 0.060 0.111 0.141 0.209 0.238 0.194 0.047 128 L 0.012 0.027 0.061 0.142 0.256 0.365 0.139 129 G 0.008 0.024 0.054 0.140 0.269 0.364 0.140 130 S 0.001 0.004 0.014 0.052 0.158 0.405 0.365 131 K 0.001 0.001 0.006 0.023 0.092 0.325 0.553 132 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.209 0.752 133 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.183 0.780 134 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.225 0.739 135 D 0.001 0.002 0.006 0.024 0.081 0.328 0.558 136 A 0.001 0.004 0.009 0.030 0.124 0.422 0.410 137 T 0.005 0.023 0.067 0.143 0.247 0.357 0.159 138 N 0.030 0.089 0.156 0.257 0.270 0.168 0.031 139 K 0.107 0.254 0.258 0.206 0.121 0.046 0.007 140 W 0.135 0.195 0.230 0.251 0.139 0.045 0.004 141 P 0.404 0.303 0.164 0.084 0.034 0.010 0.001 142 G 0.489 0.244 0.141 0.086 0.031 0.008 0.001 143 E 0.568 0.245 0.104 0.053 0.022 0.007 0.001 144 T 0.398 0.250 0.164 0.112 0.057 0.017 0.002 145 Q 0.276 0.249 0.200 0.162 0.081 0.030 0.004 146 R 0.361 0.280 0.182 0.112 0.047 0.017 0.002 147 E 0.300 0.251 0.178 0.148 0.089 0.031 0.003 148 W 0.132 0.154 0.211 0.261 0.179 0.059 0.005 149 G 0.211 0.195 0.212 0.211 0.127 0.040 0.004 150 R 0.279 0.337 0.200 0.117 0.052 0.014 0.001 151 P 0.197 0.295 0.260 0.169 0.066 0.014 0.001 152 I 0.062 0.089 0.152 0.316 0.294 0.084 0.003 153 K 0.233 0.382 0.256 0.100 0.025 0.004 0.001 154 K 0.195 0.242 0.248 0.230 0.076 0.009 0.001 155 D 0.375 0.359 0.171 0.074 0.018 0.003 0.001 156 P 0.844 0.137 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 157 D 0.514 0.354 0.102 0.023 0.005 0.001 0.001 158 V 0.034 0.083 0.197 0.382 0.255 0.046 0.001 159 V 0.063 0.291 0.363 0.214 0.059 0.008 0.001 160 A 0.437 0.477 0.073 0.011 0.002 0.001 0.001 161 H 0.023 0.154 0.407 0.341 0.069 0.006 0.001 162 I 0.007 0.017 0.043 0.191 0.477 0.256 0.009 163 D 0.065 0.275 0.347 0.242 0.065 0.006 0.001 164 A 0.223 0.525 0.188 0.051 0.011 0.003 0.001 165 I 0.012 0.063 0.220 0.433 0.222 0.048 0.002 166 W 0.011 0.023 0.049 0.172 0.450 0.278 0.017 167 D 0.187 0.365 0.255 0.137 0.046 0.010 0.001 168 E 0.262 0.368 0.214 0.106 0.038 0.011 0.001 169 L 0.062 0.117 0.196 0.301 0.227 0.092 0.005 170 A 0.127 0.234 0.225 0.215 0.152 0.046 0.002 171 I 0.273 0.138 0.150 0.198 0.164 0.071 0.005 172 F 0.431 0.315 0.148 0.079 0.023 0.004 0.001 173 N 0.564 0.269 0.112 0.042 0.010 0.002 0.001 174 N 0.367 0.230 0.178 0.144 0.067 0.014 0.001 175 G 0.694 0.226 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 176 K 0.686 0.216 0.071 0.021 0.005 0.001 0.001 177 S 0.783 0.163 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 178 A 0.518 0.250 0.129 0.072 0.025 0.005 0.001 179 L 0.378 0.208 0.160 0.149 0.082 0.021 0.002 180 E 0.397 0.278 0.155 0.099 0.054 0.014 0.002 181 H 0.389 0.254 0.173 0.113 0.053 0.016 0.002 182 H 0.346 0.279 0.172 0.112 0.058 0.028 0.004 183 H 0.428 0.258 0.165 0.095 0.040 0.013 0.001 184 H 0.467 0.270 0.141 0.074 0.033 0.013 0.002 185 H 0.523 0.223 0.120 0.089 0.035 0.009 0.001 186 H 0.516 0.227 0.124 0.091 0.035 0.007 0.001