# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.149 0.021 0.010 0.021 0.226 0.572 2 Y 0.194 0.045 0.012 0.018 0.272 0.459 3 T 0.177 0.051 0.011 0.016 0.260 0.485 4 G 0.103 0.049 0.008 0.009 0.281 0.550 5 R 0.073 0.038 0.005 0.007 0.227 0.650 6 P 0.049 0.049 0.005 0.009 0.354 0.534 7 P 0.023 0.022 0.011 0.036 0.412 0.496 8 D 0.017 0.013 0.025 0.095 0.471 0.380 9 E 0.039 0.016 0.049 0.236 0.427 0.233 10 P 0.069 0.011 0.075 0.291 0.258 0.297 11 A 0.215 0.016 0.100 0.328 0.163 0.178 12 V 0.318 0.030 0.064 0.347 0.124 0.118 13 L 0.243 0.011 0.030 0.432 0.123 0.160 14 G 0.136 0.006 0.019 0.520 0.111 0.207 15 V 0.049 0.005 0.031 0.702 0.099 0.114 16 A 0.018 0.004 0.032 0.808 0.073 0.065 17 L 0.005 0.001 0.035 0.882 0.047 0.030 18 N 0.006 0.002 0.038 0.888 0.034 0.033 19 E 0.003 0.001 0.039 0.902 0.034 0.022 20 V 0.003 0.001 0.027 0.902 0.037 0.029 21 F 0.003 0.002 0.010 0.955 0.013 0.016 22 V 0.004 0.001 0.016 0.935 0.023 0.020 23 P 0.001 0.001 0.011 0.975 0.009 0.004 24 I 0.001 0.001 0.010 0.981 0.007 0.001 25 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.001 27 K 0.001 0.001 0.008 0.966 0.018 0.007 28 Q 0.002 0.002 0.009 0.847 0.048 0.092 29 F 0.010 0.006 0.020 0.107 0.494 0.364 30 P 0.016 0.001 0.038 0.024 0.668 0.253 31 E 0.134 0.006 0.053 0.017 0.616 0.173 32 I 0.741 0.017 0.012 0.020 0.154 0.056 33 V 0.883 0.003 0.003 0.021 0.032 0.058 34 D 0.954 0.001 0.002 0.009 0.013 0.021 35 F 0.966 0.001 0.001 0.004 0.009 0.019 36 Y 0.903 0.007 0.001 0.007 0.020 0.062 37 L 0.606 0.016 0.002 0.007 0.068 0.301 38 P 0.161 0.009 0.004 0.007 0.339 0.481 39 P 0.024 0.003 0.193 0.136 0.532 0.111 40 E 0.018 0.002 0.248 0.143 0.530 0.059 41 G 0.049 0.006 0.316 0.106 0.478 0.045 42 C 0.158 0.022 0.107 0.123 0.389 0.202 43 S 0.375 0.056 0.046 0.081 0.226 0.216 44 Y 0.426 0.009 0.032 0.063 0.258 0.211 45 R 0.616 0.003 0.013 0.053 0.173 0.143 46 L 0.864 0.002 0.004 0.042 0.047 0.042 47 A 0.938 0.001 0.001 0.041 0.011 0.008 48 V 0.938 0.001 0.001 0.055 0.003 0.004 49 V 0.889 0.001 0.001 0.099 0.004 0.007 50 T 0.807 0.001 0.001 0.146 0.011 0.033 51 I 0.654 0.004 0.005 0.153 0.037 0.146 52 K 0.397 0.010 0.022 0.185 0.175 0.212 53 K 0.191 0.006 0.110 0.220 0.279 0.195 54 Q 0.091 0.014 0.123 0.219 0.288 0.266 55 Y 0.037 0.008 0.119 0.243 0.406 0.187 56 A 0.008 0.003 0.057 0.414 0.347 0.171 57 G 0.002 0.002 0.042 0.773 0.124 0.057 58 H 0.002 0.001 0.027 0.933 0.029 0.008 59 A 0.001 0.001 0.013 0.967 0.013 0.006 60 K 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.003 61 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 64 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 65 G 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 66 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 67 W 0.001 0.001 0.010 0.978 0.010 0.002 68 S 0.003 0.001 0.018 0.940 0.026 0.013 69 F 0.005 0.001 0.022 0.881 0.040 0.051 70 L 0.008 0.005 0.050 0.787 0.073 0.077 71 R 0.014 0.003 0.102 0.668 0.125 0.088 72 Q 0.036 0.005 0.139 0.510 0.187 0.125 73 F 0.114 0.013 0.111 0.251 0.310 0.201 74 M 0.205 0.018 0.073 0.075 0.321 0.308 75 Y 0.319 0.012 0.078 0.035 0.300 0.256 76 T 0.439 0.006 0.030 0.013 0.273 0.239 77 K 0.693 0.002 0.007 0.008 0.122 0.167 78 F 0.936 0.001 0.001 0.004 0.018 0.040 79 V 0.984 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 80 I 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 81 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 82 C 0.909 0.004 0.001 0.001 0.010 0.075 83 D 0.415 0.013 0.003 0.002 0.498 0.069 84 D 0.040 0.003 0.011 0.001 0.881 0.063 85 D 0.011 0.004 0.013 0.002 0.908 0.062 86 V 0.099 0.173 0.009 0.002 0.651 0.066 87 N 0.094 0.061 0.003 0.002 0.424 0.417 88 A 0.036 0.031 0.041 0.010 0.670 0.211 89 R 0.016 0.010 0.027 0.018 0.673 0.257 90 D 0.014 0.018 0.017 0.022 0.552 0.376 91 W 0.001 0.001 0.228 0.742 0.026 0.004 92 N 0.001 0.001 0.107 0.873 0.017 0.002 93 D 0.001 0.001 0.073 0.914 0.011 0.001 94 V 0.002 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 95 I 0.005 0.001 0.003 0.988 0.004 0.001 96 W 0.006 0.001 0.004 0.983 0.006 0.001 97 A 0.011 0.001 0.005 0.971 0.011 0.002 98 I 0.012 0.001 0.006 0.968 0.011 0.003 99 T 0.009 0.001 0.022 0.925 0.035 0.009 100 T 0.019 0.001 0.026 0.832 0.079 0.043 101 R 0.019 0.006 0.027 0.428 0.167 0.354 102 M 0.015 0.047 0.006 0.057 0.147 0.728 103 D 0.020 0.028 0.004 0.008 0.470 0.470 104 P 0.003 0.001 0.304 0.067 0.570 0.055 105 A 0.007 0.002 0.340 0.026 0.590 0.035 106 R 0.025 0.005 0.268 0.015 0.656 0.031 107 D 0.115 0.006 0.038 0.013 0.464 0.365 108 T 0.749 0.025 0.006 0.008 0.077 0.135 109 V 0.958 0.005 0.003 0.005 0.011 0.017 110 L 0.976 0.005 0.001 0.004 0.003 0.010 111 V 0.919 0.012 0.005 0.008 0.045 0.011 112 E 0.551 0.005 0.007 0.008 0.331 0.098 113 N 0.125 0.006 0.013 0.011 0.623 0.222 114 T 0.218 0.103 0.005 0.003 0.467 0.204 115 P 0.206 0.048 0.005 0.011 0.154 0.576 116 I 0.208 0.049 0.034 0.022 0.234 0.453 117 D 0.171 0.028 0.057 0.021 0.318 0.405 118 Y 0.123 0.037 0.181 0.040 0.327 0.292 119 L 0.102 0.057 0.075 0.038 0.352 0.376 120 D 0.064 0.034 0.060 0.027 0.594 0.221 121 F 0.016 0.013 0.091 0.045 0.648 0.186 122 A 0.015 0.017 0.070 0.041 0.626 0.232 123 S 0.011 0.016 0.032 0.008 0.713 0.220 124 P 0.008 0.014 0.047 0.012 0.552 0.367 125 V 0.018 0.076 0.118 0.021 0.544 0.223 126 S 0.017 0.022 0.136 0.032 0.631 0.162 127 G 0.024 0.013 0.059 0.025 0.662 0.216 128 L 0.054 0.030 0.023 0.035 0.552 0.306 129 G 0.070 0.017 0.012 0.014 0.491 0.395 130 S 0.219 0.021 0.016 0.017 0.362 0.365 131 K 0.464 0.031 0.018 0.014 0.212 0.261 132 M 0.735 0.022 0.012 0.010 0.087 0.133 133 G 0.858 0.019 0.006 0.007 0.035 0.075 134 L 0.826 0.014 0.010 0.009 0.046 0.095 135 D 0.653 0.029 0.017 0.018 0.126 0.156 136 A 0.323 0.022 0.044 0.034 0.316 0.260 137 T 0.152 0.026 0.050 0.036 0.415 0.321 138 N 0.077 0.021 0.034 0.030 0.473 0.365 139 K 0.050 0.026 0.035 0.034 0.411 0.444 140 W 0.030 0.035 0.016 0.027 0.397 0.496 141 P 0.034 0.025 0.057 0.060 0.478 0.346 142 G 0.029 0.012 0.086 0.080 0.490 0.302 143 E 0.038 0.023 0.185 0.134 0.439 0.181 144 T 0.054 0.022 0.107 0.156 0.393 0.268 145 Q 0.056 0.019 0.092 0.145 0.363 0.326 146 R 0.099 0.022 0.100 0.134 0.323 0.321 147 E 0.127 0.041 0.071 0.141 0.294 0.326 148 W 0.102 0.031 0.049 0.196 0.285 0.337 149 G 0.068 0.020 0.024 0.110 0.244 0.534 150 R 0.078 0.017 0.017 0.058 0.177 0.653 151 P 0.137 0.051 0.042 0.057 0.192 0.521 152 I 0.144 0.051 0.063 0.065 0.263 0.415 153 K 0.089 0.048 0.037 0.031 0.298 0.498 154 K 0.035 0.025 0.014 0.039 0.283 0.604 155 D 0.007 0.003 0.002 0.021 0.199 0.769 156 P 0.001 0.001 0.028 0.943 0.024 0.004 157 D 0.001 0.001 0.040 0.928 0.028 0.003 158 V 0.001 0.001 0.024 0.964 0.009 0.001 159 V 0.003 0.001 0.009 0.976 0.006 0.005 160 A 0.003 0.001 0.008 0.968 0.010 0.011 161 H 0.001 0.001 0.008 0.979 0.006 0.007 162 I 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.006 163 D 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.004 164 A 0.001 0.001 0.011 0.966 0.016 0.006 165 I 0.001 0.001 0.010 0.969 0.012 0.008 166 W 0.001 0.001 0.026 0.942 0.024 0.007 167 D 0.002 0.001 0.063 0.891 0.030 0.013 168 E 0.002 0.001 0.042 0.903 0.032 0.020 169 L 0.002 0.001 0.030 0.880 0.031 0.056 170 A 0.003 0.001 0.005 0.040 0.076 0.874 171 I 0.030 0.026 0.046 0.063 0.215 0.621 172 F 0.042 0.013 0.136 0.096 0.372 0.341 173 N 0.023 0.008 0.209 0.141 0.380 0.239 174 N 0.026 0.010 0.159 0.193 0.307 0.305 175 G 0.027 0.007 0.023 0.085 0.237 0.621 176 K 0.058 0.008 0.032 0.258 0.215 0.429 177 S 0.114 0.022 0.047 0.310 0.197 0.311 178 A 0.178 0.027 0.071 0.412 0.140 0.171 179 L 0.244 0.013 0.080 0.345 0.147 0.171 180 E 0.286 0.012 0.082 0.294 0.152 0.174 181 H 0.178 0.012 0.049 0.383 0.145 0.233 182 H 0.102 0.007 0.057 0.257 0.221 0.356 183 H 0.103 0.008 0.042 0.103 0.203 0.541 184 H 0.128 0.014 0.043 0.105 0.155 0.556 185 H 0.090 0.025 0.022 0.120 0.097 0.646 186 H 0.005 0.001 0.001 0.002 0.018 0.975